结核分枝杆菌SepF蛋白的生物信息学分析.pdf

年第卷第期医学理论与实践控患者大血管粥样硬化的疾病进程为疾病的及时防治提供依据 上述研究中/、/与 斑块的发生存在关联当脂质比值升高时 患者 斑块形成的概率增加提示脂质比值水平升高与 患者形成 斑块的发病风险存在正向关联斑块组的脂质比值显著高于非斑块组在临床实践中可作为一种简单的工具快速识别有 风险的 患者及早进行预防干预综上所述脂质比值不仅可以作为一种临床标记物而且可代替复杂的测量标准成为一种简易的 患者形成 斑块的筛查指标但本研究纳入的样本量较少且患者的年龄跨度较大以及个体差异等影响以上脂质比值在不同性别、年龄和种族中可能有所不同 因此尚需进一步的研究探索脂质比值与中国 型糖尿病人群 发病的关联和诊断效果为早期识别及预防 斑块提供理论依据及形成具有临床诊疗价值的标准参考文献 郑天圣佟雪巍张伊桐等.型糖尿病心血管并发症发病机制的研究进展.基础医学与临床():.许琳.糖尿病的形成机理(病因)及其临床诊断标准.基因组学与应用生物学 ():.桑花燕赵文化郭爱珍 等.男性 型糖尿病合并颈动脉硬化斑块的相关危险因素分析.中国药物与临床():.辛鹏李静李昌昆 等.脂质比值/、/和/与胰岛素抵抗、糖尿病及糖尿病前期的关联性.中华疾病控制杂志():.中华医学会糖尿病学分会.中国 型糖尿病防治指南(年版).中华糖尿病杂志():.中华医学会心血管病分会.动脉粥样硬化斑块的筛查与临床管理专家共识.中华心血管病杂志():.葛均波翁建平曾强.型糖尿病患者泛血管疾病风险评估与管理中国专家共识(版).中国循环杂志():.谢莉萍.型糖尿病合并颈动脉硬化斑块形成的相关危险因素分析.中西医结合心脑血管病杂志():.(本文通信作者:钱禹林)收稿日期 (编辑 佳佳)结核分枝杆菌 蛋白的生物信息学分析宋娜娜 李永明 山东省青岛市精神卫生中心 摘要 目目的的:采用生物信息学方法分析结核分枝杆菌的 基因及其编码的 蛋白结构和功能 方方法法:自 网站获取 基因及 蛋白的基本信息使用 和 预测 蛋白的理化性质和亲疏水性使用.、和.软件预测 蛋白的信号肽、跨膜结构及磷酸化位点使用 预测 蛋白的二级结构通过 软件构建该蛋白的三级结构模型分别使用 和 预测 蛋白的 和 细胞表位通过 数据库预测 的相互作用蛋白 结结果果:基因全长 编码的 蛋白氨基酸数为 分子式为 蛋白含有磷酸化位点和抗原表位 结结论论:生物信息学方法分析 蛋白含有一个保守的结构域其结构域与结核分枝杆菌耐药性的产生密切相关为抗结核药物靶点的选择提供了新方向 预测 蛋白含有大量抗原表位可能成为结核病疫苗的候选蛋白关键词 结核分枝杆菌 蛋白 生物信息学分析中图分类号:.文献标识码:/由结核分枝杆菌()引起的结核病()是导致人类死亡的重要原因 年约 万人死于 此外耐药结核病例大幅度增长 感染很难治疗因为 的大部分生命周期都处于非复制()状态 由于 对抗生素作用具有高度耐受性并且可以突变为耐药性()因此常规结核病()治疗无效 适当控制细胞内病原体 的细胞分裂对其生长、存活、发病机制和抗生素耐药性至关重要 然而分枝杆菌调节其细胞周期的分裂成分和机制尚不完全清楚 细胞分裂是细菌繁殖的必要过程了解分枝杆菌的分裂机制及相关作用蛋白可能有助于 新型疫苗的研发 有研究表明 的 基因及其编码的 蛋白是一种细菌细胞分裂相关蛋白参与细菌细胞分裂过程但在 中结构和功能尚不明确 本研究利用生物信息学方法预测 蛋白的结构和功能为抗结核药物靶点选择提供理论依据 资料与方法.