pymol学习重点笔记专业资料.doc

Pymol学习笔记（一）：简介&安装
Pymol是一种开放源码，由使用者赞助分子三维构造显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维构造。据软件作者宣称，在所有正式刊登科学论文中蛋白质构造图像中，有四分之一是使用Pymol来制作。
Pymol名字来源：“Py”表达该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）缩写，表达该软件用来显示分子构造。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，但愿对有需要朋友有所协助。今天先来说说安装吧。
自8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好PyMOL执行程序（涉及beta版）采用限定下载办法。当前，只有付费顾客可以获得。但是源代码当前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我同样，不想为此花钱话：
1. 如果你是Windows顾客，一方面下载Pymol源代码。
然后安装CygWin，并且保证对的安装如下模块：
§ C++ (gcc or g++ package name)
§ Python
§ OpenGL
§ PNG
然后在源代码目录里面依次运营：
2. 如果你是Linux顾客，一方面保证如下东东已安装：
§ Python
§ Pmw
§ OpenGL driver（我用是NVdia）
§ libpng
§ Subversion client（下载源代码需要）
然后下载Pymol源代码
$ mkdir pymol-src
$ svn co
然后进入源代码目录
# cd pymol-src
开始依次编译
# python setup.py install
# python setup2.py install
拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了
# cp ./pymol /usr/bin
如果运营时得到错误信息"ImportError：No module named Pmw"，那么你应当运营
# python setup2.py install pmw
如果你在使用Gentoo，请保证编译python时添加了tcl/tk支持，否则运营是会提示错误"ImportError：No module named _tkinter"
# USE="tcl tk" emerge python
好了，下面咱们就可以进入Pymol世界了。
Pymol学习笔记（二）：基本鼠标操作
这里重要简介一下Pymol基本操作，涉及窗口菜单、加载文献、图像基本鼠标操作等等。
当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示界面：

该界面分为2窗口，上面外部GUI窗口（External GUI）和下面Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块，左边用来显示构造图像（Viewer），右边则是一种内部GUI窗口（Internal GUI)。Viewer自身包括一种命令行（如图中左下方PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在Inernal GUI中则可以选定某些特定对象并完毕某些操作。External GUI则包括一种原则菜单、一种输出区、一种命令行输入区以及右边某些惯用命令按钮。请注意，原则“复制、剪切和粘贴”操作只能在External GUI中完毕，并且必要使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完毕，这也是这个所谓外部GUI最重要长处。
加载文献，有二种办法：
1. 在External GUI中选取File － Open
2. 使用命令行：
load <filename>
例如咱们当前从.org上下载了一种离子通道蛋白pdb文献（PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：
load 2vl0
该蛋白质构造就被显示出来啦，如下图：

基本图像操作:
是不是觉得上面那个三维构造图看起来乱七八糟阿，那是由于蛋白质分子都是由成千上万个原子构成，而Pymol打开pdb文献时是默认把所有原子都显示在那个小小Viewer窗口里面，固然看起来就很乱了。这时候就需要咱们对这个图像进行某些操作，来得到美丽清晰蛋白质三维构造图。
先说说鼠标吧。
· 任意旋转图像： 对准图像任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
· 放大/缩小图像： 对准图像任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。
· 移动图像： 对准图像任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
· 设定图像旋转中心： Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
· 移动剪切平面： Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调节前剪切平面（离你近）；鼠标左右移动：调节后剪切平面（离你远）。
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面示意图你会发现Pymol这项设定其实很以便。

