凝胶成像软件使用新版说明书.doc

目 录一 样品拍摄指南1 拍摄界面介绍 4 2 琼脂糖电泳凝胶拍摄方法 93 蛋白质电泳凝胶拍摄方法 134 蓝光样品拍摄方法 165 化学发光样品拍摄方法 196 RGB荧光样品拍摄方法 24二 软件分析指南 1 系统进入 282 功效介绍 293 图像分析 293.1 1D凝胶分析3.1.1 打开图像 333.1.2 旋转 333.1.3 图像调整 343.1.4 图像增强 353.1.5 分析设置 363.1.6 泳道识别 363.1.7 初始井 373.1.8 条带识别 373.1.9 背景校准 383.1.10 标准分子量选择 393.1.11 倾斜 403.1.12 结果 413.1.13 遗传树分析 423.1.14 VNTRs分析 433.1.15 视图选择 443.1.16 汇报 453.1.17 保留试验 46 3.2 ECL Western Blot分析3.2.1 打开图像 473.2.2 图像旋转 473.2.3 图像调整 473.2.4 图像增强 473.2.5 噪点去除 473.2.6 合并MAKER泳道 473.2.7 分析设置 483.2.8 泳道识别 483.2.9 条带识别 483.2.10 背景校准 483.2.11 标准分子量选择 483.2.12 倾斜 493.2.13 结果 493.2.14 视图选择 49 3.2.15 汇报生成 493.3 图像合并 493.4 染料数据库和伪彩 503.5 PCR密度分析3.5.1 打开图像 523.5.2 图像旋转 523.5.3 图像调整 523.5.4 图像增强 523.5.5 分析设置 523.5.6 强度校准 533.5.7 保留试验 543.6 菌落/克隆计数分析3.6.1 打开图像 553.6.2 图像旋转 553.6.3 图像调整 553.6.4 图像增强 553.6.5 分析设置 553.7 斑点杂交分析3.7.1 打开图像 583.7.2 图像旋转 583.7.3 图像调整 583.7.4 图像增强 583.7.5 分析设置 583.7.6 强度校准 593.7.7 保留试验 593.8 距离测量分析3.8.1 打开图像 603.8.2 分析设置 613.8.3 标准线更改 62三 附录3.1 仪器保养要求 633.2 售后服务 63样 品 拍 摄 指 南1 拍摄界面介绍：主页面 模式选择部分依据不一样品需要，软件包含两种不一样拍摄模式：一般模式和ECL模式。一般模式：用于DNA/RNA、蛋白质凝胶电泳、微孔板、杂交膜、瓶皿、菌落、切片、荧光二抗Western Blot等样品拍摄。（在本模式下，开启不一样灯光，滤光轮会自动转到对应滤光镜位）ECL模式：用于ECL等化学发光底物样品拍摄。本模式下，分辨率自动进行像素合并从而提升灵敏度。（在本模式下，滤光轮会自动转至空位，而且在选择自动曝光、规则积分和不规则积分拍摄功效时均会自动关闭全部灯光并将镜头光圈值放到最大，从而降低操作步骤） 镜头控制部分镜头控制功效包含：光圈、焦距、聚焦调整。 图像区域可显示图像预览和拍摄效果。 灯光控制部分灯光控制包含：反射白光、紫外光、红绿蓝三色光源；透射紫外、白光等。（在一般模式下，滤光轮联动。当选择紫外、红绿蓝反射光时，滤光轮将自动转到对应滤镜位置。） 滤光轮调整部分滤光轮孔位调整控制，经过自动旋转来切换不一样滤光镜复位按钮用来修正基准位（5位滤光轮校准位：5号位； 7位滤光轮校准位：7号位）。 分辨率选择和相机开启部分分辨率选择功效仅部分型号支持。 参数选择和自动曝光部分参数选择：可设置和保留相机多种参数，便于以后调用。自动曝光：程序将自动计算出目前状态下最好曝光值。 