反硝化细菌Y39-6的基因组及生理生化特征研究.pdf

第40 卷第3期2023年6 月D0I:10.13482/j.issn1001-7011.2021.06.139黑龙江大学自然科学学报JOURNAL OF NATURAL SCIENCE OF HEILONGJIANG UNIVERSITYVol.40No.3June,2023投稿网址：https:/反硝化细菌Y39-6的基因组及生理生化特征研究韩国秀2，张多英，张彦龙，张军3曾伟民1-2，赵丹丹12，雷虹1.4（1.黑龙江大学农业微生物技术教育部工程研究中心，哈尔滨150 50 0；2.黑龙江大学生命科学学院黑龙江省普通高校微生物重点实验室，哈尔滨150 0 8 0；3.黑龙江大学建筑工程学院，哈尔滨150 0 8 0；4.黑龙江大学生命科学学院黑龙江省普通高校分子生物学重点实验室，哈尔滨150 0 8 0)摘要：菌株Y39-6是从哈尔滨周边地区地下水中分离的一株假单胞菌，具有异养反硝化和自养脱氮能力，由于假单胞菌属内的菌种鉴定存在复杂性，对菌株Y39-6的具体分类仍有争议。通过获得菌株Y39-6的全基因组序列,进行比较基因组学分析,分析了菌株的碳源利用和脂肪酸含量特征,对菌株的生理生化特征进行了系统研究。发现菌株Y39-6与模式菌Pseudomonas veroniiCIP104663T的基因组相似性更高,G+C的含量接近，共有基因数量最多，为36 8 个，碳源利用特征相似，可以确定菌株Y39-6属于Pseudomonas veronii菌种。菌株Y39-6有15个特有基因，主要脂肪酸为C16:0和C17:0cyclo，含量分别为2 2.0 5%和2 1.2 5%，与Pseudomonas veroni菌种的其他菌株相比,存在明显的特异性。通过以上研究，确定了菌株Y39-6的分类地位和生物学特征，为菌株Y39-6的进一步应用提供了生物学参考依据。关键词：反硝化细菌；假单胞菌；基因组；比较基因组；脂肪酸中图分类号：Q89文献标志码：A文章编号：10 0 1-7 0 11(2 0 2 3)0 3-0 30 0-0 9Study on genome,biological and biochemical characteristicsof the denitrifying bacterium Y39-6HAN Guoxiu I,2,ZENC Weimin 2,ZHAO Dandan,LEI Hong1,4(1.Engineering Research Center of Agricultural Microbiology Technology,Ministry of Education,Heilongjiang University,Harbin 150500,China;2.Key Laboratory of Microbiology,College of Heilongjiang Province,School of Life Sciences,Heilongjiang University,Harbin 150080,China;3.School of Civil Engineering,Heilongjiang University,Harbin 150080,China;4.Key Laboratory of Molecular Biology,College of HeilongjangProvince,School of Life Sciences,Heilongjiang University,Harbin 150080,China)Abstract:Pseudomonas sp Y39-6 was isolated from groundwater in Harbin region.It was proved to havethe ability of heterotrophic denitrification and autotrophic removal of nitrate.Because of the complexity inidentifying strains in the genus of Pseudomonas,the classification of the strain Y39-6 still remained con-收稿日期：2 0 2 1-0 4-2 7基金项目：国家自然科学基金（516 0 8 149）；黑龙江省自然科学基金（LH2019E074）通讯作者：张彦龙（196 6-），男，教授，博士，主要研究方向：食品和药物生物活性挖掘及研发，E-mail：y l z h a n g h d 16 3.c o m张军（197 4-），男，讲师，主要研究方向：低温水生物脱氮技术，E-mail：2 0 0 0 0 97 h l j u.e d u.c n引文格式：韩国秀，张多英，张彦龙，等.反硝化细菌Y39-6的基因组及生理生化特征研究J黑龙江大学自然科学学报，2 0 2 3，40(3):300-308.ZHANG Duoying,ZHANG Yanlongl2,ZZHANG Jun 3,第3期troversial.The complete genome sequences of the strain Y39-6 was obtained in this study.The compara-tive genome was analyzed.The characteristics of carbon utilization and fatty acid content of the strainY39-6 were analyzed.The biological and biochemical characteristics of the strain Y39-6 were systemati-cally studied.The genomic