二元Logistic回归分析导致公猪肢蹄病淘汰的影响因素.pdf

-136-遗传育种Genetics and Breeding 2023 年 第 59 卷 第 08 期二元 Logistic 回归分析导致公猪肢蹄病淘汰的影响因素吴英慧1，户玲玲1，卢金鑫1，彭 健1,2*（1.华中农业大学动物科技学院，动物营养与饲料科学系，湖北武汉 430070；2.生猪健康养殖协同中心，湖北武汉 430070）摘 要：本研究旨在分析公猪月龄、栏舍类型及早期跛行、蹄部损伤、骨密度、血清 Ca 和 P 含量等因素与公猪肢蹄病发生的关系，解析导致公猪肢蹄病淘汰的关键影响因素。实验收集 2021 年 11 月份 952 头杜洛克公猪的品系、血统、月龄、猪群类型、供种猪场、栏舍类型等基础信息，检测公猪跛行评分、蹄部损伤评分、骨密度、血清 Ca、血清 P 含量。追踪公猪后续一年内的淘汰情况，以 620 头未淘汰公猪和 147 头因肢蹄病淘汰公猪为分析对象，采用二元 Logistic 回归分析导致公猪肢蹄病淘汰的关键影响因素。结果发现，952 头杜洛克公猪在一年内有 332 头公猪被淘汰，其中，肢蹄病（147 头，44.28%）是导致公猪淘汰的最主要原因。单变量 Logistic 回归法初步筛选到供种猪场、品系、血统、年龄、跛行评分和蹄部损伤评分因素均与公猪肢蹄病淘汰有关。运用二元 Logistic 回归模型分析从上述多个因素中筛选到显著影响公猪肢蹄病淘汰的因素为月龄、跛行和蹄部损伤因素。其中，60 月龄以上公猪相较于 24 月龄及以下（OR：0.24；95%CI：0.060.92）、2536 月龄（OR：0.22；95%CI：0.060.85）和 3748 月龄（OR：0.05；95%CI：0.010.34）公猪发生肢蹄病淘汰的风险显著提高；早期评判为重度跛行和重度蹄部损伤的公猪相较于无跛行（OR：0.17；95%CI：0.070.42）、轻微蹄部损伤（OR：0.32；95%CI：0.140.70）和中度蹄部损伤（OR：0.35；95%CI：0.170.75）的公猪，在后期发生肢蹄病淘汰的风险显著提高。综上，月龄、跛行和蹄部损伤是导致公猪肢蹄病淘汰的关键影响因素，公猪生产中及时查验肢蹄健康情况并对症诊治，制定合理的饲养管理策略，对降低公猪肢蹄病淘汰率和提高其种用价值具有重要意义。关键词：公猪；肢蹄病淘汰；月龄；跛行；蹄部损伤中图分类号：S828.2 文献标识码：A DOI 编号：10.19556/j.0258-7033.20230620-05随着规模化养殖的快速发展，肢蹄疾病已成为人工授精站内猪群中常见的健康问题。生产中一般将存在脚痛无法站立、腿无力站立、跛行至无法行走或爬跨采精台、肢蹄肿大影响采精等问题的公猪归列为患肢蹄病公猪而进行淘汰。统计公猪淘汰原因发现，肢蹄病是导致公猪淘汰的最主要因素，占比高达 36.3%，严重缩短了公猪的种用年限，降低了其种用价值1。公猪肢蹄健康包括骨健康和蹄部健康 2 部分。研究指出，骨密度降低会导致与骨量减少相关的骨骼疾病，如骨质疏松症2；轻微蹄部损伤不影响猪只活动，但随着损伤程度的加重，易发展为跛行3。然而，骨密度降低和蹄部损伤是否为导致公猪肢蹄病淘汰的关键因素尚不明确。另外，月龄、血清钙（Calcium，Ca）含量、血清无机磷（Phosphorus，P）含量、栏舍类型等因素均可能通过影响骨健康和蹄部健康而导致公猪肢蹄病发生。研究发现，男性髋部骨密度随年龄增长而增加，但在 3040 岁左右达到最高峰后开始随年龄的增长呈下降趋势4-5；Ca 和 P 是骨骼生长发育过程中重要的矿物质元素，沉积于骨组织中构成骨骼的基本成分，以维持骨骼的强度和抗压力。Ca 或P 摄入不足会增加骨折和骨质疏松症的风险6-7；栏舍类型是影响猪只肢蹄健康的重要因素。