健康产蛋母鸭蛋内容物非致病菌与其生殖道和盲肠菌群的相关性分析.pdf

生物工程 食品科学 2023,Vol.44,No.14 169健康产蛋母鸭蛋内容物非致病菌与其生殖道和盲肠菌群的相关性分析卢昌丽1,2，熊香元1,3，陈力力1,*，任佑华1,*，刘 焱1，张仁杰2（1.湖南农业大学食品科学技术学院，湖南 长沙 410128；2.清镇市站街镇农村发展综合服务中心，贵州 贵阳 551403；3.湖南文理学院，湖南 常德 415000）摘 要：目的：研究健康产蛋母鸭（麻鸭）的鸭蛋内细菌菌群，及与母鸭生殖道和盲肠细菌菌群相关性。方法：解剖健康产蛋母鸭，取其生殖道和盲肠组织以及体内软壳蛋和体外硬壳蛋的蛋内容物，利用平板计数法进行可培养细菌计数，MiSeq高通量测序分析未培养细菌菌群的多样性和相关性。结果：各样品菌落总数大小的顺序为盲肠生殖道硬壳蛋软壳蛋；细菌基因序列分属于56 个门和1 319 个属，盲肠和生殖道细菌丰度值较大、物种均匀度较好，优势菌属有拟杆菌属（Bacteroides）、巨单胞菌属（Megamonas）和弯曲杆菌属（Campylobacter）等，而软壳蛋和硬壳蛋的物种更丰富且优势集中性较高，假单胞菌属（Pseudomonas）和不动杆菌属（Acinetobacter）分别占总丰度的19.01%与10.01%；基因功能预测显示各组样品均以代谢功能和糖酵解功能丰度较高，盲肠和生殖道组织的革兰氏阳性和厌氧表型存在丰度优势，软壳蛋和硬壳蛋的致病性和氧化胁迫等表型显著；4 组样品优势菌属均有重叠，其中蛋（硬壳蛋软壳蛋）内容物菌属与盲肠重叠率13.96%，与生殖道重叠率24.35%，另外，系统进化树分析表明所有样品菌属都具有一定的亲缘关系，且均与盲肠显著作用菌属中的拟杆菌属具有同源性。结论：鸭蛋不是在无菌环境形成，在蛋形成过程中健康产蛋母鸭盲肠和生殖道定居细菌能进入蛋的不同结构，成为鸭蛋内菌群的一部分。本研究结果能为进一步探究蛋内容物非致病细菌特性以及综合控制提供一定参考。关键词：鸭蛋；盲肠；生殖道；高通量测序；细菌多样性Relationship between Non-Pathogenic Bacteria from Eggs of Healthy Laying Ducks and Flora Structure in the Genital Tract and CecumLU Changli1,2,XIONG Xiangyuan1,3,CHEN Lili1,*,REN Youhua1,*,LIU Yan1,ZHANG Renjie2(1.College of Food Science and Technology,Hunan Agricultural University,Changsha 410128,China;2.Qingzhen Zhanjie Town Rural Development Integrated Service Center,Guiyang 551403,China;3.Hunan University of Arts and Science,Changde 415000,China)Abstract:Objective:The aim was to investigate whether a bacterial flora exists in the eggs of healthy laying ducks(Ma breed),and if yes,whether the bacterial flora could be associated with those in the genital tract and cecum.Methods:Healthy laying ducks were dissected to collect genital tract and cecum tissues,as well as soft-and hard-shelled duck eggs,and cultivable bacteria were counted by plate count method,and the diversity and correlation of uncultured bacterial flora were analyzed by MiSeq high-throughput sequencing.Results:The decreasing order of the total bacterial counts in the samples was cecum genital tract hard-shelled egg soft-shelled egg.The bacterial gene sequences belonged to 56 phyla and 1 319 genera.The abundance and species evenness of bacteria in the cecum and genital tract were higher.The dominant genera included Bacteroides,Megamonas and Campylobacter.Species abundance and dominant concentration were higher 收稿日期：2022-06-29基金项目：湖南省教育厅重点科研项目（16A099）；公益性行业（农业）科研专项（201303084）；湖南省教育厅一般项目（20C0959）第一作者简介：卢昌丽（1996）（ORCID:0000-0002-2393-6536），女，硕士研究生，研究方向为食品质量安全与控制。