宏基因组二代测序对重症社区获得性肺炎患者的病原学诊断及预后分析.pdf

Cor.论著中国中西医结合息救杂志2 0 2 3年6 月第30 卷第3期ChinJTCMWMCritCare，Ju n e2023,Vol.30,No.3271宏基因组二代测序对重症社区获得性肺炎患者的病原学诊断及预后分析鲍任任1梅清杨田军2王天风2 盛习梅3梅宇林3李萌！潘爱军11安徽医科大学附属省立医院重症医学科,安徽合肥2 30 0 0 1；中国科学技术大学附属第一医院（安徽省立医院）重症医学科，安徽合肥2 30 0 0 1；3皖南医学院，安徽芜湖月2 410 0 2通信作者：潘爱军，Email：a i j u n p a n 8 6 8 u s t c.e d u.c n【摘要】目的评价宏基因组二代测序（mNGS）对重症社区获得性肺炎（SCAP）患者病原微生物的检测能力及对预后影响。方法采用回顾性研究方法。选择2 0 18 年3月至2 0 2 2 年12 月人住安徽医科大学附属省立医院重症医学科并接受支气管肺泡灌洗液（BALF）m NG S的6 5例SCAP患者，并与同期仅进行传统病原学检测（CMT)的患者按1:1配对,配对标准为性别、年龄差值在5岁以内、基础疾病、免疫状态、急性生理学与慢性健康状况评分（A PA CH E）差值在3分以内、肺炎严重指数（PSI)评分。观察的主要终点为9 0 d病死率；次要终点包括重症监护病房（ICU)住院时间、机械通气时间、7 d内肺炎好转率、2 8 d病死率，并绘制Kaplan-Meier生存曲线比较两组9 0 d累积生存率。结果CMT组有16 例（2 4.6 2%）阴性结果，而mNGS组仅有1例（1.54%）阴性结果（P0.05）。在收到微生物学检测报告后，mNGS组有42 例患者（6 4.6 2%）进行了抗感染方案的调整，而CMT组只有18 例（2 7.6 9%）进行了调整（P0.05）。m NCG S组检测到的细菌总数显著高于CMT组（49 株比2 5株，P0.05）。m NG S组患者真菌检出总数高于CMT组（14株比5株，P0.05)。m NCS组中41例患者（6 3.0 8%）在随后的7 d内肺部感染的情况得到改善，而CMT组中只有2 4例患者（36.9 2%）得到改善（P0.05）。m NG S组机械通气时间（d：6.6 41.53比6.8 41.2 8，P0.05）和ICU住院时间（d：8.6 8 1.7 8 比9.2 8 1.6 6，P0.05）均显著短于CMT组，mNGS组患者的2 8 d病死率（16.9 2%比36.9 2%，P0.05）和9 0 d病死率（2 4.6 2%比43.0 8%,P0.05）也显著低于CMT组。Kaplan-Meier生存曲线显示，mNCS组9 0 d累积生存率明显高于CMT组(Log-Rank检验：=7.528,P=0.026)。结论mNGS对 SCAP患者的病原微生物学较CMT有更高的检测能力,临床医师据此选择了更合适的治疗方案，也间接改善了患者预后。【关键词】重症社区获得性肺炎；支气管肺泡灌洗液；宏基因组二代测序；病原微生物学；预后基金项目：安徽省高等学校自然科学研究项目（2 0 2 2 AH051260）；安徽省重点研究与开发计划（2 0 2 10 4j07020043）D0I:10.3969/j.issn.1008-9691.2023.03.004Pathogenic diagnosis and impact on the prognosis of metagenomic next-generation sequencing in patients withseverecommunity-acquiredpneumoniaBao Renren,Mei Qing,Yang Tianjun,Wang Tianfeng,Sheng Ximei,Mei Yulin,Li Meng,Pan AijunDepartment of Critical Care Medicine,the Afiliated Provincial Hospital of Anhui Medical University,Hefei 230001,Anhui,China;Department of Critical Care Medicine,the First Affiliated Hospital of University of Science and Technologyof China(Anhui Provincial Hospital),Hefei 