曝光时间设置部分100毫秒：将相机转为预览状态快捷键。自由设置：可自己设置任意曝光时间。 拍摄方法选择部分单祯拍摄：适适用于一般模式和ECL模式自动曝光后图像捕捉。规则积分：指ECL模式下等分时间间隔积分图像拍摄。不规则积分：指 ECL模式下不等分时间间隔积分图像拍摄。可任意设置每祯图像间隔时间。 图片拍摄按钮及分析快捷键拍摄：进行图像捕捉。图像管理：每次拍摄完后，图像将自动保留至Lane 1D文件夹下“拍照”子文件夹中。分析：可直接将拍摄后图像导入分析界面,进行分析。子页面参数设置子页面： 相机类型和控制类型设置设置相机类型和控制类型（相机类型请参考仪器型号进行选择） RGB和滤光轮RGB三原色激发光源和滤光轮仅部分机型配置，请依据仪器配置清单进行选择 存放路径设置设置拍摄图片存放路径，点击功效按钮 进行设置 参数设置调整调整相机增益，对比度及伽玛值 参数保留名称可对目前设置进行保留，方便下次试验直接调用自动曝光设置出厂时均设置有默认值明 场：指白光或自然光环境UV场：紫外光和荧光环境暗 场：ECL等无激发光源密闭环境自动曝光积分单位：用于暗场模式自动曝光时间单位。 镜头设置电动镜头光圈、焦距和聚焦三个值数值化显示设置。框内时间是三可变对应全程可调整范围时间，正确到毫秒，自动对应到1-100调整范围。 规则积分用于等分时间间隔积分拍摄，可设定拍摄张数和间隔时间。 不规则积分用于不规则时间间隔积分拍摄，可任意设定每张图片间隔时间，利于对未知特征发光底物样品拍摄条件探索。拍摄数量最多10张。 滤光轮设置可进行滤光轮每个孔位信息输入。 2 琼脂糖电泳凝胶拍摄方法：提 示：本指南所例举为：EB或GoldView染色DNA凝胶。其它染料样品请依据激发和吸收波长选择光源和滤光镜。2.1 打开拍摄界面，软件将自动开启白光反射灯。单击功效按钮相机开启，在图像预览区域显示图片效果。将样品放置紫外台中央，关闭暗箱门。 白光反射灯2.2 单击功效按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达成最好效果。2.3 调整焦距，直至样品达成屏幕满幅面。 焦距调整 2.4 调整聚焦，直至加样孔清楚。聚焦调整2.5 关闭白光反射灯，开启紫外透射光源。注 意：假如您购置为多波长紫外台，请选择302nm波长.（波长切换开关）紫外透射灯 2.6 单击功效按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达成最好效果。注 意：通常情况下，只要在白光下将加样孔调整清楚，切换到紫外时条带就能清楚看到。不过，假如胶很厚，加样孔和条带将不在同一景深，所以白光时加样孔即使能聚清楚，不过紫外时条带仍会有些模糊，这时，能够再微调一下“聚焦”，让条带变清楚。点击“拍摄”按钮： 2.7 单击功效按钮，进入图像管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保留、删除或分析）。如需进行下一次拍摄，单击功效按钮返回至拍摄界面3 蛋白质电泳凝胶拍摄方法： 3.1 ChampGel,ChampChemi：将折叠白光透射板从机箱内折下.SmartGel,SmartChemi: 将白光透射板放入机箱内，并和12V电源连接. 3.2 打开拍摄界面，软件将自动开启白光反射灯。单击功效按钮相机开启，在图像预览区域显示图片效果。将样品放置白光透射板中央，关闭暗箱门。关闭白光反射灯，打开白光透射灯 白光透射灯3.3 单击功效按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达成最好效果。3.4 调整焦距，直至样品达成屏幕满幅面。焦距调整3.5 调整聚焦，直至条带清楚。