定位栏全漏缝地板饲养模式下，猪只更易患肢蹄疾病8-9，且定位栏全收稿日期：2023-06-20；修回日期：2023-07-10资助项目：国家现代产业技术体系（CARS-36）;湖北省技术创新专项重大项目（No.2022BBA0056）作者简介：吴英慧（1993-），女，山东菏泽，博士，主要从事公猪的饲养管理和营养调控研究，E-mail：*通信作者：彭健（1964-），女，湖北恩施，教授，博士生导师，主要从事种猪生产管理和营养调控研究，E-mail：-137-2023 年 第 59 卷 第 08 期 Science and Technology科学技术 漏缝地板饲养的公猪种用年限较大栏实体地板饲养模式短1。因此，从错乱复杂的多种因素中明确影响公猪肢蹄病淘汰的关键因素，对于制定降低公猪肢蹄病发生的饲养策略具有重要意义。本研究拟分析公猪月龄、栏舍类型及早期跛行、蹄部损伤、骨密度、血清 Ca 和 P 含量等因素与公猪肢蹄病发生的关系，解析导致公猪肢蹄病淘汰的关键影响因素，以期及早发现公猪肢蹄问题进而诊治，降低肢蹄病淘汰公猪的比例，提高人工授精站的经济效益。1 材料与方法1.1 数据来源 本研究以我国南方地区人工授精公猪站2021 年 11 月份 952 头杜洛克公猪为研究对象，追踪猪群后续一年内的淘汰情况，2022 年 11 月份整理猪群信息。饲养期间，猪舍采用包括正压通风、自动给料和室内环境加热的自动化生产系统，室内环境温度保持在19.825.4，在自然光循环无法满足 12 h 照明的日光条件时提供额外的光线。杜洛克公猪的商业饲料限量为2.5 kg/d，自由饮水。收集并记录猪群 2021 年 11 月份至 2022 年 11 月份这一年的在站情况、淘汰原因及可能导致公猪因肢蹄病淘汰的因素。纳入考虑的可能因素包括公猪的月龄、供种猪场、品系（主要为美丹系、美系和华系，由公猪父母辈的国家来源命名）、血统（公猪能够追踪到的最早父系祖辈耳号）、猪群类型（主要为核心群、扩繁群和商品群，由公猪的育种指标、精液品质和体况评估等综合得分划分为不同等级）、栏舍类型（主要为平房限位栏和楼房大栏，由公猪栏位面积分类）等基础信息，以及 2021 年 11 月份度量的公猪早期跛行评分、蹄部损伤评分、骨密度、血清 Ca、血清 P 含量等可能影响肢蹄健康的指标数据。1.2 数据的测定与处理1.2.1 跛行 为了评估公猪的跛行程度，采用了从 0（完全不跛行）到 5（严重跛行）的评分系统10。根据公猪跛行评分结果，将评分为 0 的猪群归类为无跛行组，评分为12 分为轻微跛行组，评分为 35 分为严重跛行组11。1.2.2 蹄部损伤 为了检查蹄部病变，遵循先前报道的评估方法，在晚上公猪休息时进行公猪蹄部损伤评估12。在这项研究中，为了尽量减少变异性，所有的测量都是由同一个人进行的。观测的病变类型包括蹄跟过度生长或腐蚀、蹄跟-蹄底连接处撕裂、悬蹄损伤、白线分离、蹄壁纵向撕裂、脚趾过长、蹄壁横向撕裂和蹄部肿大 8项。公猪每个蹄部的每项病变的评分定为 03，从无病变到严重病变。计算每头公猪蹄部病变的评分总和，以总评分低于 8 分的猪群归类为轻微损伤组，总评分介于916 分的猪群为中度损伤组，总评分高于 16 分的猪群为重度损伤组。1.2.3 骨密度 应用超声波骨密度计（Sunlight Mini Omni，Israel）测量杜洛克公猪的脚骨骨密度，结果以声速（Speed of Sound，SOS）表示。根据世界卫生组织标准的分类建议13，根据骨密度结果将公猪划分为 3类。其中，SOS 高于平均值+1 倍标差的猪群为骨质强健组，SOS 介于平均值 1 倍标差内的猪群为骨质正常组，SOS 低于平均值-1 倍标差的猪群为骨质减少组。1.2.4 血清 Ca 及无机 P 采用电感耦合等离子体质谱法（Agilent 7900,Agilent Technologies,Tokyo）检 测 公猪血清中 Ca 含量14。采用商用试剂盒（南京建成生物工程研究所，C006-1-1，中国）测定血清无机 P 浓度。1.3 数据统计分析 为确定导致公猪因肢蹄病淘汰的潜在影响因素，建立了二元 Logistic 回归模型。模型的解释变量为品系、血统、月龄、猪群类型、供种猪场、栏舍类型、跛行评分、蹄部损伤评分、骨密度、血清 Ca、血清 P 含量。最高组被用作每个变量的参考类别。首先，检查变量的多重共线性，以及那些具有高相关性的变量（相关系数|r|0.7）被排除在外。