不同养殖密度虹鳟幼鱼生长和肌肉转录组比较分析.pdf

D O I:1 0.1 6 3 7 8/j.c n k i.1 0 0 3-1 1 1 1.2 1 2 3 4第4 2卷第5期2 0 2 3年9月水产科学F I S HE R I E S S C I E N C EV o l.4 2N o.5S e p.2 0 2 3不同养殖密度虹鳟幼鱼生长和肌肉转录组比较分析朱敏杰1,曾 起1,程 超1,肖 敏2,李爱平3,简少卿1,赵大显1(1.南昌大学 生命科学学院,江西省水产动物资源与利用重点实验室,江西 南昌3 3 0 0 3 1;2.井冈山农业科技园,江西 吉安3 4 3 0 0 0;3.井冈山市竹佬总冷水鱼养殖专业合作社,江西 吉安3 4 3 0 0 0)摘 要:为探明养殖密度对虹鳟幼鱼生长性能的影响,对高密度(6.9 9k g/m3)、中密度(4.6 6k g/m3)、低密度(2.3 3k g/m3)养殖条件下虹鳟生长和肌肉转录组进行比较分析。试验结果显示:养殖3 2d后,低密度组终末体质量等指标均高于中、高密度组;每个样品转录组有效数据均达5.9 9G b,比对效率9 1.6 7%9 2.7 7%,共发掘5 5 0 1个新基因,其中4 1 2 1个得到注释,1 3 8 0个未得到注释;低密度组与高密度组、低密度组与中密度组、中密度组与高密度组比较分别获得了2 7 6 0、6 5 4、2 3 1 6个差异表达基因,其生物学过程和细胞组分均富集在D NA整合、D NA介导的转位和褶皱,分子功能主要富集在细胞骨架的结构组成(低密度组与高密度组、中密度组与高密度组差异表达基因)和D NA结合、氧化还原酶活性作用于成对供体结合或重组(低密度组与中密度组差异表达基因),且分别有9 2 0、1 9 6、7 4 3个差异表达基因定位到相应的2 1 2、1 1 2、1 8 9个特定代谢途径;通过人工筛选获得了1 9条与生长和应激相关的基因序列。试验结果表明,养殖密度对虹鳟幼鱼生长及相关基因的表达产生显著影响。关键词:虹鳟;养殖密度;生长;转录组;比较分析中图分类号:S 9 1 7.4文献标识码:A文章编号:1 0 0 3-1 1 1 1(2 0 2 3)0 5-0 7 4 7-1 3收稿日期:2 0 2 1-1 1-1 1;修回日期:2 0 2 2-0 3-2 1.基金项目:国家重点研发计划“蓝色粮仓科技创新”专项(2 0 1 8 Y F D 0 9 0 1 7 0 4);江西省现代农业产业技术体系专项(J X A R S-0 3).作者简介:朱敏杰(1 9 9 7-),男,硕士研究生;研究方向:水产动物健康养殖与生物技术.E-m a i l:7 2 7 0 5 8 7 2 1q q.c o m.通信作者:赵大显(1 9 7 9-),男,教授;研究方向:水产动物健康养殖与生物技术.E-m a i l:z h a o d a x i a n n c u.e d u.c n.虹鳟(O n c o r h y n c h u sm y k i s s)属硬骨鱼纲鲑科太平洋鲑属,是我国重要的冷水性经济鱼类,2 0 2 0年国内鳟鱼产量达3.7 81 04t1。随着市场需求量增大和养殖产业发展,高密度集约化人工养殖迅速兴起,而这种养殖模式也导致养殖过程中疾病的发生,严重制约了该产业的健康发展。在集约化水产养殖中,养殖密度被认为是影响鱼类生长性能和养殖产量的重要因素之一2。随着养殖密度增大,鱼体生长率、存活率和食物利用率都有所下降3-5;养殖密度的增大,除降低养殖鱼体的生长性能外,还会引起鱼体氧化应激反应4、皮质醇水平变化6以及鱼体拥挤胁迫相关基因表达水平发生改变7等;而低放养密度由于空间利用效率低下,也可能导致更高的生产成本和利润率下降。因此,适宜的养殖密度对水产动物健康养殖至关重要。由于鱼类在生态和经济方面的重要性,利用功能基因组学通过基因调控来研究鱼类和非生物环境之间的相互作用关系越来越受到广泛关注8-1 2。随着转录组测序技术在水产研究领域的广泛应用,其也被针对性地用于探讨鱼体受养殖密度诱导的应激反应的调节机制1 3-1 4。近年来,基于二代高通量测序平台的R NA-s e q技术,可提供大量的序列和丰度信息,逐渐替代了微阵列技术,成为转录组分析更好的方法1 5。与传统的基因芯片技术相比,R NA-s e q技术在注释编码和非编码基因上有较大优势,它不需要知道目标物种的基因信息,就可以对多数生物体的转录水平进行分析。