今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon形式显示了上面那个蛋白质，但是还比较难看。。。

Pymol学习笔记（三）：基本Pymol命令
这里重要简介一下Pymol某些基本命令操作。就像Linux同样，要想更好操作Pymol，掌握某些惯用命令是必不可少。 Pymol是区别大小写，但是当前为止Pymol还是只用小写，因此记住，所有命令都是使用小写字母。
当你开始用Pymol来完毕一种项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过命令，以以便日后你再次读取并修改。这个可以通过创立一种log文献来达到，该文献后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux同样支持Tab键命令补全：
Pymol> log_open log-file-name.pml
如果你想终结记录，只需要键入：
Pymol> log_close
好了，当前载入pdb文献（继续前用pdb文献）：
Pymol> load 2vlo.pdb
当前Pymol就创立了一种叫2vlo对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目名字。但是你也可以自己定义该项目名字（如test）：
Pymol> load 2vlo.pdb，test
下面说说如何来操作你新建对象。
一方面：
Pymol> show representation
Pymol> hide representation
其中representation可觉得：cartoon，ribbon，dots，spheres，surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同方式显示蛋白质构造。
例如当咱们键入：
Pymol> hide lines
Pymol> show ribbon
咱们将得到如下成果：

也许你已经注意到构造中有2个一模同样蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中一种分子呢？一方面输入如下命令：
Pymol> label all，chains
这个命令作用是让Pymol给蛋白质构造中“链”编号，你会发现，第一种分子由“链”A－E构成，第二个则由F－J构成。
好了，如果咱们想把一种蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：
Pymol> hide ribbon，chain f+g+h+i+j
上面东东还可以这样完毕：
Pymol> select test，chain f+g+h+i+j
Pymol> hide ribbon，test
上面第一句命令作用是选取“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做好处是，一旦你选取并命名了某个目的，你可以在背面随时对它进行各种操作。并且你在右边控制面板里面也可以看到你选定目的，并可以对其进行操作。
例如你可以：
Pymol> hide everything，test
Pymol> show cartoon，test
这样你会得到：

　说到这里就提到了Pymol一种比较重要东东，就是选取并命名录标，它基本语法就是：
Pymol> select selection-name，selection-expression
其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]构成，但是要避免使用：
！@ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ?/
如果你要删除你选定目的或者整个对象，你可以：
Pymol> delete selection-name
Pymol> delete object-name
下面讲讲如何给对象以及目的变化颜色。预定义颜色名字可以在外部GUI窗口Settings － Colors中找到：
Pymol> color color-name
Pymol> color color-name，selection-expression