聚焦调整单击“拍摄”按钮： 3.6 单击功效按钮，进入图像管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保留、删除或分析）如需进行下一次试验，单击功效按钮返回至拍摄界面注 意：一样操作方法可拍摄其它类型样品，以下图所表示：菌落斑点杂交膜X光胶片抑菌圈4 蓝光样品拍摄方法： 提 示：请根据样品中染料吸收波长选择适宜滤光镜。4.1 将蓝光透射台放入机箱内，并和12V电源连接。打开拍摄界面，自动开启白光反射灯。单击功效按钮相机开启，在图像预览区域显示图片效果。将样品放置蓝光透射台中央，关闭白光反射灯，开启透射白光（蓝光透射台和白光透射共用一个开关按钮），关闭暗箱门。蓝光透射灯4.2 单击功效按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达成最好效果。 4.3 调整焦距，直至样品达成屏幕满幅面。焦距调整4.4 调整聚焦，直至条带清楚。聚焦调整单击“拍摄”按钮： 4.5 单击功效按钮，进入图像管理界面（在该界面里能直接对图片进行打印、保留、删除或分析），如需进行下一次拍摄，单击功效按钮返回至拍摄界面提 示：蓝光样品关键用蓝光台或反射蓝光作为激发光源。蓝光台跟白光板共用一根电源线，均为12V。5 化学发光样品拍摄方法：5.1 打开拍摄界面，自动开启白光反射灯。选择ECL模式，滤光轮自动转到5号空位，负片功效自动开启。单击功效按钮相机开启，在图像预览区域显示图片效果。将未加入发光液样品放置化学发光样品板中央，关闭暗箱门。白光反射灯5.2 单击功效按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达成最好效果。5.3 调整焦距，直至样品达成屏幕满幅面。焦距调整5.4 依据样品上MAKER或标识数字调整聚焦，直至样品清楚。聚焦调整5.5 选择拍摄方法，灵活更改拍摄时间和张数。(通常浓度高样品使用单帧拍摄方法，即自动曝光后图像捕捉；浓度低样品使用规则积分拍摄或不规则积分拍摄方法，即长时间积分曝光拍摄)5.6 将发光液加在样品上,关闭暗箱门，点击功效按钮5.7 软件自动拍摄，直至完成所设置拍摄张数。5.8 单击功效按钮，进入图象管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保留、删除或分析），如需进行下一次拍摄，单击功效按钮返回至拍摄界面。积分拍摄模式下保留图像格式为多页式TIFF文件，一个文件中可保留多张图像，您能够使用对多页式TIFF文件进行查看。6 RGB反射光源激发样品拍摄方法6.1 打开拍摄界面，自动开启白光反射灯。单击功效按钮相机开启，在图像预览区域显示图片效果。将样品放置紫外透射台中央，关闭暗箱门。白光反射灯6.2 单击功效按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达成最好效果。6.3 调整焦距，直至样品达成屏幕满幅面。焦距调整6.4 调整聚焦，直至样品清楚。焦距调整关闭白光反射灯，打开相对应RGB荧光灯，这时滤光轮自动转到相对应滤镜孔位。（图例中样品激发光源是蓝色荧光光源）蓝色荧光光源6.6 单击功效按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达成最好效果。单击“拍摄”按钮： 6.6 单击功效按钮，进入图像管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保留、删除或分析），如需进行下一次拍摄，单击功效按钮返回至拍摄界面软 件 分 析 指 南 1 系统进入双击桌面图标出现新对话框在对话框内输入用户名和密码，进入系统。