不同繁殖力绵羊睾丸组织新转录本注释及功能解析.pdf

第5 1卷 第9期2 0 2 3年9月西北农林科技大学学报(自然科学版)J o u r n a l o f N o r t h w e s t A&F U n i v e r s i t y(N a t.S c i.E d.)V o l.5 1 N o.9S e p.2 0 2 3网络出版时间:2 0 2 3-0 3-0 8 0 9:4 1 D O I:1 0.1 3 2 0 7/j.c n k i.j n w a f u.2 0 2 3.0 9.0 0 2网络出版地址:h t t p s:/k n s.c n k i.n e t/k c m s/d e t a i l/6 1.1 3 9 0.S.2 0 2 3 0 3 0 6.1 7 2 1.0 0 2.h t m l不同繁殖力绵羊睾丸组织新转录本注释及功能解析 收稿日期 2 0 2 2-0 6-0 7 基金项目 国家自然科学基金项目(3 2 1 6 0 7 9 2)作者简介 伏晓玉(1 9 9 6-),女,甘肃秦安人,在读硕士,主要从事高原家畜繁殖生理研究。E-m a i l:3 2 7 8 4 6 7 7 2 1q q.c o m 通信作者 王欣荣(1 9 7 4-),男,甘肃临潭人,教授,硕士生导师,主要从事高原家畜繁殖生理研究。E-m a i l:w a n g x r g s a u.e d u.c n伏晓玉,柳苗苗,杨雅楠,闫尊强,王欣荣(甘肃农业大学 动物科学技术学院,甘肃 兰州 7 3 0 0 7 0)摘 要【目的】完善和优化绵羊(O v i s a r i e s)基因组注释信息,解析绵羊睾丸组织在不同繁殖力水平的遗传机理。【方法】以高繁殖力绵羊品种湖羊和低繁殖力绵羊品种藏绵羊(各3只)为研究对象,采集其睾丸组织,提取R NA,构建c D NA 文库,进行R NA-S e q测序,对测序数据进行组装。利用C u f f c o m p a r e软件对重新组装的测序数据与绵羊参考基因组进行比对分析,优化已注释基因的结构,并挖掘新转录本,对新转录本进行G O和K E G G通路分析。使用D E S e q软件挖掘差异表达新转录本,对其进行GO和K E G G通路分析。随机选取表达显著上调和下调的新转录本各5个,采用实时荧光定量P C R(R T-q P C R)对其表达水平进行验证。【结果】对6只供试羊构建了6个独立的c D NA文库,共获得2 6 6 0 0 9 5 6 6个原始读段,质量控制后得到1 3 3 0 0 4 7 8 3个过滤后读段;6个c D NA文库过滤后读段的G C含量在4 9.6 1%5 1.1 4%,符合碱基组成规律,Q3 0比例9 2.9 6%。对4 2 7 3个已注释基因的结构进行了优化,其中5 非翻译区域(UT R)延伸基因2 0 2 7个,3 UT R延伸基因1 9 0 7个,5 和3 UT R同时延伸基因3 3 9个。挖掘到1 2 1 7 8个新转录本,G O功能分析显示,2 4 1 6个新转录本注释到生物学过程、细胞组成和分子功能;K E G G富集发现新转录本显著富集在单纯疱疹病毒型感染、过氧物酶体、河马信号通路。与湖羊相比,藏绵羊睾丸组织中有1 5 5个新转录本表达差异显著,其中1 0 3个表达上调,5 2个表达下调;GO功能分析显示,差异新转录本富集在细胞过程、膜部分、绑定等条目;K E G G富集发现差异新转录本显著富集在钙信号通路和核因子-B炎症信号通路等。1 0个差异表达新转录本的R T-q P C R验证试验结果与R NA-S e q结果趋势一致。【结论】从湖羊和藏绵羊睾丸组织中共挖掘出1 2 1 7 8个新转录本,其中1 5 5个差异表达。这些新转录本主要通过参与细胞功能、生物调节和代谢途径,以及通过核因子-B炎症信号和钙信号通路广泛参与调控生殖细胞的增殖与分化、睾酮的分泌、免疫应答、C a2+跨膜转运等途径,进而调控绵羊睾丸的发育和精子的发生。关键词 湖羊;藏绵羊;睾丸;新转录本;家畜繁殖 中图分类号 S 8 2 6.2 文献标志码 A 文章编号 1 6 7 1-9 3 8 7(2 0 2 3)0 9-0 0 1 1-1 0A n n o t a t i o n a n d f u n c t i o n a l a n a l y s i s o f n e w t r a n s c r i p t s f r o m t e s t i c u l a r t i s s u e s o f s h e e p w i t h d i f f e r e n t f e r t i l i t y l e v e l sF U X i a o y u,L I U M i a o m i a o,YAN G Y a n a n,YAN Z u n q i a n g,WAN G X i n r o n g(C o l l e g e o f A n i m a l S c i e n c e a n d T e c h n o l