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研究生课程-分子生物学基本操作技术.ppt

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Chain Reaction,聚合酶链式反应,即,PCR,技术,是一种在体外快速扩增特定基因或,DNA,序列的方法。它可以快速将极微量的目的基因或某一特定的,DNA,片段扩增数十万乃至千百万倍。,PCR,技术简史,DNA,的复制,聚合酶链反应的发明,1971,年,,Khorana,提出:经过,DNA,变性,与合适引物杂交,用,DNA,聚合酶延伸引物,并不断重复该过程便可克隆,tRNA,基因。,但由于测序和引物合成的困难,以及,70,年代基因工程技术的发明使克隆基因成为可能,所以,,Khorana,的设想被人们遗忘了,PCR,技术简史,DNA,的复制,聚合酶链反应的发明,1985,年,美国,PE-Cetus,公司的,Mullis,等人发明了聚合酶链反应(,PCR,),基本原理是在试管中模拟细胞内的,DNA,复制,最初采用,E-coli,DNA,聚合酶进行,PCR,,由于该酶不耐热,使这一过程耗时,费力,且易出错,耐热,DNA,聚合酶的应用使得,PCR,能高效率的进行,随后,PE-Cetus,公司推出了第一台,PCR,自动化热循环仪,1993,年,,Mullis,等因此项技术获诺贝尔化学奖,“,顿悟”,那是在,1983,年春天的一个周五晚上,他开车带着女友前往乡间的小屋度周末。在蜿蜒的乡间公路上开着车,一段,DNA,反复复制的景像,在他的脑海里冒了出来。穆里斯原以为这样简单的想法,应该有人提出过,但搜索文献后却发现没有。,PCR,技术的发明,PCR,的发明是,DNA,操作技术的革命,美国,Mullis,教授 开汽车时的联想,逶迤崎岖的山路,行驶的汽车,1988,年发明了,PCR,技术,1993,年获诺贝尔奖,Kary B.Mullis,1989,年美国,Science,杂志列,PCR,为十余项重大科学发明之首,比喻,1989,年为,PCR,爆炸年,,Mullis,荣获,1993,年度诺贝尔化学奖。,PCR,发明不到,10,年,却已获得广泛应用。目前,每年都有上千篇文章 发表。,1991,年,期刊“,PCR,方法与应用”(,PCR Methods and Application,)在美国创刊,使有关学者有了自己的论坛和参考的专业期刊。,PCR,技术作为一种方法学革命,必将大大推动分子生物学各有关学科的研究,使其达到一个新的高度。,引物,引物,Mullis,的构思,DNA,聚合酶,DNA,聚合酶,特定,DNA,片段,72,94,55,PCR,循环,PCR,的基本原理,类似于,DNA,的体内复制。首先将待扩增,DNA,模板加热,变性,解链,随之将反应混合物冷却至某一温度,这一温度可使引物与它的靶序列发生,退火,,再将温度升高使退火引物在,DNA,聚合酶作用下得以,延伸,。这种热变性,-,复性,-,延伸的过程就是一个,PCR,循环,,PCR,就是在合适条件下的这种循环的不断重复。,PCR Cycle-Step 1,-Denaturation Template DNA by Heat(95,o,C),Target Sequence,Target Sequence,PCR,原理示意图,模板,DNA,的变性:模板,DNA,经加热至,93,左右一定时间后,使模板,DNA,双链或经,PCR,扩增形成的双链,DNA,解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;,PCR Cycle-Step 2,Temperature is lowered(T,m,)and primers anneal to target sequences,Target Sequence,Target Sequence,Primer 1,Primer 2,5,3,5,5,3,5,3,3,模板,DNA,与引物的退火,(,复性,),:模板,DNA,经加热变性成单链后,温度降至,55,左右,引物与模板,DNA,单链的互补序列配对结合;,PCR Cycle-Step 3-,At 72,o,C,Taq,DNA polymerase catalyses primer extension as complementary nucleotides are incorporated,Target Sequence,Target Sequence,Primer 1,Primer 2,5,3,5,5,3,5,3,3,Taq,DNA,Polymerase,引物的延伸:,DNA,模板,-,引物结合物在,TaqDNA,聚合酶的作用下,以,dNTP,为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板,DNA,链。