文献检索要点归纳.doc

医学文献检索
说明：这份资料是我自己根据老师上课说的重点整理的，可能有漏掉的内容，以老师PPT及课堂内容为准。有些部分是我自己打字，可能有错别字，大家自行脑补。
祝考好。
第一部分：检索基础
1、医学文献检索（Medical Literature Retrieval）是一门以培养医学生的信息意识、掌握用手工或计算机方式从文献中获取知识和科技情报信息的工具性课程，是培养人们独立学习能力的一种专门知识。
文献检索(Literature Retrieval):利用检索工具，准确、全面地查询与特定研究课题有关的文献资料的过程就是文献检索。
2、获取文献的方式：a)平时阅读积累:专业书、刊、报纸、电视、广播、Internet
b)同行交流：会议、讨论
c)集中检索获取（主要方式）：利用检索工具定期或不定期检索
d)定题服务：新的获取文献信息的方式
3、定题服务的方式：针对特定课题，提供最新文献的一种服务方式，其服务手段包括：
(1)检索获取最新文献服务：图书馆针对专业用户的服务方式
(2)RSS服务：一些网站的个性化服务、邮件订购：如我的yahoo!，我的图书馆、Google快讯、my ncbi等方式
(3)其他：如丁香园论坛、小木虫等。
4、文献：记录有知识的一切载体的统称。 即用文字、图像、符号、声音、音频、视频、编码等手段记录的人类知识的各种载体。
按载体形式分：（1）印刷型文献
（2）机读型文献：需要借助一定的机器设备方可阅读的文献。
①缩微型文献
②视听型文献
③数字化文献
印刷型和数字化型是主要的文献载体形式
按出版形式分：（1）图书ISBN（book）：包括专著、汇编本、多卷本、丛书等
（2）期刊ISSN(Periodical) ： 以印刷形式或其他形式逐次刊行的，通常有数字或年月顺序编号，并打算无限期地连续出版下去的出版物。
（3）会议文献(Proceeding )： 在各种学术会议上发表的论文、报告及其他有关资料。
特点：内容新颖，及时性强;学术水平高，专业性强，可靠性高，一般是学科关注的热点和发展前沿
（4）学位论文(Dissertation )：高等院校或研究机构的学生为获取某种学位而撰写的学术论文。按学位的不同分为学士论文、硕士论文和博士论文
特点：内容比较系统、完整、详细；具有学术性和独创性；部分有保密性。
（5）政府（组织）出版物(Government Publication)：政府部门及其所属机构所颁发出版的文献。
（6）专利文献(Patent)：是专利制度的产物，广义上是指所有与专利有关的资料。狭义上的专利文献仅指专利说明书
特点：内容新颖、技术性强、实用性强并具有法律效力等，是寓技术、法律和经济于一体的带有启发性的一种重要文献信息。
（7）标准(Standard Literature)（8）报纸(Newspaper)（9）科技报告
5、文献的级别：按文献所含知识的加工层次可分为三级。
一次文献：即原始文献，通常指作者的原始创作。
专著、期刊论文、学位论文、研究报告、会议论文、专利说明书等都属于一次文献。
二次文献：通称检索工具。
题录、目录、索引、文摘等属于二次文献。
三次文献：一般是在广泛利用二次文献的基础上，选用大量的一次文献，经过阅读研究、并浓缩提炼而成。
如：年鉴、进展、述评、综述等。
零次文献(灰色文献)：未公开发表的文献。
6、信息组织：对信息的外表特征（标题、作者等）及内容特征进行描述及排序，使之有序化的过程，是检索的基础前提。
信息组织方法：
a分类：《中国图书馆分类法》
b主题：主题词（人工语言）：《医学主题词表》（Medical Subject Headings，MeSH）
关键词（自然语言）
中图一共分22类，其中R类是医学。
7、检索工具的种类：按著录格式分
（1）目录（Catalog）
（2）索引（Index）（也称题录）
（3）文摘（Abstract）
题录：
指检索工具所著录的篇名、著者（可有工作单位和地址）、出处（论文原刊载的刊物名，出版年，卷期页）、语种等项目，不包括文摘。
8、检索技术：
a布尔逻辑检索：与：A and B 或 A*B
或：A or B 或 A+B
非：A not B 或 A and not B 或 A-B
b截词检索: 截词符号有问号？、星号 * 、井字符 # 等
c字段限制检索: 不同数据库有不同形式。
“提问”[字段名] eg:HIFU[TIAB]

