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DNAStar详细中文使用说明指导书.doc

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1、Sequence Analysis Softwarefor Macintosh and WindowsGETTING STARTEDIntroductory Tour of the LASERGENE SystemMAY DNASTAR, Inc.1228 South Park StreetMadison, Wisconsin 53715(608) 258-7420Copyright . by DNASTAR, Inc.All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written perm

2、ission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.Sixth Edition, May Printed in Madison, Wisconsin, USATrademark InformationDNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, PrimerSelect, Gen

3、eQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc. Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism 373, 377 and 3700 are registered trademarks of Applera Corp., ALFis a registered trademark of Pharm

4、acia Biotech A.B., MacVertor. and GCG. are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.Disclaimer & LiabilityDNASTAR, Inc. makes no warranties, expressed or implied, including without limitation the implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, regarding the software. DN

5、ASTAR does not warrant, guaranty, or make any representation regarding the use or the results of the use of the software in terms of correctness, accuracy, reliability, currentness, or otherwise. The entire risk as to the results andperformance of the software is assumed by you. The exclusion of imp

6、lied warranties is not permitted by some states. The above exclusion may not apply to you.In no event will DNASTAR, Inc. and their directors, officers, employees, or agents (collectively DNASTAR) be liable to you for any consequential, incidental or indirect damages (including damages for loss of bu

7、siness profits, business interruption, loss of business information and the like) arising out of the use of, or the inability to use the software even if DNASTAR Inc. has been advised of the possibility of such damages.Because some states do not allow the exclusion or limitation of liability for con

8、sequential or incidental damages, the above limitations may not apply to you.DNASTAR, Inc. reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR, Inc. to notify any person or organization of such revision or changes. The screen and ot

9、her illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer.目录在苹果机(Macintosh)上安装和升级 05 经过因特网升级 06 软件安装 07 网络安装 08 疑难解答 12 在PC机(Windows)上安装和升级 17 经过因特网升级 18 软件安装 19 从 EditSeq 开始 21 从 GeneQuest 开始 31从 MapDraw 开始 44从 MegAlign 开始 54从 PrimerSelect开

10、始 65从 Protean 开始 78从 SeqMan II 开始 89 L A S E R G E N Ef o rWi n d o w s & M a c i n t o s hDNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 3 9e m a i l : s u p p o r t d n a s t a r. c o m在苹果机(Macintosh)上安装和升级经过因特网升级必备条件 6下载升级程序 6软件安装必备条件 7从CD安装Lasergene 7网络安装必备条件 8定义 8Dongl

11、e安装 10服务器安装 10终端机安装 11疑难解答系统配置冲突及网络问题 12处理网络问题其它工具 13授权错误汇报 14程序使用及更多授权信息 15经过英特网升级假如您以前已经安装了Lasergene 而且现在有升级和服务联络,您就能够经过英特网来升级您现有版本,多种模块(module)全部是以自解压形式存放,你能够选择性下载安装。必备条件您用户名和会员号是必需,能够在安装盘上找到。程序升级备份您已经有Lasergene,找到您要升级程序,并把它转移到备份文件夹中。连接到DNAstar网站主页(),从菜单中Customers中点击Lasergene Updates点,安提醒输入密码和用户名

12、(和会员名相同),这么就会打开下载页面,找到Macintosh软件(Macintosh Software),就能够下载您想要模块了。模块下载完成以后,双击文件将其解压缩到已经安装DNAstar文件夹中替换旧模块文件。用Macintosh Finder打开Lasergene浏览器,找到DNAstar文件夹,从FILE MENU选择Update Applications,然后插入安装盘,等候升级完成。软件安装本节介绍若何从CD在苹果机(Macintosh)上安装Lasergene。注意安装是尽可能关闭全部其它程序以确保安装顺利进行。必备条件一张个人Lasergene安装盘;一张Lasergene软