results showed that the strain Y39-6 presented the highest similarity to Pseud-omonas veronii CIP 104663T because they had similar G+C content and shared the largest number ofgenes of 368.The carbon utilization profile of the strain Y39-6 showed high similarity with Pseudomonasveroni CIP 104663T.It could be confirmed that the strain Y39-6 was in species of Pseudomonas veroniaccording to all results in this study.The strain Y39-6 had 15 specific genes.The main fatty acids wereC16:0 and C17:0 cyclo with content of 22.05%and 21.25%,respectively.Compared with other strainsin the species of Pseudomonas veroni,the strain Y39-6 showed distinctive specificity.By all these study,the classification taxonomic status and biological characteristics of the strain Y39-6 were confirmed,whichprovided the biological references for its further application.Keywords:denitrifying bacterium;Pseudomonas;genome;comparative genome;fatty acids韩国秀等：反硝化细菌Y39-6的基因组及生理生化特征研究.3010引言假单胞菌（Pseudomonas）是革兰氏阴性菌中种数最多的一个属，目前该属有36 8 个种 。该属的大多数成员都有共同的特征,如革兰氏染色阴性、杆状、有鞭毛、不形成芽孢、过氧化氢酶阳性以及氧化酶阳性等。假单胞菌可存在于水、土壤、空气、植物以及人体肠道中，生活环境范围广泛，代谢途径多样。由于假单胞菌属分类非常复杂,因此在种水平上对其进行鉴定仍然是一项艰巨的任务。在前期研究中，本课题组从哈尔滨周边地下水中分离出一株假单胞菌Y39-6,菌体大小约为（0.7 10.85）m（1.5 2.0 6）m,革兰氏阴性菌，有鞭毛和荚膜，菌落形态呈圆点状、浅黄色、半透明、凸起、湿润、易被挑起，可在0 40 下生长，最适生长温度为2 5【4。研究发现，菌株Y39-6可进行好氧异养反硝化,以乙酸钠为碳源时，硝酸盐的去除速率为（1.7 7 0.31）mgL-1h-;在好氧自养条件下,硝酸盐的去除速率为0.32 4mgL-1h-l。通过对其自养硝酸盐代谢机理研究发现，菌株Y39-6可以通过固定CO,来补充碳源,将NO;-N同化为谷氨酰胺。将菌株Y39-6用于去除C/N1、4的实际污水时,硝酸盐去除率达到2 4.8 3%，在碳中和”背景下，菌株Y39-6对于寒区污水厂实现低碳运行具有重要意义。但该菌的生理生化特征仍需更详细的研究，而且目前对菌株Y39-6的具体分类仍有争议。最初，通过16 SrRNA序列，初步判定菌株Y39-6属于Pseudomonas extremaustralis4，但基因组草图显示其与Pseudomonas extremaustralis亲缘关系不高。基因组学提供了一种可再现的、可靠的、信息丰富的手段来推断原核生物之间的系统发育关系6 。因此,本研究完成了菌株Y39-6 的全基因组测序,进行了比较基因组学研究,对生理生化特征进行了分析,通过以上研究,明确菌株Y39-6的种属分类地位和基本生物学特征，为菌株Y39-6的进一步应用提供生物学参考依据。1材料与方法1.1试验材料菌株Y39-6从哈尔滨周边地下水中分离筛选获得4。试验用LB培养基：胰蛋白陈10 gL-1,酵母粉0.5 g L-1,NaCl 10 g L-l,pH 调为6.9 7.0。1.2试验方法1.2.1基因组的DNA提取、测序与拼接配制10 0 mLLB液体培养基，在12 1下灭菌30 min，冷却后，以2%接种量将菌株Y39-6接人10 0 mL灭菌的LB培养基中,在2 0、16 0 rmin-条件下过夜培养，获得新鲜菌液。采用Ezup柱式细菌基因组DNA 抽提试剂盒（上海生工生物工程股份有限公司）从菌株Y39-6中提取基因组 DNA7。委托上海美吉生物医药科技有限公司（Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co.，Lt d）对提取到的基因组DNA进行全基因组序列测序。通过 SOAPdenovo 2.0481软件对菌株Y39-6 的基因序列进行组装;通过Glimmer9软件(http:/ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml）对基因组中的编码序列（CDS）进行预测；302通过 RNAmmer【10 软件对基因组中包含的 rRNA 进行预测,获得基因组中所有 rRNA 的种类、位置和序列信息；通过tRNAscan-SEv2.0【I软件（http：/t r n a.u c s c.e d u/s o f t w a r e/）对基因组中包含的tRNA进行预测，获得基因组中tRNA的核苷酸序列信息、反密码子信息及二级结构信息，并通过CGView【12 软件绘制菌株Y39-6 的基因组圈图。