母尹楠1 6利用R N A-s e q技 术 研 究 了 感 染 嗜 水 气 单 胞 菌(A e r o m o n a s h y d r o p h i l a)的大黄鱼(L a r i m i c h t h y s c r o-c e a)转 录 组,分 析 得 到 了1 9 9 6个 差 异 表 达 基 因(D E G s),包括1 1 3 3个上调表达基因和8 6 3个下调表达基因,其中7 2 7个差异表达基因显著上调,4 8 9个差异表达基因显著下调,这些基因分布在T o l l-l i k e通路、J AK-S T AT通路、MA P K通路以及参与T细胞受体信号通路中;S c h u n t e r等1 7采用R NA-s e q技术研究德氏三鳍鳚(T r i p t e r y g i o nd e l a i s i)交配策略中雄性二态性的分子特征,结果发现,两种雄性表型间差异表达基因数目比雌雄表型间差异表达基因还多;R NA-s e q技术还被用于识别大西洋鲑(S a l m os a l a r)肌肉组织中的m i R NA,作为毒理学应激的潜在生物标志物1 8。因此,R NA-s e q技术在鱼类差异表达基因的筛选和候选基因的发掘上发挥重要功能。笔者以3种养殖密度条件下的虹鳟幼鱼为试验对象,通过比 较分析其生 长 指 标 变 化,并 采 用R NA-s e q高通量测序技术进行测序和分析,筛选获得养殖密度和生长应激响应之间的关联基因信息,为进一步开展虹鳟健康养殖和基因组学研究提供参考数据,也为进一步深入挖掘和开发利用虹鳟功能基因提供科学依据。1 材料与方法1.1 试验设计养殖试验在井冈山市竹佬总冷水鱼养殖专业合作社进行,所有的虹鳟均由同一批受精卵孵化而来,采用室内流水养殖模式进行试验。试验用鱼均来自同一个养殖池(记为来源池),经人工捕捞、筛选出规格一致的虹鳟幼鱼,放养在规格一致、底面积为1 m2的9个养殖网箱中。试验水温1 72 1,p H6.57.5,出水口水流速度为1k g/s,池内水深0.4m。试验用虹鳟幼鱼初始平均体质量(4.6 60.2 6)g,初始平均体长(5.9 80.1 6)c m。试验设置3个养殖密度:6.9 9、4.6 6、2.3 3k g/m3,比例为321。按养殖密度设为低密度组、中密度组、高密度组,每组设置3个平行。低密度组每池放养2 0 0尾,中密度组每池放养4 0 0尾,高密度组每池放养6 0 0尾。试验鱼体健康,规格基本一致。试验自2 0 1 9年8月6日开始,每隔8d从每个网箱中取3 0尾幼鱼进行体长和体质量的测量,养殖3 2d后从每个网箱中取3尾虹鳟幼鱼肌肉组织混样作为1个样品,3个密度组每组3个平行,共9个样本进行转录组测序。1.2 R NA提取各组样品使用T R I z o l试剂(I n v i t r o g e n)并按照 说 明 书 操 作 提 取 总R NA,使 用D N a s e I(T a K a R a)去除基因组D NA,使用N a n o d r o pN D-2 0 0 0分光光度计(美国赛默飞)、A g l i e n t2 1 0 0分析仪器对总R NA的纯度、浓度和完整性进行检测。R I N值7的R NA用于下游试验。1.3 mR NA-s e q文库构建和I l l u m i n a测序使用N E B N e x tU l t r a TM R NA L i b r a r yP r e pK i t(N E B,美国)试剂盒生成测序文库。利用带有O l i g o(d T)磁珠纯化mR NA,随机六聚体引物和M-M u L V逆转录酶合成第一链c D NA,D NA聚合酶I和R N a s eH合成第二链c D NA,AMP u r eX P系统(美国贝克曼库尔特有限公司)对文库片段进行纯化;然后使用U S E R酶(N E B,美国)与大小合适的接头 连 接c D NA,3 7 孵 育1 5 m i n,9 5 孵 育5m i n后进行P C R扩增并对产物进行纯化,利用A g i l e n tB i o a n a l y z e r2 1 0 0系统对文库质量进行评价,合 格 后 使 用I l l u m i n a-H i S e q4 0 0 0平 台 进 行测序。1.4 数据处理与分析1.4.1 生长数据处理与分析以每隔8d取样称量获得的体长、体质量作为生长指标,按下式计算生长性能指标。