R语言课件4.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,计算机与,R,语言,*,计算机与,R,语言,目录,计算机与,R,语言,第一章 网络基础知识及,R,介绍,第二章,R,语言基础,第三章 数据的存储与读取,第四章,R,的图形功能,第五章,R,的程序设计,第六章 综合实例,第四章,R,的图形功能,一、基础绘图工具,1.,绘图函数,2.,绘图参数介绍,3.,画图面板分割,4.,图形保存,二、图形案例,三、其它图形,一、基础绘图工具,1.,绘图函数,2.,绘图参数介绍,3.,画图面板分割,4.,图形保存,一、基础绘图工具,1.,绘图函数,在,R,中有两种绘图函数：,1.1,高级绘图函数 创建一个新的图形,1.2,低级绘图函数 在现有的图形上添加元素,demo(graphics),demo(persp),1.,绘图函数,1.1,高级绘图函数 创建一个新的图形,函数名,功能,plot(x),以,x,的元素值为纵坐标、以序号为横坐标绘图,plot(x,y),x,与,y,的二元作图,pie(x),饼图,boxplot(x),盒形图（也称箱线图）,hist(x),x,的频率直方图,barplot(x),x,的值的条形图,pairs(m),如果,x,是矩阵或是数据框，作,x,的各列之间的二元图,coplot(xy|z),关于,z,的每个数值（或数值区间）绘制,x,与,y,的二元图,matplot(x,y),二元图，其中,x,的第一列对应,y,的第一列，依次类推,qqnorm(x),正态分位数,-,分位数图,image(x,y,m),x,y,z,三元图,heatmap(m),热图,#,测试数据,x-1:10,y-31:40,m-matrix(1:100,10,10),z-5:14,函数名,功能,points(x,y),添加点,lines(,X,Y,),添加线,text(x,y,labels,),在,(x,y),处添加用,labels,指定的文字,mtext(text,side=3,line=0,),在边空添加用,text,指定的文字,segments(x0,y0,x1,y1),从(x0,y0)各点到（x1,y1）各点画线段,arrows(x0,y0,x1,y1,.),同上，但添加箭头,abline(a,b),绘制斜率为,b,和截距为,a,的直线,abline(h=y),在纵坐标,y,处画水平线,abline(v=x),在横坐标,x,处画垂直线,abline(lm.obj),画出,lm.obj,确定的回归线,1.,绘图函数,1.2,低级绘图函数 在现有的图形上添加元素,一、基础绘图工具,表,1,#,测试数据,plot(1:5,rep(5,5),x-2;y-4,X-c(2,2),Y-c(4,6),x0-2;y0-4,x1-5;y1-5,a-4;bcolors(),数字代号：,1,2,3,4,5,6,7,8,例题：,col,颜色参数应用。,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1),pch_type=c(1:5,15:19),X=1:10;Y=rep(6,10),plot(X,Y,col=1:10,pch=pch_type,cex=2,main=pch,font.lab=2),text(X,Y,col=1:10,adj=-0.5,labels=paste(pch=,pch_type),srt=90),一、基础绘图工具,2.,绘图参数介绍,其它常用绘图参数,R,的绘图符号：,lty,控制连线的类型：,1:,实线，,2:,虚线，,3:,点线，,4:,点虚线，,5:,长虚线，,6:,双虚线,lwd,控制线的宽度：,1,为正常大小，,1,为增加宽度,一、基础绘图工具,2.,绘图参数介绍,其它常用绘图参数,R,的绘图符号：,例题：,lty,lwd,参数应用。,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1),X=1:10;Y=1:10,line_type=c(1:6),line_width=seq(from=0.6,by=0.6,length=6),plot(X,Y,col=blue,pch=16,type=n,main=line type and line width,font.lab=2,cex.lab=1.2),abline(h=3:8,lty=line_type,col=colors()120:126,lwd=line_width),text(3:8,3:8,adj=0,labels=paste(lty=,line_type,lwd=,line_width),col=red,cex=1.2,font=3),一、基础绘图工具,3.画图面板分割,在一个面板中画多张图,mfrow,mfcol,分割绘图窗口并按行或列次序使用各子窗口：,例题：,mfrow,和,mfcol,参数应用。