MEGA使用说明指导书专业资料.doc

MEGA软件构建系统发育树摘要 ：以白色念珠菌属下面十个种18s RNA 为例，构建系统发育树来阐明MEGA软件用法。1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment，inferring phylogenetic trees，mining web-based databases，estimating rates of molecular evolution，and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树推断、预计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列比对和数据搜索。 最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其成果不用于刊登文章) 建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。 MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows operating systems：Windows 95/98，NT，XP，Vista，version 7，Linux and Mac OS 1. MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表白被以为具备共同祖先各物种间演化关系树。是一种亲缘分支分类办法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支近来共同祖先，而节点间线段长度相应演化距离（如预计演化时间）1.3 系统发育树分类 依照有根和无根来区别：树可分为有根树和无根树两类。有根树是具备方向树， 依照系统发生树可推断出物种来源包括唯一节点，将其作为树中所有物种近来共同祖先。最惯用拟定树根办法是使用一种或各种无可争议同源物种作为外群（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够信息，但又不能太近以至于和树中种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其她信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能拟定其树根。无根树是没有方向，其中线段两个演化方向均有也许。 基于单个同源基因差别构建系统发生数应称之为基因树。由于这种树代表仅仅是单个基因进化历史。而不是它所在物种进化历史。物种树普通最佳是从各种基因数据分析中得到。例如一项关于植物进化研究中，用了100个不同基因来构建物种树，由于进化是发生在生物体种群水平上，而不是发生在个体水平上，虽然表面上不需要更多数据，但事实上还是有必要。基因树和物种树之间差别是很重要，如果只用等位基因来构建物种数，那许多人人和大猩猩就会分到一起，而不是和其她人分到一起。1.4 构建办法要构建一种进化树（phyligenetic tree）。构建进化树算法主 要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依托法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树拓扑形状是由序列上每个状态决定，而距离依托法是指进化树拓扑形状由两两序列进化距离决定。进化树枝条长度代表着进化距离。独立元素法涉及最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大也许性法（Maximum Likelihood methods）；距离依托法涉及除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。 2 蛋白质序列分析用法2.1 打开网址，将菌名输入到protein背面框内，点Search键，选取一种搜索成果点击进入2.2 将搜索出来成果选取send to下拉箭头内选项，Analysis Tool和BLAST,选取好后点击Submit进行搜索2.3 进入BLAST页面，点击页面最下面BLAST按钮，进行blast ,如图所示：2.4 从成果中选取10个蛋白质序列，进行复制，粘贴到TXT文档内，然后将TXT文档后缀名改为FASTA2.5 将保存好，以Fasta做后缀序列打开，如下图2.6 点击菜单栏内Alignment选项，选取Align by ClustalW选项。2.7 弹出如下图对话框,选取OK键，对数据进行解决通过一段时间数据解决，数据解决完毕如下图所示：2.8 选取菜单栏中Data选项中Save Session选项进行保存。再选取Export Alignment中MEGA Format和 FASTA format 进行保存。2.9 选取菜单栏中 Analysis 选项中 Phylogeny中 Construct/Test Maximum Likelihood Tree选项进行数据解决。将数据按下表填写，点击Compute键数据将按下表方式解决:最大进化树如下所示：2.10 点击菜单栏下一行Distance选项，选取下拉菜单中第一种选项，进行数据解决浮现如下对话框，按下图所示，点击Compute键即可得出最后成果：3 核酸序列分析用法打开网址，别的办法同上，如下列图片所示，不再详述。