如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座.pptx

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,怎样在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子序列,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第1页,实际上，在NCBI有很各种方法能够确定某个基因外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天只介绍一个。经过Blast是一个方法，但不够直观，需要判断条件要多一些，经验也需要多一些。假如条件允许话，我们能够借助其它一些专门软件,让事情变得轻易。,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第2页,准备工作,首先介绍NCBI其中一个软件，Splign,www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign（点击online，在线运行）,Splign-经过mRNA或EST序列与所在基因组序列比对，用于单个基因结构图（外显子内含子）显示,用户每次只能提交一个基因序列。,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第3页,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第4页,进入Genbank页面www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/,或直接进入NCBI主页www.ncbi.nlm.nih.gov/,Gene,HNF-4,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第5页,查询结果,选择mouseHNF4基因作为今天例子,Mus musculus,小家鼠,Hnf4a,点击这里,基因名会伴随版本升级而改变，当然，以前使用过基因名也会保留着。而基因名会对应一个GeneID，不论名字怎样改变，GeneID是唯一。,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第6页,以下几张都是结果页面,肝细胞核因子4,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第7页,Gene,mRNA,Protein,从图中看出这个基因有10个外显子,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第8页,在HNF-4基因RefSeq区域，我们将能够看到这个基因参考序列，有mRNA和编码蛋白质序列。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头序列都是mRNA序列。,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第9页,这里是HNF4基因所在基因组序列,好像有多个基因组可选。其实它们是不一样人测出。能够多点几个看看,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第10页,接下来我们进入Splignonline界面（见前），你能够经过mRNA和基因组Accession或是它们Fasta格式序列进行对比，要注意基因组序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择，普通惯用生物都在。,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第11页,这里你能够输入mRNAaccession或Fasta全序列,直接在这里选一个基因组（,Mus musculus,）,Align,开始比对,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第12页,结果一目了然，10个外显子，而且还显示mRNA以及对应基因组比正确序列，而且还能够知道某个外显子在mRNA序列上区域。就连UTR区序列也知道了。,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第13页,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第14页,完,如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列专家讲座,第15页,