wWG R=(m2-m1)/m11 0 0%RS G=(l nm2-l nm1)/t1 0 0%C F=1 0 0m/L3式中,wWG R为质量增加率(%),RS G为特定生长率(%/d),C F为肥满度,m1为初始体质量(g),m2为终末体质量(g),t为养殖时间(d),m为体质量(g),L为体长(c m)。试验 数 据 均 以 平 均 值标 准 误 表 示,采 用E x c e l和S P S S2 1.0软件进行单因素方差分析。1.4.2 测序数据产出和质量控制基于高通量测序平台I l l u m i n a H i s e q4 0 0 0对c D NA文库进行测序,通过P e r l脚本对产出的原始数据进行处理,同时计算处理后的有效数据、Q 2 0、Q 3 0、G C含量和序列重复水平。1.4.3 转录组数据和参考基因组序列比对利用H i s a t 2软 件(h t t p:/c c b.j h u.e d u/s o f t-w a r e/h i s a t 2/i n d e x.s h t m l,参数:-p2 4-d t a-x-1-2-S)对参考基因组进行比对,再利用S t r i n g T i e软件(h t-t p:/c c b.j h u.e d u/s o f t w a r e/s t r i n g t i e/,参数:-p2 4-G-o-l)进行组装和定量。1.4.4 新基因的挖掘基于参考基因组序列,将拼接好的序列与原有的基因组注释信息比对,寻找原来未被注释的转录区,发掘该物种性的转录本和新基因,补充和完善基因 组 注 释 信 息。使 用B L A S T软 件(h t t p:/b l a s t.n c b i.n l m.n i h.g o v/B l a s t.c g i,参数:-q u e r y-d b-o u t-o u t f m t 6-m a x-t a r g e t-s e q s1)将新基因与数据库比对进行注释。1.4.5 基因功能的注释基因 功 能 的 注 释 基 于N r、N t、P f a m、KOG/C OG、S w i s sP r o t、K E G G、GO数据库。847水 产 科 学第4 2卷1.4.6 差异表达分析采用D E S e q 2软 件(h t t p:/w w w.b i o c o n d u c t o r.o r g/p a c k a g e s/r e l e a s e/b i o c/h t m l/D E S e q.h t m l)分析样品组间的差异表达。将差异倍数 1.5且P0.0 5)(表1)。表1 不同养殖密度中虹鳟幼鱼生长参数统计 T a b.1 S t a t i s t i c s o ng r o w t hp a r a m e t e r s o f j u v e n i l e r a i n b o wt r o u tO.m y k i s sa td i f f e r e n t c u l t u r ed e n s i t i e s组别G r o u p初始体质量/gI n i t i a l b o d yw e i g h t终末体质量/gF i n a lb o d yw e i g h t质量增长率/%B o d ym a s sg r o w t hr a t e特定生长率/%S p e c i f i cg r o w t hr a t e肥满度C o n d i t i o nf a c t o r低密度组L o wd e n s i t yg r o u p4.6 60.2 61 3.4 41.0 91 8 8.4 82 3.9 03.3 00.2 52.2 30.0 9中密度组M e d-d e n s i t yg r o u p4.6 60.2 61 2.1 00.3 21 5 9.6 56.8 32.9 80.0 82.1 20.0 7高密度组H i g hd e n s i t yg r o u p4.6 60.2 61 1.8 20.9 21 5 3.6 41 9.8 32.9 00.2 42.1 70.0 92.2 测序结果的产出及质控本试验完成3个密度组(低密度组、中密度组、高密度组),每个密度组3个平行,共9个样本的转录组测序,共得到数据6 7.4 1G b,各样品的数据均达到5.9 9G b以上。