,X=1:10;Y=1:10,par(mfrow=c(2,2),plot(X,Y,main=normal),plot(X,Y,main=Blue Point,col=blue),plot(X,Y,main=Red Point,col=red),plot(X,Y,main=“,Green,Point,col=“,Green,),一、基础绘图工具,4.,图形保存,输出到屏幕,windows,X11,windows(),X11(),输出到文件,pdf,postscript,xfig,bitmap,pictex,cairo_pdf,svg,png,jpeg,bmp,tiff,pdf(plot.pdf,width=4,height=4),png(plot.png,width=400,height=600),dev.off()#,绘制完图形后关闭图形设备,dev.list(),通过菜单命令保存图形,二、图形案例,二、图形案例,1.,散点图,点线混合图,plot(),dim(cars),head(cars),plot,(cars,1,cars,2,+,pch,=16,col,=red,+,xlab,=speed,ylab,=dist,+,type,=p,font.axis,=2,+,font.lab,=2,cex.lab,=1.5),x=seq(5,25,by=0.1),y=10*sin(x)+50,lines(x,y,col=green,lwd=2),a=5:25;b=2*a+10*cos(a),points(a,b,pch=15,col=blue),legend(topleft,pch=c(16,-1,15),lty=c(-1,1,-1),+col=c(red,green,blue),legend=c(plot with point,lines,points),二、图形案例,1.,散点图,并列散点图,matplot(),a=read.table(“ac.txt”,head=T),matplot(a,type=o,pch=15:18,lty=1,+lwd=2,font=2,font.lab=2,cex.lab=1.5,+xlab=Position(nt),ylab=Frequency),legend(topright,pch=15:18,lty=1,+legend=names(a),col=1:4),A C G T/U,01 0.0598 0.0661 0.0843 0.7899,02 0.1853 0.2443 0.4650 0.1055,03 0.2502 0.3082 0.2883 0.1533,04 0.2706 0.2511 0.2729 0.2054,05 0.3416 0.2185 0.2311 0.2087,06 0.3066 0.1810 0.2836 0.2288,07 0.2755 0.1939 0.2791 0.2515,08 0.2656 0.1955 0.2904 0.2485,09 0.2641 0.2157 0.2771 0.2431,10 0.3257 0.1909 0.2497 0.2337,11 0.2666 0.2097 0.2809 0.2428,12 0.2698 0.2114 0.2783 0.2404,13 0.2558 0.2101 0.2830 0.2511,14 0.2526 0.2175 0.2915 0.2383,二、图形案例,2.,条形图,标准条形图,barplot(),abar=barplot(a,2,ylim=c(0,1.2*max(a,2),cex.lab=1.5,names.arg=a,1,xlab=Length(nt),font.lab=1.5,ylab=Number of small RNAs,space=0.9,col=blue,main=Length distribution),ratio=paste(round(a,2/sum(a,2)*100,2),+%,sep=),text(bar,a,2,labels=ratio,cex=0.8,font=2,+pos=3),abline(h=axTicks(2),lty=2,col=rgb(0,0,0,0.5);,box(),pdf(lengthVSnumber.pdf),1 34222,2 45666,3 453322,4 8766,5 212335,6 1212332,7 243555,8 23123,9 467878,10 44434,11 88999,12 767556,13 46464,14 88900,15 332311,16 443556,17 3444577,18 272336,19 435222,20 1266132,21 2005966,注：,axTicks(2),给出,y,轴的坐标值。参数,space,是,bar,之间的距离。