o g y,G a n s u A g r i c u l t u r a l U n i v e r s i t y,L a n z h o u,G a n s u 7 3 0 0 7 0,C h i n a)A b s t r a c t:【O b j e c t i v e】T h i s s t u d y i m p r o v e d a n d o p t i m i z e d t h e a n n o t a t i o n i n f o r m a t i o n o f s h e e p g e n o m e a n d a n a l y z e d g e n e t i c m e c h a n i s m o f t e s t i c u l a r t i s s u e o f s h e e p(O v i s a r i e s)a t d i f f e r e n t f e c u n d i t y l e v e l s.【M e t h o d】T h r e e H u s h e e p(h i g h f e r t i l i t y)a n d t h r e e T i b e t a n s h e e p(l o w f e r t i l i t y)w e r e i n c l u d e d i n t h i s s t u d y.T h e t e s t i s t i s s u e s w e r e c o l l e c t e d,R NA w e r e e x t r a c t e d,c D NA l i b r a r i e s w e r e c o n s t r u c t e d,R NA-S e q s e q u e n c i n g w a s p e r f o r m e d,a n d s e q u e n c i n g d a t a w a s a s s e m b l e d.T h e r e c o m b i n e d s e q u e n c i n g d a t a w e r e c o m-p a r e d w i t h t h e s h e e p r e f e r e n c e g e n o m e u s i n g c u f f c o m p a r e s o f t w a r e t o o p t i m i z e t h e s t r u c t u r e o f a n n o t a t e d g e n e s,m i n e n e w t r a n s c r i p t s,a n d p e r f o r m GO a n d K E G G p a t h w a y a n a l y s i s o n t h e n e w t r a n s c r i p t s.F i v e n e w t r a n s c r i p t s w i t h s i g n i f i c a n t u p-r e g u l a t i o n a n d f i v e n e w t r a n s c r i p t s w i t h d o w n-r e g u l a t e d e x p r e s s i o n w e r e r a n d o m l y s e l e c t e d a n d t h e i r e x p r e s s i o n l e v e l s w e r e v e r i f i e d b y r e a l-t i m e f l u o r e s c e n c e q u a n t i t a t i v e P C R(R T-q P C R).【R e s u l t】S i x i n d e p e n d e n t c D NA l i b r a r i e s w e r e c o n s t r u c t e d,a n d a t o t a l o f 2 6 6 0 0 9 5 6 6 r a w r e a d s w e r e o b t a i n e d.A f t e r q u a l i t y c o n t r o l,1 3 3 0 0 4 7 8 3 c l e a n r e a d s w e r e o b t a i n e d.T h e G C c o n t e n t s o f t h e s i x c D NA l i b r a r i e s w e r e 4 9.6 1%5 1.1 4%,w h i c h w a s c o n s i s t e n t w i t h t h e r u l e o f b a s e c o m p o s i t i o n,a n d t h e Q 3 0 p r o p o