分子生物学数据库教学文案.doc

陈成一、 国内的一些有针对性的数据库BIOSINO我国的核酸序列公共数据库更像是一个论坛，有一些提问，互动等功能，信息的筛选也不是特别的严格。但是规模较小0条 记录可以看出网站的维护和使用都不怎么频繁。其他许多网站也没有明显的巨大差距。二、 国内的一些大型数据库中国知网大部分高校已经购买了它的资源，是国内较权威、全面的数据库。主要是文献下载，不针对我们实验过程中对数据遇到问题时的解答。冀鼎觉SciFinder SciFinder使用简介SciFinder Scholar是美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社CAS（Chemical Abstract Service）所出版的Chemical Abstract化学文摘的在线版数据库学术版。其内容涵盖应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。http:/www.cas.org/products/scifinder/SciFinder是可以与交大图书馆相连的，在找到文献时，可以直接连接到交大图书馆进行检索帮助。下面以检索Molecular Dynamics为例简单解释其使用。在登进SciFinder之后会进入检索界面。上图即为SciFinder的文献检索界面，可以对文件类型，语言，作者等信息作初步筛选。除此之外也可以看到左面可以选择对作者，公司，杂志，专利进行直接检索。在搜索之后会出现题目和内容相关两种文献分类，如我们选择内容相关Molecular dynamics，点进Get Reference。这是检索完成的结果。我们可以看到，在Reference字样之后又Getsubstances等字样，我们可以通过这些选项获取选定文献中相关的物质、反应、相关的引用及被引用等。在右侧可以看到Analysis以及Refine选项。现在显示的是Analysis中的Journal Name选项，可以看到对于MD来说，JCP, JPC, Biochemistry, JACS等杂志具有较多的信息。除此之外，还有对作者，公司的分析，为我们对相关内容的行业情况的了解提供了方便。Refine即对相关文献进行提炼，即对标题，语言等选项进行选择。如图为对选中的文献进行refine，选择出是中文的文献。Explore Reference模块大致就是如此。除此之外的对物质及反应的搜索模块Explore Substances和Explore Reactions的界面类似，同样十分友好，大家可以自行探索。刘士毅UCSC Genome BioinformaticsUCSC Genome Bioinformaticshttp:/genome.ucsc.edu/5100809083 刘士毅这是一个非常常用的基因搜索工具，包含了许许多多实验室最新的测序结果。这是基因搜索界面，可以定位想要搜索的基因的位置进到如上界面时我们可以通过界面看到所有不同结果（左列）在基因区域的分布而在这里我们可以选择想要在界面显示的序列，每个父项都可以展开，每个父项都有许多的子项供选择彭思杰IntAct链接：http:/www.ebi.ac.uk/intact/介绍：EBI下的一个蛋白质互作信息数据库，里面包含了模式生物以及常见生物的蛋白质互作信息。除了通过搜索查找蛋白质互作的信息，IntAct还提供了一些tools：Proviz和Validator，前者用于图形可视化，后者未使用过，所以不是很清楚。这两个软件以及数据库的资料都可以免费在ftp中进行下载。如上图就是IntAct的一个搜索结果界面。里面包括了参与反应的两个分子以及反应类型等信息，左上角也提供了各种格式的结果下载，可以进行批量下载。沈方舟InterProInterPro：http:/www.ebi.ac.uk/interpro/简介：InterPro是大型综合生物信息学数据库EMBLEBI 下属的一个数据库，该数据库的功能是蛋白质序列分析与分类，该数据库通过多种特征将蛋白质按家族分类并且预测域（domain）和功能性位点。InterPro 可以提供域、蛋白质家族及位点的相关信息。数据库使用：1. 网页搜索：如下图所示，直接搜索ID 可以得到ID 的相关信息，包括综述、相关蛋白质、域组织、通路与相互作用、物种、结构、文献和交叉引用。InterPro 支持搜索的ID 除了其自身数据库的ID，还可以用pfam（蛋白质域数据库）或GO（基因注释）的ID 进行搜索。除此之外，InterPro 还支持关键字搜索，如下图所示，搜索关键字的结果一般会有许多结果。从图中左侧可以看出InterPro 所包含的信息有四种，包括蛋白质家族、域、蛋白质重复和位点。另外右上的showmoredata 可以链接到EMBLEBI 以获取更多的相关信息。最后，作为作为蛋白质序列分析的数据库，InterPro 也支持直接分析蛋白质序列，下图是序列搜索结果的页面。2. 数据下载除了在网页上搜索外，要获得更多的数据可以登陆其FTP 进行下载。石逸飞Manet数据库Manet数据库的介绍Manet数据库很小，它的的特点是提供定性和定量的生物系统中分子相互作用的网络。而且，这个数据库对蛋白结构的进化非常感兴趣，事实上，这正是这个数据库一开始建立的目的，那就是查找某个代谢的酶的祖先和代谢本身的进化途径。而现在，这个网站和多个知名的生物代谢网络网站都有合作，比如KEGG和SCOP，对于文献中每一个蛋白或者酶，都提供KEGG的具体说明。目前它的引用文献只有九篇。其网址是www.manet.uiuc.edu。张少博CAZY数据库全称：Carbohydrate-Active enZYmes databases链接：http:/www.cazy.org/是一个专门用来收集，研究碳水化合物活性酶的基因组，结构生化信息的数据库。是一个专门领域研究的人比较常用的数据库。目前，有5个大的家族在数据库中。使用比较简单。对每一个大家族的信息很详细，而且分类做的很好。每一个大的家族下的一个小的家族为例，对这些分类也很做的很详细，分为了细菌，真菌，有结构的酶。而且每个酶都提供了基因，结构的链接（到，等数据库）这个数据库虽然只是专门针对一个大类的酶做的，但是，分类很详细，而且包含的信息也更多，而且对于研究同一家族的酶的研究者来说会很有帮助。杨佳蓓Protein lounge 这是一个涵盖了代谢途径，蛋白质，siRNA等的数据库。部分代谢途径数据还是对外开放的。这个数据库的特色在于他提供了相关的图片和视频，让用户更清晰地看到代谢途径的过程。图片如下：（可能详细信息需要注册）视频如下：（开放免费）视频的相关介绍以及其他链接。姚翔宇OMIM1.Database introduction which is not included in the class OMIM is the abbreviation of Online Mendelian Inheritance in Man http:/omim.org/e.g enter the disorder of human or illness of your interest such as alzheimer you get 338 hits around this topicchoose search result id #104300 as an example to illustrate what the database hasPhenotype Gene Relationships4p14-p13 is the location of the gene and phenotype is late-onset Alzheimer diseaseClinical SynopsisA number of sign is used with this entry because of evidence that familial Alzheimer disease-1 is caused by mutation in the gene encoding the amyloid precursor protein(APP,104760)on chromosome 21q.