mNGS在疑似脓毒症患者中的应用价值.pdf

:./.论著 在疑似脓毒症患者中的应用价值胡明 陈亚利 奥婷 甄鹏项目来源:北京市临床重点专科项目(编号:)作者单位:北京市首都医科大学附属北京潞河医院感染性疾病科通讯作者:甄鹏:.【摘要】目的 评估宏基因组测序技术()在脓毒症患者中的诊断价值 方法本研究对 例疑似脓毒症患者共 例样本进行、培养法和其他传统方法检测比较不同方法对病原体的检测效能并分析了相关病原谱 结果 总检出率显著高于传统检测方法(.)的敏感性显著高于培养和其他病原检测方法(.)覆盖的病原谱更加全面 结论 本研究为 的临床转化提供更多的临床实践依据可以选择不同的样本类型以提高 对病原的检测效率【关键词】宏基因组下一代测序()脓毒症病原体检测病原谱检测效能【中图分类号】【文献标识码】【文章编号】().【】().(.)(/定义为阳性)和半乳甘露聚糖()试验(./定义为阳性)检测样本中可能存在的真菌 此外本研究还针对特定病原进行了相应的鉴别包括军团菌、肺炎链球菌和肺炎支原体进行抗原检测隐球菌荚膜多糖检测革兰氏阴性菌脂多糖检测呼吸道合胞病毒抗原检测 病毒抗体检测肥达实验、外斐实验等.和生物信息学分析:对于采集的血液、骨髓、脑脊液、和痰液等样本使用 (希尔登德国)提取无细胞(流 程)或 用 (希尔登德国)提取 后反转录为(流程)然后使用 (希尔登德国)构建文库并使用(赛默飞马萨诸塞州美国)和 (安捷伦帕洛阿尔托美国)进行文库质量控制 合格的文库在 平台(因美纳圣地亚哥美国)上进行测序 对于生物信息学分析从原始数据中过滤掉了短小、低质量、低复杂度和被适配器污染的读数 将其他数据映射到人类参考数据库()以去除人类宿主 序列 然后用 排列法将剩余的数据与微生物基因组数据库进行比对最终确定样品的微生物组成.统 计 学 分 析 使 用 软 件()和 .统计软件计量资料以 表示采用 检验一般资料比较采用检验 通过使用敏感性、特异性、阳性预测值()、阴性预测值()和临床符合率()评估、培养和其他传统方法对最终临床诊断(参考标准)的诊断性能 的计算方法是目标方法检测结果与临床诊断一致的样本数/临床诊断总样本数.为差异有统计学意义 结果.入组患者基线特征该研究收集 例疑似脓毒症患者共 例样本排除临床检测信息不全及未进行血液 检测的患者共入组 例患者例样本 其中男 例(.)女 例(.)平均年龄(.)岁.的患者有基础疾病发热是患者最主要的临床症状 共有 例(.)例患者进行了机械通气平均通气时长(.)(.)例患者进行重症监护平均时间为(.)平均住院时间(.)在所有病例中 例(.)最 终 被 确 诊 为 脓 毒 症 例(.)被诊断为非脓毒症而另外 例(.)诊断不确定 见表 表 入组患者基线特征例()项目数据男(.)女(.)年龄(岁).基础疾病(.)糖尿病(.)高血压(.)脑梗(.)临床症状 发热(.)咳嗽(.)意识障碍(.)机械通气(.)重症监护(.)住院时间().不同检测方法诊断脓毒症的效能研究中所有样本 的检出率为.(/)传统病原检测方法总的检出率为(/)二者差异有统计学意义(.)在明确诊断的 例患者中检测到细菌和真菌 例培养检测到细菌和真菌 例 对细菌和真菌的检出率显著高于培养(.)进一步对不同方法的检测效能进行统计分析研究发现 的敏感性显著高于培养(.)和其他病原检测方法(.)的临床符合率略高于培养差异无统计学意义(.)但显著高于其他病原检测方法(.)另外本研究中有 例样本同时进行了 和 双流程检测其中 病毒检出率为.(/)包括肝炎 病毒 型()鼻病毒 型()人呼吸道合胞病毒()和丙型肝炎病毒()见表 讨论 目前多项研究已证实了 进行病原体检测的潜力 等研究显示 对脓毒症的诊断敏感性为.远高于传统细菌培养(.)等发现与传统的检测方法相比 可以为重症肺炎患者迅速提供病原学证据 等认为 是确定患者病原学的重要工具可以提高疾病的诊断准确性和预后 但也有研究认为 在识河北医药 年 月 第 卷 第 期 表 单独血液 和血液联合病灶部位样本 检测效能比较检测性能单独血液()血液病灶部位样本()值敏感性.特异性.阳性预测值.阴性预测值.别常见细菌方面的敏感性并不优于传统的培养方法 因此需要更多深入研究评估 的检测效能 在本研究中笔者回顾性地分析了 例疑似脓毒症患者的临床数据与传统检测方法相比 不仅能检测大量病原体且病原体种类的覆盖率更高尤其是病毒和少见病原体 众所周知某些病原体不仅对培养基要求高而且需要较长的生长时间例如结核分枝杆菌通常需要 周甚至长达 周才能得出培养结果而布鲁氏菌通常需要至少 周 这严重影响了临床医生的及时决策 相比之下 不需要培养而是对标本中的生物体进行全基因组测序和分析以获得尽可能多的潜在病原体的结果因此其扩大了检测范围为诊断脓毒症患者的病原体提供了独特的优势 本结果表明 总检出率显著高于传统方法对于细菌和真菌的检出率显著高于培养 从诊断性能角度 的敏感性也显著高于培养和其他检测方法 这证明了其临床价值是对现有病原检测方法的有益补充 快速准确的检测工具可以帮助临床医生尽早对疾病做出正确的诊断指导抗生素精准使用避免因抗生素的不合理应用导致耐药性问题在对脓毒症患者的治疗中尤其是对那些无任何定位线索的患者一般需要经验性地应用广谱抗生素通常需要使用整个疗程的抗生素来进行临床判断这进一步加剧了此类患者对抗生素的滥用导致病原体耐药性、继发感染和患者体内菌群失调等一系列问题 而 的应用将有助于缓解抗生素滥用的情况 该研究也有一些局限性 首先该研究是一项单中心的回顾性研究入选的患者数量有限 其次该研究为了确保样本类型的均质性排除了未进行血液样本 检测的病例但这些入组患者是否在血液样本的基础上加测其他类型的样本形成双样本、是否同时进行 和 双流程 检测则是临床医生根据患者症状和临床经验确定的有可能引入统计误差 总之 在脓毒症的病原学诊断中具有广阔的应用前景 其具有较高的敏感性和广的病原谱特性尤其适用于脓毒症这类急危重症患者 的高敏感性有利于病原体的诊断和治疗同时其在排除感染方面具有一定的阴性预测价值 在实际应用中采用血液和其他样本类型联合的双样本检测以及 与 联合的双流程检测有利于扩大 检测的病原谱提高其检测效能参考文献 .().():.:.():.:.():.():.:.():.:.:.():.:.():.()():.:.:.():.:.():.():.():.(收稿日期:)河北医药 年 月 第 卷 第 期