学术讨论—脉冲场凝胶电泳.ppt

第三章第三章核核酸酸技技术术第一页，共三十八页。核酸的分离和纯化核酸的分离和纯化核酸电泳核酸电泳染色体染色体DNA电泳电泳DNA限制酶切反应和限制酶谱绘制限制酶切反应和限制酶谱绘制(huzh)DNA的连接的连接PCR技术技术分子杂交技术分子杂交技术核酸序列的测定核酸序列的测定第二页，共三十八页。第一节第一节核酸核酸(hsun)的分离和纯化的分离和纯化第三页，共三十八页。一、一般程序一、一般程序1、供体的核酸分离、供体的核酸分离(fnl)供体细胞培养供体细胞培养收集收集(菌体菌体)细胞细胞细胞破碎细胞破碎分离分离总总DNA分离细胞器分离细胞器分离分离总总RNA分离分离细胞器细胞器DNARNApoly(A)RNA特异性特异性RNA染色体染色体DNA(组建基因组文库组建基因组文库)第四页，共三十八页。2、载体、载体DNA分离分离载体载体DNA感染或转染细胞（病毒型）感染或转染细胞（病毒型）转化细菌细胞（质粒型）转化细菌细胞（质粒型）分离病毒颗粒分离病毒颗粒(kl)培养转化细胞、收集菌体培养转化细胞、收集菌体病毒载体病毒载体DNA分离与纯化分离与纯化破碎细胞破碎细胞质粒质粒DNA分离与纯化分离与纯化3、DNA片段的分离片段的分离DNA限制酶切限制酶切凝胶电泳分离凝胶电泳分离特定特定DNA片段的回收片段的回收第五页，共三十八页。4、质量评估、质量评估1）凝胶电泳凝胶电泳2）光密度值测定）光密度值测定3）限制酶切分析）限制酶切分析二、细胞裂解二、细胞裂解1.酶法：酶法：利用某些细胞壁裂解酶使细胞变为原生质体，然后加去垢利用某些细胞壁裂解酶使细胞变为原生质体，然后加去垢(qu)剂使原生剂使原生质体裂解。质体裂解。1)细菌：溶菌酶细菌：溶菌酶2)酵母：蜗牛酶、酵母：蜗牛酶、Novozyme234、glusulase、zymolase等等3)丝状真菌：丝状真菌：Novozyme234、溶壁酶、纤维素酶、溶壁酶、纤维素酶4)植物细胞：纤维素酶、半纤维素酶、果胶酶植物细胞：纤维素酶、半纤维素酶、果胶酶酶法裂解时要注意细胞的生长条件和生长时间，反应时尽可能满足酶酶法裂解时要注意细胞的生长条件和生长时间，反应时尽可能满足酶的最佳反应条件。的最佳反应条件。第六页，共三十八页。2.机械法机械法1)压力剪切法：压力剪切法：French压力机，酵母细胞，细菌（芽孢和压力机，酵母细胞，细菌（芽孢和G+球菌球菌除外除外(chwi)）2)射击破碎法：射击破碎法：Braun破碎机，搅切器（破碎机，搅切器（blender），混合器），混合器（mixer），），0.1-0.45mm玻璃球玻璃球3)固体研磨法：将待破碎细胞与玻璃球（固体研磨法：将待破碎细胞与玻璃球（0.10.45mm）同时致冷，在）同时致冷，在未融熔前用研杵磨成粉末未融熔前用研杵磨成粉末4)反复冻融法反复冻融法三、三、DNA的分离与纯化的分离与纯化1、供体、供体DNA的分离与纯化的分离与纯化要求：尽可能地保持其高分子量，无其它污染物。要求：尽可能地保持其高分子量，无其它污染物。1)基因组大小：基因组大小：第七页，共三十八页。染色体染色体细菌细菌33004200kb酵母酵母(jiom)15,000kb果蝇果蝇1.28x105kb人人3x106kb植物植物2x1051x108kb天花病毒天花病毒288kb痘病毒痘病毒196kb质体质体几几100以上以上kb线粒体线粒体藻类藻类线状线状15kb酵母酵母环状环状1978kb植物植物(zhw)环状环状100150kb动物动物(扁虫到人扁虫到人)环状环状1518kb锥虫锥虫网状网状6000kb(幼体幼体)短膜虫短膜虫网状网状30,000kb(幼体幼体)(Kinetoplast）叶绿体叶绿体双子叶植物双子叶植物121（菠菜（菠菜(bci)）154kb（豌豆）（豌豆）单子叶植物单子叶植物151（玉米）（玉米）182kb（浮萍）（浮萍）藻类藻类132（裸藻）（裸藻）191kb（衣藻）（衣藻）第八页，共三十八页。