例如咱们可以：
Pymol> color red，ss h
Pymol> color yellow，ss s
Pymol> color green，ss l+""
其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+""代表Loop和因此其她构造。
这3句作用分别是把所有Helix变成红色；把所有Beta sheet变成黄色；把所有Loop以及其她某些变成绿色，于是咱们得到：

Pymol可以同步打开各种pdb文献：
Pymol> load object-name-1.pdb
Pymol> load object-name-2.pdb
如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：
Pymol> disable object-name-1
Pymol> enable object-name-1
你也可以用disable命令去除最后一种选取目的上浮现粉红色小点，但是该命令并不会使你选定目的不可见。
Pymol> disable selection-name
使用鼠标普通是变化图像视角最以便办法，但是命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用，它们提供了另一种变化图像视角办法。
放大选定目的：
Pymol> zoom selection-name
定向选定目的，可以使选定目的最大尺寸水平显示，次大尺寸竖直显示：：
Pymol> orient selection-name
你也可以用view命令保存你当前视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你对象显示方式：
Pymol> view key，action
其中“key”是你随便给当前视角定名字，“action”可觉得：store或者recall。如果不加任何“action”，则默以为recall：
Pymol> view v1，store
Pymol> view v1，recall
Pymol> view v1
说了这样多，最后说说如何保存文献吧。Pymol有3个层面保存方式，下面来分别说说。
1. 使用log_open命令把你所有使用过命令记录为一种文本文档：
Pymol> log_open script-file-name
这样后来当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面所有命令：
Pymol> @script-file-name
但是注意，如果你想记录当前视角，则必要使用get_view命令。
你可以选取外部GUI窗口中File － Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。
你可以随时编辑该文档。
在linux下，该文档默认保存目录为当前顾客home目录。
2. 如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在状态，那么你可以选取外部GUI窗口里面File － Save Session，创立一种会话文献（.pse）。
该会话文献和上面提到文档文献区别在于，一方面文档文献可以编辑，但会话文献不可以；记录文档文献前必要先运营log_open命令，而会话文献可以随时创立；最后文档文献以文档形式运营（@），而打开会话文献则必要选取外部GUI窗口中File － Open。
什么时候需要创立会话文献呢？例如当你在某时有各种选取时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选取，不满意时只需要重新打开该会话文献即可。也就是说创立会话文献起到了“undo”作用，这正是Pymol所缺少。但愿开发者能赶紧加入该功能，那么这个会话文献好像就没什么大用了，呵呵。
3. 如果你觉得当前显示窗口里面显示构造图像已经满足你规定了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你图像，它可以使你图像具备三维反射及阴影特效：
Pymol> ray
Pymol> pngyour_path/image_name
最后就用该命令导出图片结束这次笔记吧。