230001,Anhui,China;Wannan Medical College,Wuhu 241002,Anhui,C【A b s t r a c t Objective To evaluate the effect of metagenomic next-generation sequencing(mNGS)on thediagnostic ability of pathogenic microorganisms and prognosis of patients with severe community-acquired pneumonia(SCAP).Methods A retrospective study was conducted.A total of 65 patients with SCAP admitted to the departmentof critical care medicine of the Affiliated Provincial Hospital of Anhui Medical University from March 2018 to December2022 who received bronchoalveolar lavage fluid(BALF)mNGS were collected.They were matched in a ratio of 1:1 withpatients who only underwent conventional microbiological tests(CMT)during the same period.The matching criteriawere sex,age(the difference is within 5 years),underlying disease,immune status,acute physiology and chronic healthevaluation II(APACHE II score,the difference is within 3 points),and pneumonia severity index(PSI).The primaryendpoint of observation was 90-day mortality,while the secondary outcomes included length of intensive care unit(ICU)stay,mechanical ventilation duration,efficacy of treatment of pulmonary infection within 7 days,and 28-daymortality,Kaplan-Meier survival curve was drawn to compare the 90-day cumulative survival rate between the twogroups.Results In the CMT group,there were 16(24.62%)negative results,whereas only 1(1.54%)had negativeresults in the mNGS group(P 0.05).After receiving the microbiological report,antibiotics were altered in 42 patients(64.62%)in the mNCS group,but in only 18(27.69%)in the CMT group(P 0.05).The total number of bacteria detectedin mNCS group was significantly higher than that in CMT group(strains:49 vs.25,P 0.05).Total number of the fungaldetection in mNCS group was higher than that in CMT group(strains:14 vs.5,P 0.05).In the mNGS中国中西医结合急救杂志2 0 2 3年6 月第30 卷第3期ChinJTCMWMCritCare，Ju n e2023,Vol.30,No.3272group,41 patients(63.08%)showed improvement