然后，将所有潜在变量拟合到单变量 Logistic 回归模型中，并将所有P值小于 0.1 的变量纳入二元 Logistic 回归模型。所有分析程序均使用 SPSS 进行数据分析（IBM SPSS 19），P值小于 0.05 认为差异显著，P值小于 0.01 认为差异极显著。模型的公式如下：Logit（P）=0+aA+bB+cC+dD+eE+fF+gG+hH+iI+jJ+kK其中，0是截距。A、B、C、D、E、F、G、H、I、J、K分别代表品系、血统、月龄、猪群类型、供种猪场、栏舍类型、跛行评分、蹄部损伤评分、骨密度、血清 Ca、血清 P 含量。a（a 含 3 个虚拟变量），b（b含 20 个虚拟变量），c（c 含 5 个虚拟变量），d（d含 3 个虚拟变量），e（e 含 5 个虚拟变量），f（f 含2 个虚拟变量），g（g 含 3 个虚拟变量），h（h 含 3个虚拟变量），i（i 含 3 个虚拟变量），j（j 含 3 个虚拟变量），k（k 含 3 个虚拟变量），表示每个虚-138-遗传育种Genetics and Breeding 2023 年 第 59 卷 第 08 期拟变量的斜率。2 结 果2.1 人工授精站公猪淘汰现状 2021 年 11 月份随机选取人工授精站内的 952 头杜洛克公猪，追踪公猪后续一年内的淘汰情况。2022 年 11 月份整理猪群淘汰信息发现，952 头杜洛克公猪群中 332 头公猪已被淘汰，淘汰猪群占总猪群的 34.87%，而其余 620 头公猪仍在站。进一步分析已淘汰的 332 头公猪的淘汰原因发现，肢 蹄 病（147 头，44.28%）、精 液 品 质 差（56 头，16.87%）和高龄（45 头，13.55%）是导致公猪淘汰的主要原因，具体见表 1。2.2 单因素 Logistic 回归筛选公猪因肢蹄病淘汰的潜在因素 为了不遗漏潜在的影响变量，将单因素 Logistic回归分析筛选到的P值 0.10 的自变量因素纳入二元Logistic 回归模型。结果（表 2）表明，供种猪场、品系、血统、年龄、跛行评分和蹄部损伤评分因素均影响公猪肢蹄病淘汰。2.3 二元 Logistic 回归分析影响公猪肢蹄病淘汰的因素将供种猪场、品系、血统、年龄、跛行评分和蹄部损伤评分这些影响公猪肢蹄病淘汰的潜在因素全部纳入二元Logistic 回归共同考虑时，结果（表 3）发现，月龄、跛行评分和蹄部损伤评分是这些因素中显著影响公猪肢蹄病淘汰的因素（P0.05）。其中，24 月龄及以下（OR：0.24；95%CI：0.060.92）、2536 月龄（OR：0.22；95%CI：0.060.85）和 3748 月龄（OR：0.05；95%CI：0.010.34）公猪相较于 60 月龄以上公猪肢蹄病淘汰的风险显著降低；早期评判为无跛行（OR：0.17；95%CI：0.070.42）公猪相较于重度跛行公猪，在后期发生肢蹄病淘汰的风险显著降低；早期评判为轻微损伤（OR：0.32；95%CI：0.140.70）和中度损伤（OR：0.35；95%CI：0.170.75）的公猪相较于重度损伤公猪，在后期发生肢蹄病淘汰的风险显著降低。根据表 3 中自变量的估计系数，建立公猪肢蹄病淘汰的 Logistic 回归模型如下：Logit（P肢蹄病淘汰）=log（肢蹄病淘汰的 OR 值）=0.97-1.44 月龄（24 月）-表 2 单因素 Logistic 回归分析影响公猪肢蹄病淘汰的潜在因素表 1 332 头已淘汰公猪的淘汰原因及比例淘汰原因肢蹄病精液品质差高龄性欲差育种淘汰普通疾病生殖系统疾病体况异常应激其他所占比例,%44.2816.8713.556.335.124.823.922.412.110.60变量未淘汰 0（n=620）肢蹄病淘汰（n=147）P值OR（95%CI）品系1=美丹2（40.00%）3（60.00%）0.057.67（1.2746.49）2=美系86（68.25%）40（31.75%）0.012.38（1.553.66）3=华系（对照组）532（83.65%）104（16.35%）-血统1=1 号2（40.00%）3（60.00%）0.09*6.50（0.7357.83）2=2 