,2.,条形图,标准条形图,barplot(),二、图形案例,2.,条形图,标准条形图,barplot(),二、图形案例,h=read.table(“acgt.txt”,+head=T),barplot(t(as.matrix(h),+ylim=c(0,1),+xlab=Position,ylab=Frequency,+main=Homo sapiens,col=rainbow(4),+font=2,cex.lab=1.4),box(),legend(topright,+legend=c(A,G,C,T),+pch=15,col=rainbow(4),注：,rainbow(n),可以生成,n,个颜色,2.,文氏图,二、图形案例,library(plotrix),plot(0:10,0:10,type=n,axes=F,xlab=,ylab=),draw.circle(2,5,2,col=rgb(0.5,0.8,0.1,0.6)#2,5,为圆心的坐标,draw.circle(4,5,2,col=rgb(0.9,0.8,0.1,0.6),text(1,5,labels=10.12%,col=blue,font=2),text(5,5,labels=40.38%,col=blue,font=2),text(3,5,labels=49.5%,col=blue,font=2),legend(6.2,5,pch=15,xjust=0,yjust=0.5,bty=n,cex=1,col=c(rgb(0.5,0.8,0.1),rgb(0.7,0.8,0.1),rgb(0.9,0.8,0.1),#rgb(red,green,blue,alpha),legend=c(sample 1 uniq,sample1&sample 2,sample 2 uniq),text(3.5,7.5,labels=Venn chart for uniq_sRNAs,font=2,cex=1.5),注：,rgb,为颜色函数，可设置透明度,rgb(red,green,blue,alpha),3.,饼图,二维饼图,二、图形案例,dat=read.table(pie.txt),ratio=round(100*dat,2/sum(dat,2),2),ratio=paste(ratio,%,sep=),label=paste(dat,1,ratio,sep=n),pie(dat,2,col=1:6,main=Pie chart for,miRNAs uniq,border=purple,labels=label,font=2),miR1 134,miR2 1456,miR3 234,miR4 230,miR5 800,miR6 700,4.,盒形图,(,箱线图,),二、图形案例,箱线图（,Box-plot,）又称为盒形图、盒式图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因型状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。,下边缘,=,下四分位数,-,（上四分位数,-,下四分位数）,上边缘,=,上四分位数,+,（上四分位数,-,下四分位数）,二、图形案例,4.,盒形图,(,箱线图,),箱线图应用举例,现有某直销中心,30,名员工的工资测算数据两批，第一批为工资调整前的数据，第二批为工资调整后的数据，绘出它们的箱线图（如下图），进行比较，可以很容易地得出：工资调整前，总体水平在,752,元左右，四分位距为,307.5,，没有异常值。经过调整后，箱线图显示，第,2,、,29,、,10,、,24,、,27,号为温和的异常值，第,26,、,30,、,28,号为极端的异常值。为什么会出现异常值呢？经过进一步分析知道，第,2,、,29,、,10,、,24,号员工由于技能强、工龄长、积累贡献大、表现较好，劳苦功高，理应得到较高的报酬；第,27,、,26,、,30,、,28,号职工则因为技能偏低、工龄短、积累贡献小且表现较差，得到的工资较低，甚至连一般水平也难以达到。这体现了工资调整的奖优罚劣原则。另外，调整后工资总体水平比调整前高出,270,元，四分位距为,106,，工资分布比调整前更加集中，在合适的范围内既拉开了差距，又不至于差距太悬殊，还针对特殊情况进行了特殊处理。这种工资分布具有激励作用，可以说工资调整达到预期目的。,二、图形案例,4.,盒形图,(,箱线图,),Data,：,mvstats2.xls d3.1,例题,1,：,a-read.delim(clipboard),boxplot(a),例题,2,：,boxplot(mpgcyl,data=mtcars),二、图形案例,5.QQ,图,QQ,图：鉴别样本的分布是否近似于某种类型的分布,x=c(75.0,64.0,47.4,66.9,62.2,62.2,58.7,63.5,66.6,64.0,57.0,69.0,56.9,50.0,72.0),qqnorm(x,pch=21,col=red,bg=yellow,font=2,cex.lab=1.4),qqline(x,lwd=2,col=blue),x=rnorm(200,2,2),qqnorm(x,pch=21,col=red,bg=yellow,font=2,cex.lab=1.4),qqline(x,lwd=2,col=blue),三、其它图形包,gplots,ggplot2,lattice,