Q 2 0和Q 3 0碱基百分比分别在9 8.0 7%和9 4.7 2%以上,各密度组G C碱基占总碱基平均百分比为:低密度组5 1.0 7%、中密度组5 1.3 3%、高密度组5 1.0 8%。有效数据总数(取各密度组3个平行组的有效数据平均值)为低密度组2.6 9 41 07、中密度组2.4 7 81 07、高密度组2.3 2 71 07(表2)。表2 测序数据统计 T a b.2 S t a t i s t i c s o f s e q u e n c i n gd a t a样品编号S a m p l en u m b e r片段数N u m b e ro f f r a g m e n t碱基数B a s en u m b e rG C含量/%G Cc o n t e n tQ 2 0/%Q 3 0/%L D 0 12 72 2 00 5 181 5 51 5 68 7 45 0.9 09 8.4 29 5.6 1L D 0 22 34 4 38 4 570 2 54 2 03 7 45 0.8 79 8.3 89 5.4 4L D 0 33 01 5 36 8 190 3 33 4 59 8 25 1.4 49 8.2 39 5.2 9MD 0 12 17 8 05 8 265 2 37 6 19 5 05 1.2 79 8.4 39 5.6 2MD 0 23 00 4 74 5 590 0 50 5 62 4 65 1.1 79 8.2 99 5.3 4MD 0 32 25 0 82 5 767 4 54 5 64 5 85 1.5 59 8.4 29 5.6 0HD 0 12 48 6 79 2 574 5 00 3 97 0 25 1.0 99 8.3 39 5.4 4HD 0 21 99 8 93 3 659 9 03 4 69 1 85 1.3 49 8.1 79 5.1 1HD 0 32 49 5 20 9 174 7 83 9 70 4 05 0.8 19 8.0 79 4.7 2注:L D.低密度组;MD.中密度组;HD.高密度组.下同.N o t e:L D.l o wd e n s i t yg r o u p;MD.m e d-d e n s i t yg r o u p;HD.h i g hd e n s i t yg r o u p;e t s e q u e n t i a.947第5期朱敏杰等:不同养殖密度虹鳟幼鱼生长和肌肉转录组比较分析2.3 转录组数据与参考基因组比对将本试验转录组获得的有效数据与虹鳟参考基因组进行比对发现,各样品的序列与参考基因组的比对效率为9 1.6 7%9 2.7 7%,比对效果大于7 0%。另外,单次匹配的比对率为7 9.2 6%8 0.0 6%,多次匹配的比对率为1 1.8 2%1 3.3 7%(表3)。表3 样品测序数据与虹鳟参考基因组的序列比对结果统计 T a b.3 S t a t i s t i c s r e s u l t s o f s e q u e n c ea l i g n m e n tb e t w e e ns a m p l e s e q u e n c i n gd a t aa n dr a i n b o wt r o u t(O.m y k i s s)r e f e r e n c eg e n o m e样品编号S a m p l en u m b e r数据总量T o t a l d a t a匹配量(率)M a t c h i n gq u a n t i t y(r a t i o)单次匹配量(率)S i n g l em a t c h i n gq u a n t i t y(r a t i o)多次匹配量(率)M u l t i p l em a t c h i n gq u a n t i t y(r a t i o)L D 0 15 44 4 01 0 25 01 2 33 9 8(9 2.0 7%)4 32 1 87 7 6(7 9.3 9%)69 0 46 2 2(1 2.6 8%)L D 0 24 68 8 76 9 04 31 0 97 0 9(9 1.9 4%)3 71 6 17 5 5(7 9.2 6%)59 4 79 5 4(1 2.6 9%)L D 0 36 03 0 73 6 25 54 2 06 6 3(9 1.9 0%)4 78 1 14 4 6(7 