号49（84.48%）9（15.52%）0.770.80（0.183.55）3=3 号85（85.00%）15（15.00%）0.930.93（0.204.31）4=4 号39（88.64%）5（11.36%）0.850.87（0.203.68）5=5 号66（81.48%）15（18.52%）0.990（0）6=6 号43（89.58%）5（10.42%）0.990（0）7=7 号58（80.56%）14（19.44%）0.541.53（0.405.80）8=8 号0（0%）2（100.00%）0.591.53（0.327.30）9=9 号13（81.25%）3（18.75%）0.47 2.17（0.2617.89）10=10 号38（84.44%）7（15.56%）0.620.54（0.056.14）11=11 号28（82.35%）6（17.65%）0.990（0）12=12 号45（83.33%）9（16.67%）0.760.80（0.193.37）13=13 号6（100.00%）0（0%）0.192.51（0.649.78）14=14 号5（100.00%）0（0%）0.700.77（0.193.01）15=15 号71（73.96%）25（26.04%）0.460.56（0.122.65）16=16 号17（73.91%）6（26.09%）0.980.99（0.253.90）17=17 号4（66.67%）2（33.33%）0.390.50（0.112.40）-139-2023 年 第 59 卷 第 08 期 Science and Technology科学技术 1.52 月龄（2536 月龄）-3.04 月龄（3748 月龄）-1.79 跛行评分（无跛行）-1.15 蹄部损伤评分（轻微损伤）-1.04 蹄部损伤评分（中度损伤）。基于该模型，计算了不同月龄的公猪在不同跛行评分和蹄部损伤评分时发生肢蹄病淘汰的预测概率。例如，24 月龄以下公猪早期无跛行，且蹄部仅为轻微损伤时，后期发生肢蹄病淘汰的预测概率为 Logit（P肢蹄病淘汰）=log（肢蹄病淘汰的 OR 值）=0.97-1.44 月龄（24 月）-1.79 跛行评分（无跛行）-1.15 蹄部损伤评分（轻微损伤）=-3.41。计算得到 OR 值为 exp（-3.41）=0.03，P肢蹄病淘汰=OR/（1+OR）=3.19%。由表 4 可知，公猪处于 3748 月龄，早期无跛行且仅为轻微蹄部损伤时，后期发生肢蹄病淘汰的概率仅为 0.66%，而 48 月龄以上的公猪，早期出现轻微或重度跛行，同时存在重度蹄部损伤时，后期发生肢蹄病淘汰的概率为 72.51%。这表明不同状态下，公猪发生肢蹄病淘汰的概率相差可达注：OR=优势比；CI=置信区间；单元格中，括号外为样本数，括号内为样本数占该群体的比例。续表 2 单因素 Logistic 回归分析影响公猪肢蹄病淘汰的潜在因素变量未淘汰 0（n=620）肢蹄病淘汰（n=147）P值OR（95%CI）血统18=18 号8（88.89%）1（11.11%）0.951.05（0.264.18）19=19 号3（100.00%）0（0%）0.990（0）20=20 号（对照组）38（63.33%）22（36.67%）-年龄1=24 月307（84.34%）57（15.66%）0.010.19（0.100.37）2=25-36 月232（84.67%）42（15.33%）0.010.19（0.100.37）3=37-48 月38（95.00%）2（5.00%）60 月（对照组）23（51.11%）22（48.89%）-猪群类型1=核心群291（82.91%）60（17.09%）0.010.38（0.250.59）2=扩繁群225（87.89%）31（12.11%）0.010.26（0.160.42）3=商品群（对照组）104（65.00%）56（35.00%）-供种猪场1=猪场 1161（88.46%）21（11.54%）0.010.13（0.070.24）2=猪场 22（50.00%）2（50.00%）0.991.00（0.147.43）3=猪场 