in pulmonary infection within 7 days,compared to only 24 patients(36.92%)in the CMT group(P 0.05).The mechanical ventilation duration(days:6.64 1.53 vs.6.84 1.28,P 0.05)and length of ICU stay(days:8.68 1.78 vs.9.28 1.66,P 0.05)in mNGS group were significantly shorter than thosein CMT group.The 28-day(16.92%vs.36.92%,P 0.05)and 90-day mortality rates(24.62%vs.43.08%,P 0.05)were also significantly lower in the mNGS group than those in the CMT group.Kaplan-Meier survival curve showed the90-day cumulative survival rate in mNGS group was significantly higher than that in CMT group(Log-Rank test:2=7.528,P=0.026).Conclusion mNCS has a higher ability to detect pathogenic microbiology in SCAP patients than CMT,soclinicians can choose a more appropriate treatment plan based on this and indirectly improves the prognosis of these patients.Keywords1Severe community-acquired pneumonia;Bronchoalveolar lavage fluid;Metagenomic next-generation sequencing;Pathogenic microbiology;PrognosisFundprogram:Natural Science Research Project of Colleges and Universities in Anhui Province2022AH051260);Key Research and Development Plan of Anhui Province(202104j07020043)D0I:10.3969/j1ssn.1008-9691.2023.03.004重症肺炎是患者人住重症监护病房（intensivecare unit，ICU）的主要原因之一,因其有较高的病死率而引起大家的广泛关注。根据感染环境的不同可将其分为重症社区获得性肺炎（severe community-acquired pneumonia，SCA P）和重症医院获得性肺炎(severe hospital-acquired pneumonia,SHAP)。由于临床过程不同，感染的病原谱有各自的特征，治疗方法存在差异等原因，SCAP和SHAP在既往研究中被视为不同的临床实体 2 。除必要的机械通气外，早期有效的抗感染治疗对重症肺炎患者预后同样重要，而准确且及时明确病原体是临床医师选择恰当抗感染治疗方案的前提条件 3。针对下呼吸道标本，传统病原学检测（conventional microbiologicaltests，CM T)方法主要包括培养、涂片、聚合酶链反应（polymerasechain reaction，PCR）和抗原检测等。但因其阳性率低、时效性差或需要先验假设等原因，已无法充分满足ICU重症肺炎患者的临床需求。随着病原学分子检测技术的发展和成本的降低,宏基因组二代测序（metagenomic next-generationsequencing，mNG S）技术逐渐普及应用于各种感染性疾病的早期诊断。该方法具有无偏倚、快速、高敏感度等的特点，理论上可检测出标本中的所有微生物 4-5。既往研究表明，mNGS在与GMT方法的比较中显示出较大的优势，包括脓毒症 6 、中枢神经系统感染 7 、下呼吸道感染 8 等疾病的诊断。然而，重症肺炎患者能否最终从mNGS中获益仍存在较大的争议。Xie等 9 的回顾性研究表明，mNGS可以显著降低重症肺炎患者的2 8 d和9 0 d病死率。