1.2.2基因组注释通过Diamond 13软件，将菌株Y39-6的蛋白质序列与 eggNOC 41（Ev o l u t i o n a r y g e n e a l o g y o f g e n e s：No n-supervised Orthologous Groups，h t t p:/e g g n o g.e m b l.d e/）数据库中的物种蛋白序列进行比对，得到基因COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins)注释。通过 Blast2go 15软件,使用 Gene ontology(http:/www.ge-neontology.org/）数据库对菌株Y39-6 的基因组进行基因CO 注释。1.2.3氮代谢基因菌株Y39-6具有异养反硝化和自养脱氮能力,通过KEGG基因注释结果分析菌株Y39-6的氮代谢相关基因。1.2.4比较基因组学利用前期获得的菌株Y39-6（CP0 6 9594）的16 SrRNA序列建立系统发育树，获得与菌株Y39-6近缘的模式菌株。将近缘的菌株基因组信息与菌株Y39-6的基因组信息进行对比分析,并通过在线Venn图制作软件（h t t p s:/o r t h o v e n n 2.b i o i n f o t o o l k i t s.n e t/h o m e）绘制菌株Y39-6和近缘模式菌株基因序列间的同源关系图。1.2.5生理生化特征通过Biolog 细菌自动鉴定系统16 分析菌株Y39-6对不同碳源的利用与代谢情况,并比对其与近缘模式菌株在碳源利用和代谢方面的差异。利用美国MIDI公司研发的SHERLOCK全自动微生物鉴定系统鉴定菌株Y39-6,用美国Agilent公司的6 8 90 型气相色谱仪分析菌株Y39-6，将所得的气相色谱图谱与软件SHER-LOCKMIS4.5（M i c r o b i a l Id e n t i f i c a t i o n Sy s t e m，美国MIDI公司）和LGS4.5进行分析比对，获得菌株Y39-6的脂肪酸种类及含量。2结果与讨论2.1菌株Y39-6的全基因组信息经测序,得到菌株Y39-6的基因组完成图,菌株Y39-6全基因组序列长度为7 0 2 156 6 bp,DNA的G+C含量为6 0.7 5%。菌株Y39-6的全基因组序列已上传至NCBI（h t t p s：/w w w.n c b i.n l m.n i h.g o v/），SU BI D 为SUB8969722,登录号为CP069594。CCVi e w 基因组圈图能够全面展示基因在正、反义链上的分布情况、基因的COG 功能分类情况、G+C 含量和基因组岛等信息，使人们更直观、更全面地认识菌株的基因组特征17 。由CGView软件绘制的基因组圈图如图1所示。1mbp7 021 566 bp_5mbp3mbp4 mbp图1菌株Y39-6的基因组圈图Fig.1Genome circle skew map of strain Y39-6黑龙江大学自然科学学报ARNAprocessingandmodificationBChromatin structure and dynamicsCEncrgy productionand conversionD Cell cycle control,cell division,chromosome partitioningEAmino acidtransport andmetabolismF Nucleotide transport and metabolismG Carbohydrate transport and metabolismH Coenzyme transport andmetabolismI Lipid transport and metabolism7mbpJTranslation,ribosomal structure and biogenesisKTransciption6mbpL Replication,recombination and repairMCell wall/menbrane/envelope biogenesisN Cell motilityO Postranslational modification,protein turnover chaneronesPInorganic ion transport andmetabolism2 mbp-Q Secondary metabolites biosynthesis,transport and catabolismRGeneral function prediction onlySFunction unknownTSignal transduction mechanismsU Intracellular trafficking,secretion,andvesicular transportVDefensemechanismswExtracellular structuresYNuclear structureZCyloskelelonHCDStRNArRNAotherGC.contentGCskew+CCskew-第40 卷第3期2.2菌株Y39-6的基因组注释通过与EggNOG数据库中物种的蛋白序列进行比对,可以对菌株Y39-6 的预测蛋白进行基因家族的归类,并给出该家族相应的功能注释信息。不同数据库中的基因功能描述可能存在差异,GO 注释能够对基因的功能进行标准描述19,COG 是对同源蛋白簇进行注释,除获得基本功能、推导代谢途径外,还可以分析进化关系。COG和GO注释结果分别如图2 和图3所示。