3414（84.32%）77（15.68%）0.190.19（0.110.30）4=猪场 40（0%）4（100.00%）0.991.62109（0）5=猪场 5（对照组）43（50.00%）43（50.00%）-栏舍类型1=楼房大栏306（81.82%）68（18.18%）0.500.88（0.621.27）2=平房限位栏（对照组）314（79.90%）79（20.10%）-跛行评分1=无跛行534（85.44%）91（14.56%）0.010.18（0.090.35）2=轻微跛行66（64.08%）37（35.92%）0.170.59（0.281.24）3=严重跛行（对照组）20（51.28%）19（48.72%）-蹄部损伤评分1=轻微损伤402（86.08%）65（13.92%）0.010.16（0.090.27）2=中度损伤182（80.18%）45（19.82%）0.010.24（0.140.42）3=重度损伤（对照组）36（49.32%）37（50.68%）-骨密度1=骨质减少94（78.99%）25（21.01%）0.940.96（0.322.83）2=骨质正常508（81.28%）117（18.72%）0.720.83（0.302.28）3=骨质强健（对照组）18（78.26%）5（21.74%）-血清 Ca 含量1=110mg/L（对照组）141（83.43%）28（16.57%）-血清 P 含量1=90mg/L（对照组）54（80.60%）13（19.40%）-140-遗传育种Genetics and Breeding 2023 年 第 59 卷 第 08 期到 71.05%。分析不同月龄阶段公猪发生肢蹄病淘汰的预测概率发现，3748 月龄公猪发生肢蹄病淘汰概率最低，其次为 36 月龄及以下公猪，49 月龄及以上公猪最高（P0.01）。49 月龄及以上公猪发生肢蹄病淘汰的概率相较于 48 月龄前显著提高了 26.19%。在各个月龄阶段内，公猪早期出现轻微跛行或重度跛行后，后期发生肢蹄病淘汰的概率平均提高了 19.73%，其中 49 月龄及以上公猪早期出现轻微跛行或重度跛行后，公猪发生肢蹄病淘汰的概率提高了 36.67%；公猪早期出现中度蹄部损伤或重度蹄部损伤后，后期发生肢蹄病淘汰的概率平均提高 1.03%和 13.64%。对比月龄、跛行评分和蹄部损伤评分三因素对公猪肢蹄病淘汰的影响程度发现，月龄因素高于跛行评分因素，高于蹄部损伤评分因素。3 讨 论患肢蹄病公猪因无法站立或爬跨采精台导致丧失种用价值而被淘汰，严重降低了猪群的生产效率和经济效益。本研究统计 2021 年 11 月至 2022 年 11 月期间公猪淘汰原因发现，肢蹄病是导致公猪淘汰的最主要原因，占比高达 44.28%。这一结果与 2013 至 2016 年间我国华南地区 9 个公猪站 1 630 头淘汰公猪的统计信息一致1。表明降低肢蹄病发生已成为种猪生产中亟需解决的问题。栏舍地板类型、管理水平、营养水平、遗传等多种因素均可能诱发公猪肢蹄病，本研究运用 Logistic 回归模型分析从多个因素中准确筛选到显著影响公猪肢蹄病淘汰的因素为月龄、跛行和蹄部损伤因素。表 4 不同月龄公猪在不同跛行评分和蹄部损伤评分时发生肢蹄病淘汰的预测概率注：肩标不同大写字母表示不同月龄公猪发生肢蹄病淘汰的比例存在极显著差异（P0.01）。表 3 二元 Logistic 回归筛选影响公猪肢蹄病淘汰的因素（n=767）注：OR=优势比；2 CI=置信区间；3 对照=对照组。变量估计值标准差OR95%CIP值下限 95%上限 95%截距 0.971.092.63-0.38月龄1=24 月龄及以下-1.440.700.240.060.920.052=2536 月龄-1.520.700.220.060.850.053=3748 月龄-3.041.000.050.010.3460 月(对照)3-跛行评分1=无跛行-1.790.470.170.070.420.012=轻微跛行-0.810.500.450.171.18 0.103=重度跛行(对照)-蹄部损伤评分1=轻微损伤-1.150.410.320.140.700.012=中度损伤-1.040.380.350.170.7560 月龄无跛行轻微损伤12.2037.09A中度损伤13.49重度损伤30.56轻微跛行或重度跛行轻微损伤45.50中度损伤48.24重度损伤72.51-141-2023 年 第 59 卷 第 08 期 Science and Technology科学技术 不同月龄阶段公猪发生肢蹄病淘汰的概率存在显著差异，其中，3748 月龄公猪最低，而 49 月龄及以上公猪最高，这可能与不同月龄阶段公猪的骨骼发育变化有关。