13、件光碟;足够硬盘空间和内存:最少30Mb硬盘,32MbRAM。从光盘安装Lasergene插入安装盘和安装光盘,双击图标,则出现下面窗口,点击继续则出现安装窗口。窗口中有两种安装选择:简易安装和通常安装。简易安装能够运行于68K-family and Power Macintoshes。而通常安装能够安装工作站文件、实施文件和样品资料,我们推荐使用简易安装,假如使用通常安装能够节省5Mb空间。注意安装完成后,要重新开启计算机。网络安装Lasergene网络系统是能够运行于局域网计算机上软件。她有两部分组成:一是资料服务器,服务器要有较大硬盘和较高运行速度;二是和服务器相连终端机。后者经过一个称

14、为dongleLasergene硬盘设备相连进行管理。必备条件安装磁盘(服务器版)用户端磁盘,包含安装盘(终端版)和Disk 1(终端版)。Lasergene软件光盘DNAstar网络用dongle盘足够硬盘空间和内存:服务器最少30Mb硬盘,8MbRAM。终端机最少1Mb硬盘,32MbRAM。定义在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语:u 应用程序:指EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw, MegAlign, PrimerSelect, Protean, and SeqMan II。u 应用程序服务器:是指存放应用程序电脑,通常和dongle服

15、务器是同一个服务器,但也能够不一样,当在局部硬盘上安装网络程序时,也能够在同一个网络系统中同时存在多个不一样应用程序服务器,而且应用程序服务器不一定是苹果机,储存应用程序机器也不一定必需能够运行该程序,仅仅是储存而已。u 终端机安装(又称工作站安装),安装网络版本Lasergene运行最小软件部分,它包含以下在内:LicenseKeeper,Navigator,和系统资源。u 终端机:这能够是任何不作为Dongle Server网络上机器。终端机是任何最少穿过终端机安装机器,这么是使得Lasergene应用程序运行需要最少、最低程度软件。u Dongle:Dongle是网络版Lasergene

16、需要硬件装置。每个网络系统全部需要单独Dongle。dongle是末端上带1个短电缆小矩形装置。有2不一样种类dongles:一个是在计算机背后可和调制解调器端口连起来,有9个pin插头;另一个有4部分针阳插头,连接鼠标和键盘。u Dongle服务器:这是装有Dongle机器,它肯定是最少穿过终端机安装苹果计算机,这机器应该一直保持运行。u Navigator:是为了更简单进行Lasergene应用设计工具。在必需情况下,Navigator将自动安装网络组件,而且为网络安装诊疗工具。u LicenseKeeper:和Dongle交流持有些人系统扩展部分。它告诉dongle哪个应用被开始,这么,

17、dongle才许可末个机器程序运行。u 服务器安装: 指Lasergene软件完整安装,包含应用程序、LicenseKeeper、Navigator和系统资源。Dongle安装使Lasergene网络版能够运行第一个操作就是安装dongle。在你安装之前,请检验你dongle是否有9-别针连接器(connector)或4-别针连接器(connector)。u 关闭你计划装dongle服务器那台苹果计算机电源。u 假如你dongle有9-别针连接器(connector),把它连接到你计算机调制解调器端口上。调制解调器端口是一个有9个外置接口设备,在你苹果计算机后面展示板上,电话听筒图标周围。u

18、假如你dongle有4-别针连接器,从键盘断开鼠标,把dongle接在键盘上,接着,把你鼠标接在dongle上。u 重新开启苹果计算机。u 假如你dongle被接在苹果计算机上,你必需根据dongle服务器那样进行软件安装。假如你计划将这机器作为文件服务器,请安服务器安装方法安装。假如你不计划将这机器作为文件服务器,请安终端机安装方法安装。在对dongle服务器施行成功软件安装以后,在开启时应该出现右面服务器图标。服务器安装(Server Installation) u 这个安装和在第5页上所描述软件安装过程基础相同。因为大部分网络包含机器很多不一样种类(68 K,和Power Macinto

