mNGS在鹦鹉热衣原体肺炎中的应用价值.pdf

：临床检验技术研究 在鹦鹉热衣原体肺炎中的应用价值马晶，杨舒婷，杨敏，黄国虹，王昌敏（新疆维吾尔自治区人民医院临床检验中心，乌鲁木齐）摘要：目的 检测并分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床病理参数及实验室检查结果。方法 收集 年 月至 年 月经宏基因组二代测序技术（）诊断为鹦鹉热衣原体肺炎患者 例，对其临床病理参数及实验室检查结果进行回顾性分析及总结。结果 例鹦鹉热衣原体肺炎患者临床主要表现为发热，白细胞计数正常或升高，中性粒细胞百分比、反应蛋白、纤维蛋白原、二聚体、乳酸脱氢酶、型钠尿肽等升高，淋巴细胞百分比及清蛋白降低。结论 检测为鹦鹉热衣原体肺炎的诊断及防治缩短了诊疗时间，可使患者得到及时、精准治疗。关键词：鹦鹉热衣原体；宏基因组二代测序；肺炎；临床病理参数中图分类号：文献标志码：，（，）：（），：；鹦鹉热衣原体（，）是人兽共患病病原体，其感染的肺炎约占社区获得性肺炎的。鹦鹉热衣原体肺炎发病率低，临床症状特异性低。常规检测方法包括血清学及分子生物学检验等，上述检测方法周期长、阳性率低，易受抗生素治疗的干扰，不能满足临床快速、准确诊断的需求，导致临床对鹦鹉热衣原体肺炎诊断困难，常被漏诊或误诊。由于宏基因组二代测序技术（，）具有无偏倚、广覆盖的优势，目前已广泛应用于临床，提高了鹦鹉热衣原体的检出率，从而使临床医师能够对其进行及时有效的针对性治疗。本文回顾性总结了 例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料，分析其临床病理参数及实验室检查指标，以期为诊断及治疗鹦鹉热衣原体肺炎提供参考。材料和方法 研究对象对 年 月至 年 月由新疆维吾尔自治区人民医院收治的且经 检测为鹦鹉热衣原体肺炎患者 例进行回顾性分析，男 例，女 例，年龄 岁。对其一般资料、基础疾病及临床病理参数进行汇总。纳入标准：（）患者临床资料完整。（）患者均经 检出鹦鹉热衣原体。排除标准：（）合并其他系统感染者。（）合并其他恶性肿瘤者。主要仪器及试剂 全自动细胞分析 仪（深 圳 迈 瑞 生 物 医 疗 电 子 公 司），全自动血凝分析仪（北京沃芬医疗器械商贸公司），全自动生化分析仪（美国 公司），电化学发光分析仪（德国 公司），测序仪（深圳华大智造科技公司），梯度 仪（美国 公司），浓度测定仪、试剂盒、临床检验杂志 年 月第 卷第 期 ，基金项目：新疆维吾尔自治区人民医院院内项目（）。作者简介：马晶，年生，女，技师，硕士研究生，主要从事感染病原学与分子诊断研究工作。通信作者：王昌敏，主任技师，硕士，：。试剂盒（美国赛默飞公司），病原破壁试剂盒（溶壁酶）、核酸提取或纯化试剂、基因组 片段化试剂盒、测序反应通用试剂盒（武汉华大智造科技公司）。标本采集患者在抗菌药物使用前，空腹采集静脉全血标本，抗凝，内、离心 ，收集 血浆。肺泡灌洗液或气管抽吸物按照无菌操作要求留取 。标本置于 保存。血液学指标检测 采用 全自动细胞分析仪检测血常规各项参数，全自动血凝分析仪检测凝血指标，全自动生化分析仪和 电化学发光分析仪检测生化指标。血液学各指标参考区间：白细胞计数：（），电阻抗法；中性粒细胞百分比（：，电阻抗法）；淋巴细胞百分比（：，电阻抗法）；反应蛋白（：，免疫比浊法）；纤维蛋白原（：，凝固法）；二聚体（：，免疫比浊法）；丙氨酸氨基转移酶（：，速率法）；天冬氨酸氨基转移酶（：，速率法）；肌酸激酶（：，速率法）；乳酸脱氢酶（：，速率法）；肌钙蛋白（：，电化学发光法）；型钠尿肽（：，化学发光法）；清蛋白（：，比色法）。检测取患者的肺泡灌洗液或气管抽吸物 ，加入 溶壁酶温浴（、），加入玻璃珠进行物理破壁，混合震荡后取 进行 提取，阴、阳性质控品处理同实验标本。提取后的 使用 浓度测定仪测定浓度，取 浓度检测合格的核酸标本进行酶切片段化、构建文库（末端修复、接头连接及 扩增）。