1750150012501 00075050025010ABCDEFCHIJKLMNOPQRSTUVWYZFig.2 Statistical histogram of strain Y39-6 by COG classification韩国秀等：反硝化细菌Y39-6的基因组及生理生化特征研究A:RNA processing and modificationB:Chromation structure and dynamicsC:Enerey production and conversion1537D:Cell cycle control,cell division,chromosome partitioningE:Amino acid transport andmetabolismF:Nucleotide transportandmetaholismG:Carbohydrate transport and metabolismH:Coenzyme transport and metabolismiLipidtransportandmetabolismJ:Translation,ribosomal structure and biogenesisK:TransciptionL:Replication,recombination and repairM:Cellwall/membrane/envelope biogenesisN:Cell motilityO:Posttranslational modification,protein turnover,chaperonesP:Inorganic ion transport and metabolismQ:Secondary metabolites biosynthesis,transport and catabolism497461360293259,18122811769614741303R:Generalfunction predictiononly369S:Functionunknown290T:Signal transduction,mechanismsU:Intracellular trafficking,secretion,and versicular transport18010469116670CoGtype图2 菌株Y39-6的COG分类统计直方图V:Defensemechaisms.W:Extracellularstructures,0.0.0Y:NuclearstrutureZ:Cytoskeleton18161412108642010008006004002000ouBe2090Kpoqpuqquou010188.101VNAIeM7queuquauquauVNQdLVVNGs-aouenasBiological processCOG注释的基因一共有537 8 个,将蛋白分为2 1个类型,COG 注释到的功能已知基因占所有基因的84.44%。由图2 可知,功能未知基因占比最高，为1537 个。在功能已知的基因中，在氨基酸的运输和代谢,转录，无机离子的运输和代谢，能量生产和转换，细胞壁、膜、包膜生物合成，信号转导，碳水化合物的运输Cellular component图3菌株Y39-6的GO分类统计直方图Fig.3 Statistical histogram of strain Y39-6 by GO classificationMolecularfunction304和代谢方面的基因较多，基因数量分别为497、46 1、36 9、36 0、2 93、2 90 和2 59个。菌株Y39-6在进行氨基酸运输和代谢方面的基因最多,氨基酸是蛋白质组成的基本物质,因此,菌株Y39-6可能在蛋白质合成方面具有独特优势。GO注释将基因分为细胞组成、分子功能和生物过程三大类。菌株Y39-6基因组的 GO注释结果一共有4533个,与细胞组成、分子功能和生物过程相关的基因数量分别为2 0 2 5、37 48 和2 0 59个,G0注释的基因占所有基因的7 1.17%。由图3可知,在细胞组成方面,膜组成相关基因数量最多,为117 7 个，占GO注释基因总数的18.48%；在生物过程方面,转录调控、DNA模板相关基因数量最多，为146 个，占GO注释基因总数的2.2 9%；在分子功能方面,DNA结合相关基因数量最多，为549个，占GO注释基因总数的8.6 2%。根据菌株Y39-6的COG和GO注释结果可以发现,该菌株在膜的组成、形成方面的基因数量均较多,可能是因为该菌株从低温地下水中分离，菌株的生长容易受到环境胁迫而发生变化,生物膜的组成和形成与微生物适应不良环境相关2 0 ,这可能也是菌株Y39-6适应低温环境的原因之一。2.3氮代谢基因分析通过基因注释结果分析,得到菌株Y39-6具有Nar、Ni r、No r、No s 和 Nap5种与氮代谢相关的基因簇。Nar为硝酸盐还原酶,用于将硝酸盐还原成亚硝酸盐;Nir为亚硝酸盐还原酶,用于将亚硝酸盐还原成氧化氮;Nor为氧化氮还原酶,用于将氧化氮还原成氧化亚氮;Nos为氧化亚氮还原酶,用于将氧化亚氮还原成氮气;Nap为周质硝酸盐还原酶,用于将硝酸盐还原成亚硝酸盐。