E-mail:*通信作者简介：陈力力（1962）（ORCID:0000-0002-4885-2400），女，教授，博士，研究方向为食品生物技术。E-mail:任佑华（1981）（ORCID:0000-0002-9759-0304），女，讲师，博士，研究方向为食品生物技术。E-mail:170 2023,Vol.44,No.14 食品科学 生物工程in soft-and hard-shell eggs.Pseudomonas and Acinetobacter accounted for 19.01%and 10.01%of the total abundance,respectively.Gene function prediction showed that all samples had high abundance of metabolic and glycolytic functions.The gram-positive and anaerobic phenotypes in the cecum and genital tract were abundant.The pathogenicity and oxidative stress of bacteria in soft and hard shell eggs were significant.The dominant bacterial genera in the four samples were overlapped,and the overlap rates of egg content with the cecum and genital tract were 13.96%and 24.35%,respectively.In addition,the phylogenetic tree analysis showed that the genera in all samples were closely related to each other and shared homology with the significantly contributing genus Bacteroides in the cecum.Conclusion:Duck eggs are not formed in a sterile environment,the bacteria residing in the cecum and reproductive tract of healthy laying ducks can infect different egg structures during its formation and become a part of the internal flora in duck eggs.These results can provide a reference for further research on the characteristics and control of non-pathogenic bacteria in egg contents.Keywords:duck egg;cecum;reproductive tract;high-throughput sequencing;bacterial diversityDOI:10.7506/spkx1002-6630-20220629-338中图分类号：TS253.1 文献标志码：A 文章编号：1002-6630（2023）14-0169-12引文格式：卢昌丽,熊香元,陈力力,等.健康产蛋母鸭蛋内容物非致病菌与其生殖道和盲肠菌群的相关性分析J.食品科学,2023,44(14):169-180.DOI:10.7506/spkx1002-6630-20220629-338.http:/LU Changli,XIONG Xiangyuan,CHEN Lili,et al.Relationshipbetweennon-pathogenicbacteriafromeggsofhealthylayingducksandflorastructureinthegenitaltractandcecumJ.Food Science,2023,44(14):169-180.