按照 试剂盒说明书进行文库浓度的质控，根据检测后的浓度将构建好的文库按照等质量进行，将 混合后的文库经环化形成单链环形结构，再经滚环复制（）生成 纳米球，制备好的 纳米球加载至测序芯片，使用 测序仪进行测序。测序数据下机后去除低质量的序列以获得高质量的数据。通过 （：）比对，高质量数据中比对上人参考基因组序列的数据去除，剩下的数据在去除低复杂度 后与华大 病原数据库进行比对，获得能够匹配到某种病原体的序列数，根据序列数的高低以及临床其他检测判读可能的病原体。对于实验检测结果，先根据序列数的多少及种属的排列位置，选取排名靠前的种属且有致病性的病原体，结合临床症状和其他实验检测结果，综合判定致病微生物。结果 鹦鹉热衣原体肺炎患者基本信息与临床病理参数 例诊断为鹦鹉热衣原体肺炎患者中，除 例无基础病史外，其余均有高血压、脑梗等病史。例有鸟类、禽类接触史，例不详。临床表现除 例外其余均有发热现象。见表。表 例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床病理参数病例性别年龄（岁）基础疾病接触史临床病理参数女高血压无发热 ，间歇性乏力男慢性阻塞性肺疾病鸽子、百灵鸟反复咳痰，发热 ，慢阻肺男慢性肾功能衰竭 期、肾性高血压、脑梗鸽子胸闷气短、呼吸困难男高血压不详间断发热 ，发热 男无不详发热 ，纳差，乏力 周女冠心病、高血压、多发性脑梗鸽子、鸟类、禽类胸闷 年加重伴发热 ，发热 男慢性支气管炎鸽子发热、胸闷气短 ，发热 男无无发热 ，发热 男急性冠脉综合症、高血压无发热伴干咳 ，发热 男高血压不详头痛 伴气短男冠心病鸽子咳嗽，咳痰半月，发热 女冠心病、高血压无发热并咳嗽，咳痰 ，发热 男无无头痛 周，发热 女高血压无发热、头晕 周，发热 男无无咳嗽、胸闷气短 周，间断发热 女无无间断发热 ，发热 女无无间断腹泻、干咳，发热 临床检验杂志 年 月第 卷第 期 ，各项实验室检查结果 例患者中，有 例患者白细胞计数升高，例患者中性粒细胞百分比明显增高，例患者 反应蛋白、纤维蛋白原、二聚体均升高，例患者乳酸脱氢酶和 例患者 型钠尿肽升高，例患者淋巴细胞百分比和 例患者清蛋白降低。见表。表 例鹦鹉热衣原体肺炎患者实验室检查结果分析病例（）（）（）（）（）（）（）（）（）（）（）（）（）鹦鹉热衣原体肺炎患者 检测结果 例鹦鹉热衣原体肺炎患者的 检测结果见表。其中 例患者只检出鹦鹉热衣原体，另有部分患者还检出金黄色葡萄球菌、鲍曼不动杆菌等细菌，烟曲霉等真菌以及疱疹病毒。表 例鹦鹉热衣原体肺炎患者 检测结果病例标本类型检出时间（）二代测序结果（序列数）其他主要病原体（序列数）肺泡灌洗液鹦鹉热衣原体（）无肺泡灌洗液鹦鹉热衣原体（）金黄色葡萄球菌（）肺泡灌洗液鹦鹉热衣原体（）鲍曼不动杆菌（）、豚鼠气单胞菌（）、白色念珠菌（）、单纯疱疹病毒 型（）气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）无气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）无血清鹦鹉热衣原体（）无肺泡灌洗液鹦鹉热衣原体（）鲍曼不动杆菌（）气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）鲍曼不动杆菌（）、烟曲霉（）气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）鲍曼不动杆菌（）、人类 疱疹病毒 型（）（）气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）无气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）无气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）人类 