r t i o n s w e r e 9 2.9 6%.E x t e n s i o n s w e r e a c h i e v e d w i t h 2 0 2 7 t r a n s c r i p t s f o r t h e 5 u n t r a n s-l a t e d r e g i o n(UT R),1 9 0 7 t r a n s c r i p t s f o r t h e 3 UT R r e g i o n,a n d 3 3 9 g e n e s f o r b o t h 5 a n d 3 UT R a t t h e s a m e t i m e.A t o t a l o f 1 2 1 7 8 n e w t r a n s c r i p t s w e r e m i n e d a n d GO f u n c t i o n a l a n a l y s i s s h o w e d t h a t 2 4 1 6 n e w t r a n s c r i p t s w e r e a n n o t a t e d t o b i o l o g i c a l p r o c e s s e s,c e l l c o m p o s i t i o n,a n d m o l e c u l a r f u n c t i o n s.K E G G e n r i c h-m e n t s h o w e d t h a t t h e n e w t r a n s c r i p t s w e r e s i g n i f i c a n t l y e n r i c h e d i n h e r p e s s i m p l e x v i r u s t y p e i n f e c t i o n,p e r o x i s o m e,a n d h i p p o p o t a m u s s i g n a l i n g p a t h w a y s.C o m p a r e d w i t h H u s h e e p,t h e e x p r e s s i o n o f 1 5 5 n e w t r a n s c r i p t s i n t h e t e s t i s o f T i b e t a n s h e e p w a s s i g n i f i c a n t l y d i f f e r e n t,o f w h i c h 1 0 3 w e r e u p-r e g u l a t e d a n d 5 2 w e r e d o w n-r e g u l a t e d.T h e d i f f e r e n t i a l n e w t r a n s c r i p t s w e r e e n r i c h e d i n c e l l p r o c e s s,m e m b r a n e p a r t,a n d b i n d i n g t e r m s,a c c o r d i n g t o GO f u n c t i o n a l a n a l y s i s.K E G G e n r i c h m e n t f o u n d t h a t t h e n e w t r a n s c r i p t s w e r e s i g n i f i c a n t l y e n r i c h e d i n t h e c a l c i u m s i g n a l i n g p a t h w a y a n d N F-B i n f l a mm a t o r y s i g n a l i n g p a t h w a y.T h e R T-q P C R v a l i d a t i o n t e s t o f 1 0 d i f f e r e n t i a l l y e x p r e s s e d n e w t r a n s c r i p t s w e r e c o n s i s t e n t w i t h R NA-S e q.