9.2 8%)76 0 92 1 7(1 2.6 2%)MD 0 14 35 6 11 6 44 01 5 85 6 9(9 2.1 9%)3 45 8 87 2 1(7 9.4 0%)55 6 98 4 8(1 2.7 9%)MD 0 26 00 9 49 1 05 52 4 75 4 4(9 1.9 3%)4 77 0 01 3 6(7 9.3 7%)75 4 74 0 8(1 2.5 6%)MD 0 34 50 1 65 1 44 17 6 19 6 9(9 2.7 7%)3 57 4 13 4 7(7 9.4 0%)60 2 06 2 2(1 3.3 7%)HD 0 14 97 3 58 5 04 56 9 91 8 4(9 1.8 8%)3 98 2 08 7 3(8 0.0 6%)58 7 83 1 1(1 1.8 2%)HD 0 23 99 7 86 7 23 66 8 25 6 7(9 1.7 6%)3 18 4 67 8 9(7 9.6 6%)48 3 57 7 8(1 2.1 0%)HD 0 34 99 0 41 8 24 57 4 78 7 2(9 1.6 7%)3 97 1 16 6 3(7 9.5 8%)60 3 62 0 9(1 2.1 0%)2.4 新基因的分析基于虹鳟基因组序列作为参考基因组,使用S t r i n g T i e软件对M a p p e dR e a d s进行拼接,并与原有的基因组注释信息进行比较,寻找原来未被注释的转录区,发掘虹鳟的新转录本和新基因,从而补充和完善原有的基因组注释信息。过滤掉编码的肽链过短(少于5 0个氨基酸残基)或只包含单个外显子的序列,共发掘5 5 0 1个新基因,其中4 1 2 1个基因得到注释,1 3 8 0个基因未得到注释(表4)。表4 新基因功能注释结果统计 T a b.4 S t a t i s t i c s o fn e wg e n ea n n o t a t i o nr e s u l t s数据库D a t a b a s eC O GGOK E G GKO GP f a mS w i s s-P r o te g g NO GN r总计T o t a l新基因数目N e wg e n en u m b e r3 6 32 3 7 31 5 8 41 5 4 21 5 0 21 2 3 42 9 8 84 0 7 54 1 2 12.5 差异表达分析使用D E S e q 2软件对虹鳟养殖高、中、低密度组转录组两两比较进行差异表达分析(F D R0.0 5),但从转录组分析结果可以发现,一些与生长和应激相关基因表达模式在不同养殖组之间发生了显著性变化,同时经过初步分析还发现,高密度养殖条件下虹鳟幼鱼抗氧化酶活性与低、中密度组之间存在显著差异(数据未列出),因此,综合分析可以推测,随着养殖时间的延长,高密度养殖条件下虹鳟幼鱼的生长受到负面影响。3.2 不同养殖密度条件下虹鳟幼鱼转录组比较分析为进一步阐明养殖密度对虹鳟幼鱼生长性能影响的分子机制,笔者通过R NA-s e q技术对3个不同养殖密度虹鳟幼鱼肌肉组织进行了高通量转录组测序,对数据进行过滤和质控后,通过组装、拼接和转录本功能注释,得到6 7.4 1G b的转录组有效数据信息,与其他淡水鱼类如江鳕(L o t al o t a)2 6、黄尾鲴(X e n o c y p r i sd a v i d i)2 7、达氏鳇2 8、花斑裸鲤(G y m n o c y p r i s e c k l o n i)2 9、乌鳢(C h a n n aa r g u s)和斑鳢(C.m a c u l a t u s)3 0一样都处于较高水平。这些数据的积累为今后开展虹鳟基因组学、免疫学以及健康养殖提供了参考资料。从转录组质量来看,大部分碱基质量打分能达到或超过Q 3 0。通常Q 3 0值在8 0%以上则可认为测序质量非常可靠,本试验9个样品中Q 3 0值最低为9 4.7 2%,最高为9 5.6 2%,均大于9 0%,表明笔者利用R NA-s e q技术构建的转录组数据库准确可靠,可用于后续虹鳟基因克隆及功能研究。通过过滤掉编码的肽链过短(少于5 0个氨基酸残基)或只包含单个外显子的序列,笔者共发掘了5 5 0 1个新基因,其中4 1 2 1个基因得到注释,1 3 8 0个基因未得到注释。这些基因的发现进一步补充和完善了虹鳟原有的基因组数据,对这些新基因的深入研究将有助于阐明养殖密度与虹鳟幼鱼响应的分子机制。