(in Chinese with English abstract)DOI:10.7506/spkx1002-6630-20220629-338.http:/鸭蛋是我国消费者餐桌上除鸡蛋外常见的禽蛋，2020年我国鸭蛋产量高达284.66万t1，鸭蛋不仅可以鲜食，还能加工成咸鸭蛋、皮蛋、糟蛋等蛋制品。消费者对它的需求量也在逐年递增，因此鲜鸭蛋的质量与卫生对消费者的食用安全影响广泛。鲜鸭蛋营养丰富也是细菌生长繁殖的良好基质，易受细菌污染而导致保质期短，甚至失去食用价值，一般认为刚产出的禽蛋表面天然保护膜对微生物侵染有一定自卫能力，蛋内容物细菌污染的主要原因在于鸭舍类型、饲养方式、管理模式及气候条件等环境因素造成细菌生长繁殖，这些环境污染细菌通过鸭蛋壳气孔渗透进入蛋内即水平传播污染2；然而，鸭蛋形成的复杂过程也可能是造成蛋内容物细菌污染的原因，尤其是散养或圈养的蛋鸭很难做到集约化管理，自然环境因素使得母鸭体内有大量定植的微生物菌群，在鸭蛋形成过程中产生影响，但是目前人们仅开展了母禽体内致病菌或兽药残留对禽蛋影响的研究，例如，研究表明肠炎沙门菌可通过水平传播和垂直传播两种途径污染鸡蛋，并且能够利用其独特的分子调节机制逃避蛋清内抗菌成分的杀伤，表现出比其他血清型更强的蛋内增殖能力3。抗生素作为饲料添加剂饲喂产蛋母鸡时，不仅促使母禽体内细菌产生耐药性，而且在某一时期可从母体和鸡蛋内或鸡蛋形成的各个阶段均检测到抗生素残留4。对于健康产蛋母鸭是否能通过垂直传播方式使非致病菌侵染蛋内容物，从而对蛋品质产生潜在影响鲜见报道。为此，本研究从蛋鸭养殖场随机挑选健康的产蛋母鸭（麻鸭），无菌解剖采集盲肠组织和生殖道组织以及同批软壳和硬壳鸭蛋内容物为样品，比较其可培养菌落总数数量，未培养菌的多样性、功能预测以及相关性，探讨鸭蛋内容物非致病性细菌与母鸭生殖道和盲肠菌群的关系。1 材料与方法1.1 材料与试剂从湖南长沙岳麓区兴合村乌泥塘鸭场随机挑选处于健康产蛋期的产蛋母鸭（麻鸭）6 只，鸭龄6 月，体质量（75050）g，提前1d分笼饲养。根据GB 14922.22011实验动物微生物学等级及监测取样要求，无菌操作打开腹腔取出盲肠、生殖道组织以及体腔内的软壳蛋和排出的硬壳蛋4 组样品，每两只鸭的相同部位为一份，分别装入无菌袋，并编号为盲肠样品MC1、MC2、MC3；生殖道样品SZ1、SZ2、SZ3；软壳蛋样品RD1、RD2和硬壳蛋样品CD1、CD2。随后装入冰盒带回实验室冰箱保存，备用。Tris-饱和酚（pH7.8）、十六烷基三甲基溴化铵、十二烷基硫酸钠 北京鼎国昌盛生物技术有限责任公司；蛋白酶K、RNaseA酶、LB肉汤培养基 北京康为世纪生物科技有限公司；氯仿、异戊醇、无水乙醇、Tris-HCl、异丙醇 国药集团化学试剂有限公司。1.2 仪器与设备BioSpectrometerbasic分光光度计 德国艾本德股份公司；JY600C水平电泳仪 北京君意东方电泳设备生物工程 食品科学 2023,Vol.44,No.14 171有限公司；GelDocXR凝胶成像系统 美国Bio-Rad 公司；Nano Drop 2000 美国Thermo Fisher公司；MiSeq高通量测序平台 美国Illumina公司。1.3 方法1.3.1 样品可培养细菌菌落总数测定参照GB 4789.22016食品微生物学检验 菌落总数测定，盲肠（MC1、MC2、MC3）及生殖道（SZ1、SZ2、SZ3）样品剪碎后各称取5 g，软壳蛋（RD1、RD2）和硬壳蛋（CD1、CD2）内容物分别混匀后各称取5 g，随后，分别用无菌生理盐水适当10 倍梯度稀释，取稀释样品悬液混菌法接种至PCA琼脂培养基平板，放置培养箱（371）恒温培养（362）h进行可培养菌菌落计数。1.3.2 样品未培养细菌MiSeq高通量测序采用十六烷基三甲基溴化铵-十二烷基硫酸钠冻融法提取样品细菌基因组DNA，每份样品设定3 个重复，分别编号为MC1-1、MC1-2、MC1-3、SZ1-1、SZ1-2、SZ1-3等。经琼脂糖凝胶电泳观察及NanoDrop 2000超微量紫外分光光度计检测合格后，采用带有barcode的特异引物进行细菌16S rDNA聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCR）扩增，引物为Primer 338F（5-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3）和Primer 806R（5-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3）。将PCR扩增产物经胶回收纯化，高通量测序工作由上海美吉生物工程有限公司完成。1.4 数据整理与统计分析菌落总数计数采用SPSS 21.0和Origin 2018软件计算数据并绘图。根据barcode序列区分得到各个样本reads，经过处理得到clean reads。用对应的软件进行细菌可操作分类单元（operational taxonomic units，OTU）和聚类分析得到OTU的代表序列（97%相似水平），并以绘制稀释曲线进行深度验证。