利用TCGA和GEPIA2公共数据库分析ACSM3与卵巢癌预后的关系.pdf

利用 和 公共数据库分析 与卵巢癌预后的关系基金项目:山东省自然科学基金()第一作者简介:侯娟女主管检验师医学学士研究方向:筛选鉴定与卵巢癌相关的关键基因:.通信作者:王涛:.本文引用格式侯娟滕长财王涛.利用 和 公共数据库分析 与卵巢癌预后的关系.右江医学():.侯娟滕长财王涛(滨州医学院附属医院检验科山东滨州)【摘要】目的 研究肿瘤基因图谱()数据库中酰基辅酶 合成酶中链家族成员()在 例卵巢癌患者中的表达量及其与患者生存状况的关系 方法 对 数据库中 例卵巢癌患者的 表达量及其与生存情况的关系进行分析寻找其共表达基因并进行基因本体()富集分析和京都基因与基因组百科全书()富集分析 结果 多因素 回归分析进一步表明 是卵巢癌患者预后的影响因素其共表达基因富集分析结果与炎症应答和肿瘤中基因异常转录相关 结论 的表达对卵巢癌患者的预后具有重要的意义高表达预后较好 可以成为指导临床医师评估卵巢癌患者预后的重要指标【关键词】酰基辅酶 合成酶中链家族成员 肿瘤基因图谱预后卵巢癌中图分类号:.文献标志码:./.()【】()().()().【】()()卵巢癌是女性生殖系统最常见的恶性肿瘤由于其起病隐匿一旦发现大多处于中晚期 由于缺乏有效的治疗药物和治疗手段卵巢癌的病死率较高其五年生存率不足 卵巢癌具有极易复右江医学 年第 卷第 期 .发转移和产生化疗药物耐药的特性因此提高卵巢癌的早期诊断技术和提高化疗效果对卵巢癌的治疗以及延长患者的生命至关重要 尽管对晚期卵巢癌患者采取手术和化疗相结合的治疗方式但是并没有在很大程度上提高卵巢癌患者的生存时间或降低其复发转移率 卵巢癌是一种多基因疾病导致卵巢癌患者的复发、转移以及化疗耐药的分子机制仍然不十分明确 因此研究卵巢癌细胞与正常卵巢组织的分子生物学特征寻找差异并进一步分析研究其分子机制发现新的与卵巢癌复发转移相关的基因具有十分重要的意义 酰基辅酶 合成酶中链家族成员()是酰基辅酶 中链()合成酶家族的成员之一其至少包含 种蛋白质 在多种癌症中存在表达的改变但在卵巢癌中的表达变化情况尚不十分清楚因此笔者利用公共数据库分析其在卵巢癌中表达量的改变及其表达量与预后的关系 资料与方法.一一般般资资料料肿瘤基因图谱()是目前最大的癌症生物信息数据库包含了大量的肿瘤患者相关信息 笔者从()中选取 年发表在自然杂志上的被 数据库收录的 例卵巢癌患者的 表达数据和临床数据并根据年龄、肿瘤分级、临床分期、肿瘤残余以及基因突变等临床信息的完整程度最终筛选得到 例卵巢癌患者资料用于分析研究 本文所下载随访数据截止时间均为 年 月(:/./)数据库用于分析卵巢癌中癌旁和癌组织中 的表达情况及共表达基因的选择.方方法法分析 数据库中 例卵巢癌患者的信息 进行单因素和多因素生存分析判断其是否与预后相关 例卵巢癌患者的总生存期()定义为从诊断到死亡的生存时间无疾病生存()指手术结束至局部复发或远处转移或最后一次随访的时间 将 例卵巢癌患者的临床资料依年龄、美国癌症联合委员会()癌症临床分期、美国国家综合癌症网络()肿瘤分级、术后肿瘤残余、基因突变数以及对铂类化疗药物的敏感性进行分类纳入生存分析 对 的共表达基因进行基因本体论()和京都基因与基因组百科全书()信号通路分析.统统计计学学方方法法 .软件和.软件进行统计分析和绘图 符合正态分布且方差齐性的计量资料以均数标准差()表示两组间均数比较采用 检验 生存分析采用 法 分析生存差异 运用 比例风险回归模型分析卵巢癌患者的生存影响因素检验水准:.结 果.分分析析与与卵卵巢巢癌癌预预后后相相关关的的因因素素在 网站获取 例卵巢癌患者的基因表达资料及临床资料见表 年龄按照中位数分为高年龄组(岁)和低年龄组(岁)临床分期分为早期组(期期)和晚期组(期 期)及未知肿瘤分级分为低级别组()和高级别组()及未知肿瘤残余分为有残余组、无残余组及未知基因突变数量按照中位数分为高突变组、低突变组和未知对铂类药物敏感性分为敏感组、不敏感组和未知 按照表达量的中位数分为高表达组和低表达组 生存分析结果显示 和基因突变数与卵巢癌的预后相关 高表达组与基因低突变组卵巢癌患者预后较好中位生存时间明显高于 低表达组和基因高突变组表达在无病生存中没有统计学意义 见表 图、.