【C o n c l u s i o n】A t o t a l o f 1 2 1 7 8 n e w t r a n s c r i p t s w e r e e x t r a c t e d f r o m t h e t e s t i s t i s s u e s o f H u s h e e p a n d T i-b e t a n s h e e p,o f w h i c h 1 5 5 w e r e d i f f e r e n t i a l l y e x p r e s s e d.T h e s e n e w t r a n s c r i p t s r e g u l a t e d t e s t i s d e v e l o p m e n t a n d s p e r m a t o g e n e s i s b y p a r t i c i p a t i n g i n c e l l u l a r f u n c t i o n,b i o l o g i c a l r e g u l a t i o n,a n d m e t a b o l i c p a t h w a y s,a s w e l l a s c a l c i u m a n d N F-B s i g n a l i n g p a t h w a y s i n v o l v e d i n t h e r e g u l a t i o n o f r e p r o d u c t i v e c e l l p r o l i f e r a t i o n a n d d i f f e r e n t i a t i o n,t e s t o s t e r o n e s e c r e t i o n,i mm u n e r e s p o n s e,a n d C a2+s i g n a l t r a n s d u c t i o n,s o a s t o r e g u l a t e t h e d e v e l o p m e n t o f s h e e p t e s t i s a n d s p e r m a t o g e n e s i s.K e y w o r d s:H u s h e e p;T i b e t a n s h e e p;t e s t i s;n e w t r a n s c r i p t;l i v e s t o c k b r e e d i n g 藏绵羊为我国三大原始绵羊品种之一,分布于青藏高原及其毗邻的川、滇、甘等高寒地区,是当地农牧民极其重要的生产资料和经济收入来源1。藏绵羊在长期高寒低氧环境下,形成了性成熟晚、繁殖力低等生理特点2。湖羊是我国著名的高繁殖力绵羊品种之一,主要分布在太湖流域低海拔省份3。睾丸发育和精子发生是影响公羊繁殖力的决定性因素,作为一种高度特殊化的组织,睾丸通过产生精子和分泌雄性激素来维持绵羊的正常繁殖力。遗传调控是影响睾丸发育和精子发生的主要因素4-5。研究不同繁殖力绵羊的睾丸发育和精子发生的分子机制,可在绵羊育种过程中采取一些遗传调控措施,如基因突变或基因敲除等,从而提高雄性绵羊的繁殖力。转录组测序(R NA-S e q)是一种高通量测序技术,可为非模式动物提供丰富的基因组信息6,也可为新转录本预测和基因结构优化提供技术支持,研究人员已利用该技术在藏猪肺7、虹鳟肝8、绵羊臂二头肌9等组织中挖掘出新基因和转录本。兰道亮等1 0应用转录组测序技术在牦牛卵巢组织中挖掘出6 3 2 1个新转录本,并对7 3 4 0个基因的结构进行了优化。目前,针对绵羊睾丸组织新转录本挖掘和基因结构优化的研究相对较少。为此,本研究利用R NA-S e q技术和生物信息学方法,对不同繁殖力绵羊睾丸组织新转录本进行注释和功能解析,旨在寻找与雄性绵羊繁殖能力相关的分子标记,为了解绵羊繁殖性状提供理论依据。1 材料与方法1.1 试验动物从甘肃临夏随机选取1岁健康雄性藏绵羊(低繁殖力)3只(T S 1、T S 2、T S 3),从甘肃民勤随机选取1岁 健 康 雄 性 湖 羊(高 繁 殖 力)3只(H S 1、H S 2、H S 3),屠宰后迅速采集睾丸组织,装入冻存管置入液氮中冷冻后转至-8 0 冰箱中保存。1.2 绵羊睾丸c D NA文库的构建及转录组测序采用T R l z o l试剂(全式金生物技术有限公司,北京)分别提取各供试羊睾丸样本的总R NA,使用A g i l e n t 2 1 0 0(A g i l e n t T e c h n o l o g i e s,C A,U S A)检测总R NA的完整性和浓度。用带有O l i g o(d T)的磁珠从提取的总R NA中富集睾丸mR NA,加入21西北农林科技大学学报(自然科学版)第5 1卷F r a g R NAm e n t a t i o n B u f f e r将mR NA随机打断,以打断后的mR NA为模板,合成c D NA链,利用AM-P u r e X P b e a d s对c D NA进行纯化。对纯化后的双链c D NA进行末端修复,3 非翻译区域(u n t r a n s l a-t e d r e g i o n,UR T)加A碱基后连接测序接头,选择1 5 02 0 0 b p的c D NA片段进行P C R扩增,构建c D NA文库。