目的基因及相关编码信息获取 从 数据库中获取 蛋白的核酸及氨基酸序列等信息 蛋白的 为 其蛋白序列为.方法.基因相关信息分析 基因序列信息从 获取使用 软件分析其开放阅读框.蛋白基本理化性质分析 蛋白的理化特征(如分子质量、分子式、氨基酸构成、不稳定指数等)采用 的 预测.蛋白的亲疏水性及信号肽、跨膜区、磷酸化位点分析 蛋白磷酸化位点是与细胞内信号传导相关的调节生物活性的特定位点 蛋白的亲疏水性采用 分医学理论与实践 年第卷第期 析采用.分析信号肽采用 分析亚细胞定位采用 分析跨膜区采用.分析磷酸化位点.蛋白二级结构分析与三级结构建模 将 蛋白氨基酸序列输入 软件分析 蛋白的二级结构 软件通过分析氨基酸序列构建三级结构模型.蛋白质抗原表位分析 应用 软件预测 蛋白的 细胞表位预测优势抗原表位采用软件预测分析 细胞抗原表位选取:基因型 分的优势抗原表位进行综合分析.相互作用蛋白预测 的互作蛋白利用 数据库预测并对其生物学功能进行富集 结果.基因相关信息及序列分析 基因的位于 的 全长 含量约占 蛋白由 个氨基酸构成序列号为.含有 个 最长 编码 个氨基酸(见图)图 基因的开放阅读框分析.蛋白的理化性质 蛋白由 个氨基酸构成分子质量为 .等电点.分子式为 包含 个原子 预测 蛋白脂肪指数为.不稳定指数.可能为不稳定蛋白.蛋白的亲疏水性及信号肽、跨膜区、磷酸化位点分析 蛋白亲水性系数最高得分为.最低得分为.为亲水性蛋白(见图)分析结果显示 蛋白定位于胞质 使用.软件预测的 蛋白信号肽(见图)标准值 值小于阈值表明 蛋白无信号肽端 结果表明 蛋白无跨膜螺旋(见图)且 个氨基酸位于膜内侧的可能性为.结果显示 个磷酸化位点(个 个 个)存在于 蛋白(见图)图 蛋白的亲疏水性及信号肽、跨膜区、磷酸化位点分析 .蛋白的亲疏水性分析.蛋白信号肽预测.预测 蛋白跨膜螺旋 .蛋白磷酸化位点预测.蛋白的二、三级结构使用 进预测 蛋白二级结构(见图)其中包含.的.的.的.的 蛋白三级结构模型(见图)年第卷第期医学理论与实践图 蛋白的二、三级结构预测 .预测 蛋白二级结构.蛋白三级结构同源建模.蛋白相关抗原表位 应用 软件预测 蛋白的 细胞表位其中序列 等为优势抗原表位 采用软件预测分析 细胞抗原表位:其中 分以上的有 个.相互作用蛋白 数据库预测 的互作蛋白结果见图 包括、等可与 蛋白相互作用富集于细胞分裂生物学过程 是一种非必需的保守蛋白功能未知 在大肠杆菌中有助于维持肽聚糖的组成并且从大肠杆菌染色体中敲除 导致丝氨酸或甘氨酸掺入细胞壁导致对 内酰胺类抗生素的敏感性增加 在革兰阳性菌细胞分裂起始阶段聚合的 与 组合形成一种称为原环的结构 在原始环形成后“晚期”分裂蛋白(、等)开始组装以促进参与细胞壁重塑的下游过程图 蛋白的相互作用蛋白预测 讨论耐多药结核和广泛耐药结核的出现严重威胁人类和公共卫生安全 细菌对 种或 种以上“二线”抗生素的耐药性被归类为极度耐药结核病()迫切需要开发具有新作用机制的新型抗结核药物与真核细胞不同细胞分裂在很大程度上仍未用于开发新的细菌治疗目的 细胞分裂是生物发展过程中的基本环节因此它是开发抗结核药物的一个非常有希望的目标生物信息学分析显示 蛋白氨基酸组成中排名前三位的都是脂肪族氨基酸包括(.)、(.)、(.)有研究表明 可能与膜蛋白相互作用或者 是一种外周膜蛋白并且对脂质双层本身具有亲和力这也表明调控 可能会影响 膜结构的分配从而影响 自身存活或是宿主免疫机制 蛋白为定位于细胞质的亲水性蛋白质含有磷酸化位点表明其与信号传导相关 本研究预测 蛋白含有.