研究指出，正常发育过程中的骨形成和生理生长板闭合后的骨积累主要发生在猪的前 18 月龄15和人类的前 20 年16，此后骨密度趋于平稳。尽管本次研究中未发现在站期间公猪骨密度对后续一年内公猪肢蹄病淘汰的影响，但 49 月龄及以上公猪的体况接近于人类的中老年阶段，而人至中年后发生年龄相关的骨形成减少和骨密度降低17，导致骨折和骨质疏松症风险增加。团队前期研究显示，公猪骨密度与月龄呈凸二次曲线关系，47 月龄时公猪骨密度最高，这可能是 3748 月龄阶段公猪发生肢蹄病淘汰概率最低的原因之一。这些结果表明，制定合理的饲养管理措施和营养饲喂策略，减缓高龄公猪骨质流失，对于降低公猪肢蹄病淘汰率具有重要的作用。跛行与肢蹄病之间的关系密不可分，跛行公猪一般认为已患肢蹄病。然而，种猪生产中，跛行公猪在不影响采精时还会继续保持在群使用，由机械性损伤、细菌感染等导致的公猪跛行在经过及时治疗后好转18-19，使得早期跛行公猪能够持续使用发挥种用价值。但若对早期出现轻微跛行或重度跛行的公猪放任不顾，会使后期公猪发生肢蹄病淘汰的概率显著提高 19.73%。尤其是对 49 月龄及以上公猪来说，早期出现轻微跛行或重度跛行后，公猪发生肢蹄病淘汰的概率提高了 36.67%。因此，对出现跛行公猪进行早期快速诊断和及时治疗，有助于减轻公猪痛苦和肢蹄病淘汰率，降低人工授精站的经济损失，保护动物福利。规模化猪场内普遍存在猪蹄部损伤发生率的问题，体况异常、外伤性和病理性损伤、Ca 和 P 等营养素缺乏均易导致猪蹄部损伤的发生20。公猪早期出现中度蹄部损伤或重度蹄部损伤后，后期发生肢蹄病淘汰的概率平均提高 1.03%和 13.64%。这项结果提示，生产过程中公猪接触粗硬地板、围栏和爬跨台等设施，使公猪蹄部难免遭受外伤或病理性伤害，导致蹄部损伤的发生。但是在发展为重度蹄部损伤前及时诊治病情，能够有效降低公猪肢蹄病淘汰率。分析月龄、跛行和蹄部损伤三因素对公猪肢蹄病淘汰的影响程度发现，月龄因素高于跛行和蹄部损伤因素，这也在一定程度上说明了早期跛行和蹄部损伤的可恢复性。综合以上信息，本研究提出从公猪体型控制、及时查验肢蹄健康情况并对症诊治、制定合理的饲养管理制度等方面共同入手，综合防控公猪肢蹄病的发生，是降低公猪肢蹄病淘汰和提高其种用年限的有力手段。4 结 论月龄、跛行和蹄部损伤是显著影响公猪肢蹄病淘汰的因素。49 月龄及以上公猪发生肢蹄病淘汰的风险较低月龄公猪显著提高 26.19%，公猪早期出现中度蹄部损伤或重度蹄部损伤后，后期发生肢蹄病淘汰的概率平均提高 1.03%和 13.64%。参考文献：1 王超.影响公猪种用年限和精液品质的因素及青年公猪营养培育方案研究 D.武汉:华中农业大学,2017.2 Zhang H,Liu L,Ni J J,et al.Pleiotropic loci underlying bone mineral density and bone size identified by a Bivariate Genome-Wide Association AnalysisJ.Osteoporos Int,2020,31:1691-1701.3 Pluym L M,Van Nuffel A,Van Weyenberg S,et al.Prevalence of lameness and claw lesions during different stages in the reproductive cycle of sows and the impact on reproduction