P C R反应体系为:纯化后双链c D NA模板5 L,P C R P r i m e r M i x 2.5 L,Am p l i f i c a t i o n M i x 1 2.5 L,上 游 引 物(序 列:AGAT C G-GAAGAG C A C A C G T C T GAA C T C C AG T C A C)与下游 引 物(序 列:AGAT C G GAAGAG C G T C G T G-T AG G GAAAGAG T G T)各1 L,d d H2O 3 L。P C R反应程序为:9 8 3 0 s;9 8 1 0 s,6 5 3 0 s,7 2 3 0 s,1 4个循环;7 2 5 m i n。使用I l l u m i n a H i s e q TM 2 5 0 0平台对构建的6个独立的c D NA文库进行测序。c D NA文库的构建和测序由生物科技公司(百迈客,青岛)完成。使用F a s t p v 0.1 8.0软件对测序获得的原始读段进行过滤,去除含有接头的R e a d s以及低质量的读段(N的比例大于1 0%的读段以及质量值(Q)1 0的碱基占5 0%以上的读段),计算过滤后读段的G C含量及Q3 0的碱基(Q3 0)占总碱基的比例。使用H I S AT 2软件将过滤后读段与绵羊参考基因组(h t t p s:/www.n c b i.n l m.n i h.g o v)进行比对,统计比对到参考基因组上的读段占过滤后读段的比例(比对率)、比对到参考基因组唯一位置的读段占过滤后读段的比例(单一比对率)、比对到参考基因组多处位置的读段占过滤后读段的比例(多重比对率)、比对到参考基因组正链的读段占过滤后读段的比例(正链比对率)、比对到参考基因组负链的读段占过滤后读段的比例(负链比对率)。1.3 已注释基因结构的优化用S t r i n g T i e软件将与绵羊参考基因组单一比对的读段进行拼接组装。用C u f f c o m p a r e软件将绵羊参考基因组与组装的转录本进行比对,如果在已注释基因边界之外区域有连续的匹配读段,则将该已注释基因的非翻译区域(3 UT R和5 UT R)向上游或下游延伸,优化已注释基因的边界8。1.4 新转录本的挖掘与功能注释将绵羊参考基因组与组装的转录本进行比对,过滤掉少于5 0个氨基酸残基或只包含单个外显子的编码肽链的序列,寻找未被注释的新转录本。对挖掘 到 的 新 转 录 本 进 行GO功 能 富 集 分 析 和 K E G G信号通路富集分析。1.5 差异表达新转录本的挖掘使用S t r i n g T i e软件计算每个转录本的每百万片段中来自某一基因每千个碱基长度的数目(f r a g-m e n t s p e r k i l o b a s e o f t r a n s c r i p t s e q u e n c e p e r m i l-l i o n s m a p p e d r e a d s,F P KM),将F P KM作为表达量的单位,使用D E S e q软件对3个生物重复的新转录本表 达 谱 进 行 分 析,P0.0 5和 差 异 倍 数(f o l d c h a n g e s,F C)1.5的转录本被确定为差异表达转录本。对挖掘到的差异表达新转录本进行GO功能富集分析和K E G G信号通路富集分析1 1。1.6 差异表达新转录本的验证随机选取表达显著上调和下调的新转录本各5个,用O l i g o 7.0软件设计引物,以绵羊A C T B基因(登录号:NM_0 0 1 0 0 9 7 8 4.3)为内参基因,采用R T-q P C R法验证测序结果(R NA-S e q)。试验所用引物由北京擎科生物科技有限公司合成,序列见表1。表1 本试验所用的引物信息T a b l e 1 I n f o r m a t i o n o f p r i m e r s u s e d i n t h i s s t u d y转录本/基因T r a n s c r i p/g e n e引物序列(5 3)P r i m e r s e q u e n c e(5 3)产物长度/b p P r o d u c t s i z eN e w G e n e_2 6 2 0 8*F:T G T C T AAA T T C A T C T G C T C C C,R:T GA G C C T AAA TA GA C T C T G C 1 6 7N e w G e n e_1 5 1 2 7*F:G T T A C C A G C C A T C T G T G C AA G,R:C C T A T T T G C C C T C A GA T C A C C 1 3 7N e w G e n e_7 2 7 3*F:GA C AA C T C C A C A C A G C C A C C T,R:C C T G T G C G T G T T T A T C C C C T C C 1 8 2N e w G e n e_1 4 3 3 6*F:T AAAA C AAA G T G G T TA G G C A T,R:C A C G T T A T C T A G T GAAAG G C 1 3 2N e w G e n e_1 6 6 4 7*F:C