T∕CVMA 97-2022 口蹄疫病毒与新泽西型和印第安纳型水泡性口炎病毒三重荧光RT-PCR检测方法.pdf

ICS 11.220B 41团体标准T/CVMA 972022口蹄疫病毒与新泽西型和印第安纳型水泡性口炎病毒三重荧光 RT-PCR 检测方法Triplex real time RT-PCR detection method for foot and mouth diseasevirus、New Jersey and Indiana vesicular stomatitis virus2022 - 08 - 12 发布2022 - 08 - 12 实施中国兽医协会发 布T/CVMA 972022I目次前言.II引言.III1范围.12规范性引用文件.13术语和定义.14缩略语.15仪器和设备.26试剂和材料.27病料采集和处理.28病毒总核酸的提取.29荧光 RT-PCR 反应.210生物安全要求.4附录 A（资料性）病原基因参考序列.5附录 B（资料性）附表：引物和探针序列. 6附录 C（资料性）病毒核酸提取步骤.7T/CVMA 972022II前言本文件按照GB/T 1.12020标准化工作导则 第1部分：标准化文件的结构和起草规则的规定起草。本文件涉及专利。本文件由中国海关科学技术研究中心提出。本文件由中国兽医协会归口。本文件起草单位： 中国海关科学技术研究中心， 聊城市畜牧兽医事业发展中心， 沈阳海关技术中心。本文件起草人：史喜菊、刘艳华、杜思乐、赵相鹏、陈金海、耿庆华、白子龙、张小寒、张佳玮、张伟、任彤、高志强、赖平安、蒲静、刘全国、李炎鑫。T/CVMA 972022III引言本文件的发布机构提请注意， 声明符合本文件时， 条目6.6和条目9的内容可能涉及到相关专利的使用。本文件的发布机构对于该专利的真实性、有效性和范围无任何立场。该专利持有人已向本文件的发布机构保证， 愿意同任何申请人在合理且无歧视的条款和条件下， 就专利授权许可进行谈判。 该专利持有人的声明已在本文件的发布机构备案。 相关信息可以通过以下联系方式获得：专利持有人姓名：中国海关科学技术研究中心。地址：北京市朝阳区甜水园街6号。请注意除上述专利外， 本文件的某些内容仍可能涉及专利。 本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。T/CVMA 9720221口蹄疫病毒与新泽西型和印第安纳型水泡性口炎病毒三重荧光RT-PCR 检测方法1范围本文件规定了口蹄疫病毒与新泽西型和印第安纳型水泡性口炎病毒三重荧光RT-PCR检测方法操作规程。本文件适用于口蹄疫病毒和新泽西型和印第安纳型水泡性口炎病毒的鉴别诊断。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。 凡是注日期的引用文件， 仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB 19489实验室生物安全通用要求NY/T 541动物疫病实验室检验采样方法3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1三重荧光 RT-PCRTriplex real time RT-PCR三重荧光反转录-聚合酶链式反应。3.2Ct 值Cycle threshold每个反应孔内的荧光信号达到设定阈值时所经历的循环次数。4缩略语下列缩略语适用于本文件。FMDV：口蹄疫病毒（Foot and Mouth Disease Virus）VSV-NJ：新泽西型水泡性口炎病毒（New Jersey Vesicular Stomatitis Virus）VSV-IND：印第安纳型水泡性口炎病毒（Indiana Vesicular Stomatitis Virus）FAM: 6-羧基荧光素(6-Carboxyfluorescein)Cy5：荧光发光基团T/CVMA 9720222Hex：六氯-6-甲基荧光素（6-Hexachlorofluorescein）BHQ：荧光淬灭基团5仪器和设备多通道荧光PCR仪、生物安全柜、冰箱（2 6 和-20 ） 、台式冷冻离心机、组织匀浆机、漩涡器、移液器及吸头（至少包括10 L、200 L和1000 L三个量程） 。6试剂和材料6.1病毒总核酸提取试剂 TIANamp Virus DNA/RNA Kit 或者其他等效核酸提取试剂。6.2Multiplex one-step RT-PCR kit 或者其他等效多重荧光 RT-PCR 试剂。6.3无水乙醇（分析纯）和 75%乙醇（用新开启的分析纯无水乙醇和 DEPC 处理水配制）及实验用水按照 GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法规定使用，-20 预冷。