res-ultsJ.Animal,2013,7:1174-1181.4 Sritara CA,Thakkinstian B,Ongphiphadhanakul S,et al.Age-adjusted dual x-ray absorptiometry-derived trabecular bone score curve for the lumbar spine in thai females and malesJ.J Clin Densitom.2016,19(4):494-501.5 Tang H,Di W J,Qi H M,et al.Age-related changes in trabec-ular bone score and bone mineral density in Chinese Men:A cross-sectional and longitudinal studyJ.Clin Interv Aging,2022,17:429-437.6 Becker S L,Gould S A,Petry A L,et al.Adverse effects on growth performance and bone development in nursery pigs fed diets marginally deficient in phosphorus with increasing calcium to available phosphorus ratiosJ.J Anim Sci,2020,98(10):325.7 邢冠中.饲粮钙、磷缺乏对肉仔鸡骨骼钙、磷代谢利用和佝偻病发病率的影响 D.石家庄:河北科技师范学院,2019.8 Jrgensen B.Influence of floor type and stocking density on leg weakness,osteochondrosis and claw disorders in slaughter pigsJ.Anim Sci,2003,77:439-449.9 Kilbride A,Gillman C,Ossent P,et al.Impact of flooring on the health and welfare of pigsJ.Practice,2009,31:80793-80803.10 Main D C J,Clegg J,Spatz A,et al.Repeatability of a lameness scoring system for finishing pigsJ.Vet Rec,2000,147:574-576.11 Wang C,Li J L,Wei H K,et al.Effects of feeding regimen on weight gain,semen characteristics,libido,and lameness in 170-to 250-kilogram Duroc BoarsJ.J Anim Sci,2016,94:4666-4676.12 Wang C,Li J L,Wei H K,et al.Analysis of influencing factors-142-遗传育种Genetics and Breeding 2023 年 第 59 卷 第 08 期基于全基因组重测序对屯昌猪 SNP 和 InDel突变位点挖掘及分析王非凡，查宗林，李 捷，何颖志，谭 振*（海南大学动物科技学院，海南海口 570228）摘 要：屯昌猪作为中国最南端的本土海南猪品系之一，有着诸多优良特性。本研究利用全基因组重测序技术研究屯昌猪的遗传信息，挖掘和分析屯昌猪的 SNP 和 InDel。SNP 和 InDel 突变位点位于内含子和基因间区的数量最多，而在外显子区域的突变数量较少。