19、sh机器),所以我们推荐您选择简易安装。u 在完成软件安装以后,如右图操作共享Lasergene应用程序文件夹,这么,其它网络用户才能够使用。假如你不能确定怎样操作,请和你网络管理员联络。终端机安装(Client Installation)u 终端机安装必需在全部需要对Lasergene服务器操作机器,但不是文件服务器机器。u 插入安装磁盘终端机版本,然后根据在第5页上软件安装方法安装。u 随即经过苹果机菜单选择命令将文件服务器和终端机相连。部分网络能够使用其它方法进行相连。假如这步你有问题,请和你网络管理员联络。u 从终端机上DNASTAR文件夹中运行浏览器。u 从文件菜单,选择寻求应用程序

20、,你应该收到以下信息:全部应程序用全部被浏览器找到了。现在就能够从文件服务器运行Lasergene应用程序了。疑难解答系统配置冲突部分系统配置可能会在安装过程冲突,假如你不能从Lasergene光盘成功地安装,能够关上无须要配置:u 用计算机控制板上配置管理器关闭任何无须要扩展程序。u 或重新开启你机器,继续安装。网络疑难找不到dongle服务器是网络问题中最常见问题。当你开始运行DNASTAR应用程序时,你会碰到这问题,提醒信息显示:DNASTAR许可服务器没有应答,请再试一次。可能有以下多个原因:u 是否装有dongle计算机被关闭,假如是重启dongle机器即可。u 是否dongle没有

21、接在苹果计算机上,或不在调制解调器端口或鼠标接口,根据第8页Dongle Installation命令在苹果计算机上重新安装dongle。记住在除掉或插入dongle之前先关闭计算机。u 假如你dongle被接在IIfx,Quadra 900或Quadra 950等机子上,你不仅需要重新安装,还要进行以下操作: 从菜单中选择Control Panels中Serial Switch双击,就会出现右面窗口。 将Faster 换成Compatible。然后重启计算机。 假如dongle已合适地被接在调制解调器端口上,不过计算机不识别,那可能是你计算机在 booting 期间里不是别调制解调器端口记号

22、。用LicenseKeeper按下面方法寻求调制解调器端口:l 开启Navigator。l 按OptionNETWORK MENUSet LicenseKeeper次序打开右边LicenseKeeper对话框。l 把Dongle Delay参数放到3秒上。l 单击LicenseKeeper,接着Done。l 重启苹果计算机。l 假如问题还没处理,和DNASTAR联络。其它处理网络问题方法要了解您计算机和全部可经过网络运行DNASTAR dongle服务器,选择NETWORK MENU中Diagnose LicenseKeeper。计算机将告诉您是否dongle被安装到你计算机上,是否存在Lic

23、enseKeeper系统配置。同时显示LicenseKeeper站点识别和版本编号。不管你计算机授权状态怎样,Navigator全部会汇报全部已连接dongle服务器状态。许可服务器汇报在网络地带周围形成,可显示全部对你网络应答dongle服务器用户名,站点识别和版本编号。通常,你LAN包含单一dongle服务器,不过,大网络上能够有多个。假如你计算机被接在大LAN上,打开这个汇报可能会慢部分。确定全部LicenseKeeper服务器地点要求network request被送到在LAN上每个区。最少需要1秒钟才能确定是否有回应。LicenseKeeper错误汇报假如授权系统没有安装,或和don

24、gle服务器连接困难,Navigator将会发觉问题,汇报错误信息。下面斜体为错误类型,其后是各自原因。u LicenseKeeper系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中。重新安装Lasergene用户端软件。Navigator不能和系统扩展连接,也没在系统文件夹中发觉。对于System 7或较晚Macintoshes,假如你重启计算机时按下Shift键,则可能发生这问题。u 当计算机起动时候,按下了鼠标按钮或Shift键。重启你机器。因为系统扩展在开启时被失活了,所以Navigator不能和系统扩展交流。你机器上安装了较老版本Mac机网络协议。安装53或更新版本Mac机网络协议。安装Mac机