A GA T TAA G C C C AG T G C AA,R:T G T C T T C G G GA T C T AA C C C T T 1 3 0N e w G e n e_1 7 5 1 7F:C A C A T A T G G T G C AAA C T C T C G,R:AAA GA C AA TAA T T C T T G C C AG T 2 1 8N e w G e n e_1 7 6 5 9F:C A GA T G T G C C GAAA T AA C T C C,R:T A G T T G C T AA G T C A C G T C C A 2 4 9N e w G e n e_2 1 5 2 3F:T G C A C AA T G G T G T A T T A C T C G,R:T C T G T A T AA T AG G C T C C A G T 1 1 2N e w G e n e_1 7 8 3 7F:C G T G T C C T T C A G T T C T G G T C A,R:C A C A C T T G T T T T C C GA C GA C T 1 2 3N e w G e n e_9 1 5 1F:C T C C T AA T C A G T C A C G T T G,R:T C T T T T GAAAA T T A C C A C GAA 1 3 4A C T BF:G C A GA T G T G GA T C A G C AA G C,R:T C T C G T T T T C T G C G C AA G T T 1 3 3 注:*表示表达显著上调,表示表达显著下调。N o t e:*i n d i c a t e s s i g n i f i c a n t l y u p-r e g u l a t e d e x p r e s s i o n,i n d i c a t e s s i g n i f i c a n t l y d o w n-r e g u l a t e d e x p r e s s i o n.31第9期伏晓玉,等:不同繁殖力绵羊睾丸组织新转录本注释及功能解析 R T-q P C R反 应 体 系 如 下:2S Y B R G r e e n P C R M a s t e r M i x t u r e 1 0 L,上、下游引物各0.8 L,d d H2O 6.4 L,c D NA 2 L。R T-q P C R反应在L i g h t C y c l e r 4 8 0(R o c h e A p p l i e d S c i e n c e,M a n n-h e i m,G e r m a n y)上进行,其循环条件如下:9 5 3 0 s;9 5 5 s,6 0 3 0 s,6 8 1 m i n,3 5个循环;7 2 1 0 s。使用2-C t方法计算转录本的相对表达量1 2。基因表达绘图时,将相对表达量算成差异倍数以2为低的对数(l b(F C)2 结果与分析2.1 绵羊睾丸组织c D NA文库的构建与测序分析基于课题组先前的测序数据1 3,可知共获得2 6 6 0 0 9 5 6 6个原始读段,质量控制后得1 3 3 0 0 4 7 8 3个过滤后读段,6个c D NA文库过滤后读段的G C含量在4 9.6 1%5 1.1 4%,符合碱基组成规律,Q3 0比例9 2.9 6%(表 2)。获得的所有原始数据均存储在N C B I序列读取档案(S R A)中,生物项目登记号为P R J NA 8 4 1 6 9 2。过滤后读段与绵羊参考基因组比对结果(表 3)显示,6只供试羊的比对率达9 5.9 7%以上,说明匹配率较高;多重比对率为2.3 6%2.5 7%,单一比对 率 为9 3.4 5%9 4.9 9%;正 链 比 对 率 为4 9.6 0%5 0.3 3%,负 链 比 对 率 为4 9.6 6%5 0.3 4%。表2 藏绵羊和湖羊睾丸c D NA文库测序结果T a b l e 2 S e q u e n c i n g o f c D NA l i b r a r i e s o f T i b e t a n s h e e p a n d H u s h e e p t e s t e sc D NA文库c D NA l i b r a r y原始读段R a w r e a d s过滤后读段C l e a n r e a d sG C含量/%G C c o n t e n tQ 3 0碱基比例/%Q 3 0 p r o p o r t i o nH S 14 3 7 3 2 7 6 22 1 8 6 6 3 8 1 5 0.0 1 9 5.0 9H S 24 4 2 9 7 0 8 42 2 1 4 8 5 4 2 5 1.1 4 9 4.7 1H S 34 4 1 2 0 7 4 62 2 0 6 0 3 7 3 5 0.6 0 9 3.2 2T S 14 2 2 