MEGA使用说明指导书专业资料.doc

MEGA软件构建系统发育树
摘要 ：以白色念珠菌属下面十个种18s RNA 为例，构建系统发育树来阐明MEGA软件用法。
1背景简介
1.1 MEGA（分子进化遗传分析）
MEGA 全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment，inferring phylogenetic trees，mining web-based databases，estimating rates of molecular evolution，and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树推断、预计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列比对和数据搜索。
　　最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其成果不用于刊登文章)
　　建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。
　　MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems：
　　Windows 95/98，NT，，XP，Vista，version 7，Linux and Mac OS [1].
　　MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。
1.2 系统发育树定义
系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表白被以为具备共同祖先各物种间演化关系树。是一种亲缘分支分类办法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支近来共同祖先，而节点间线段长度相应演化距离（如预计演化时间）
1.3 系统发育树分类
依照有根和无根来区别：树可分为有根树和无根树两类。有根树是具备方向树， 依照系统发生树可推断出物种来源包括唯一节点，将其作为树中所有物种近来共同祖先。最惯用拟定树根办法是使用一种或各种无可争议同源物种作为外群（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够信息，但又不能太近以至于和树中种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其她信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能拟定其树根。无根树是没有方向，其中线段两个演化方向均有也许。
　　基于单个同源基因差别构建系统发生数应称之为基因树。由于这种树代表仅仅是单个基因进化历史。而不是它所在物种进化历史。物种树普通最佳是从各种基因数据分析中得到。例如一项关于植物进化研究中，用了100个不同基因来构建物种树，由于进化是发生在生物体种群水平上，而不是发生在个体水平上，虽然表面上不需要更多数据，但事实上还是有必要。基因树和物种树之间差别是很重要，如果只用等位基因来构建物种数，那许多人人和大猩猩就会分到一起，而不是和其她人分到一起。
1.4 构建办法
要构建一种进化树（phyligenetic tree）。构建进化树算法主 要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依托法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树拓扑形状是由序列上每个状态决定，而距离依托法是指进化树拓扑形状由两两序列进化距离决定。进化树枝条长度代表着进化距离。独立元素法涉及最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大也许性法（Maximum Likelihood methods）；距离依托法涉及除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。

2 蛋白质序列分析用法
2.1 打开网址，将菌名输入到protein背面框内，点Search键，选取一种搜索成果点击进入

2.2 将搜索出来成果选取send to下拉箭头内选项，Analysis Tool和BLAST,选取好后点击Submit进行搜索

2.3 进入BLAST页面，点击页面最下面BLAST按钮，进行blast ,如图所示：

2.4 从成果中选取10个蛋白质序列，进行复制，粘贴到TXT文档内，然后将TXT文档后缀名改为FASTA

2.5 将保存好，以Fasta做后缀序列打开，如下图

2.6 点击菜单栏内Alignment选项，选取Align by ClustalW选项。

2.7 弹出如下图对话框,选取OK键，对数据进行解决

通过一段时间数据解决，数据解决完毕如下图所示：

2.8 选取菜单栏中Data选项中Save Session选项进行保存。

再选取Export Alignment中MEGA Format和 FASTA format 进行保存。

2.9 选取菜单栏中 Analysis 选项中 Phylogeny中 Construct/Test Maximum Likelihood Tree选项进行数据解决。

将数据按下表填写，点击Compute键

数据将按下表方式解决:

最大进化树如下所示：

2.10 点击菜单栏下一行Distance选项，选取下拉菜单中第一种选项，进行数据解决

浮现如下对话框，按下图所示，点击Compute键

即可得出最后成果：

3 核酸序列分析用法
打开网址，别的办法同上，如下列图片所示，不再详述。