管理员初始密码：123456。请立即设置和更改此密码。管理员为最高级用户，拥有最高权限，能够修改其它用户密码，请注意保管好密码。2 功效介绍打开图像后，全部应用程序窗口便处于激活状态。应用程序窗口包含菜单栏、工具栏、图像窗口、工作区和状态栏。下图显示了LANE 1D应用程序窗口上述及其它特征。菜单栏工具栏图像窗口菜单栏: 菜单栏包含了全部LANE 1D命令，这些命令可从菜单栏上菜单列表来选择。同大多数应用程序一样，在选择命令之前，您必需确定命令应用对象（比如，在选择命令之前，应确定已选择了此命令将要应用图像数据）。工具栏： 工具栏是在屏幕顶端按钮条。应用程序窗口此位置包含了LANE 1D最常见到基础强度控制和成像工具当光标移到按钮上时，将出现浅黄色简短描述该按钮功效提醒信息。假如未出现提醒信息，则表面该按钮/功效不可应用于目前图像。本指南对工具栏上26个按钮进行了解述。这些按钮说明及其用途见下：在默认状态下，下面工具栏应紧在菜单栏之下。 图标位图名称打开文件保留图像数据库图像多帧管理扫描图像打印撤消旋转清除爱好区域矩形爱好区域椭圆爱好区域任意爱好区域或魔棒注释放大图像拖动图像对比度调整图像优化图像重置自定义染色噪点消除泳道分析斑点分析菌落分析密度分析距离测量对比度增强工具：对比度增强工具按钮可显示或隐藏对比度增强控制面板。 可经过该面板方便地调整目前活动图像亮度、对比度和伽玛值(BCG)。每个特征由单独滑块控制。可使用亮度控制来改变图像整体亮度。可使用对比度控制来改变图像中明暗部分亮度差异程度。可使用伽玛控制来增强图像中很暗或很亮区域对比度，而对图像中间区域对比度不会有显著影响。向右移动滑块按钮将增强该属性。向左移动则降低该属性。 点击反相按钮，图片会发生对应改变。比如：亮条带暗背景会变成暗条带亮背景。暗条带亮背景会变成亮条带暗背景。点击此按钮将把BCG滑块重置至默认值。点击此按钮，图片会自动进行设置3 图像分析3.1 1D凝胶分析（适适用于DNA/RNA和蛋白质凝胶电泳）：3.1.1打开图像：点击功效按钮 或 出现对话框，在对话框内打开需要分析图片3.1.2 图像旋转：点击对话框中功效按钮 ，可对倾斜图像进行校正进行校正。方法图：快捷调整方法：直接将鼠标移至图像上，将出现旋转符号，旋转网格，让网格横轴和样品条带呈水平即可。提 示:在拍摄前，最好将凝胶在紫外台或白光透射板中放正，从而可省去旋转这一步骤直接进行下一步分析操作。3.1.3 图像调整： 点击功效按钮 对图片有效分析区域进行矩形裁剪。 然后在工具栏中点击编辑中复制、粘贴并新建或直接生成新图像。出现裁剪图片后，可关闭原始图片。提 示：拍摄图片之前，最好把样品尽可能放大到整个屏幕，以确保剪切后图片有足够多像素。 3.1.4 图像增强：点击功效按钮 ，将出现对比增强对话框：可手动对图像进行后期增强或点击自动对图像进行增强。另可点击取消增强。3.1.5 分析设置： 点击功效按钮 将出现右侧对话框3.1.6 泳道识别：点击对话框中泳道，程序将自动识别泳道，并生成泳道轮廓图。 假如有泳道未能识别，或识别错误，能够在对话框中进行删除或添加。另外，可统一修改泳道宽度，可直接在图像上调整单一泳道宽度，也在图像上直接调整泳道识别区域上下沿。3.1.7 初始井设置： 经过初始井可自行定义每个泳道起点。3.1.8 条带识别：点击对话框中条带进行条带自动识别。点击寻求条带，软件将进行自动查找。经过最小条带高度可自动添加和删除条带；也可经过添加条带和删除条带功效进行手动操作。对于微笑条带，可经过弯曲条带功效进行调整。可用鼠标直接在图像上调整条带识别范围可用鼠标在泳道轮廓上调整条带识别范围，正确度高于在图像上调整方法。