6.4阳性对照口蹄疫病毒体外转录的非感染性RNA片段、新泽西型和印第安纳型水泡性口炎病毒体外转录的非感染性RNA片段,片段序列见附录A。6.5阴性对照口蹄疫病毒阴性样品、新泽西型和印第安纳型水泡性口炎病毒阴性样品。6.6引物和探针序列引物和探针序列见附录B。7病料采集和处理病料采集和处理，请遵照NY/T 541动物疫病实验室检验采样方法有关规定进行操作。8病毒总核酸的提取见附录C。9荧光 RT-PCR 反应9.1多重荧光 RT-PCR 反应体系多重荧光RT-PCR反应体系配制见表1。T/CVMA 9720223表 1一步法多重荧光 RT-PCR 反应体系（总体积 20 uL）混合液组份体积uL终浓度nM2Multiplex RT-PCR 缓冲液101Multiplex 酶混合液11引物混合物1.6400FMDV 探针（FAM 标记）0.4200VSV-NJ 探针（Cy5 标记）0.4200VSV-IND 探针（Hex 标记）0.4200病毒总核酸5DEPC 水补至总体积至20注：1. 引物混合物指的是3种病原的所有引物。 2. 此反应体积以Path-IDTM Multiplex one-step RT-PCR kit为例，如果使用其他等效试剂，请遵照试剂说明书配制。将混合液充分混合后， 最后加入模板， 简短离心， 按照下列反应程序， 进行一步法荧光RT-PCR反应。9.2荧光 RT-PCR 反应程序荧光RT-PCR反应程序见表2。表 2荧光 RT-PCR 反应程序48 10 min95 10 min5 15 sec44 个循环60 45 sec9.3结果描述及判定9.3.1质控标准所有阳性对照（FAM、Cy5和Hex）均有S形扩增曲线，阴性对照（FAM、Cy5和Hex）均无扩增曲线且Ct40或者无值。满足此条件，视为此次实验有效。9.3.2结果判断和鉴别有扩增曲线，且Ct35，判定为核酸检测阳性；T/CVMA 9720224有扩增曲线，但35Ct40，属于疑似区间，需要重新确认，建议使用单荧光RT-PCR方法确认；如果Ct值仍然40，则判定为核酸检测阳性，如果Ct值40或者无Ct值，判定为核酸检测阴性。没有扩增曲线，或者Ct40，判定核酸检测阴性。FAM阳性荧光信号表示FMDV核酸检测阳性，Cy5阳性荧光信号表示VSV-NJ核酸检测阳性，Hex阳性荧光信号表示VSV-IND核酸检测阳性；两种阳性荧光信号表示对应的其中两种病毒核酸检测阳性，三种阳性荧光信号表示FMDV、VSV-NJ和VSV-IND三种病毒核酸检测阳性。10生物安全要求样品处理和核酸提取以及废弃物处理按照GB 19489实验室生物安全通用要求规定，在相应等级的生物安全实验室或者生物安全柜中进行，并做好个人防护。T/CVMA 9720225AA附录A（资料性）病原基因参考序列A.1FMDV-3D 基因参考序列cacatggact acggaactgg gttttacaaacctgtgatgg cctcgaagac cctcgaggct atcctctcct ttgcacgccgtgggaccatacaggagaagt tgatctccgt ggcaggactc gccgtccact ccggacctga cgagtaccggcgtctctttgagcctttcca aggtctcttc gagattccaa gctacagatc actttacctgcgatgggtga acgccgtgtg cggtaatcacA.2VSV-NJ 基因 L 参考序列attgctcttt atgcatgacc ctgcaataag acattctctg tatacagtcc aggaaaagat acctggtttg cacaccagaacattcaaata tgctgtgtta tatctagatc cttcaatcgg aggggtgtgt ggtatggcgt tgtctcgatt cttaatcagagcatttccag atccagtaac agagagcctt tcattctgga aatttatttatgaacatgcc tctgagcctc atcttaaaaagatggctgta atgtttgggg accctccaatA.3VSV-IND 基因 L 参考序列ctcttgttga tgatgcatga tcctgctctt cgtcaatcat tgtatgaagt tcaagataag ataccgggct tgcacagttctactttcaaa tacgccatgt tgtatttgga cccttccatt ggaggagtgt cgggcatgtc tttgtccagg tttttgattagagccttccc agatcccgta acagaaagtc tctcattctg gagattcatccatgtacatg ctcgaagtga gcatctgaaggagatgagtg cagtatttgg aaaccccgagT/CVMA 9720226BB附录B（资料性）引物和探针序列引物和探针序列见表B.1。