然而,先前的另一项研究却显示，mNGS仅能改善患者的肺炎好转率，对中长期预后无明显影响10 。事实上，前者的研究对象并没有区分社区获得性肺炎（community-acquired pneumonia,CAP）和医院获得性肺炎（hospital-acquired pneumonia，H A P）;而后者则以HAP为研究对象。人们推测这种不一致的结果可能与肺炎类型有关，mNCS或许更能让CAP患者获益。为此,本研究拟对接受mNGS或CMT方法的SCAP患者进行一项病例对照配对试验,以探讨mNGS在SCAP诊断中的临床价值。1资料与方法1.1患者筛选与数据采集：对2 0 18 年3月至2022年12 月所有人住安徽医科大学附属省立医院的肺部感染患者建立电子数据库。患者的纳人标准：符合重症肺炎和CAP诊断标准，参考2 0 19 年美国传染病学会/美国胸科学会（InfectiousDiseasesSociety of America/American Thoracic Society,IDSA/ATS)指南 11；年龄18 岁。排除标准包括：存在除肺部以外的其他原发感染；重症肺炎确诊超过48 h人住ICU；标本采集未在入住ICU48h后完成；在入住ICU后48 h内死亡或自动出院；回顾性分析考虑为非感染性疾病；未达到mNGS或CMT质量控制标准的检测样品；?考虑样本被污染；临床数据不完善从电子数据库中收集纳人患者的临床数据，包括人口统计学特征、基础疾病、原发病、疾病严重程度评分、病原微生物学信息、实验室检查、重要的治疗过程和预后情况。1.2伦理学：本研究经中国科学技术大学附属第一医院伦理委员会审批同意（审批号：HREC001/2022)。因其为回顾性研究，豁免书面知情同意书。1.3研究设计：采用1:1配对原则，即每例行mNCS检查的SCAP患者与1例未行mNGS检查仅进行CMT的患者配对。匹配的标准为性别、年龄差值在5岁之内、主要基础疾病、免疫状态，急性生理学与慢性健康状况评分（acute physiology and chronichealthevaluationII，A PA CH EI）差值在3分之内、肺炎严重指数（pneumonia severity index,PSI)评分。要中国中西医结合急救杂志2 0 2 3年6 月第30 卷第3期ChinJTCMWMCritCare，Ju n e2023,Vol.30,No.3273求上述各项指标完全匹配。当多个候选病例达到匹配要求时，按照入住ICU时间顺序选择。观察的主要终点为9 0 d病死率；次要终点包括ICU住院时间、机械通气时间、7 d内肺炎好转率和2 8 d病死率。1.3.1(CMT：使用纤维支气管镜收集支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF),1h内送往临床检验中心微生物实验室进行CMT检测，包括细菌和真菌培养、普通涂片、抗酸染色、六胺银染色、抗原检测、血清学检测及PCR等。每个样本均送检细菌和真菌培养、普通涂片，根据患者的临床特征和医师主观怀疑的病原体送检其他CMT。1.3.22mNGS：另一份标本采集后用干冰运输，标本送往第三方本地实验室。向6 0 0 L样本中加人250L的0.5mm玻璃珠进行物理破壁，然后加人7.2L溶壁酶进行酶破壁反应。按照TIANamp微型DNA试剂盒的步骤,取30 0 L的混合物提取DNA。在标准化和池化之前，采用Qubit高敏感度DNA分析法进行定量，并采用安捷伦2 10 0（安捷伦科技，美国）上的BioanalyserDNA1000芯片进行质量评估。将合格的DNA文库进行环化，形成单链环状结构，利用滚环复制技术生成DNA纳米球。将制备好的纳米球加载到芯片上，利用测序平台BGISEQ-50/MCISEQ-2000进行测序。测序完成后，从原始数据中去除连接序列和低质量序列数，获得高质量的净数据。将质量控制后的测序读取数据映射到人类参考数据库中，以去除人类序列数。删除低复杂性读数后，将其余序列数据与包含细菌、真菌、病毒、寄生虫的微生物参考数据库（NCBIGenBank和实验室内部建立的微生物基因组数据）进行比对，以确定微生物物种和相对丰度。本研究使用的数据库包含与人类疾病有关的6 350 种细菌、10 6 4种真菌、4945种病毒和2 34种寄生虫1.4mNGS阳性结果的标准 12-13:建立背景微生物数据库，其中包含了过去至少3个月实验室中50%以上气管内抽吸物（endotrachealaspirate，ET A）和BALF标本中出现的微生物。