随后应用Mothur软件进行多样性指数分析，通过非度量多维尺度（nonmetric multidimensional scaling，NMDS）分析比较群落多样性，从不同分类水平分析各样品的物种组成。通过PICRUSt功能预测软件分析直系同源集（Clusters of Orthologous Groups，COG）、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）Module以及Pathway不同水平途径的功能信息，并计算各功能信息丰度。此外，使用BugBase工具进行表型预测，并分析各物种的表型贡献度。比较共有菌属在各样品中的丰度占比，利用线性判别分析Effect Size（linear discriminant analysis effect size，LEfSe）多级物种差异判别分析显著丰度差异特征的物种，Network 网络分析比较各样品中不同细菌物种的相关性，系统进化树分析物种之间的亲缘和进化关系。2 结果与分析2.1 样品可培养细菌的菌落总数计数样品可培养菌落总数计数结果见图1，MC菌落总数最高，其次为SZ和CR、RD。研究报道5-6家禽肠道细菌在机体营养物质消化、病原体抑制和与肠道相关免疫系统相互作用方面发挥着重要作用；近年来人们对人类、畜牧以及鸡胚的研究表明7-8，早在胚胎时期，胎儿体内已经具有自己的肠道细菌群落，复杂的微生物组可以从母亲肠道向胎儿传播，并且通过显微镜和培养技术得到了验证，因此认为本研究健康母鸭体内软壳蛋（卵子）内的活菌与其盲肠细菌是有关联的。由于微生物对人类健康和生育有一定的影响，生殖道细菌及群落也成为了关注的焦点9。家禽病理学研究报道致病性大肠杆菌、鸡新城疫病毒引起的输卵管炎，导致蛋鸡产蛋量下降及聚集性死亡10-11；在鸡蛋形成的各个阶段中，都有可能产生兽药残留12；因此，生殖道的定居细菌进入蛋内可能发生。0MC1MC2MC3SZ1RD1RD2CD1CD2SZ2SZ31412108642?lg?CFU/g?MC.盲肠；SZ.生殖道；RD.软壳蛋；CD.硬壳蛋。下同。图 1 不同样品的菌落总数Fig.1 Total bacteria counts in different samples2.2 样品测序丰度及多样性01002003004005006007008009001 00004 0008 00012 000 16 000 20 0001 100Sobs?reads?MCaSZRDCD172 2023,Vol.44,No.14 食品科学 生物工程3.66.0b*4.04.44.85.25.6Shannon?MCSZRDCD?0.50.4c?0.3?0.4?0.2?0.10.10.00.20.3NMDS2NMDS1?0.6?0.8?0.40.00.6?0.20.40.20.8CDMCSZRDa.相似度为97%条件下样品的稀释曲线；b.Shannon多样性组间差异检验；c.样品群落组成NMDS分析。*.P0.05；*.P0.01；*.P0.001；下同。图 2 样品序列数据的多样性分析Fig.2 Diversity analysis of sequence data in samples采用2.0%琼脂糖凝胶电泳检测及OD260 nm/OD280 nm比值测定，表明各样品细菌基因组DNA及PCR扩增产物的浓度和纯度均符合要求。4 组30 个样本共得到优化序列1 411 296 条，在97%相似度下聚类共产生4 239 个OTU。其中，MC有效序列、OTU数为448 977、634 个，SZ 398 383、806 个，RD 283 291、2 636 个，CD280645、2 293个。由图2a可知，所有曲线逐渐平滑直至达到平坦，最终数据量已经足以覆盖样品中的大多数细菌序列，本实验结果能够进行下一步数据分析。图2b表明，各组样品的细菌多样性存在显著差异（P0.05），Shannon指数多样性大小为CDRDSZMC。图2c比较了4 组样品的多样性，4 组样品各点聚集在一定的区域，SZ组比较分散，说明SZ组内样品细菌组成结构存在一定差异。MC和SZ置信椭圆有相交，RD和CD置信椭圆重叠，其细菌组成结构特征都相似，硬壳蛋是提前1d装笼的母鸭所产，排出时间不超过16 h，所受外界环境污染较小，因此其来源与软壳蛋相似，其细菌组成以鸭蛋形成过程中的细菌侵染为主。2.3 样品物种组成分析基于OTU注释结果，4 组共30 个样品的细菌分属于56 个门，从图3a可知，门水平优势物种主要有厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、弯曲杆菌门（Campilobacterota）、放线菌门（Actinobacteriota）以及脱硫杆菌门（Desulfobacterota），其中厚壁菌门中SZ和MC组相对丰度大，分别为（17.332.36）%、（14.332.35）%；变形菌门中RD与CD的相对丰度占比较大，分别为（23.010.92）%和（22.50.50）%；拟杆菌门为第三优势菌，在SZ、MC、RD及CD组中相对丰度分别为（9.273.35）%、（19.333.69）%、（3.400.21）%和（3.850.05）%。