3.3 生长与应激相关基因在虹鳟幼鱼生长中的功能对转录组进行GO和K E G G分析,并结合相关文献报道,人工筛选获得 了1 9条与 生长和应激相关的基因序列,其中:肌肉生长抑制素和肌肉生长抑制素B在鱼类早期发育、肌肉生长和免疫系统中发 挥 重 要 作 用3 1-3 3;无 翅 型MMT V整 合 位点家族成员2 B A调控鱼类卵巢分化和发育3 4;草鱼(C t e n o p h a r y n g o d o ni d e l l a)进食高淀粉饲料后,丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶p p 1-催化亚基可以使过量的碳水化合物转换为糖原3 5;胰岛素受体2广泛分布于各个组织,在生长发育过程中有重要作用3 6;肌肉骨骼-胚胎核蛋白1 b是一种小型的核蛋白,参与了肌肉和骨骼的发育和再生3 7;骨形态发生蛋白2和骨形态发生蛋白5参与了几个重要的胚胎过程和成脂前体细胞的诱导分化3 8,骨形态发生蛋白5在1龄的团头鲂的肌间骨中广泛高表达3 9;转化生长因子-2前蛋白可作为间充质祖细胞和巨噬细胞(如破骨巨噬细胞4 0破骨细胞4 1、软骨细胞4 2)的形态发生诱导因子4 3;颗粒蛋白前体具有营养和抗炎活性4 4;整合素a l p h a-V影响着身体和内脏的左右不对称4 5;组织蛋白酶B参与了细菌感染和接种过程中的宿主免疫应答4 6;热休克蛋白6 0可以在先天免疫系统细胞中引发强效的促炎反应,被认为是细胞受到压力或受损的危险信号4 7;转换B细胞复合物亚基7 0作为外周肌动蛋白笼与吞噬体连接支架有着关键作用4 8。这些基因在不同养殖密度条件表达模式发现显著变化,说明它们在虹鳟幼鱼应对不同的养殖密度中发挥重要功能。这些基因的发现为进一步深入研究养殖密度对虹鳟生长性能影响的分子机制提供了基础数据,也为确定生产上适宜的养殖密度提供了参考指标。4 结 论本试验结果显示,随着养殖密度的增加,虹鳟幼鱼质量增加率等生长指标呈现降低的趋势。通过R NA-s e q技术共获得了3个养殖密度条件下虹鳟幼鱼肌肉组织6 7.4 1G b转录组有效数据,通过序列比对共发掘5 5 0 1个新基因,其中4 1 2 1个基因得到注释,1 3 8 0个基因未得到注释。差异表达基因分析发现:低密度组与高密度组以及中密度组与高密度组的差异表达 基因都主要 富集在D NA整合、D NA介导的转位(生物学过程)、褶皱(细胞组分)和细胞骨架的结构组成(分子功能),低密度组与高密度组进行比较,9 2 0个差异表达基因定位到2 1 2个特定的K E G G代谢途径,中密度组与高密度组进行对比,7 4 3个差异表达基因定位到1 8 9个特定代谢途径;低密度组与中密度组的差异表达基因主要657水 产 科 学第4 2卷富集在D NA整合、D NA介导的转位(生物学过程),褶皱(细胞组分)和D NA结合、氧化还原酶活性作用于成对供体结合或重组(分子功能)过程,1 9 6个差异表达基因定位到1 1 2个特定的K E G G代谢途径。筛选获得了1 9条与生长和应激相关的基因序列。此试验结果可为开展鲑科鱼类组学研究提供了基因资源库,也可为今后虹鳟功能基因的挖掘和健康养殖发提供理论依据。参考文献:1 农业农村部渔业渔政管理局、全国水产技术推广总站、中国水产学会.2 0 2 1中国渔业统计年鉴M.北京:中国农业出版社,2 0 2 1:2 4-2 5.2R E B LA,V E R L E I H M,K B I SJM,e ta l.T r a n s c r i p-t o m ep r o f i l i n go fg i l lt i s s u ei nr e g i o n a l l y b r e da n dg l o b a l l yf a r m e dr a i n b o wt r o u ts t r a i n sr e v e a l sd i f f e r e n ts t r a t e g i e s f o r c o p i n gw i t h t h e r m a l s t r e s sJ.M a r i n eB i-o t e c h n o l o g y,2 0 1 3,1 5(4):4 4 5-4 6 0.3A R A G OC,C O S TA SB,VA R G A S-CHA