然后将检测到的微生物与内部数据库进行比较，删除可疑的背景微生物；为了确定标本中检测到的微生物是否为真阳性，将检测到的微生物的每百万分读数（thereadspermillion,RPM)与阴性标本中的微生物进行比较；在属水平上选择绝对丰度较高（30%）的微生物作为潜在病原体；对于真菌，如果用RPM5的mNGS检测到该物种,则认为结果为阳性；对于分枝杆菌和嗜肺军团菌，如果mNGS检测到RPM1,则结果被认为是阳性；综合临床因素后判定该微生物检出是否存在临床意义。其中临床因素包括患者的临床表现、实验室及影像学检查、治疗反应和预后情况。上述内容由一组高级别临床医师进行判断，并达成统一意见。1.5临床定义：抗菌药物的调整和肺炎转归情况由同一组高级别医师根据临床数据进行回顾性判断。患者在接受mNGS后抗菌药物使用被分为确认治疗、降阶梯治疗、起始靶向治疗、无临床帮助4种情况 14。根据症状、体征和实验室检查结果判断mNGS 后肺炎的治疗效果 15,达到下列两项指标则定义为治疗有效：肺炎症状改善或消失（即痰液性状改善，肺部啰音减少或消失，体温峰值降低，外周血白细胞计数、中性粒细胞比例、C-反应蛋白、降钙素原等炎症指标趋于正常）；胸部影像学检查提示病变吸收或无明显进展。1.6乡统计分析：使用SPSS26.0软件进行统计分析。对计量资料进行正态性检验，符合正态分布以均数土标准差（土s)表示，组间比较采用独立样本t检验；不符合正态分布以中位数（四分位数）【M（Q L，Q u】表示，采用非参数检验比较两组间的差异。计数资料采用例（百分比）表示，组间比较采用检验。生存率的组间比较采用Kaplan-Meier生存曲线分析法。采用威尔逊的方法确定9 5%可信区间（9 5%confidence interval，9 5%CI)。所有统计检验均为双尾检验，且P0.05)。与mNGS组相比，CMT组从样本送检至结果反馈时间显著延长（P0.05）。2.2mNCS组和CMT组在种或属水平检出的病原微生物比较（图2）：CMT组16 例（2 4.6 2%）检测结果为阴性，而mNGS组仅1例（1.54%）检测结果为阴性（P0.05）。m NG S组共检出了2 3种病原微生中国中西医结合急救杂志2 0 2 3年6 月第30 卷第3期ChinJTCMWMCritCare，Ju n e2023,Vol.30,No.3274表1mNGS组与CMT组患者入住ICU时的临床特征比较例数性别（例）年龄APACHEIIPSI评分（例）使用免疫抑确诊SCAP至人人住ICU至标本样本送检至结组别住ICU时间采集时间果反馈时间（例）男性女性(岁,x土s)评分(分，我土s)级IV级制剂(例)(d,x土s)(h,xs)(h,x土s)mNCS组65263965.71 14.2216.34 1.8553122220.28 1.7310.05 1.9720.83 2.10CMT组65263965.26 12.3016.201.9853122220.03 1.969.93 1.7578.66 2.33 a主要基础疾病（例）例数组别慢性肾功实体心力风湿性血液系慢性COPD合并COPD合并糖尿病合并（例）糖尿病COPD能不全肿瘤衰竭疾病统疾病肝病糖尿病心力衰竭心力衰竭mNGS组651110886532521CMT组651110886532521注：COPD为慢性阻塞性肺疾病；与mNCS组比较，aP0.05物（14种细菌、4种真菌、5种病毒）；CMT组检出18 种病原微生物（10 种细菌、2 种真菌、6 种病毒)。mNGS组检测到的致病细菌总数显著多于CMT组（株：49 比2 5，P0.05)。mNGS组最常检测到的细菌为肺炎链球菌,其次为流感嗜血杆菌；CMT组检出率最高的致病细菌为铜绿假单胞菌，其次为肺炎克雷伯杆菌和金黄色葡萄球菌。mNCS组真菌检出总数明显多于CMT组（株：14比5，P0.05)。m NG S组2 例检出单纯疱疹病毒 1(herpes simplex virus-1,HSV-1);CMT组仅对19 例疑似病毒感染的患者进行病毒检测,PCR显示8 例阳性，其中有5例为RNA病毒。2.3mNGS组和CMT组抗感染方案调整的比较（图3）：在收到微生物学检测报告后，mNGS组有42 例患者（6 4.6 2%）调整了抗感染方案，而CMT组只有18 例调整（2 7.6 9%），两组差异有统计学意义（P0.05)。方案的调整包括降阶梯治疗和起始靶向治疗两种情况，而未调整方案包括确认治疗及无临床帮助。