基因分布情况如表1所示,其中norV、n o r R、norD、n o r Q、n o r C、n o r B、n a p C、n a p B、n a p A、n a p D、n a p E、n o s R、n o s Z、n o s D、n o s L、n a r l、n a r J、n a r H、n a r K、n a r L 和nirS参与异养反硝化过程，napC、n a p B、n a p A、n a p D、n a p E、n i r D 和nirB参与自养脱氮过程GenenorVnorRnorDnorQnorBnorcnapcnapBnapAnapDnapEnosR NosR/Nirl family transcriptional regulator,nitrous oxide reductase regulatornosZnosDnosLnarlnarJnarHnarknarL two-component system,NarL family,nitrate/nitrite response regulator NarLnirDnirBnirs2.4比较基因组学分析2.4.1基因组基本特征前期研究发现，菌株Y39-6的16 SrRNA基因序列与Pseudomonas veroni CIP104663T、Ps e u d o mo n a s e x t r e-黑龙江大学自然科学学报表 1 氮代谢基因Table 1 Nitrogen metabolism genes描述anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxinnitric oxide reductase transcriptional regulator NorRnitric oxide reductase NorD proteinnitric oxide reductase NorQ proteinnitric oxide reductase subunit Bnitric oxide reductase subunit Ccytochrome c-type protein NapCnitrate reductase cytochrome c-type subunitnitrate reductase catalytic subunit NapAperiplasmic nitrate reductase NapDperiplasmic nitrate reductase,NapE proteinnitrous-oxide reductasenitrous oxidase accessory proteinnitrous oxide reductase accessory protein NosLnitrate reductase gamma subunitnitrate reductase molybdenum cofactor assembly chaperonenitrate reductase subunit betaNarK/NasA family nitrate transporternitrite reductase small subunit NirDnitrite reductase large subunitnitrite reductase（NO-f o r m i n g)/h y d r o x y l a m i n e r e d u c t a s e第40 卷基因标签gene007,gene2410gene008,gene2411,gene3689,gene5407gene2398,gene3693gene2399,gene3703gene2400,gene3694gene2401,gene3695gene2390gene2391gene2392gene2393gene2394gene2402,gene3688gene2403,gene3687gene2404,gene3686gene2407,gene3683gene3674gene3675gene3676gene3678,gene3679,gene4867gene2540,gene3681gene3394gene3395gene3704第3期maustralis 14-3T、Ps e u d o mo n a s g r i mo n t i CFM L97-514 和Pseudomonas marginalis ATCC10844的相似度很高，超过99%。菌株Y39-6与上述近缘模式菌株的基因组基本特征进行了比对分析,结果如表2 所示。G+C含量是每个物种基因组的重要指标,不同的基因组具有不同的G+C含量,菌株Y39-6的G+C含量为6 0.7 5%,与Pseudomonas veroniCIP104663的G+C含量（6 0.7 0%）最接近，与其他3株菌株的G+C含量相差也不大，属于假单胞菌属范围2 1,与16 SrRNA分析结果一致；菌株Y39-6的rRNA数量为19个,高于以上4株菌株，表明菌株Y39-6在DNA转录方面的基因数量可能比这4株菌株多。Table2IBasic genomic characteristics of strain Y39-6 and its close model strains菌株基因组长度/bpY39-67 021 566Pseudomonas veroni CIP 104663T6.997 867Pseudomonas extremaustralis 14-3T6 674 429Pseudomonasgrimonti CFML 97-514T7 040 197Pseudomonas marginalis ATCC 10844T7 184 449韩国秀等：反硝化细菌Y39-6的基因组及生理生化特征研究表2 菌株Y39-6和近缘模式菌株的基因组基本特征CDSsrRNAtRNA60.756 16260.70615360.605.95760.106 27960.606.489305G+C的含量/%登录号19687591672758760CP069594JYLL00000000LT629689VFES00000000VFEQ000000002.4.2基因组同源性分析维恩图（Venndiagram）是一种非常直观、易懂，用于描述数据集合之间的交集、并集、补集等关系的图。菌株Y39-6与近缘模式菌株基因组同源关系如图4所示。菌株Y39-6、Pseudomonas veroni CIP 104663T,Pseudomonasextremaustralis 14-3T、Ps e u d o mo n a s g r i mo n t iCFML 97-514T、Ps e u d o mo n a s ma r g i n a l i s A T CC10844T5株菌株间共有的基因簇有40 2 1个，占总基因簇的7 2.0 6%。