C O F FL,e ta l.C h a n g e s i np l a s m aa m i n oa c i dl e v e l s i nae u r y h a l i n ef i s he x p o s e dt od i f f e r e n te n v i r o n m e n t a ls a l i n i t i e sJ.Am i n oA c i d s,2 0 1 0,3 8(1):3 1 1-3 1 7.4J I AN GGZ,L I U WB,L IGF,e t a l.E f f e c t so f d i f f e r e n td i e t a r yg l y c y r r h e t i n i ca c i d(GA)l e v e l so ng r o w t h,b o d yc o m p o s i t i o na n dp l a s m ab i o c h e m i c a l i n d e xo f j u-v e n i l ec h a n n e lc a t f i s h,I c t a l u r u sp u n c t a t u sJ.A q u a-c u l t u r e,2 0 1 2,3 3 8/3 3 9/3 4 0/3 4 1:1 6 7-1 7 1.5T ANEK,WONGWA R ANG KANAC,K I NO S H I T AS,e ta l.G l o b a lg e n ee x p r e s s i o na n a l y s i so fg i l l t i s s u e sf r o mn o r m a l a n dt h e r m a l l ys e l e c t e ds t r a i n so f r a i n b o wt r o u tJ.F i s h e r i e sS c i e n c e,2 0 1 2,7 8(5):1 0 4 1-1 0 4 9.6HA S E N B E I N M,F ANGU E N A,G E I S TJP,e ta l.P h y s i o l o g i c a l s t r e s sb i o m a r k e r s r e v e a l s t o c k i n gd e n s i t ye f f e c t si nl a t el a r v a ld e l t as m e l t(H y p o m e s u st r a n s-p a c i f i c u s)J.A q u a c u l t u r e,2 0 1 6,4 5 0:1 0 8-1 1 5.7C A I P A N GCM A,B R I N C HMA N N MF,B E R GI,e t a l.C h a n g e s i ns e l e c t e ds t r e s sa n di mm u n e-r e l a t e dg e n e si nA t l a n t i c c o d,G a d u sm o r h u a,f o l l o w i n go v e r c r o w d i n gJ.A q u a c u l t u r eR e s e a r c h,2 0 0 8,3 9(1 4):1 5 3 3-1 5 4 0.8V E S T E R L UN DL,J I AO H,UNN E B E R GP,e t a l.T h ez e b r a f i s ht r a n s c r i p t o m ed u r i n ge a r l yd e v e l o p m e n tJ.BMCD e v e l o p m e n t a lB i o l o g y,2 0 1 1,1 1:3 0.9S UN FY,P E A TMAN E,L IC,e ta l.T r a n s c r i p t o m i cs i g n a t u r e so fa t t a c h m e n t,N F-Bs u p p r e s s i o na n dI F Ns t i m u l a t i o n i n t h e c a t f i s hg i l l f o l l o w i n