,End of the 1st PCR Cycle,Results in two copies of target sequence,Target Sequence,Target Sequence,每完成一个循环需,2,4,分钟,,2,3,小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。,Target Amplification,No.ofNo.Amplicon CyclesCopies of Target,12,24,38,416,532,664,201,048,576,301,073,741,824,1,cycle=2 Amplicon,2,cycle=4 Amplicon,3,cycle=8 Amplicon,4,cycle=16 Amplicon,5,cycle=32 Amplicon,6,cycle=64 Amplicon,7,cycle=128 Amplicon,PCR,反应,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,标准的,PCR,反应条件:,10X,缓冲液,10,L,4,种,dNTP,混合物 各,200umol/L,引物 各,10,100pmol,模板,DNA,0.1,2,g,Taq DNA,聚合酶,2.5U,Mg,2+,1.5mmol/L,PCR,仪,PCR,反应,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,1,2,3,4,5,22,55,72,94,时间(,min,),温度,(),PCR,反应,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,适温延伸,3,高温变性,1,低温退火,2,重复,13,步,2530,轮,目的,DNA,片段,扩增,100,万倍以上,DNA,双螺旋,DNA,单链,与引物复性,DNA,变性,形成,2,条单链,子链延伸,DNA,加倍,模板,DNA,95,PCR,的基本原理,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,55,引物,1,引物,2,DNA,引物,PCR,的基本原理,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,引物,1,引物,2,DNA,引物,72,Taq,酶,Taq,酶,PCR,的基本原理,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,72,第,1,轮结束,第,2,轮开始,PCR,的基本原理,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,95,55,72,Taq,Taq,Taq,Taq,PCR,的基本原理,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,72,第,2,轮结束,PCR,的基本原理,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,重复,30,轮后,2,30,=1,073,741,824,模板,DNA,第,1,轮扩增,第,2,轮扩增,第,3,轮扩增,第,4,轮扩增,第,5,轮扩增,第,6,轮扩增,理想拷贝数,=2,n,n,循环次数,实际拷贝数,=(1+x),n,X,平均效率,约为,0.85,n,循环次数,PCR,反应,PCR,反应条件,PCR,过程,PCR,的特点,灵敏度高,皮克,(pg=10,-12,),量级扩增到微克,(ug=10,-6,),水平,能从,100,万个细胞中检出一个靶细胞,病毒检测的灵敏度可达,3,个,RFU,(空斑形成单位),细菌检测的最小检出率为,3,个细菌,简便、快速,一次性加好反应液,,2,4,小时完成扩增,扩增产物一般用电泳分析,对标本的纯度要求低,血液、体腔液、洗嗽液、毛发、细胞、活组织等组织的粗提,DNA,PCR,反应五要素(反应成分),引物,(,primers,),酶,(,Taq DNA polymerase,),dNTP,(,dATP,dGTP,dCTP,dTTP,),模板,(,template,),Mg,2+,(,magnesium,),1,)引物,理论上,只要知道任何一段模板,DNA,序列,就能按其设计互补的寡核苷酸链作引物,用,PCR,就可将模板,DNA,在体外大量扩增,引物设计的原则,引物长度:,15-30bp,,常用为,20mer,左右,引物的有效长度不能大于,38 