25、网络协议不支持系统扩展。在小网络或closely-knit安装上,这将不是问题,因为dongle服务器和其它用户机在同一个区。假如必需,DNASTAR能为较新版本Mac机网络协议(AppleTalk)提供驱动和installation script。u 不能在网上注册LicenseKeeper。和DNASTAR联络。因为你计算机上有太多其它网络处理,系统扩展不能进行网络操作。这种情况极少见,但假如您计算机是网络中介话,有时也会发生。u LicenseKeeper系统扩展所需内存不够。关闭无须要系统扩展。假如你操作系统在你计算机上使用了全部内存,这也会发生。u 系统文件夹被保护。去除系统文件夹保

26、护,重启计算机。系统文件夹里文件和已经使用文件不能够保留。磁盘压缩和口令保护扩展时会发生这些问题。u 重新安装Lasergene工作站软件。系统扩展使用系统文件夹里文件不存在了。应用程序使用为了了解已连接用户数目,用户使用了什末程序,程序使用时间,能够从NETWORK MENU打开Application Usage。窗口中还会显示相关诸如用户/服务器状态,站点识别和LicenseKeeper系统扩展版本编号等通常信息。当这窗口打开时,Navigator将没10秒钟更新一次应用程序使用信息。更多LicenseKeeper信息计算机开启时,LicenseKeeper将自动寻求网络区信息和每个区do

27、ngle服务器。只有标识号和LicenseKeeper系统扩展相符dongle服务器才能够被识别。这许可1台以上dongle服务器在相同网络范围内操作。假如网络管理员改变了有dongle服务器区名并重新开启dongle服务器,那末区外全部终端机也必需重新开启。 系统扩展作为Dongle Server成功开启时,在开启期间会出现这个图标。 系统扩展作为终端机成功开启时,在开启期间会出现这个图标。 系统扩展被安装,不过因为较少内存或失活(开启时按下了鼠标)而不能开启时会出现这个图标。WINDOWS上安装和升级经过因特网升级必备条件 18下载升级程序 18软件安装必备条件 19从CD安装Laserg

28、ene 19经过英特网升级假如您以前已经安装了Lasergene 而且现在有升级和服务联络,您就能够经过英特网来升级您现有版本,多种模块(module)全部是以自解压形式存放,你能够选择性下载安装。必备条件您用户名和会员号是必需,能够在安装盘上找到。程序升级备份您已经有Lasergene,找到您要升级实施程序,并把它转移到备份文件夹中。连接到DNAstar网站主页(),从菜单中Customers中点击Lasergene Updates点,安提醒输入密码和用户名(和会员名相同),这么就会打开下载页面。找到windows软件(Windows 95/98/NT Software.),就能够下载您想要

29、模块了。模块下载完成以后,双击文件将其解压缩完成。看到“Application name” has been updated.说明升级完成。软件安装本节介绍若何从CD在PC机(Windows)上安装Lasergene。注意安装是尽可能关闭全部其它程序以确保安装顺利进行。必备条件一张个人Lasergene安装盘;一张Lasergene软件光碟;足够硬盘空间和内存:最少30Mb硬盘,32MbRAM。从光盘安装Lasergene插入安装盘和安装光盘,双击安装图标,则出现下面窗口,点击继续则出现安装窗口。随即一次出现下面窗口,请根据提醒做出选择然后点击Next,直至完成安装。从EditSeq开始Edi