本研究鉴定出 47 887 个非同义突变 SNP 和 6 171 个蛋白质编码区（CDS）InDel 位点；对非同义突变 SNP 进行注释富集分析获得 290 个 GO 术语和 128 条 KEGG 通路，通路主要富集在代谢途径、甘油磷脂代谢、甘油代谢、ECM 受体相互作用、钙信号通路等与机体发育密切相关的通路上；CDS 区的 InDel 进行注释富集分析获得 190 个 GO 术语和 46 条 KEGG 通路，通路主要富集在ECM 受体相互作用、小细胞肺癌癌症、癌症的途径、弓形虫病和钙信号通路等与机体免疫与疾病密切相关的通路上。本实验结果丰富了屯昌猪的遗传资源，为保护和开发屯昌猪提供了数据支持。关键词：屯昌猪；重测序；单核苷酸多态性；插入与缺失；信号通路中图分类号：S828.2 文献标识码：A DOI 编号：10.19556/j.0258-7033.20230530-07屯昌猪作为中国最南端的本土海南猪品系之一，有着肉质鲜美、繁殖能力强、抗逆性高和耐粗饲等特点1。2014 年作为海南地方猪主群体之一的屯昌猪被收录进国家级畜禽遗传资源保护名录。屯昌猪作为 1 个独特的群体，拥有丰富的遗传多样性资源，潜在价值极高。但目前对屯昌猪基因水平层面的研究相对较少，为了保护并开发屯昌猪的种质资源，应充分挖掘屯昌猪生物遗传信息，丰富屯昌猪的遗传资源信息库。全基因组上出现单个核苷酸突变造成 DNA 序列的改变被称为 SNP（Single Nucleotide Polymorphism），一般表现为转换（Transition）和颠换（Transversion）2。SNP 可以出现在基因组的任何位置，广泛分布于物种的基因当中3。插入/缺失突变（Insertion/Deletion，InDel）表现为基因组中 DNA 片段的插入或缺失引起的基因序列长度多态性4。按照表现形式 InDel 可分为 5 类：单碱基的插入/缺失；单碱基对扩增；多碱基对（215 bp）扩增；转座子插入；包含随机 DNA 片段的 InDel 插入/缺失5。目前基于全基因收稿日期：2023-05-30；修回日期：2023-06-27资助项目：海南省重点研发计划项目（ZDYF2020094）作者简介：王非凡（1996-），男，安徽亳州人，硕士，主要从事生物信息学分析研究，E-mail：*通讯作者：谭振（1985-），男，黑龙江佳木斯人，博士，讲师，主要从事动物遗传育种及畜禽肠道微生物研究，E-mail：of boar claw lesion and lamenessJ.Anim Sci J,2018,89:802-809.13 Kanis J A,Melton L J,Christiansen C,et al.The diagnosis of osteoporosisJ.J Bone Miner Res,1994,9(8):1137-1141.14 Wu Y H,Lai W,Liu Z H,et al.Serum and seminal plasma element concentrations in relation to semen quality in furoc boarsJ.Biol Trace Elem Res,2019,189(1):85-94.15 Reiland S.Pathology of so-called leg weakness in the pigJ.Acta Radiol Suppl,1978,358:23-44.16 Boros K,Freemont T.Physiology of ageing of the muscul-oskeletal systemJ.Best Pract Res Clin Rheumatol,2017,31(2):203-217.17 Pignolo R J,Law S F,Chandra A.Bone aging,cellular sen-escence,and osteoporosisJ.JBMR Plus,2021,5(4):e10488.18 陈银岳,占今舜.猪肢蹄病形成的环境因素及改善措施 J.猪业科学,2013,30(11):54-56.19 刘颖.猪肢蹄病发病原因及防治措施探讨J.中国动物保健.2018,20(2):23-24.20 昌捷,邢孔萍,卢秋咏.母猪肢蹄病的综合防控措施 J.猪业科学,2021,38(11):62-64.（责任编辑：赵 楠）