菌株Y39-6与Pseudomonas veroni CIP 104663T,Pseudomonasextremaustralis 14-3T、Ps e u d o mo n a s g r i mo n t iCFML 97-514、Ps e u d o mo n a s ma r g i n a l i s A T CC10844的共有基因分别有36 8、31、13、40 个，菌株Y39-6 与 Pseudomonas veroni CIP104663T的共有基因最多。菌株Y39-6、Ps e u d-omonas veroni CIP 104663T Pseudomonas extre-maustralis 14-3、Ps e u d o mo n a s g r i mo n t i CFM L97-514、Ps e u d o mo n a s ma r g i n a l i s A T CC10 8 44 的特有基因簇分别有15、7、55、11、41个。菌株Y39-6特有基因簇的功能主要表现在跨膜运输、DNA介导的转换、硫化合物代谢、肽酶活力、抗生素生物合成、脂肪酸分解和烷基磺酸盐单加氧酶7 个方面。2.5生理生化特征分析2.5.1碳源利用由BIOLOG检测结果可知，菌株Y39-6可利用的碳源有-D葡萄糖、1%乳酸钠、甘油、L丙氨酸、L-精氨酸、L-谷氨酸、L-焦谷氨酸、四硫酸奎纳、D-葡萄糖酸、葡糖醛酰胺、乙酸、-羟基-D,L-丁酸、-氨基丁酸、L-苹果酸、L-乳酸、氧化-谷氨酸、柠檬酸和奎宁酸;微弱利用的碳源有糊精、D-海藻糖、蔗糖、D-甘露糖、D-果糖、D-半乳糖、D-岩藻糖、L-岩藻糖、肌苷、D-丝氨酸、D-山梨醇、D-甘露醇、D-阿拉伯糖醇、肌醇、D-果糖-6-磷酸、D-丝氨酸、L-天冬氨酸、L-组氨酸、L-丝氨酸、盐酸胍、D-半乳糖醛酸、L-半乳糖酸内脂、粘液酸、D-糖质酸、-羟基-丙乙酸、甲基丙酮酸、D-苹果酸、乙酰乙酸和丙酸;不能利用二糖和多糖;对醋竹桃霉素、利福霉素SV、万古霉素、林肯霉素、四唑蓝、四唑紫具有抗Pseudomonasveroni7104Y39-6223687710615252317084041Pseudomonasmarginalis图4菌株Y39-6基因组同源分析Fig.4Genome homology analysis of strain Y39-6Pseudomonas extremautralis3644785158402130811838234315055563321311Pseudomonasgrimonti306性;氯化锂、二甲胺四环素不抑制菌株生长;对夫西地酸、亚碲酸钾、溴琥珀酸、萘啶酮酸、氨曲南抗性较弱;不能水解明胶。将菌株 Y39-6 和 Pseudomonas veroni CIP 104663T 2 Pseudomonas extremaustralis 14-3T 23 Pseudomonasgrimonti CFML97-514 24和Pseudomonas marginalis ATCC 10844 25的碳源利用情况进行总结，结果如表3所示。菌株Y39-6 的生理生化特征与Pseudomonas veroni CIP104663T的生理生化特征较为接近，两菌株的生长温度范围相似,最佳生长温度相似，并且均具有硝酸盐还原能力，更支持了菌株Y39-6与Pseudomonasveroni同源2 6 Table 3IDifferences of physiological and biochemical characteristics between strain Y39-6and its relative model strains生长温度范围0 40最佳温度/25明胶液化一硝酸盐还原+纤维二塘一半乳糖W葡萄糖+甘油+肌醇W碳源利用甘露醇甘露糖蜜二糖鼠李糖燕糖阿拉伯糖注1Y39-6;2Pseudomonas veroni CIP1046633:Pseudomonas extremaustralis143;4:Pseudomonas grimontiCFML97-145:PseudomonasmarginalisATCC10844；+，阳性；-，阴性；W,弱阳性；ND，未确定。2.5.2脂肪酸含量将菌株Y39-6的脂肪酸种类和含量与Pseudomonas veroni CIP104663T、Ps e u d o mo n a s e x t r e ma u s t r a l i s14-3T、Ps e u d o mo n a s g r i mo n t i CFM L97-514T、Ps e u d o mo n a s ma r g i n a l i s A T CC10 8 44 的脂肪酸含量进行对比，如表4所示。由表4可知，菌株Y39-6检测到的脂肪酸种类有C10:030H、C12:0、C12:0 2 0 H、C12:0 30 H、C16:0,C17:0 cyclo,C18:1 w7c 和 C19:0 cyclo 8c 8 种,Pseudomonas veroni CIP 104663T,Pseudomonas extre-maustralis 14-3T、Ps e u d o mo n a s g r i mo n t i CFM L97-514 和 Pseudomonas marginalis ATCC 10844的脂肪酸种类分别为11种、11种、10 种和10 种,菌株Y39-6的脂肪酸种类比其他4株假单胞菌所含有的脂肪酸种类少,但这5株菌株的C16:0饱和脂肪酸含量均较高，分别为2 2.0 5%、2 7.96%、2 9.49%、2 5.7%和32.4%。菌株Y39-6的主要脂肪酸为C16:0和C1