30、tSeq是能够快速、正确地输入,而且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件全部能够分为三个可编辑部分,上边一部分为序列文件,中间一部分里是评论,底部是序列注释。EditSeq能读取大部分序列格式包含FASTA,GenBank,ABI、GCG和ASCII格式。你能够使用菜单命令或拖拽方法输入序列文件。另外, 序列可能经过使用键盘输入,或从其它地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到序列能够直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。序列被打开后,EditSeq能使用标准或指定遗传密码进行翻译,或反翻译,寻求开放读框,还能够进行阅读校对。另外, EditSeq能以GenBan

31、k,FASTA和GCG格式输出序列。假如在使用这软件中需要帮助,能够和DNASTAR联络。电话:(608)258-7420,传真:(608)258-7439,电子信件:,或经.内容打开已经有序列 23寻求开放读框 24DNA序列翻译 24遗传密码选择使用 25遗传密码修改 25序列反向互补及反向转换 26BLAST检索 27序列信息查看 28序列校读 29序列保留和输出 29打开已经有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。假设序列末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列同时,用Set Ends命令去除5和3污染序列。

32、l 从文件菜单(FILE MENU),选择Open。l 打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。l 单击在对话框右下角Set Ends按钮。Set Ends被打开(如右)。l 在5框和3框中键入50和850,点击OK。单击Open打开序列。当EditSeq窗口打开时,序列长度显示在右上角。经过“setting ends,”现在你只有最初序列中801 bp片段。Set Ends选择在全部Lasergene应用程序中全部能够使用。寻求开放读框在这入门一部分中,我们将确定序列中最大ORF,并翻译它。l 从SEARCH MENU找到ORF,点击打开会出现右边对话框。

33、l 单击Find Next寻求第一个ORF位置。l 继续点击Find Next直到你把ORF位置选定在位置183-455。ORF坐标会出现在EditSeq窗口顶端周围。DNA序列翻译这一节中我们介绍怎样翻译我们ORF,不过任何序列中读框内部分全部能够用下面方法进行翻译。假如你选择是在三联码读框内,三联码指示棒显示为实心黑线(如左图)。假如你选择是不在三联码读框内,左边箭头和右面箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三倍数。l 选定ORF,从GOODIES MENU菜单中选择翻译(Translate)。l 翻译蛋白质序列出现在一个新未命名窗口中(如右图)。它是使用标准遗传密码翻译。使用

34、其它遗传密码依据你序列起源,你能够选择使用非标准遗传密码进行翻译等操作。在这节中,我们将标准遗传密码转换成Ciliate Macronuclear密码 。l 从GOODIES MENU菜单选择Genetic Codes打开,子菜单显示如左。l 单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传密码转换,EditSeq现在使用就是Ciliate Macronuclear遗传密码。l 一样能够将遗传密码转换为其它类型。遗传密码编辑这一节中我们修改Ciliate Macronuclear遗传密码。l 从GOODIES MENU菜单选择Edit Selected Code。这将打开右面窗口,

35、窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列。l 如以DNA形式展示密码,点击DNA按钮。l 编辑时,单击任何要编辑密码,从其现在位置拖到新氨基酸对应位置则可。l 如使用不一样启始密码子,单击Set Starts按钮。第二遗传密码窗就会被打开,能够进行起始密码子选择。l 单击任何氨基酸(或codon位置),该密码子就会变成绿色,而且旁边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。如要去除,只需单击它即可。如不保留,则单击取消;如要保留,单击保留为。序列反向互补及反向转换下面步骤能够用于反向测定序列正确输入。l 选定序列。l 从GOODIES MENU菜单,选反向互补序列(Reverse Compl

36、ement),或把序列颠倒过来(Reverse Sequence)命令,则被选定序列就被翻转互补或翻转过来了。BLAST检索下面我们将在NCBIBLAST服务器上对TETHIS21序列进行相同性比较。注意为了进行BLAST查找必需确保因特网连接。假如你没有连接因特网,跳过这部分,继续下一部分。l 选定序,或从EDIT菜单中选择Select All。l 从网络检索菜单(NET SEARCH MENU),选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。l 程序默认为blastn,数据库默认是nr,参数转换请参考帮助。l 单击OK开始查找。l 寻求结果显示为两部分(以下)。上边部分是按可能性次序显示检