9、文献检索的步骤：（一）对欲检索课题进行分析*
弄清课题学科属性、专业范围及其相关内容;弄清课题的信息类型和时间要求; 考虑课题特殊要求;明确用户自身的信息需求
（二）选择检索工具*
了解各检索工具的收录范围、检索途径等。
（三）选择检索途径，确定检索标识*
运用检索语言，对课题进行准确全面的标引
（四）优化检索策略，查找文献线索
（五）索取原始文献
10、检索工具的评价：查全率=被检索出相关信息量/相关文献信息总量（%）
查准率=被检索出相关信息量/被检出信息总量（%）
第二部分：搜索引擎
1、搜索引擎与数据库的区别：搜索引擎是一种在web上应用的软件，它以一定的策略在web上搜集和发现信息，在对信息进行处理和组织后，为用户提供web信息查询服务。
搜索引擎是一个网站，该网站通过运行一个软件，在网络上通过各种链接，自动获得大量站点页面的信息，并按照一定规则进行归类整理，从而形成数据库，以备查询。
学术搜索引擎是否等同于专业文献数据库呢？
v 二者不能画上等号
v 学术搜索引擎更像是一种一站式检索的工具，也就是把面向搜索引擎开放的数据库中的资料检索出来，界面简单，操作方便，查全率较高。但它的检索效率是取决于数据库本身的。
v 专业文献数据库拥有更高级的检索界面，许多数据库独特的检索方式只有通过这些高级检索操作才能获得更加精准的检索结果。
因此，二者应该结合起来使用。

2、返回信息列表。每条列表对应一个网页且应包含下面三个要素：
（1）标题；
（2）URL；
（3）摘要。
3、搜索引擎的异同：好的搜索引擎能够快速帮我们找到最有价值的信息。
爬取范围和数量不同
索引方式不同
反馈结果数量不同
排序方式不同
交互功能不同
结果呈现方式不同
4、常用语法
a)精确匹配：（1）引号可以避免搜索引擎拆分关键词。
（2）《》百度的特殊用法：书名号会出现在搜索结果中；不会被拆分
b)filetype：说明：特定文档类型的搜索
语法：关键词 filetype:* 或 filetype:* 关键词
举例：肿瘤 filetype:ppt
c)intitle: 说明：限定关键词只出现在网页标题中
语法：intitle:关键词
举例：搜索引擎 intitle:技巧
d)inurl: 说明：网址中必须含有关键词
语法：关键词 inurl:*
举例：教师招聘 inurl:
e) 说明：特定网站中搜索
语法：关键词 site:网址
举例：招聘 site: (后面的网址不能在加www)
f)网页快照
5、学术搜索引擎：Google Scholar 百度学术
SCIRUS SciVerse、Researchindex、INFOMINE、Intute，等
6、网络主流搜索引擎：1. bing （
2. alta vista （）
3. ask （）
4. dmoz （www.dmoz.org）
4. search （）
6. 医学搜索引擎
5. 其他Yahoo Sogou soso
外事不决问Google；内事不决问baidu；上网逛逛用yahoo!、dmoz；有问题就问ask；主题检索用search。学术搜索用Google scholar、Scirus，等。
7、检索式写法：
eg:在重医校网上搜索标题是“医学文献检索”的pdf格式的有关文献。
检索式：intitle:医学文献检索 （要有空格）filetype:pdf (空格)site:
8、图书搜索
读秀：提供知识、图书、期刊、报纸、学位论文、会议论文等搜索。文件类型很多
超星
Google图书
第三部分：数据库（CBM、维普、CNKI、万方、PubMed）
CBM:1、简介：a、中国生物医学文献数据库（CBM）
b、全部题录均进行主题标引和分类标引等规范化加工处理
c、收录1978年以来中国生物医学期刊、汇编、会议论文的文献题录
d、学科覆盖范围：涉及基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医学及中药学等生物医学的各个领域
e、NLM最新版《医学主题词表》（MeSH）;
中国中医研究院中医药信息研究所《中国中医药学主题词表》
《中国图书馆分类法·医学专业分类表》
f、不提供原文
2、检索规则：
u 检索字段：
u 智能检索：自动实现检索词及其同义词(含主题词)的同步扩展检索
主题词：在标引和检索中用以表达文献主题的规范化的词或词组。
主题词=叙词
自由词：词表以外的未经规范化处理的自然语言词汇
款目词：即主题词的同义词或相关词，作用是将自由词引见到主题词，丰富和增强词表功能。
副主题词：副主题词是对主题词概念的进一步限制和划分。
使主题词/副主题词的组配成为一个更专指的概念。
u 逻辑运算：and or not 大小写均可；前后要有空格
顺序：not>and>or
u 截词检索：? %
u 其他特殊符号：
文献主题：概括文献中关于某一事物的情报内容的概念
3、检索方式：掌握5种。快速检索、高级检索、主题检索、分类检索、期刊检索、作者检索、机构检索、基金检索、引文检索
检索字段：