本研究中MC及SZ组物种主要属于厚壁菌门，分别与杨速等13研究蛋鸭盲肠细菌组成以及Su Yuan等14研究蛋鸡生殖道微生物菌群的结果相似。RD及CD组物种主要属于变形菌门，这与丁金梅15研究结果相似。在检测到的1 319 个细菌属中，厚壁菌门270 个属、变形菌门316 个属、拟杆菌门146 个属。如图3b所示，优势菌属有拟杆菌属（Bacteroides）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、巨单胞菌属（Megamonas）、弯曲杆菌属（Campylobacter）以及丛毛单胞菌属（Comamonas）等。虽然多样性分析表明RD、CD种群多样性大于MC、SZ，但相对丰度值排在前48 位的属水平物种中，MC、SZ均匀度更好。MC中的巨单胞菌属为一类化能有机营养型细菌，能发酵各种碳水化合物形成终产物乙酸、丙酸和乳酸等；考aFirmicutesSZMCRDCDProteobacteriaBacteroidotaCD1CD2RD1RD2MC1MC2MC3SZ1SZ2SZ3Campilobacterota0%0%0%10%20%30%40%50%60%70%80%90%10%20%30%40%50%60%70%80%90%10%20%30%40%50%60%70%80%90%ActinobacteriotaDesulfobacterotaothersChloroflexiFusobacteriotaDesulfobacterotaPatescibacteriaAcidobacteriotaMyxococcalesCyanobacteria生物工程 食品科学 2023,Vol.44,No.14 173bMC1-1SZ1-1SZ1-2SZ1-3SZ2-1SZ2-2SZ2-3SZ3-1RD2-2RD2-3RD1-1RD1-2RD1-3RD2-1RD1-1RD1-2RD1-3RD2-1RD2-2RD2-3SZ3-2SZ3-3MC2-1MC3-1MC3-2MC3-3MC2-2MC2-3MC1-2MC1-3100806040200?/%?BacteroidesPseudomonasMegamonasComamonasFaecalibacteriumSubdoligranulumAnaerosporobacterDesulfovibrioPhascolarctobacteriumFournierellaPrevotellaErysipelatoclostridiumRhodococcusParabacteroidesRikenellaceae_RC9_gut_groupRuminococcus_torques_groupRalstoniaCollinsellaMucispirillumEnterobacterFusobacteriumAlistipesNitrosomonasPediococcusDokdonellaParacoccusPrevotellaceae_NK3B31_groupSellimonasnorank_f_Eubacterium_coprostanoligenes_groupnorank_f_norank_o_Clostridia_UCG-014norank_f_norank_o_Bacteroidalesnorank_f_Ruminococcaceaenorank_f_OscillospiraceaeCampylobacterAcinetobacterPrevotellaceae_Ga6Al_groupunclassified_f_Lachnospiraceaeunclassified_f_Enterobacteriaceaeunclassified_o_Bacteroidalesunclassified_f_Peptostreptococcaceaeunclassified_f_Rikenellaceaeunclassified_f_RhodobacteraceaeUCG-005BlautiaColidextribacterLactobacillusBrucellaunclassified_f_OscillospiraceaePaludicolanorank_f_Anaerolineaceaenorank_f_SC-1-84norank_f_CaldilineaceaePrevotellaceae_UCG-001GordoniaDenitratisomaOscillospiraBarnesiellaDesulfomicrobiumSoehngeniaCitrobacterAmaricoccusSulfurovumFlavobacteriumDesulfobulbusDevosiaOceanobacillusLuteiumonasHydrogenophilusHypnocyclicusPseudoxanthomonasPeredibacterPropionivibrioBdellovibrioPhreatobacterMethylocystisSphingobiumXanthomonasGemellaunclassified_f_XanthobacteraceaeSulfurospirillumnorank_f_norank_o_Vicinamibacteralesnorank_f_Saprospiraceaenorank_f_Geobacteraceaenorank_f_JG30-KF-CM45norank_f_norankoRun-SP154unclassified_f_Geobacteraceaeunclassified_f_Rhodocyclaceaeunclassified_f_Brocadiaceaenorank_f_norank_o_norank_c_OLB14norank_f_norank_o_norank_c_Thermodesulfovibrionnorank_f_Sutterellaceaeothersunclassified_f_LWQ8MogibacteriumFaecalitaleanorank_f_norank_o_SaccharimonadalesBrevundimonasChryseobacteriumnorank_f_Prevotellaceaenorank_f_NS9_marine_groupnorank_f_MuribaculaceaeSediminibacteriumBifidobacteriumTrichococcusDesulfobacterSphingomonasEnterococcusDialisterAllorhizobium-Neorhizobium-PararhizobiuTerrimonasPaenarthrobacterButyricicoccusPaenalcaligenesAlcaligenesAnaerobiospirillumEscherichia-ShigellaSolobacteriumPeptococcusEubacterium_brachy_groupAnaerofilumDelftiaNegativibacillusStreptococcusStenotrophomonasCandidatus_CompetibacterThermomonasOLB8norank_f_noranko RF39norank_f_norank_o_Chloroplastnorank_f_norank_o_Rhodospirillalesunclassified_f_Comamonadaceaeunclassified_f_ErysipelotrichaceaeHyphomicrobiumHelicobacterTreponemaDesulfobacterium_catecholicum_groupParoellobacterChryseolineaunclassified_f_Sphingomonadaceaeunclassified_f_RuminococcaceaeRDCDSZMCuncultured_Acidovorax_sp._g_ConmamonasComamonadaceaecNocardiaceaeLactobacillaceaeRhodanobacteraceaeNitrosomonadaceaeEnterobacteriaceaeMoraxellaceaePseudomonadaceaeCampylobacteraceaeLachnospiraceaeBurkholderiaceaePeptostreptococcaceaeRuminococcaceaeErysipeiatoclostridiaceaeCoriobacteriaceaenorark_o_Clostridia_UCG-014Eubacterium_coprostanoligenes_groupPrevotellaceaeRikenellaceaeDesulfovibrionaceaeBacteroidaceaeTannerellaceaeAcidaminococcaceaeDeferribacteraceaenorank_o_BacteroidalesFusobacteriaceaeSelenomonadaceaeOscillospiraceaeunclassified_o_Bacteroidalesuncultured_bacterium_g_Dokdonellauncultured_g_Entrobacteruncultured_g_Pseudomonasuncultured_g_Acinetobacteruncultured_f_Enterobacteriaceaeuncultured_f_Peptostreptococcaceaeuncultured_bacterium_g_Subdoligranulumuncultured_g_Erysipelatoclostridiumuncultured_g_Sellimonasuncultured_g_Subdoligranulumuncultured_bacterium_g_Collinsellauncultured_g_norank_f_norank_o_Clostridia_UCG-014uncultured_organism_g_Prevotellaceae_NK3B31_groupuncultured_f_Rikenellaceaeuncultured_g_Prevotellauncultured_bacterium_g_Parabacteroidesuncultured_g_Fournierellauncultured_g_Phascolarctobacteriumuncultured_o_Bacteroidalesuncultured_bacterium_g_Rikenellaceae_RC9_gut_groupuncultured_bacterium_g_Ruminococcus_torques_groupuncultured_bacterium_g_Faecalibacteriumuncultured_bacterium_g_norank_f_norank_o_Bacteroidalesuncultured_bacterium_g_Prevotellaceae_Ga6A1_groupuncultured_bacterium_g_Bacteroidesuncultured_g_Bacteroidesuncultured_f_OsillospiraceaeBacteroides_caecigallinarumBacteroides_barnesiaeBacteroides_plebeiusuncultured_organism_g_Megamonasuncultured_f_LachnospiraceaeFusobacterium_mortiferum_ATCC_9817uncultured_g_MucispirillumBacteroides_coprophilusuncultured_g_DesulfovibrioBacteroides_coprocola_DSM_17136gut_metagenome_g_norank_f_Eubacterium_coprostanoligenes_groupBacterium_ic1379Comamonas_testosteroni_g_ComamonasAcinetobacter_guillouiaeComamonas_denitrificansCampylobacter_canadensisCaecibacterium_sporoformansRalstonia_pickettiiNitrosomonas_europaeaRhodococcus_erythropolisRhodococcus_pryidinivoransPediococcus_pentosaceus_g_Pediococcus3?1042?1032?1021?1011?10?11ca.不同样品门水平物种Circos关系图（左半圈表示样本分组情况，外层颜色代表组别，内层颜色代表物种组成，颜色长度代表物种相对丰度；右半圈表示门水平物种的分布比例情况，外层颜色代表物种，内层颜色代表组别，长度代表该样本在某一物种中的分布比例）；b.不同样品细菌物种属水平柱形图，others为物种属水平丰度小于1%；c.样本中种水平丰度热图。图 3 样品不同水平物种组成分析Fig.3 Analysis of bacterial species composition in samples174 2023,Vol.44,No.14 食品科学 生物工程拉杆菌属（Phascolarctobacterium）为专性厌氧和革兰氏阴性的肠道有益细菌，可利用琥珀酸，产生短链脂肪酸（乙酸盐和丙酸盐）；革兰氏阳性厌氧菌扭链瘤胃球菌属（Ruminococcus torquesgroup）为消化降解的关键菌，曾被报道为孵化机孵化仔鸡盲肠的优势菌属16；穆齐螺旋菌（Mucispirillum）定植于肠道黏膜层，可抵抗沙门氏菌增殖。SZ中显著富集的有弯曲杆菌属、未分类菌属的毛螺菌科（unclassifiedLachnospiraceae）、罕见小球菌属（Subdoligranulum）和罗尔斯通氏菌属（Ralstonia）等，大部分为有利于机体正常功能的生殖道定植细菌属。而RD、CD除假单胞菌属占总丰度的19.01%（相对丰度分别为21.81%、16.19%）、不动杆菌属占总丰度的10.01%（相对丰度分别为8.85%、11.05%）、未分类的肠杆菌科以及丛毛单胞菌属占明显优势外，其余属的相对丰度较小，有约47.35%49.28%的属水平物种相对丰度小于1%，其中的明串珠菌属（Trichococcus），可利用多种碳水化合物发酵，产物主要为乳酸、乙酸和甲酸等，在低温下也能生长；片球菌属是人体有益菌，包含的两个种乳酸片球菌（Pediococcus acidilactici）和戊糖片球菌于2010年卫生部明确可用于食品的菌种。这说明RD、CD的属水平物种组成更为复杂。统 计 各 组 样 本 种 水 平 上 的 物 种 丰 度 均