表B.1 引物和探针序列病原靶基因引物名称序列口蹄疫病毒（FMDV）3D 基因FP15 ACTGGGTTTTACAAACCTGTGATG 3FP25 CTGGGTTTTATAAACCTGTGATGGC 3RP15 CCACGGAGATCAACTTCTCCT 3RP25 TGCCACAGAGATCAACTTCTCC 3RP35 CCACGGAAATCAACTTCTCCTG 3Probe15FAM-TCTCCTTTGCACGCCGTGG-BHQ1 3Probe25FAM-TCCTCTCCTTTGCACGTCGTG-BHQ1 3新泽西型水泡性口炎病毒（VSV-NJ）L 基因FP15GCTCTTTATGCATGACCCTGC 3FP25TGCTTTTTATGCATGACCCWGC 3RP15CGAGACAACGCCATACCACA3Probe15Cy5-CTGGTTTGCACACCAGAACATTCA-BHQ2 3印第安纳型水泡性口炎病毒（VSV-IND）L 基因FP15TGATGATGCATGATCCWGCTCT 3RP15ACACWCCTCCAATGGAAGGGT 3Probe5HEX-ACCGGGCTTGCACAGTTCTAC-BHQ1 3T/CVMA 9720227CC附录C（资料性）病毒核酸提取步骤C.1 Carrier RNA 溶液的配制C.1.1 Carrier RNA储存液配制向装有310 g Carrier RNA冻干粉的管子中加入310 L RNase-Free ddH2O，将Carrier RNA彻底溶解，得到终浓度为1 g/L的溶液，并分装，置于-20 储存。C.1.2 Carrier RNA工作液配制根据样品数量计算所需缓冲液GB和Carrier RNA溶液的体积 （计算公式如下1和2），将缓冲液GB与Carrier RNA溶液颠倒混匀，即得到Carrier RNA工作液；为避免溶液出现起泡现象，请勿使用涡旋振荡。.(1)公式（1）中：y为需要加入缓冲液GB的体积（mL） ；n为同时提取的样品个数；m=0.22 mL。.(2)公式（2）中：z为需要加入Carrier RNA溶液的体积（L）；y为需要加入缓冲液GB的体积（mL） ；x=28 L/mL。C.2操作步骤C.2.1用移液器将 20 L Proteinase K 加入一个干净的 1.5 mL 离心管中。C.2.2向离心管中加入 200 L 血浆/血清/病毒培养液或 25 mg 组织匀浆（样品需平衡至室温），如果样本体积小于 200 L，可加入 0.9%NaCl 溶液补充。C.2.3加入 200 L Carrier RNA 工作液，盖上管盖，涡旋振荡 15 sec 混匀。C.2.456 孵育 15 min，简短离心，收集附着在管壁及管盖的液体。C.2.5加入 250 L 无水乙醇，涡旋振荡 15 sec，彻底混匀，在室温（15 -25 ）放置 5 min。C.2.6简短离心，收集附着在管壁及管盖的液体。C.2.7将离心管中的溶液和絮状沉淀全部转移至 RNase-Free 吸附柱 CR2（吸附柱放在收集管中），盖上管盖， 6000g 离心 1 min，弃收集管中的废液，将吸附柱放回收集管中。C.2.8小心打开吸附柱盖子，加入 500 L 溶液 GD（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），盖上管盖，6000g 离心 1 min，弃收集管中的废液，将吸附柱放回收集管。T/CVMA 9720228C.2.9小心打开吸附柱盖子，加入 600 L 溶液 PW（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），盖上管盖，静置 2 min， 6000g 离心 1 min，弃收集管中的废液，将吸附柱放回收集管。C.2.10重复步骤 2.9。C.2.11小心打开吸附柱盖子，加入 500 L 无水乙醇，盖上管盖， 6000g 离心 1 min，弃收集管中的废液。C.2.12将吸附柱放回收集管中，13400g 离心 3 min，使吸附膜完全变干，弃收集管中的废液。C.2.13将吸附柱放入一个新的 RNase-Free 离心管（1.5 mL）中，小心打开吸附柱的盖子，室温放置3 min，使吸附膜完全变干。向吸附膜的中间部位悬空滴加 20-150 L RNase-Free ddH2O，盖上盖子，室温放置 5 min。C.2.1413400g 离心 1 min，收集到的即为病毒总核酸（DNA 或 RNA）。注：上述提取步骤以TIANamp Virus DNA/RNA Kit为例，如果使用其他等效核酸提取试剂，请遵照试剂盒使用说明书操作。_