快速检索：全部字段执行智能检索。（增加了查全率）
高级检索：“常用字段”是中文标题、摘要、关键词、主题词的组合。
每次构建一个检索词的表达式，不支持逻辑运算符“AND”，“OR”和“NOT”构建包含多个检索词的表达式。构建表达式时，输入的字符串自动用英文双引号包围作为一个整体。如：“肺肿瘤”[常用字段]。

主题检索：主题词加权：就是仅对主题词表中相关的添加了星号（*）的主要主题词进行检索 （增加了查准率）
主题词扩展：当前主题词及其所有下位主题词进行检索。 （增加了查全率）
分类检索：
期刊检索：更名期刊，可以把所有的期刊都找到。
作者检索：作者检索状态下仅用作者姓名检索等同于字段检索中的作者检索
第一作者功能：第一作者检索可以将不同单位的作者区分开来
4、CBM检索式
eg: “来自湖南中医药大学的作者撰写的关于糖尿病方面的文章”
a)高级检索
#1作者单位：湖南中医药大学 （：表示模糊检索。=表示精确检索）
#2中文标题=糖尿病
#3 #1 and（AND）#2
b)主题检索
#1作者单位：湖南中医药大学
#2糖尿病/治疗 [加权/不扩展]
#3 #1 and（AND）#2
5、检索结果处理：a)结果分析---从主题排序得到研究热点
b)我的空间---文献更新、跟踪；对检索历史重新检索
c)我的数据库---对到的检索文献保存和再索取

其他中文数据库
维普（中文科技期刊数据库）网址：
CNKI(中国知网)网址：
万方（万方数据）网址：
以上三个数据库的文献包括全部学科，并且提供全文。

1、维普数据库：a)仅提供期刊类的文献。
b)扩展检索条件包括以下三个：时间、专业限制、期刊范围
c)有查看同义词、同名作者等功能
d)逻辑符号：* 代表and；+ 代表or；— 代表not；顺序（）> — > * > +
e)字段：用字母代码表示，大小写均可。
S=机构；m=提名或关键字；
eg: “来自湖南中医药大学的作者撰写的关于糖尿病方面的文章”
f)检索式：s=湖南中医药大学 * m/k/t(任选一个)=糖尿病
2、CNKI: a)与维普数据库的最大区别：提供更多的文献类型。
b) 主办单位：清华大学
行政主管部门：国家教育部
行业主管部门：国家新闻出版总署
c) 文献类型有期刊、博硕学位论文、会议论文、专利、标准、成果、法规、古籍、年鉴、工具书、外文文献、引文等多种资源于一体的集题录、文摘、全文于一体的大型中文数据库检索平台，连续动态更新。
d) 收录范围：国内8000余种综合期刊与专业特色期刊的全文，内容覆盖自然科学、工程技术、农业、哲学、医学、人文社会科学等各个领域 ，全文文献总量3690多万篇。
e) 收录年限： 1915收年至今（部分刊物回溯至创刊）
f)可以查看文献的下载和被引用次数
g)数据库框架

h)注意行内检索与行间检索之间的顺序。先行内，后行间。
i)高级检索：1字段“主题”与CBM的区别：主题是在与主题相关的若干字段中进行检索，不同于CBM的主题（词）检索
2检索结果处理：分组浏览：来源数据库、学科、发表年度、研究层次、作者、机构、基金
排序依据：主题（默认）、发表时间、被引、下载