Pymol学习笔记（四）：Pymol命令语法与目的选取表达
上次简介某些Pymol基本命令。当前来详细说说Pymol命令语法，尚有在选取操作目的应当如果表达。个人觉得这某些内容对学习Pymol来说是至关重要。
从上次讲某些例子中不难看出，Pymol命令都是由核心词（keyword）加上某些变量（argument）构成，格式如下：
Pymol> keyword argument
其中核心词（keyword）固然是必要，而变量则不是必要，例如退出命令quit就不需要附加变量：
Pymol> quit
固然更多命令普通是需要加变量，例如放大命令zoom，但是你会发现虽然你不加任何变量该命令也可以被执行，这是由于Pymol许多命令有一种默认变量，下面两个命令作用是同样，其中目的选取all就是zoom默认变量：
Pymol> zoom
Pymol> zoom all
尚有些命令可以带各种参数，例如加色命令color，它用法如下：
Pymol> color color-name
Pymol> color color-name，selection-expression
第一种color虽然只带一种变量"color-name"，但其实它包括了第二个默认变量all，因此它作用是把整个构造变成"color-name"颜色。
第二个color带两个变量，和第一种区别就是把默认目的选取变量all变成了"selection-expression"，也就是说只有被这个变量选中某些才会被变成"color-name"定义颜色。
要注意是，如果一种命令带各种变量，则这些变量之间必要用逗号","隔开。
通过这个例子，人们可以发现，有些变量自身是很简朴，例如"color-name"，就是一种颜色名字而已，没什么复杂。另某些则不同样，例如"selection-expression"，它可以很简朴，也可以非常复杂。这个东东，我称之为选取表达，对Pymol命令使用非常重要，所如下面要详细讲一下。
选取表达（selection-expression）表达实际就是某些被选中某些，它们可以是某些个原子，某些个Helix，某些个Beta sheet，或者它们混合物。你可以给你选取表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]构成，但是因避免使用下列符号：
！@ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ?/
选取表达由所谓"selector"加上"identifier"构成，其中"selector"定义了某类属性，而"identifier"则在该类属性下需要被选取某些。如下例：
Pymol> select test，name c+o+n+ca
其中"name"就是一种selector，它表达在pdb文献中描述原子名字；"c+o+n+ca"则是相应"indentifier"，它表达咱们要选取pdb文献中名字叫"ca+cb"原子（ca代表alpha　carbon，cb代表beta　carbon）。整个语句作用就是选取上诉原子并命名为"test"，这样咱们可以在背面继续使用它。
下表列出了大多数selector：
Selector
简写
Identifier及例子
symbol
e.
chemical-symbol-list
周期表中元素符号
Pymol> select polar，symbol o+n
name
n.
atom-name-list
pdb文献中原子名字
Pymol> select carbons，name ca+cb+cg+cd
resn
r.
residue-name-list
氨基酸名字
Pymol> select aas，resn asp+glu+asn+gln
resi
i.
residue-identifier-list
pdb文献中基团编号
Pymol> select mults10，resi 1+10+100
residue-identifier-range
Pymol> select nterm，resi 1-10
alt
alt
alternate-conformation-identifier-list
某些单字母列表，选取具备2种构型氨基酸
Pymol> select altconf，alt a+b
chain
c.
chain-identifier-list
某些单字母或数字列表
Pymol> select firstch，chain a
segi
s.
segment-identifier-list
某些字母（最多４位）列表
Pymol> select ligand，segi lig
flag
f.
flag-nummer
一种整数（０－３１）
Pymol> select f1，flag 0
numeric_type
nt.
type-nummer
一种整数
Pymol> select type1，nt. 5
text_type
tt.
type-string
某些字母（最多４位）列表
Pymol> select subset，tt. HA+HC
id
id
external-index-number
一种整数
Pymol> select idno，id 23
index
idx.
internal-index-number
一种整数
Pymol> select intid，index 23
ss
ss
secondary-structure-type
代表该类构造单字母
Pymol> select allstrs，ss h+s+l+""
下表是另某些Selector，关于比较：
Selector
简写
Identifier及例子
b
b
comparison-operator b-factor-value
一种实数，用来比较b-factor
Pymol> select fuzzy，b > 12
q
q
comparison-operator occupancy-value
一种实数，用来比较occupancy
Pymol> select lowcharges，q > 0.5
formal_charge
fc.
comparison-operator formal charge-value
一种整数，用来比较formal charge
Pymol> select doubles，fc. = -1
partial_charge
pc.
comparison-operator partial charge-value
一种实数，用来比较partial charge
Pymol> select hicharges，pc. > -1
此外有某些Selector是不需要Identifier，它们被列在下表中：
Selector
简写
描述
all
*
所有当前被Pymol加载原子
none
none
什么也不选
hydro
h.
所有当前被Pymol加载氢原子
hetatm
het
所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载原子
visible
v.
所有在被“可见”显示对象中原子
present
pr.
所有具备定义坐标原子
在Identifier中用到原子以及氨基酸命名规则可以在下面网址中找到：