mer,,否则最适延伸温度会超过,TaqDNA,聚合酶的最适温度(,74,),不能保证,PCR,扩增产物特异性,引物扩增跨度:,以,500bp,为宜,特定条件下可扩增长至,10kb,片段,引物碱基:,G+C,含量以,40-60%,为宜,G+C,太少扩增效果不佳,,G+C,过多易出现非特异条带,ATGC,最好随机分布,避免,5,个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列,引物设计的原则,避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是,3,端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异性扩增条带,引物,3,端的碱基要求严格配对,特别是最末及倒数第二个碱基,以避免因末端碱基不配对而导致,PCR,失败,引物中有或能加上合适的酶切位点,被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点,这对酶切分析或分子克隆很有好处,引物设计的原则,引物的特异性:,引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性,引物量:,每条引物的浓度,0.2 1umol,,以最低引物量产生所需结果为佳,引物浓度偏高会导致错配和非特异性扩增,且又增加引物之间形成二聚体的机会,DNAstar,Primer premier,Software for primer design,依靠经验直接设计,2,)酶及其浓度,目前有两种,Taq DNA,聚合酶供应,天然酶:从嗜热水生杆菌中提纯,基因工程酶:大肠菌合成,一个典型的,PCR,反应约需酶量,2.5U,(指总反应体积为,100 ul,时),浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少,3,),dNTP,dNTP,浓度取决于扩增片段的长度,四种,dNTP,浓度应相等,浓度过高易产生错误碱基的掺入,浓度过低则降低反应产量,dNTP,可与,Mg,2+,结合,使游离的,Mg,2+,浓度下降,影响,DNA,聚合酶的活性。,4,)模板,单、双链,DNA,均可。,不能混有蛋白酶、核酸酶、,DNA,聚合酶抑制剂、,DNA,结合蛋白类。,一般,100ng DNA,模板,/100,L,。,模板浓度过高会导致反应的非特异性增加,。,5,),Mg,2+,Mg,2+,是,DNA,聚合酶的激活剂。,0.5-2.5mmol/L,反应体系。,Mg,2+,浓度过低会使,Taq,酶活性丧失、,PCR,产量下降;,Mg,2+,过高影响反应特异性。,Mg,2+,可与负离子结合,所以反应体系中,dNTP,、,EDTA,等的浓度影响反应中游离的,Mg,2+,浓度。,2,、循环参数,变性,使双链,DNA,解链为单链,95,o,C 20-30,秒,(2),退火,温度由引物长度和,GC,含量决定。,增加温度能减少引物与模板的非特异性结合,;,降低温度可增加反应的灵敏性。,(,3,)延伸,70-75,o,C,,,延伸时间由扩增片段长度决定,(,4,)循环次数,主要取决于模版,DNA,的浓度,一般为,25-35,次,次数过多:扩增效率降低,错误掺入率增加,PCR,中应注意的事项,(一)防止污染,试剂小量分装,吸头及,EP,管一次性使用,器皿及工作区域要分开,无菌操作,(,二)设立对照,:,阳性对照:阳性模板,阴性对照:阴性模板,试剂对照:除模板外的所有组分,二、,PCR,技术主要类型,PCR,技术的主要类型,1,、反向,PCR,6,、锚定,PCR,2,、不对称,PCR 7,、原位,PCR,3,、,RT-PCR,8,、重组,PCR,4,、差异显示,PCR,9,、免疫,PCR,5,、实时定量,PCR,10,、多重,PCR,RT,PCR,反转,PCR,(,RT-PCR,)是以反转录的,cDNA,作模板所进行的,PCR,反应,用于测定基因表达的强度和鉴定已转录序列是否发生突变,呈现,mRNA,多态性,克隆,mRNA,的,5,和,3,末端序列,以及从非常少量的,mRNA,样品构建大容量的,cDNA,文库。,逆转录酶,聚合酶,mRNA,cDNA,杂化双链,PCR,扩增,PCR,技术应用,研究,基因克隆,,DNA,测序,分析突变,诊断,细菌、病毒、寄生虫检测,诊断,人类基因组工程,遗传图谱的构建,,DNA,测序,表达图谱,法医,犯罪现场标本分析,肿瘤,各种肿瘤检测,其他,细菌转化与目标,DNA,分子的增殖,一、细菌转化,二、细菌转化方法,三、克隆的筛选和鉴定,一、细菌转化,细菌转化(,Transformation,),:,一种细菌菌株由于捕获了外源,DNA,而导致性状特征发生遗传改变的生命过程。