聚类分析图解.docx

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聚类分析服务
修改时间2010-6-16 13:50:40 点击2126次

目前，我们根据您的需要提供以下聚类分析服务：

1.非监督层次聚类

目的：
用挑选的差异基因的表达情况来计算样品直接的相关性。一般来说，同一类样品能通过聚类出现在同一个簇（cluster）中，聚在同一个簇的基因可能具有类似的生物学功能。

要求：
至少提供3 组数据进行聚类分析。

备注：
双通道芯片产生的数据是Cy3 通道和Cy5 通道的荧光信号比值，即ratio 值，Cy3通道信号和Cy5 通道信号在常规实验设计中不能独立分开作为两组单通道信号值进行数据分析，因此，类似：肿瘤1vs 癌旁1，肿瘤2vs 癌旁2，肿瘤3vs 癌旁3，这样的三次生物学重复双通道实验设计无法进行有意义的聚类分析。

单因素聚类图，聚类图下方的红绿色阶表示基因表达量的从高（红色）到低（绿色）变化

2.自组织映射聚类SOM
目的：
按照一个固定的顺序对若干个样品进行SOM 聚类分析，寻找在四个组织内表达模式类似的基因群。

要求：
具有序列实验设计样品的实验数据。

备注：
双通道芯片产生的数据是Cy3 通道和Cy5 通道的荧光信号比值，ratio 值，Cy3 通道
信号和Cy5 通道信号在常规实验设计中不能独立分开作为两组单通道信号值进行数据分析。

自组织映射聚类SOM 结果图。每个趋势用蓝色的折线表示。每个趋势可以通过一个六边形同另外一个趋势连接。六边形的灰度表示相关性系数（correlation）的大小，白色：correlation=1，黑色：correlation=0，灰度表示不同的相关性系数。通过连接相邻两个趋势的六边形的灰度可以了解它们之间的相关性系数。

自组织聚类SOM 趋势图，每个小图表示一种表达趋势，折线代表这类表达模式的主趋势

3.样本主成分分析（PCA）
目的：
考察样品的分布情况，验证实验设计的合理性，生物学重复样品的均一性。

要求：
至少2 组数据。

备注：
双通道芯片产生的数据是Cy3 通道和Cy5 通道的荧光信号比值，ratio 值，Cy3 通道信号和Cy5 通道信号在常规实验设计中不能独立分开作为两组单通道信号值进行数据分析。

样品主成份分析的结果。从该图中我们可以看到，处理组（红色）和对照组（蓝色）分布在三维空间的不同区域。说明处理组和对照组在整体上存在差异，但是生物学重复的相关性不高，同色小球在空间分布较分散。

4.样本相关性（correlation）
目的：
检测各个样品间的相关性，验证生物学重复之间的均一性。
要求：
设有生物学重复实验的样品组数据。

样本相关性分布图。图形是一个由纵横两列相同顺序的样品构成的矩阵，生物学重复样品在纵列用同颜色（蓝，灰，粉，红，棕，绿）表示。右侧的黑-蓝渐变色阶表示了相关性的高低0.7-1.0，从图中可以看到，处于同一个生物学重复组内的样品具有很高的相关性，如11，12，16 之间的相关性色
阶蓝黄色。说明该次实验的生物学重复是成功的，可以进入下一步的分析。