在选取表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用，这样咱们可以表达更加复杂选取。这些操作子被列于下表中：
Operator
简写
效果与例子
not s1
！s1
选取原子但不涉及s1中
Pymol> select sidechains，！bb
s1 and s2
s1 & s2
选取既在s1又在s2中原子
Pymol> select far_bb，bb & farfrm_ten
s1 or s2
s1 | s2
选取s1或者s2中原子（也就是包括所有s1和s2原子）
Pymol> select all_prot，bb | sidechain
s1 in s2
s1 in s2
选取s1中那些原子，其identifiers (name，resi，resn，chain，segi)　所有符合s2中相应原子
Pymol> select same_atom，pept in prot
s1 like s2
s1 l. s2
选取s1中那些原子，其identifiers (name，resi)符合s2中相应原子
Pymol> select similar_atom，pept like prot
s1 gap X
s1 gap X
选取那些原子，其van der Waals半径至少和s1van der Waals半径相差X
Pymol> select farfrm_ten，resi 10 gap 5
s1 around X
s1 a. X
选取以s1中任何原子为中心，X为半径，所涉及所有原子
Pymol> select near_ten，resi 10 around 5
s1 expand X
s1 e. X
选取以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1扩展至该新范畴所包括所有原子
Pymol> select near_ten_x，near10 expand 3
s1 within X of s2
s1 w. X of s2
选取以s2为中心，X为半径，并包括在s1中原子
Pymol> select bbnearten，bb w. 4 of resi 10
byres s1
br. s1
把选取扩展到所有residue
Pymol> select complete_res，br. bbnear10
byobject s1
bo. s1
把选取扩展到所有object
Pymol> select near_obj，bo. near_res
neighbor s1
nbr. s1
选取直接和s1相连原子
Pymol> select vicinos，nbr. resi 10
这些逻辑选取还可以组合使用。例如你想选取chain b，但是不选取其中residue 88：
Pymol> select chain b and (not resi 88)
在使用多重逻辑选取时，为了让Pymol对的解决顺序，请使用括号，这样最里层括号里面内容将会被最先解决，以此类推。
好了，目的选取就先说到这里。其实关于目的选取尚有所谓“宏”可以用，可以简化表达式，准备下次说说。
Pymol学习笔记（五）：Pymol选取宏
上次详细讲了如何在Pymol中怎么用selection-expression选用目的，其实在某些状况下，还可以用Pymol提供宏来选取操作目的。使用这个选取宏往往可以是一种原本很复杂表达变得简朴紧凑。
例如咱们想选取2vlo这个pdb文献中"chain a"中第100个基团α炭原子，如果用selection-expression来表达话是这样：
Pymol> select chain a and resi 100 and ca
如果用宏，可以这样：
Pymol> select a/100/ca
是不是觉得简朴了诸多。好了，下面就来详细讲讲这个宏吧。
由于这个宏是用来选取目的，因此我称之为选取宏，它用斜杠"/"来定义Identifier，并且它使用上次简介过逻辑操作子"and"。
一种完整，按顺序选取宏表达如下：
/object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identifier
之因此说选取宏是有顺序，是由于Pymol就是靠顺序判断每个斜杠背面东东都是什么东东。
如果再细分一下话，其实这个选取宏有2种写法，一种是带开头斜杠，另一种是不带开头斜杠。区别是：
如果不以斜杠开头，那么Pymol则以为你表达式最后一项就是选取宏末尾最后一项，也就是name-identifier。例如：
Pymol> show lines，a/100/ca
Pymol> show lines，100/ca
如过以斜杠开头，那么Pymol就以为你是从选取宏表达式顶端开始，也就是从/object-name开始。例如：
Pymol> zoom /2vl0//a/100/ca
Pymol> zoom /2vl0//a/100
细心读者必定发现了上面例子中有两道斜杠中间什么内容也没有，不会是写错了吧？固然不是，其实在这种状况下Pymol会默认选取这个两道斜杠中被省略Identifier列表中所有元素，也就是说被省略某些被Pymol当作了一种通配符。例如上例中我要选取所有"segment"，因此我就把它给省略不写了，呵呵，以便吧。
在举些例子来阐明一下：
Pymol> color green，a/142/
斜杠背面"name-identifier"被省略了，因此第142号基团素有原子都会变成绿色。
Pymol> shwo cartoon，a//
a斜杠背面"resi-identifier"以及最后斜杠背面"name-identifier"被省略了，因此整个a链将以cartoon方式被显示。
Pymol> zoom /2vl0//b
2个斜杠间"segi-identifier"被省略，因此所有b链将被放大。
最后总结一下，Pymol选取宏必要至少包括一种斜杠"/"，以此来和Pymol"select-expression"区别；并且不能包括空格，由于Pymol是把宏作为一种词来读取；尚有就是其实Pymol在执行宏时候一方面是把它翻译成正常"select-expression"，然后再执行。
Pymol学习笔记（六）：关于cartoon
cartoon经常被用来显示一种蛋白质总体构造，看起来也很美丽。这次就来说说它详细用法。
不久前本人刚搞定了一种Glucosyltransferase构造，所如下面所有例子都用来它来阐明。
cartoon命令格式如下：
Pymol> cartoon type，(selection)
总结一下cartoon显示类型：