3.1.9 背景校准：点击对话框中背景进行背景校准。可选择不一样背景扣除方法生成新图像，新图像质量将有所提升。选择扣背景方法后，请点击对话框中显示校准图像，程序将生成一张扣除背景新图像 。3.1.10 标准分子量选择：点击对话框中标准分子量进行MAKER泳道选择和分子量标准选择。程序默认MAKER泳道为1号泳道，假如样品MAKER不是1号泳道，可在对话框中点击重置，再点击选择/取消选择，然后在图片单击MAKER泳道。对话框中将显示正确为MARKER泳道。另外，假如样品中有两个或两个以上MARKER泳道，请在选择时进行多选。可在分子量标准数据库中调用已存有MARKER.假如数据库中没有所需分子量标准，就点击新建对话框。输入目前使用MARKER分子量标准，包含名称、单位选择、遗传物质选择、扩散选择、分子量数据输入。最终：必需点击自动定位。注意：敏感度数值调整将影响AFLP/RFLP及遗传树分析结果。3.1.11 倾斜（双MAKER或多MARKER校准）：假如样品中有两个以上MARKER：请点击倾斜来进行MAKER校正，可在对话框中选择自动倾斜校准，也可经过手动方法添加倾斜线。假如样品是单MARKER话：无需使用倾斜功效，可直接进入结果分析。3.1.12 结果：程序将自动计算出全部条带分子量、IOD、最大OD值、百分比等数据。可自行选择显示方法。在文件中有多个数据导出方法供选择。如需计算条带含量，请在结果中点击校准，选择校准质量， 用鼠标选择MARKER泳道上条带进行点击。然后在对话框中质量一栏中输入该条带质量，在单位一栏中输入单位，如：ug、mg、ng、pg等。（最少输入3个已知质量才能画出标准曲线），最终点击确定。可保留含量曲线，以后只需点击载入调用。在结果中选择把条带含量，表格中将显示全部条带含量。3.1.13 遗传树分析：点击对话框中遗传树分析,可选择遗传树分析方法。可在汇报中输入试验信息直接生成试验汇报，并可打印3.1.14 VNTRs分析：VNTRs多态性分析是一个常见遗传分析方法，可用于群体间遗传关系研究亲缘相关程度分析，群体近交程度分析等等。本软件中VNTRs功效用于对数目可变串联反复位点（Variable number of tandem repeats，VNTRs）进行分析和计算，此功效能够依据电泳软件分析PCR产物各条带分子量大小,再依据每一个特异位点反复单元大小和特异引物扩增产物边缘序列长短,深入确定每个试验样品VNTR特异位点反复单元反复次数。点击对话框中VNTRs，调整反复单元大小和侧翼序列大小，可直接计算出遗传基因频率。可在汇报中输入试验信息直接生成试验汇报，并可打印3.1.15 视图选择：点击对话框中选择视图可对泳道、条带、轮廓图等显示、指示方法进行选择。比如：泳道颜色、条带颜色、字体颜色和大小、数据显示等。3.1.16 汇报生成：点击对话框中汇报，选择汇报输出方法，并输入试验信息。泳道图像汇报轮廓图汇报结果汇报泳道-条带汇报3.1.17 保留试验：点击保留，对目前试验及数据进行存放3.2 Western Blot分析3.2.1 打开图像： 请查看3.1.13.2.2 图像旋转： 请查看 3.1.23.2.3 图像调整： 请查看 3.1.33.2.4 图像增强： 请查看3.1.43.2.5 噪点去除： ECL Western Blot拍摄是积分拍摄，拍摄出图片会有噪点，这时需要去除噪点以后进行分析才不会影响最终结果，方法以下：点击功效按钮 弹出新对话框，直接点击确定。原始图像消除噪点后图像3.2.6合并MARKER泳道：拍摄ECL样品时，肉眼可见MARKER泳道是无法和其它泳道拍摄在同一张图像中，所以，在分析前，我们需要将MARKER和其它泳道进行图像合成操作。 第一步：点击文件中新