9 9 3 7 82 1 1 4 9 6 8 9 5 0.2 0 9 4.8 9T S 24 5 2 7 7 7 6 42 2 6 3 8 8 8 2 5 0.3 2 9 3.0 8T S 34 6 2 8 1 8 3 22 3 1 4 0 9 1 6 4 9.6 1 9 2.9 6表3 藏绵羊和湖羊睾丸c D NA文库过滤后数据与参考基因组序列比对分析T a b l e 3 C o m p a r i s o n o f f i l t e r e d d a t a o f T i b e t a n s h e e p a n d H u s h e e p c D NA l i b r a r i e s w i t h r e f e r e n c e g e n o m e s e q u e n c e s%c D NA文库c D NA l i b r a r y比对率M a p p e d r a t i o单一比对率U n i q u e l y m a p p e dr a t i o多重比对率M u l t i p l e m a p p e d r a t i o正链比对率P o s i t i v e s t r a n d m a p p e d r a t i o负链比对率N e g a t i v e s t r a n d m a p p e d r a t i oH S 19 7.4 59 4.9 92.4 65 0.3 35 0.3 4H S 29 5.9 79 3.6 12.3 64 9.6 04 9.6 6H S 39 6.0 29 3.5 62.4 64 9.6 34 9.7 0T S 19 6.9 39 4.4 72.4 65 0.0 55 0.0 7T S 29 6.0 29 3.4 52.5 74 9.7 34 9.7 9T S 39 6.0 29 3.4 92.5 34 9.6 94 9.7 32.2 绵羊睾丸组织已注释基因结构的优化表4结果显示,本研究共对4 2 7 3个基因的结构进行了优化,其中5 UT R延伸基因2 0 2 7个,3 UT R延伸基因1 9 0 7个,5 UT R和3 UT R同时延伸基因3 3 9个;正链延伸基因2 0 7 1个,负链延伸基因2 2 0 2个。在不同染色体上随机选取一个基因,统计原位置与优化后的位置,优化结果见表 5。表4 藏绵羊和湖羊睾丸已注释基因3 UT R和5 UT R延伸情况T a b l e 4 E x t e n s i o n o f 3 a n d 5 e n d s o f a n n o t a t e d g e n e s i n T i b e t a n s h e e p a n d H u s h e e p染色体I D C h r o m o s o m e I D基因数N u m b e r o f g e n e s5 UT R延伸基因数N u m b e r o f g e n e s e x t e n d e d a t 5 UT R3 UT R延伸基因数N u m b e r o f g e n e s e x t e n d e d a t 3 UT R5 和3 UT R同时延伸基因数N u m b e r o f g e n e s e x t e n d e d a t t h e5 a n d 3 UT R a t t h e s a m e t i m e正链延伸基因数N u m b e r o f p o s i t i v e s t r a n d e x t e n s i o n g e n e s负链延伸基因数N u m b e r o f n e g a t i v e s t r a n d e x t e n s i o n g e n e sN C_0 5 6 0 5 4.13 9 41 9 41 7 12 91 9 42 0 0N C_0 5 6 0 5 5.13 3 91 4 91 5 63 41 7 71 6 2N C_0 5 6 0 5 6.14 3 92 1 41 8 73 82 1 12 2 841西北农林科技大学学报(自然科学版)第5 1卷表4(续)T a b l e 4(c o n t i n u e d)染色体I D C h r o m o s o m e I D基因数N u m b e r o f g e n e s5 UT R延伸基因数N u m b e r o f g e n e s e x t e n d e d a t 5 UT R3 UT R延伸基因数N u m b e r o f g e n e s e x t e n d e d a t 3 UT R5 和3 UT R同时延伸基因数N u m b e r o f g e n e s e x t e n d e d a t t h e5 a n d 3 UT R a t t h e s a m e t i m e正链延伸基因数N u m b e r o f p o s