automatic：默认显示方式

loop

tube：比loop粗点

putty：这个比较有趣，按照R-factor来显示，越高越粗

oval

rectangle

arrow：和rectangle几乎同样，就是多了个箭头

dumbbell：在oval基本上，在helix边沿加上一种cylinder

skip：隐藏，该图中隐藏了6－120号氨基酸。

下面说说如何设立cartoon某些详细细节。
比较下面2幅图：

你会发现第一张图中sheets是平，而当中那个氨基酸支链并没连接在sheet上，这是由于为了显示美丽，把sheet人为抹平了。而第二张图中sheets则表达了蛋白质真实走向，因此氨基酸支链也显示正常。也就是说，如果你想表达某个局部详细细节时候，最佳采用第二张图中显示方式。2张图相应命令分别是：
Pymol> set cartoon_flat_sheets，1
Pymol> set cartoon_flat_sheets，0
类似命令相应于loop，就不举例子了：
Pymol> set cartoon_smooth_loops，1
Pymol> set cartoon_smooth_loops，0
下面再说说cartoon尺寸。
Helix厚度和宽度：
Pymol> set cartoon_oval_width，0.2
Pymol> set cartoon_oval_length，1.5
sheet厚度和宽度：
Pymol> set cartoon_rect_width，0.5
Pymol> set cartoon_rect_length，1.5
loop半径：
Pymol> set cartoon_loop_radius，0.2
如果你设立了cartoon显示风格为fancy
Pymol> set cartoon_fancy_helices，1
Pymol> set cartoon_fancy_sheets，1
这样你得到helix边上会带有一种很细cylinder，也就是上面几张图中显示方式。此时设立helix厚度，宽度，以及这个cylinder半径分别是：
Pymol> set cartoon_dumbbell_width，0.1
Pymol> set cartoon_dumbbell_length，2
Pymol> set cartoon_dumbbell，0.2
依此类推，还可以设立和putty，tube等等显示类型有关尺寸，就不一一类举了。
最后再加几种还用着命令吧：
上色：
Pymol> set cartoon_color，green
居然还可以refine，呵呵，逗号背面可以接数字，好像1－20都可以，数字越大优化越大，感觉确能变美丽点：
Pymol> set cartoon_refine，20
设立透明：
Pymol> set cartoon_transparency，0.5
关于cartoon尚有些命令，感觉不怎么惯用，有些我也不懂得是干什么。有兴趣再研究吧。
Pymol学习笔记（七）：关于label
在显示一种蛋白构造某个细节时候，经常会需要给某些重要氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。
label命令格式如下：
Pymol> label [selection，[expression]]
selection固然就是你要加标签对象，expression就是标签内容，可选有：name，resn，resi，chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义一段内容，这时候只要把内容用引号包括起来就行：
Pymol> label selection，"user-defined expression"
在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucosebinding pocket标注出来：
一方面阐明一下，该pdb文献中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。
Pymol> load glucosyltransferase.pdb，tmp
Pymol> extract upg，chain b
Pymol> extract pro，chain a
Pymol> delete tmp
Pymol> select near，pro within 4.5 of upg
Pymol> hide all
Pymol> show sticks，upg
Pymol> show lines，near
Pymol> label near，("%s/%s") % (resn，resi)#("%s/%s")：设定显示格式。

上面图看起来有点乱，由于默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。
在这之前，让咱们先看一下关于label其她设立：
投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label自身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label自身有投影）：
Pymol> set label_shadow_mode，3
文字颜色：
Pymol> set label_color，color-name，selection
标签文字轮廓颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了也许：
Pymol> set label_outline_color，[color-name，[selection]]
字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode：
Pymol> set label_font_id，5
字体大小，如果为正值，则单位就是正常px。你也可以用负值，则单位是Å：
Pymol> set label_size，-0.5
Pymol> set label_size，4
设立label位置，用下列命令可以设立label离默认位置三维偏移值，在需要给spheres加标签时候有用：
Pymol> set label_position，(x,y,z)
最后说说如何用单个字母标注氨基酸。
一方面在$HOME/.pymolrc中加入：
# start $HOME/.pymolrc modification
single ={'VAL':'V'，'ILE':'I'，'LEU':'L'，'GLU':'E'，'GLN':'Q'，\
'ASP':'D'，'ASN':'N'，'HIS':'H'，'TRP':'W'，'PHE':'F'，'TYR':'Y'，\
'ARG':'R'，'LYS':'K'，'SER':'S'，'THR':'T'，'MET':'M'，'ALA':'A'，\
'GLY':'G'，'PRO':'P'，'CYS':'C'}
# end modification
用法，用single[resn]代替resn：
Pymol> label n. CG and i. 230+246，single[resn]
下面是改进过图片：

是不是看起来好多了，下面是详细代码，其中关于电子密度图设立请见下一节：
Pymol> select near，resi 139+229+230+233+246+499+519+520
Pymol> as cartoon，pro
Pymol> 鼠标操作：显示nearsidechain
Pymol> set_color grey1，[224,224,224]
Pymol> set cartoon_color，grey1
Pymol> set cartoon_transparency