疱疹病毒 型（）（）气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）无气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）无气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）疱疹病毒（）（）气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）无气管抽吸物鹦鹉热衣原体（）肺炎克雷伯菌（）、人类 疱疹病毒 型（）（）讨论 鹦鹉热衣原体是人畜共患病病原体，主要宿主为鹦鹉、鸽子等鸟类。人类多因吸入鸟类排泄物的气溶胶引起肺炎，患者年龄多集中于中年人，且男性发病率高于女性。本研究中感染者平均年龄为 岁；男性占比，女性占比；其中 的感染者有鸟类接触史；的感染者有发热症状，符合该病的流行病特征。由于该病临床症状不典型，因此对于有鸟类或禽类接触史的发热患者，需警惕鹦鹉热衣原体感染，尽临床检验杂志 年 月第 卷第 期 ，早进行诊断。研究表明，鹦鹉热衣原体肺炎患者通常白细胞计数正常或轻微升高、中性粒细胞百分比、反应蛋白、降钙素原、肌酸激酶、乳酸脱氢酶明显升高。如果合并系统性疾病，患者可出现转氨酶升高、低蛋白血症、低钠血症和肾功能损害。本研究的实验室检查结果证实，患者的白细胞计数、反应蛋白均升高，可作为感染的客观指标。而淋巴细胞百分比下降，提示鹦鹉热衣原体可能易于在免疫功能低下的宿主中引起感染。本研究中 例患者 检出鹦鹉热衣原体核酸序列，结合临床表现及接触史明确诊断为鹦鹉热衣原体肺炎。患者从出现临床症状到检出鹦鹉热衣原体平均时间为 ，部分病例检出鹦鹉热衣原体核酸序列数较多，这可能与检测的标本类型、病情严重程度等有关。本次研究中还检出其他病原体，但需结合患者临床病理参数、实验室检查结果及检出的序列数等综合判定是否为感染的致病菌。例患者在 检测结果显示为鹦鹉热衣原体感染后，根据患者病情严重程度、治疗效果、病程时间等选择性加用其他抗菌药物治疗，均好转出院。这充分说明应用 技术在 例患者的诊治过程中显示出了特有的优势，提高了鹦鹉热衣原体肺炎诊断的准确性，提示临床应尽早进行精准的抗感染治疗，减少不必要抗菌药物的使用，改善了患者预后。然而，目前 技术的结果解读尚无统一的标准，致病菌和背景菌区分较难。本次实验纳入的病例数较少，这是本研究的不足之处，后期将继续扩大样本量对其进行更深入研究，以期更好地指导临床诊断及治疗。参考文献汪洋，鲁厚清，邵仁德，等 鹦鹉热衣原体感染肺炎患者的临床病理参数分析 中华危重病急救医学，（）：文文，谷雷，赵立维，等 鹦鹉热衣原体肺炎八例临床病理参数分析及其诊治 中华结核和呼吸杂志，（）：，（）：，（）：段建民，蒋萍，刘莉，等 鹦鹉热衣原体肺炎的诊断及治疗（附 例报告）山东医药，（）：吴东海 鹦鹉热衣原体检测技术研究及重庆鹦鹉热衣原体流行病学调查 重庆：重庆大学，中华医学会检验医学分会 宏基因组测序病原微生物检测生物信息学分析规范化管理专家共识 中华检验医学杂志，（）：中华医学会检验医学分会 高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识 中华检验医学杂志，（）：罗越，胡洋洋，张兴，等 中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识解读 河北医科大学学报，（）：江苏省医学会检验学分会 宏基因组测序技术检测感染性病原体江苏专家共识（版）临床检验杂志，（）：戴媛媛，马筱玲 宏基因组二代测序技术在临床病原学诊断中的应用 临床检验杂志，（）：李鹏，张琪，苗晋华，等 衣原体致病机制研究进展 中华医院感染学杂志，（）：，；，：，（）：，：，（）：（收稿日期：）（本文编辑：许晓蒙）临床检验杂志 年 月第 卷第 期 ，