j)通过上调词频可以提高文献的查准率
3、万方：a)全部学科，文献类型较多
b)特点：中华医学会独家版权
c)高级检索结果分析功能：

注：经典论文：依据是被引频次
外文数据库：PubMed
PubMed: a)免费的权威生物医学文献检索工具
由美国国立医学图书馆(NLM)的下属部门NCBI（National Center of Biotechnology Information）开发
收录文献超过2200万篇，目前年报道文献量80多万条，每天更新,每周集中处理
b)收录文献类型：期刊，部分在线图书
c)学科范围：主要来源于生物医学、医学（health），部分来源于生命科学、行为科学、化学科学和生物工程
d)网址：http://www.pubmed.org
http://www.pubmed.gov

e)数据组成：
Ø Medline（1966- ）：记录标注[PubMed - indexed for MEDLINE]
Ø PreMedline：记录标注[PubMed - in process]
Ø Publisher Supplied Citation：记录标注[PubMed - as supplied by publisher]
Ø Old Medline（ -1965）
f)特点：提供检索词自动转换匹配（见“基本检索”）
免费提供题录、文摘及部分全文
提供原文链接(部分可免费获取）
g)检索方法：基本检索、高级检索、主题检索、检索结果过滤
基本检索：a)单词、词组、句子检索
提供检索词列表及自动转换匹配
输入词组或句子时，系统会自动分词，进行转换匹配以提高查全率
也可进行精确短语检索：“检索词”
1、Journals Translation table(词语自动转换匹配)
包括刊名全称、缩写和ISSN号（期刊号）。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE的标准缩写+[Journal]"后进行检索。
例：New England journal of medicine 转换为“N Engl J Med”[Journal]
2、Phrase List：该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。
如果PubMed 系统在MeSH词表和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找该短语表。
3、 Author Index：当一个短语在前三个表中都找不到匹配词时，
PubMed就会自动到作者索引中查找。
对于作者检索，英文检索工具一般要求姓在前，名在后，姓用全称，名用缩写。PubMed对2002年起的文献可以用全称检索，但检索结果显示的还是姓全称，名缩写的形式。使用姓名全称可提高查准率
b) 字段： AB-Abstract
LA-Language
AD-Affiliation
MH-MeSH Terms
AU-Authors
PMID-PubMed Unique Identifier
CY-Country
PT-Publication Type
DP-Publication Date
SO-Source
EDAT-Entrez Date
TA-Journal Title Abbreviation
GS-GeneSymbo
TI-Title
IS-ISSN
UID-Unique Identifiers
c)截词检索、字段限制、精确检索“”时会关闭自动词语匹配功能
d) 布尔逻辑运算符号：与：AND （也可使用空格）
或：OR
非：NOT
运算优先级为: ( )> NOT > AND > OR
布尔逻辑运算式中的词可以带截词符、带字段标识符、带引号等。
高级检索：
a)字段：

b)检索历史的作用：显示检索过程
可以进行逻辑组配
可以对检索历史进行多项操作
3、主题检索
a) 检索结果数量是词表中词的数量（不是文献数量）; 检索结果按相关性排序。
b)副主题词；加权 扩展 款目词 主题词树（位置、作用）

4、检索结果过滤（filters）
文本过滤、出版时间过滤、研究对象过滤、文献类型过滤、语种过虑、额外过滤
检索结果过滤（限制检索）：主要功能是对检索结果按照文献的属性进行过滤，从而提高查准率，有助于检索者快速查找自己所需要的文献
5、 结果处理：a) 文献跟踪：Save search: 与高级检索的检索历史中
“save in my NCBI” 可将检索式保存到My NCBI，提供最新文献。
前提条件：必须注册一个My NCBI账号并登录
RSS：需要安装RSS阅读器
RSS定制后，与课题相关的最新文献将被推送到RSS阅读器，方便追踪课题，了解研究动态。
b)Send to:检索结果保存。对检索结果的保存默认情况下是对所有检索结果进行处理，也可以选择最需要的结果进行处理。
File:将全部检索结果或选中的文献保存到本地电脑中

