HepG2和Huh7细胞CYP3A4、CYP3A5和PXR基因非编码单核苷酸多态性分析.pdf

:.():王启鸣庄则豪李吉学等.性激素及其受体在食管癌高发区食管鳞癌发生发展过程中的作用.中国肿瘤():.():骆春华傅志超冯静等.食管鳞癌脑转移患者的临床特征和影响因素及其对生存的影响.肿瘤防治研究():.():梁君蓉周永强刘彦君等.食管癌脑转移的危险因素及生存分析.中国现代医学杂志():.():(收稿 责任编辑王 曼):./.【基金项目】国家自然科学基金项目()河南省科技厅重点研发与推广专项(科技攻关)项目()河南省科技厅科技攻关项目()郑州大学大学生创新创业训练计划项目()【作者简介】杨卫红通信作者女 年 月生博士教授研究方向:法医学和药物基因组学 和 细胞、和 基因非编码单核苷酸多态性分析窦瑶杰)郑庆蒙)徐 晨)张莉蓉)杨卫红)郑州大学基础医学院法医学系 郑州 )郑州大学基础医学院药理学系 郑州 关键词 单核苷酸多态性 细胞 细胞中图分类号 摘要 目的:对 和 细胞中、和 基因的重要非编码单核苷酸多态性()进行分析 方法:提取 和 细胞基因组 后进行测序分析 结果:在 细胞中、都为突变杂合子而在 细胞中上述前 个 为野生纯合子最后 个为突变纯合子 在这两种细胞中、都为野生纯合子 为突变纯合子 在 和 细胞中 分别为突变杂合子和突变纯合子 在两种细胞中、为突变杂合子 为突变纯合子 上述 个 中细胞突变杂合子较多而 细胞野生纯合子及突变纯合子较多 结论:和 细胞中、基因型不完全相同而 基因型相同 )().:().:.:.:.药物代谢酶、和孕烷 受体()在药物代谢方面起着非常重要的作用其中 对 和 基因表达和调节至关重要 非编码单核苷酸多态性()可通过影响剪切改变基因表达及药物代谢但多数非编码 影响基因表达的机制尚不完全清楚 和 是用于药物代谢相关研究最常用的肝细胞但目前这两种细胞中、和 基因的重要非编码 的遗传背景信息尚不完全清楚无法满足相关遗传变异研究的最基本的需求 本研究对 和 细胞中、和 基因的重要非编码 基因型进行分析为非编码 影响基因表达的机制研究提供遗传背景信息 材料与方法.主要材料 和 细胞株(上海中科院细胞研究所)基因组 提取试剂盒(美国 公司)试剂盒(日本 公司)梯度 扩增仪和凝胶成像系统 (中国)有限公司水平电泳槽(美国 公司).非编码 多态性分析用基因组 提取试剂盒按说明书操作从培养的 和 细胞中提取 使用 在线引物设计软件设计 引物或参考文献引物序列由郑州尚之亚生物技术有限公司合成引物 个(、)、和 个(、)引物序列及相关信息见表产物经琼脂糖凝胶电泳初步验证后送郑州尚之亚生物技术有限公司测序将测序结果与 中预期序列进行比对表 引物序列及相关信息基因碱基变异引物序列()上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:上游:下游:结果测序结果见图 郑州大学学报(医学版)年 月 第 卷 第 期 :分别为、和 图 细胞中 个 测序结果:、和 图 细胞中 和 测序结果 :分别为、和 图 细胞中 个 测序结果:、和 图 细胞中 和 测序结果 ().和 细胞、和 基因型比较结果见表 在 细胞中、都为突变杂合子而在 细胞中上述前 个 为野生纯合子最后 个为突变纯合子其 余、在这两种细胞中都为野生纯合子而 都为突变纯合子在 和 细胞中 分别为突变杂合子和突变纯合子 在这两种细胞中、为突变杂合子 为突变纯合子野生纯合子、突变杂合子和突变纯合子在 和 细胞中的数目分别为、及、个即 细胞突变杂合子较多而 细胞野生纯合子及突变纯合子较多表 两种细胞、和 基因 基因型比较基因基因型 细胞 细胞 突变杂合子 野生纯合子 野生纯合子 野生纯合子 突变纯合子 突变纯合子 突变杂合子 野生纯合子 突变杂合子 野生纯合子 突变杂合子 野生纯合子 突变杂合子 突变纯合子 野生纯合子 野生纯合子 野生纯合子 野生纯合子 突变杂合子 突变纯合子 突变杂合子 突变杂合子 突变杂合子 突变杂合子 突变纯合子 突变纯合子 突变杂合子 突变杂合子 讨论、和 基因非编码遗传变异的功能及机制研究需要不同基因型的细胞模型目前基因编辑 技术的应用为相关研究创造了条件 和 细胞系在药物代谢的研究中已被广泛使用因此我们对这两种细胞中上述 个基因的重要非编码 的基因型进行了比较分析为遗传变异相关研究提供遗传背景信息通过比较 和 细胞中 基因的 个 及 个 我们发现 细胞中 突变杂合子、野生纯合子和 突变杂合子基因型与我们前期对 细胞的研究结果一致在 细胞中 突变纯合子基因型与以往研究结果一致 另外 细胞中 和 这两个 都为突变杂合子 细胞中 野生纯合子和 突变 纯 合 子 支 持 野 生 等 位 基 因 和 变异等位基因(或 变异等位基因和 野生等位基因)存在强连锁不平衡关系 使用 细胞研究 遗传变异对药物代谢的影响时不用考虑 个野生纯合子(、和)对实验结果的影响而 突变纯合子和突变杂合子(、和)则可能对实验结果有影响 使用 细胞研究 遗传变异对药物代谢的影响时不需要考虑 个野生纯合子(、和)对实验结果的影响 而突变纯合子 和 可能对实验结果有影响 和 细胞中 及 遗传背景不同进行相关遗传变异或连锁 研究时可以根据其基因型选择或改造细胞另外由于 影响 及 的表达因此我们也比较了 和 细胞中 的 变异情况 我们发现在这两种细胞中、都为突变杂合子而 都为突变纯合子提示这 个 可能被 及 表达所需要使用这两种细胞用于研究 和 遗传变异时需要考虑其可能产生的影响、和 在 细胞中突变杂合子较多而在 细胞中野生纯合子及突变纯合子较多提示从适应性方面 作为药物代谢相关研究的细胞模型比 细胞的应用范围会更加广泛 而且从 检索“”及“”(“”)使用情况分别发现 至 年 个结果及 至 年()个结果前者远高于后者也支持了我们的观点 至于 作为 的增强子影响、基因表达的机制及 变异在其中所起的作用有待于深入研究综上 和 细胞中、重要非编码 变异情况不完全相同而 郑州大学学报(医学版)年 月 第 卷 第 期基因型相同 细胞中突变杂合子较多而 野生纯合子及突变纯合子较多 本研究结果为选择或基因编辑这两种细胞株研究、及 相关遗传变异及其机制提供了理论依据参考文献 .().():.():.():.():赵云龙杨卫红张莉蓉.细胞中、和 基因型检测.郑州大学学报(医学版)():.()():./.():.():.().():.():./.():(收稿 责任编辑姜春霞)().