接受转化,DNA,的细菌菌株则被称为,受体菌株,。,绝大多数细菌,正常条件下仅能获得极少量的,DNA,。为了高效转化这些细菌,必须对受体细菌进行一些物理或化学的处理,以增加它们获得,DNA,的能力。经历这种处理的细胞被称为,感受态细胞(,Competent Cell,),。,1,、常用细菌转化的方法,-,CaCl,2,法,将快速生长中的大肠杆菌置于经,(0,)预处理的低渗氯化钙,(0.1mol/L),溶液中,使细胞膨胀形成原生质球,外源,DNA,粘附在细胞表面。,42,下做短暂热刺激,细胞吸收外源,DNA,。在全培养基中生长一段时间使转化基因实现表达,涂布于选择性培养基中分离转化子。,二、细菌转化方法,CaCl,2,法制备感受态细胞及转化过程:细菌处于,0,,,CaCl,2,的低渗溶液中,菌细胞膨胀成球形,制成感受态,经,42,短时间热冲击处理能提高转化的效率。,其中的钙离子的作用机理(假说):,(,1,)改变了细胞壁的通透性(用氯化钙处理大肠杆菌,增加大肠杆菌细胞壁的通性):使细胞壁局部原生质化,增加细胞壁的通透性,(,2,)改变了细胞膜的通透性,低温的,CaCl,2,溶液中,(,1,),Ca,2+,会使细胞膜磷脂双分子层形成,液晶结构,,当,42,度热,刺激短暂处理细菌细胞时,细胞膜的液晶结构会发生剧烈扰动,并随机出现许多,间隙,,为,DNA,分子提供进入细胞的通道。(,2,)促使细胞外膜与内膜间隙中的部分,核酸酶,解离开来,离开所在区域,同时,Ca,2+,能与加入的,DNA,分子结合,形成,抗脱氧核糖核酸酶,的羟基磷酸钙复合物,并粘附在细菌细胞膜的外表面上,三、克隆的筛选和鉴定,1,、抗生素,常用的抗生素有:氨苄青霉素、卡那霉素、氯霉素、四环素、链霉素等。,2,、,-,互补蓝白斑筛选法,实验室常用带有不同,抗生素,的选择性培养基结合,-,互补蓝白斑筛选法,鉴定转化细胞。,细菌转化与目标,DNA,分子的增殖的操作过程,RNA,基本操作技术,(,Technique,s for RNA M,anipulation,),一、总,RNA,的提取,二、,cDNA,的合成,RNA,存在于从简单的病毒到哺乳动物细胞的所有的生命形式之中。应用,RNA,对细胞和分子生物学的各个方面进行研究非常普遍。,由于当前没有一种方法能够直接扩增,RNA,,为了研究,RNA,所包含的功能信息,一般将其反转录成稳定的,DNA,双螺旋(,Complementary DNA,,,cDNA),,再插入到可以自我复制的载体中。由于,cDNA,来自,RNA,,几乎不含冗余序列,通过特异性探针筛选,cDNA,文库,可以较快的分离到相关基因。,一、总,RNA,的提取,细胞中的总,RNA,包括,信使,RNA(mRNA),、核糖体,RNA(rRNA),、转运,RNA(tRNA),以及一些,非编码的小,RNA,。一个典型的动物细胞约含有,10,-5,g RNA,,其中,rRNA,占,80%85%,,,tRNA,和非编码小,RNA,占,15%20%,,,mRNA,占,1%5%,。,按照提取试剂的种类来分,可分为:异硫氰酸胍法、盐酸胍法、异硫氰酸胍,-,苯酚法。,Trizol,试剂是使用最广泛的抽提,RNA,专用试剂。主要由异硫氰酸胍和苯酚组成,可以迅速破坏细胞结构,使存在于细胞质及核内的,RNA,释放出来,并使蛋白质与,RNA,分子分离,还能保证,RNA,的完整性。,常用的,RNA,提取方法,1,、常用提取方法的种类,总,RNA,的提取,RNA,易遭降解,实验要求较严格。总,RNA,提取的方法有多种,主要有,LiCl法,、,CTAB法,、,异硫氰酸胍法,(,TriZol,)。,异硫氰酸胍法,(,TriZol,)原理:,TRIZOL,试剂中的主要成分为异硫氰酸胍和苯酚,其中异硫氰酸胍可裂解细胞,促使核蛋白体的解离,使,RNA,与蛋白质分离,并将,RNA,释放到溶液中。当加入氯仿时,它可抽提酸性的苯酚,而酸性苯酚可促使,RNA,进入水相,离心后可形成水相层和有机层,这样,RNA,与仍留在有机相中的蛋白质和,DNA,分离开。水相层(无色)主要为,RNA,,有机层(黄色)主要为,DNA,和蛋白质。,由于,RNA,酶,存在于所有的生物中并且能够抵抗诸如煮沸这样的物理破坏,固此建立一个,无,RNA,酶的环境,对于制备优质,RNA,很重要。对于制备,mRNA,来说这些预防措施尤其重要。,2,、注意事项,纯的,RNA,样品其,OD,260,OD,280,应介于,1.8-2.0,之间。