c)Display Settings:显示格式设置

d)结果显示：文献标题、出处、作者、数据来源
默认显示题录格式
6、My NCBI: a)My NCBI个性化服务需要注册并登录才能使用。
提供建立个人在线文献集、数据库、检索策略保存、自定义过滤器等
b)Save in My NCBI/Save Search:
保存检索表达式，方便下次进入时检索文献
可设置定题服务，通过电子邮件对课题进行跟踪
7、PubMed检索式
Eg: 检索重庆医科大学关于肝癌的文献
1、高级检索：
#1 Chongqing medical university [AD]
#2 liver cancer [All fields]/[Title]
#3 #1 AND #2 (AND一定要大写)
2、主题检索
#1 Chongqing medical university [AD]
#2 liver Neoplasm/Therapy [Mesh]
#3 #1 AND #2
第四部分 文献管理
1、常用检索工具：

2、文献管理软件：
Endnote
Endnote web
Reference Manager
RefWorks
QUOSA
Mendeley
Zotero
ProCite
医学文献王
免费全文下载（主要来自PubMed）
CNKI E-Learning
NoteExpress
北京爱琴海软件公司研发
目前已被清华大学、北京大学医学部等正式采用
NoteFirst
3、 文献管理软件的功能：检索 管理 分析 发现 写作
4、 NoteExpress
a)题录导入有4种方式：
n 联机检索导入
n 过滤器导入
n 手工添加
n 全文导入和题录更新
b) 题录管理
n 虚拟文件夹：对题录进行分门别类的管理。
n 附件：添加题录附件。选择需要添加的附件文件拖送至“附件”预览窗口
n 题录查重：查找重复题录
n 题录标记：对题录使用标记以突出题录。默认情况下，NE已经设置了五个 等级的标记。
n 题录统计：准确了解个人数据库中的题录信息，NE提供了基本的统计功能
c)文献应用
本地检索
组织
笔记
辅助写作
第五部分 医院信息系统
1、医院信息系统（Hospital Information System，HIS）：利用电子计算机和通讯设备，为医院所属各部门提供对病人诊疗信息和行政管理信息的收集、存储、处理、提取及数据交换的能力，并满足所有授权用户的功能需求。包括HMIS和CIS
收集的信息内容：
患者信息
个人基本信息、医保信息、ＩＤ
检查信息
望触扣听／望闻问切；化学检查、图象检查、声像检查等
诊疗信息
诊断信息 - 临床、化验、图象、病理 诊断
治疗信息 - 医嘱、治疗方案、手段、处方及护理
药品、价格等信息
2、临床信息系统（Clinical Information System，CIS）：指利用计算机软硬件技术、网络通讯技术对病人信息进行采集、存储、传输、处理、展现，为临床医护人员和医技科室的医疗工作服务，为提高医疗质量为目的的信息系统。
a)构成：门诊医生工作站
住院医生工作站
护士工作站
3、电子病历（Electronic Medical Record，EMR）：也叫计算机化的病案系统或称基于计算机的病人记录（CPR, Computer-Based Patient Record）。它是用电子设备（计算机、健康卡等）保存、管理、传输和重现的数字化的病人的医疗记录，取代手写纸张病历。它的内容包括纸张病历的所有信息。
EPR与HIS是相互关联的，一方面EPR从HIS获得病人、医生、仪器、设备等相关信息。另一方面，EPR中的临床信息可借助HIS，被医院各部门利用，提升医院的管理水平和经济效益；可借助医疗决策支持系统，提高医疗质量；可借助于广域网，实现信息共享，为远程医疗、教学科研提供平台。电子病历是CIS的核心。
4、PACS系统（Picture Archiving Communication System）
影像归档和通信系统。 是应用在医院影像科室的系统，主要的任务就是把日常产生的各种医学影像（包括核磁，CT，超声，各种X光机，各种红外仪、显微仪等设备产生的图像）通过各种接口（模拟，DICOM，网络）以数字化的方式海量保存起来，当需要的时候在一定的授权下能够很快的调回使用，同时增加一些辅助诊断管理功能。它在各种影像设备间传输数据和组织存储数据具有重要作用。
5、主要厂商：戴尔
西门子
金仕达卫宁
中联