的 说明该蛋白相对保守 蛋白 占.说明其具有重要功能 蛋白的重要功能可能为抗结核疫苗的研发提供重要的理论支持预测 的可能相互作用蛋白为包括、等可与 蛋白相互作用富集于细胞分裂生物学过程 细胞分裂是一个复杂的多步骤过程需要以空间和时间控制的方式有序组装各种蛋白质 尽管在大肠杆菌中对协调细胞分裂的分子事件进行了最好的研究但对 的细胞复制过程知之甚少 是一种生长缓慢的细胞倍增时间为 与大肠杆菌相比 的细胞分裂机制可能不同 有研究表明 在包皮分枝杆菌和枯草芽孢杆菌中参与其细胞分裂过程 保守的细胞分裂蛋白 在细胞中 环的合成过程中与 形成聚合物 是细菌中的关键细胞分裂蛋白这是细胞分裂的第一阶段 此外 还充当 环的膜锚 过表达会阻断包皮分枝杆菌中的细胞分裂为什么会这样尚不清楚 在枯草芽孢杆菌中发现 过量生产不会干扰 环组装而是阻止负责隔膜合成的晚期分裂蛋白的组装 这表明除了将 细丝锚定在膜上外 在细胞分裂中也具有调节作用 在革兰氏阳性菌中 聚合物通过外周膜蛋白 附着在细胞膜上 一旦 环组装完成所谓的晚期细胞分裂蛋白就会被招募负责分裂隔膜的合成例如肽聚糖糖基转移酶 晚期蛋白质的组装需要枯草芽孢杆菌中存在保守的跨膜蛋白、和 以及大肠杆菌中的同源蛋白、和 这些蛋白质没有明确的催化结构域它们可能起着结构作用并以某种方式调节晚期细胞分裂蛋白向 环的募集 在包皮分枝杆菌和枯草芽孢杆菌中的研究表明 在细菌细胞分裂过程中起着重要作用了解这一仅限于病原体且宿主中不存在的过程可能会为开发潜在的新抗菌药物选择合理的靶点为破坏蛋白质蛋白质相互作用的新药物的研发提供理论支持淋巴细胞表面受体能够与 的抗原表位结合从而发挥免疫作用从而为疫苗开发的理论依据 通过生物信息学分析发现 蛋白含有大量抗原表位为新型抗结核药物提供了理论依据参考文献 .:医学理论与实践 年第卷第期 .:.():.():.():.():.():.收稿日期 (编辑 凤培)血小板相关参数、二聚体及髓巨核细胞计数检测在血小板减少性紫癜患者诊断中应用研究池善春 福建省三明市第二医院检验科 摘要 目目的的:探讨血小板相关参数、二聚体()及髓巨核细胞计数检测在血小板减少些紫癜()诊断中的应用价值 方方法法:选取 年 月 年 月我院收治的 例 患者作为观察组另选同期收治的 例健康体检者作为对照组 所有研究对象均采血开展血小板计数()、血小板平均体积()、及血小板体积分布宽度()、二聚体()检测并经骨髓穿刺术采集患者骨髓液开展髓巨核细胞计数 检测在血小板减少性紫癜患者诊断中的应用价值 结结果果:观察组 低于对照组、髓巨核细胞计数高于对照组差异有统计学意义(.)例 患者中轻度 例中度 例重度 例轻度组患者 高于中度组、重度组、髓巨核细胞计数低于中度组、重度组差异有统计学意义()纳入标准:符合成人特发性血小板减少性紫癜诊断治疗专家共识中 诊断健康体检者血常规正常精神状态良好年龄 岁患者及家属知情同意 排除标准:伴有严重骨髓病存在急性白血病肝肾衰竭妊娠期或哺乳期伴有重症感染.方法所有研究对象均采集清晨空腹血 以/速度离心 后获得血清之后迅速送检 血小板相关参数:、采用全自动血细胞分析仪检测:采用免疫比浊法测定仪器选用全自动生化分析仪髓巨核细胞计数:经骨髓穿刺术采集患者.骨髓液之后开展骨髓涂片检查明确骨髓巨核细胞计数 所有操作均严格按照实验室要求及试剂说明书开展确保每个步骤均准确避免实验所致的误差.观察指标()血小板相关参数、及髓巨核细胞计数:比较两组、及髓巨核细胞计数变化()不同严重程度患者各指标变化:依据 进行病情严重