,1,)若,RNA,样品,OD,260,/OD,280,比值太小,说明有蛋白质或酚的污染;,2,)比值大于,2.0,时,可能被异硫氰酸胍等污染;,OD,260,值,=1,,相当于单链,DNA,或,RNA,为,40g/mL,,寡核苷酸为,20g/mL,。,RNA,的纯度、浓度与完整性,1,、,RNA,的纯度,2,、,RNA,的浓度,rRNA,大小完整,而且,28S rRNA,和,18S rRNA,亮度接近,2,:,1,;,mRNA,分布均匀,则认为,RNA,质量较好。,3,、,RNA,的完整性,二、,cDNA,的合成,使用,Oligo dT Primer,时的,cDNA,合成,缺陷,:不具有,ploy,(,A,)尾结构的,mRNA,无法使用此方法!,基因克隆,一、基因克隆的策略,二、基因克隆技术,克隆,在多细胞的高等生物个体水平上,人们用克隆(,clone,)表示由具有相同基因型的同一物种的两个或数个个体组成的群体。从同一受精卵分裂而来的单卵双生子(,monozygotic twins,)便是属于同一克隆。,在细胞水平上,克隆一词是指由同一个祖细胞(,progenitor cell,)分裂而来的一群遗传上同一的子细胞群体。,在分子生物学上,人们把将外源,DNA,插入具有复制能力的载体,DNA,中,使之得以永久保存和复制这种过程称为克隆。,一、克隆基因的策略,1.,如何克隆已知基因,2.,如何克隆同源基因,3.,已获得未知蛋白,如何克隆其基因,4.,转座子标签法克隆基因,5.,定位克隆,(positional cloning),6.,差减杂交法(,subtructive hybridization cloning),如何克隆已知基因,(,1,)如果该基因为连续基因,没有内含子,以基因组,DNA,为模板,如果该基因为断裂基因,有内含子,提取总,RNA,(包括了,mRNA,),以此为模板,原核基因一般没有内含子,(,2,)设计上下游引物,进行,PCR,反应,(,3,)电泳回收,PCR,产物,(,4,)与载体连接,、,测序,、,转化宿主进行表达,88,全长,cDNA,及基因结构与功能分析和鉴定,获得了大量的候选,cDNA,后,通过筛选,cDNA,文库或采用,cDNA,末端快速扩增,(,rapid-amplification of cDNA ends,,,RACE,),等方法克隆全长基因。确定其中待克隆基因的重要环节是对定位候选克隆进行功能分析。,89,新基因的功能鉴定,遗传互补实验,(,genetic complement assay,),敲除基因,-,功能丧失;保留该基因,-,功能恢复;有时敲除基因并不丧失功能,(,功能补偿或同工酶,),,那么超表达该基因,(,overexpression,),后再观察表型,研究该基因编码产物与其他生物大分子的相互作用(利用酵母双杂交等技术),90,二、,基因克隆技术,1.RACE,技术,是用于从已知,cDNA,片段扩增全长基因的方法,它根据已知序列设计基因片段内部特异引物,由该片段向外侧进行,PCR,扩增得到目的序列。用于扩增,5,端的方法称为,5RACE,,用于扩增,3,端的称为,3RACE,。,已知,cDNA,序列可来自,序列表达标签(,EST,),、减法,cDNA,库、差法显示和基因文库筛选。,91,3RACE,是在反转录酶的作用下,以连有可以和,polyA,配对的,oligo(dT),的锚定引物启始,cDNA,第一条链的合成。,用,RNaseH,降解模板,mRNA,。,用通用锚定引物和基因片段内部特异引物进行,PCR,扩增得到目的,3,片段,并可用,nest PCR,的方法继续进行检测和扩增。,92,5 RACE,在反转录酶的作用下,以已知基因片段内部特异性引物(,GSP1,)启始,cDNA,第一条链的合成,RNase,混合物降解模板,mRNA,,纯化,cDNA,第一条链。,用末端转移酶在,cDNA,链,3,端加入连续的,dCTP,以连有,oligo(dG),的锚定引物和基因片段内部特异的引物进行巢式,PCR,扩增,以期得到目的片段,并可用,nest PCR,进行检测。,93,我们课题组克隆基因的基本策略,通过大规模的测序,获得七鳃鳗的某个组织(如肝组织,髓组织)的,EST,(序列表达标签)库。,EST,,即某个基因的中间一段序列。,根据,EST,序列,设计引物,通过,3RACE,和,5RACE,获得该基因的全长序列。,根据全长基因的两端序列,设计引物,将该基因从七鳃鳗的,cDNA,文库(提取总,RNA,并反转录,PCR,获得)中钓取出来。,将该基因构建到原核或者真核表达载体,进行后续实验。,预祝所有研一新同学度过美好而充实的三年研究生时光!,
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