37、索到序列名字,下面部分显示上面部分选定序列和提交序列(上边序列)比较具体结果。相关“score”和“expectation”具体信息在NCBIs网点能够找到。通常来说,更关键score和更低expectation提醒很好相同性。l BLAST结果窗最上边3钮被用来打开,或保留检索到序列,或让你了解更多相关信息。下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高5序列开始:l 单击Create Document。一个小对话框出现。l 在左上角有一个下拉菜单显示默认(default)。单击下拉菜单,选顶端(Top)。并在右面文本框中写入5。l 单击OK,EditSeq自动查对多出序列。

38、假如EditSeq提醒最少2序列是同一个,请点击OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一序列,并分别打开一个单独EditSeq窗口。下面我们用“Batch Save”钮将3-10序列保留为EditSeq文件:l 选定从顶端起第3个序列。单击Batch Save。小灰色对话框出现。l 单击下拉菜单,选Next。并在右面文本框中写入8。l 点击Set Location,显示文件夹对话框。l 选定你要保留序列位置。单击OK回到灰色对话框。l 单击OK保留序列,文件扩展为“.seq”。在下载过程期间,EditSeq自动查对反复序列。假如EditSeq提醒最少2序列是同一个,请点击OK。l 除非你收

39、到错误信息,不然能够认为你序列已经成功下载。最终我们能够使用“Launch Browser”钮查看序列具体信息l 选定序列。l 选择Launch Browser。l 你网络浏览器将打开右面窗口。序列信息查看现在我们要使用EditSeq菜单指令查看相关打开TETHIS21序列信息。l 选定序列一部分。假如你倒是期望全选序列,从EDIT MENU菜单,选择Select All。l 从GOODIES MENU菜单,选DNA Statistics。就会出现右面窗口,显示序列信息。序列校读在我们学习保留和输出序列之前,下熟悉一下EditSeq校读功效这功效能帮助你校正测序胶中错读。l 选定序列。l 单击

40、校对发音图标(序列窗口底部张开嘴),或从SPEECH MENU,选Proof-Read Sequence。l 电子音声就会开始朗诵所选序列。(注:假如你听不见任何声音,检验你计算机喇叭是否已经打开。)l 要改变音声read-back速度,从SPEECH MENU菜单,选择Faster or Slower。l 要停止校读,点击图标(手),或从SPEECH MENU菜单,选择Proof-Read Sequence。序列保留和输出首先创建一个用于保留序列。从文件菜单,选New中New DNA,或New Protein。l 将序列写入出现窗口。l 假如你输入非法字符,计算机会发出警告。然后,我们将序列

41、保留为EditSeq文件:l 从文件菜单,选Save。l 选定保留位置。l 给序列命名。l 单击保留则可。以GenBank或GCG格式保留序列:l 从文件菜单,选Export。l 选定保留位置。l 为sequence(s)选格式。l 给sequence(s)命名。l 单击保留则可。以FASTA格式保留序列:l 从文件菜单,选Export(1个序列),或Export All As One(多个序列)。当使用Export All As One时候,假如DNA和蛋白质文件同时存在,激活窗口序列类型和你保留类型是一致。EditSeq仅仅将写入序列保留为FASTA格式。l 选定保留位置。l 选FASTA格式。l 给sequence(s)命名。l 单击保留则可。从GeneQuest开始GeneQuest能够帮助你发觉和注释DNA序列中基因,并帮助您操作生物学所关心DNA其它feature:包含ORFS、拼接点连接,转录因子结合为点、反复序列、限制性内且酶酶切位点等。经过应用“methods”到序列,序列feature能够以图形形式展示出来。你能够在序列上注释任何你发觉feature。和其它Lasergene应用程序一样,G

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