gc o l u m n a r i sb a c-t e r i a l i n f e c t i o nJ.D e v e l o p m e n t a l&C o m p a r a t i v eI m-m u n o l o g y,2 0 1 2,3 8(1):1 6 9-1 8 0.1 0L I USX,GAOGT,P A L T IY,e t a l.R NA-s e qa n a l y s i so f e a r l yh e p a t i cr e s p o n s et oh a n d l i n ga n dc o n f i n e m e n ts t r e s si n r a i n b o w t r o u tJ.P L o S O n e,2 0 1 4,9(2):e 8 8 4 9 2.1 1YU E M,X I EJ,WAN G GJ,e ta l.G e n ee x p r e s s i o np r o f i l i n go fg r a s sc a r p(C t e n o p h a r y n g o d o ni d e l l u s)a n dc r i s pg r a s sc a r pJ.I n t e r n a t i o n a lJ o u r n a lo fG e-n o m i c s,2 0 1 4,2 0 1 4:6 3 9 6 8 7.1 2HELB,P E IYY,J I ANGY,e t a l.G l o b a l g e n ee x p r e s-s i o np a t t e r n so fg r a s sc a r pf o l l o w i n gc o m p e n s a t o r yg r o w t hJ.BMCG e n o m i c s,2 0 1 5,1 6(1):1 8 4.1 3Q I A NX,B AY,Z HU A N GQF,e t a l.R N A-S e q t e c h n o l o g ya n d i t sa p p l i c a t i o n i nf i s ht r a n s c r i p t o m i c sJ.Om i c s:aJ o u r n a l o f I n t e g r a t i v eB i o l o g y,2 0 1 4,1 8(2):9 8-1 1 0.1 4MA R T I NSA M,K R LE.N u t r i g e n o m i c sa n di mm u n ef u n c t i o n i n f i s h:n e wi n s i g h t s f r o mo m i c s t e c h n o l o g i e sJ.D e v e l o p m e n t a l&C o m p a r a t i v eI mm u n o l o g y,2 0 1 7,7 5:8 6-9 8.1 5D E W I TP,P E S P E N IM H,L A D N E RJT,e ta l.T h es i m p l e f o o lsg u i d et op o p u l a t i o ng e n o m i c sv i aR NA-S e q:a ni n t r o d u c t i o nt o h i g h-t h r o u g h p u ts e q u e n c i n gd a t aa n a l y s i sJ.M o l e c u l a rE c o l o g yR e s o u r c e s,2 0 1 2,1 2(6):1 0 5 8-1 0 6 7.1 6母尹楠.大黄鱼脾脏转录组和表达谱分析以及过氧化物酶4结构与功能研究D.厦门:国家海洋局第三海洋研究所,2 0 1 1.1 7S CHUN T E RC,VO L LME RSV,MA C P HE R S ONE,e t a l.T r a n s c r i p t o m ea n a l y s e sa n dd i f f e r e n t i a lg e n ee x-p r e s s i o ni nan o n-m o d e lf i s hs p e c i e sw i t ha l