mNCS组起始靶向治疗率高于CMT组（P0.05),无临床帮助率明显低于CMT组（P0.05)。病例配对研究mNGS组CMT组BALF进行mNGS检测（n=147）BALF进行CMT检测（n=1173）排除（n=60)：排除（n=323）：存在除肺部以外的其他原发感染（n=10)；存在除肺部以外的其他原发感染（n=51）：在人住ICU后48 h内死亡或自动出院（n=14）：在人住ICU后48 h内死亡或自动出院（n=84）；重症肺炎确诊超过48 h人住ICU（n=11）；重症肺炎确诊超过48 h人住ICU（n=9 5）；标本采集未在人住ICU48h后完成（n=15）；标本采集未在人住ICU48h后完成（n=21）；回顾性分析考虑非感染性疾病（n=2）；回顾性分析考虑非感染性疾病（n=13）：未达到mNGS质量控制标准的检测样品未达到CMT质量控制标准的检测样品(n=3);(n=22);考虑样本被污染（n=3）：考虑样本被污染（n=26）；8临床数据不完善（n=2）8临床数据不完善（n=11）纳人（n=87)纳人（n=850)病例对照研究1：1配对原则；匹配的标准为性别、年龄差值在5岁之内、基础疾病、免疫状态，APACHEI评分差值在3分之内、PSI评分，要求上述各项指标完全匹配mNGS组(n=65)CMT组(n=65)图1从2 0 18 年3月至2 0 2 2 年12 月本院ICU收治肺部感染患者数据库中进行病例配对研究流程图1010细菌888真菌66病毒42100(10%S6)O1010.10.01554444323222111000000000单胞茵军团EB病毒隐球菌展阴沟肠WU多瘤病嗜麦芽窄食单病原微生物注：0 OR为优势比，9 5%CI为9 5%可信区间，CMV为巨细胞病毒，中间的蓝色误差线（横跨网格线）表明两组之间的差异无统计学意义，而红色表示组间比较差异有统计学意义图2 mNGS组和CMT组的病原微生物分布情况中国中西医结合急救杂志2 0 2 3年6 月第30 卷第3期ChinJTCMWMCritCare，Ju n e2023,Vol.30,No.3275CMT组5047调整42未调整24.62%401.54%()深3033.8.5%2346.15%2018amNGS组47.69%18.46%18.46%109.23%降阶梯治疗起始靶向治疗0mNGS组CMT组(P=0.128)(P0.05)确认治疗无临床帮助组别3A(P=0.108)(P0.05)3B注：与mNGS组比较，P0.05；A 为CMT组和mNGS组抗感染方案调整与未调整的比较；B为CMT组（外圈）和mNGS组（内圈）抗感染方案调整的4种亚类比较图3mNGS组与CMT组患者的抗感染方案调整情况2.4mNCS组和CMT组预后比较（表2；图4）：mNGS组机械通气时间和ICU住院时间均明显短于CMT组,差异有统计学意义（P0.05)。mNG S组中41例患者在随后的7 d内肺部感染的情况得到改善，而CMT组中只有2 4例患者得到改善，两组间差异有统计学意义（P0.05)。更重要的是，mNGS组患者的2 8 d和9 0 d病死率也显著低于CMT组（均P0.05）；并且根据Kaplan-Meier生存曲线，两组90d累积生存率比较差异有统计学意义（Log-Rank检验：=7.528,P=0.026)。表2 mNGS组和CMT组患者的预后情况比较例数机械通气时间 ICU住院时间7 d内肺炎好转率组别（例）(d,xs)(d,xs)【%（例)mNGS组656.64 1.538.681.7863.08(41)CMT组656.84 1.28 a9.28 1.66 a36.92(24)a例数28d病死率90d病死率组别（例）【%（例)%（例)mNCS组6516.92(11)24.62(16)CMT组6536.92(24)a43.08(28)a注：与mNGS组比较,ap0.0510080（%）手6040一CMT组一mNGS组Log-Rank检验：20=7.528P=0.026111J0102030405060708090生存时间（d)图4mNCS组与CMT组患者9 0 d累积生存率比较的Kaplan-Meier生存曲线3讨论mNCS因其具有较高的诊断效能近年来发展迅速。与先前下呼吸道感染相关研究的结果一致 16 ,mNCS 对检测重症肺炎患者BALF中的致病微生物有更高的阳性率。本研究中mNGS组仅在1.54%的患者中呈阴性结果,而CMT组有2 4.6 2%的患者为阴性。