在在癌癌和和癌癌旁旁组组织织及及不不同同分分期期中中的的表表达达情情况况 在 数据库癌和癌旁组织基因表达数据中分析发现 在癌组织中的表达量显著低于癌旁组织说明 属于抑癌基因 见图、但是在卵巢癌患者的早期组和晚期组中表达量无明显变化 见图 .单单因因素素和和多多因因素素 回回归归分分析析卵卵巢巢癌癌预预后后的的影影响响因因素素以年龄(岁 岁)、肿瘤分级(未知)、临床分期(期期期期未知)、肿瘤残余(无有 未知)、(低表达 高表达)、基因突变数(低突变 高突变 未知)、铂类药物敏感性(敏感 不敏感 未知 )为自变量以生存结局(生存 死亡)为因变量右江医学 年第 卷第 期 .单因素和多因素 回归分析显示 是卵巢癌患者总生存的独立影响因素差异有统计学意义(.)见表 表 法分析 例卵巢癌患者生存状况变量中位生存时间(月).未知基因突变数.敏感.不敏感.未知肿瘤残余.期.期.未知右江医学 年第 卷第 期 .注:为卵巢癌患者总生存曲线 为卵巢癌患者无病生存曲线图 例卵巢癌患者 表达量与卵巢癌患者生存关系注:、为 在卵巢癌组织()和正常组织()中表达量比较 为 在早期组和晚期组中表达量比较图 在卵巢癌患者不同分期和正常患者中的表达情况表 单因素和多因素 回归分析 例卵巢癌患者预后因素与总生存的关系变量单因素 回归分析 多因素 回归分析 年龄.临床分期.肿瘤分级.基因突变数.肿瘤残余.铂类敏感性.为条件选择 的共表达基因并进行 富集分析和 信号通路分析 分析显示生物过程()主要富集在信号传导和炎症右江医学 年第 卷第 期 .应答方面细胞组分()主要与膜表面组分相关分子功能()主要与蛋白结合整合素和 酶活性相关 见图 信号通路分析发现 共表达基因主要与癌症异常转录调节相关 见图 注:为 分析共表达基因 为 富集分析共表达基因图 和 富集分析 共表达基因 讨 论 缺乏有效发现和诊断卵巢癌的方法是卵巢癌病死率较高的原因之一 目前卵巢癌治疗手段包括手术、化疗和免疫治疗等多种方法但由于其发生和发展的分子机制尚不甚明确因此当前卵巢癌患者面临着较高的复发转移风险同时其生存期也相对较短 为提高卵巢癌患者的生存时间降低复发转移的风险需要发现更多与卵巢癌预后及诊断相关的新型分子标志物为临床医师诊断和治疗提供参考 据文献报道 与肝癌、黑色素瘤以及淋巴瘤的发生和发展相关但是在卵巢癌中的研究相对较少 代谢的改变是肿瘤细胞一个十分重要的特征肿瘤细胞通过增加糖酵解和减少氧化磷酸化来产生能量维持其增殖生长所必需 在卵巢癌组织中表达量降低有利于癌细胞中糖的代谢由氧代谢转向糖酵解同时有研究报道抑制糖酵解和谷氨酰胺的分解是一种潜在的卵巢癌治疗方法 在黑色素瘤中 可以抑制黑色素瘤细胞的增殖侵袭和克隆形成能力并且具有激活人体免疫系统的作用通过抑制增殖侵袭和免疫杀伤两种方式影响其发生发展 在卵巢癌中 高表达患者的预后较好与本文分析观点一致但是否具有同样的分子机制还需要后续通过大量的实验验证 一个性状往往是由多个基因共同控制因此笔者通过分析其共表达基因更全面地了解 在卵巢癌中参与的分子机制 富集分析结果显示在生物进程方面 主要参与信号转导和炎症应答细胞组分方面 主要与细胞膜表面的组分相关分子功能主要集中在蛋白结合相关的功能 分析发现 的共表达基因主要集中在癌症转录异常调节的信号通路 表达改变引起一系列代谢异常导致基因转录表达异常与在肝癌和黑色素瘤中的研究相一致 表达会引起肿瘤组织代谢改变并引起多种信号通路中基因表达的改变这些变化可能会引起癌变并且促进癌症发生发展 对于卵巢癌的发生发展具有重要作用是卵巢癌预后的独立影响因素 的表达对卵巢癌的诊断治疗和预后评估具有重要的临床指导意义参 考 文 献 .():.:.():.:.右江医学 年第 卷第 期 .():.():.:.():./.():.()/.:.():.():./.():.(收稿日期:修回日期:)(编辑:潘明志)信息右江医学变更刊期启事 为进一步适应现代化期刊的发展要求缩短出版周期提高学术研究时效性增加载文量更好地为作者和读者服务经主管部门同意并报广西壮族自治区新闻出版广电局批准本刊自 年 月份起由双月刊变更为月刊每月 日出版 变更刊期后办刊宗旨不变“学术质量”始终是本刊的追求 本刊对基础研究类、国家课题、博士、教授的优质稿件一经审稿通过给予绿色通道快速发表 热忱欢迎国内外专家、学者赐稿 敬请本刊编委、审稿专家以及广大作者、读者一如既往地关心、支持本刊 投稿网址:/.本刊编辑部 右江医学 年第 卷第 期 .