mNCS较CMT报告了更多的细菌感染，但两组病原学分布有所不同，mNGS检测到较多的细菌为肺炎链球菌和流感嗜血杆菌,而在CMT组这两种菌的检出率却不是最高的，我们推测是因为较其他需氧或兼性厌氧菌,肺炎链球菌和流感嗜血杆菌的培养条件相对苛刻,培养阳性率低。在真菌检测方面mNGS同样显示了明显的优势，这主要归因于mNGS对肺孢子菌的高效诊断。在本中心肺孢子菌PCR检测并没有常规开展，而是依赖于效能较低的六胺银染色，并且也有许多患者没有进行针对性的检查。另一方面，mNCS对曲霉菌和根霉菌的诊断似乎没有展现出显著的优势。这可能是因为此类真菌有较厚的细胞壁,从中提取DNA的效率相对较低所致 17 。总体来看，mNGS和CMT对病毒的阳性检出总数相当,然而，mNGS报告了6 例DNA病毒,而CMT仅报告3例，这可能是因为CMT组中仅部分患者送检了DNA病毒检测，而mNGS具有无偏移的检测特点。mNGS检出最多的病毒是HSV-1,此类病毒可长期潜伏在靶细胞中，或将其遗传物质整合到宿主细胞染色体中。有研究显示，呼吸道中HSV-1的再激活和复制在有创机械通气患者中的发病率为5%6 4%,即使在免疫功能正常的患者中也很常见【18 。但在下呼吸道检测到HSV并不表明真的是HSV支气管肺炎，它可能反映了唾液的下行污染，而无实质受累 19 ,因此,这些DNA病毒的临床意义并不明确。此外，CMT中的PCR可以有效检测常见的RNA病毒（如甲型流感病毒和乙型流感病毒）,而本研究mNGS均未进行RNA检测，导致许多RNA病毒漏检,而这些病毒也是SCAP的重要病原体 2 0 。对于有细菌环境的标本，mNGS也存在一些固有缺陷。下呼吸道标本通常含有许多背景生物，包括共生菌和污染微生物，mNCS技术目前无法将此类生物与致病病原体区分开来。因此，mNGS报告的判读能否正确指导SCAP的抗感染治疗是本研究最关注的方面。本研究显示，在报告微生物学结果后，mNGS组抗菌药物调整患者比例较CMT组（责任编辑：邸美仙）中国中西医结合急救杂志2 0 2 3年6 月第30 卷第3期ChinJTCMWMCritCare，Ju n e2023,Vol.30,No.3276显著增多，显然，在获得病原微生物报告后，mNGS组获得了更有针对性的治疗。CMT组病原学阴性率相对较高，假阴性导致测试结果对治疗没有帮助；而mNGS组几乎没有发生这种情况。此外，有研究显示，mNGS的报告反馈时间明显早于CMT(h：2 0.8 32.10 比7 8.6 6 2.33，P0.001),从而能够更早地实施适当治疗 10 。另有研究显示，mNGS仅在短期内提高了SHAP的好转率,但最终患者的2 8 d和9 0 d病死率均未提高 10 。作为一种新技术,mNCS目前仍然是昂贵的，如果不能让患者最终获益无疑是徒劳的。幸运的是，对于SCAP，m NG S不仅提高了肺炎的好转率,患者最终也因此而获得了更高的生存率。这可能是因为SCAP患者以肺部感染为主要的原发疾病而入院，伴有的基础疾病相对更轻；而SHAP患者更多因其他疾病在院内继发感染,在治疗重症肺炎的同时,其他原发病对其预后的影响同样重要。此外，CAP往往都是一些特定的细菌感染，如鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌和铜绿假单胞菌等，这些微生物易于培养，CMT的诊断效能并不低,并且在获得病原学之前,经验性治疗往往也是覆盖到了上述病原微生物。反倒是细菌的耐药性常常左右了抗感染的疗效,而mNGS却不能提供准确的药敏信息。反观CAP因病原学更加多样,尤其是在一些非典型病原体的诊断上（如鹦鹉热衣原体感染等），mNGS较CMT有更明显的优势 2 1。因此，SCAP较SHAP患者更能从mNGS中获益。由于mNGS尚未成为一线诊断方法，且价格昂贵，不同病情严重程度和经济情况的SCAP患者选择不同，采用队列研究的方法可能会导致选择偏倚产生。本研究采用配对方法可有效避免了这一情况产生，更好地保障了两组患者间的一致性。然而，这仍是一项回顾性单中心研究，并且mNGS组测序也没有得到开展，导致一些RNA病毒存在被漏检的可能。因此，确切的结论还需要在设计良好的前瞻性多中心随机对照研究中被进一步证实。综上所述,本研究评估了mNGS在SCAP中的临床价值，显示mNCS不仅较CMT有更高的诊断效能,并且显著改善了患者的预后情况。相比SHAP患者，mNGS 更值得在SCAP患者中推荐。利益冲突所有作者均声明不存在利益冲突参考文献 1 Wang LL,Song YL.Efficacy of zinc given 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