1)DNA分离纯化过程分离纯化过程破碎细胞破碎细胞+DNA抽提液抽提液(EDTA、去污剂、还原剂、去污剂、还原剂)65温育温育20冰浴冷却冰浴冷却离心去细胞碎片离心去细胞碎片苯酚抽提法苯酚抽提法CsCl密度梯度离心密度梯度离心1)苯酚抽提法苯酚抽提法上清液上清液缓冲液用水饱和苯酚抽提缓冲液用水饱和苯酚抽提23次次上层液相用氯仿抽上层液相用氯仿抽至界面无蛋白变性物至界面无蛋白变性物上层液相用两倍体积冷乙醇沉淀上层液相用两倍体积冷乙醇沉淀沉沉淀物用淀物用70%冷乙醇洗涤冷乙醇洗涤,干燥干燥溶于缓冲液溶于缓冲液加入加入RNAase处理处理除去除去RNA苯酚氯仿抽提苯酚氯仿抽提沉淀干燥沉淀干燥第九页，共三十八页。2)CsCl密度梯度离心密度梯度离心上清液上清液加入固体加入固体CsCl与与EtBr溶液溶液室温下超速离心室温下超速离心(45,000rpm）16小时小时穿孔取出穿孔取出DNA（320nm）异丙醇抽提溴乙异丙醇抽提溴乙锭锭缓冲液透析除去残余缓冲液透析除去残余CsCl两倍体积冷乙醇沉淀两倍体积冷乙醇沉淀DNA离离心、洗涤、干燥心、洗涤、干燥*两种方法比较：两种方法比较：CsCl法操作步骤少，分离法操作步骤少，分离DNA分子量大，耗财多，且需超速离心机。分子量大，耗财多，且需超速离心机。苯酚法耗时少，不需昂贵仪器，但操作步骤多，易使苯酚法耗时少，不需昂贵仪器，但操作步骤多，易使DNA分子断裂。分子断裂。若若小心操作，所获小心操作，所获DNA亦符合要求。亦符合要求。*上述两种分离方法都包含了下述四个分离步骤上述两种分离方法都包含了下述四个分离步骤.可溶与不可溶物分离：高速离心除去细胞碎片，保留上清液。可溶与不可溶物分离：高速离心除去细胞碎片，保留上清液。.使蛋白质分离：苯酚抽提或超速离心使蛋白质分离：苯酚抽提或超速离心.使使RNA分离：分离：RNase处理处理(chl)或超速离心或超速离心.使使DNA与其它可溶物分离与其它可溶物分离第十页，共三十八页。2.载体载体DNA的分离与纯化的分离与纯化1)质粒载体质粒载体DNA的分离的分离关键关键：如何：如何(rh)使质粒使质粒DNA与宿主染色体与宿主染色体DNA分开分开 原理原理：质粒：质粒DNA比染色体比染色体DNA小得多，在小得多，在DNA抽提过程中，染色抽提过程中，染色体体DNA断裂成小片段断裂成小片段(线状线状)，质粒，质粒DNA仍保持超螺旋构型仍保持超螺旋构型3)细胞器细胞器DNA的分离的分离植物组织植物组织用核分离缓冲液匀浆用核分离缓冲液匀浆过滤过滤滤液离心滤液离心(2000g,10,4)核缓冲液使核裂解核缓冲液使核裂解(含含0.5%TritonX-100)抽提抽提DNA植物组织植物组织细胞器缓冲液匀浆细胞器缓冲液匀浆离心离心(100g,10,4)除去细胞除去细胞核核离心离心(1800g,10,4)分离叶绿体分离叶绿体离心离心(10,000g,10,4)分离线粒体分离线粒体DNase除去细胞器外除去细胞器外DNA加入加入EDTA使使DNase失活失活纯化细胞器纯化细胞器细胞器裂解细胞器裂解提取提取DNA第十一页，共三十八页。方法：方法：.超速离心：利用两种超速离心：利用两种DNA分子的大小和空间构型分子的大小和空间构型.变性法：在变性条件下使染色体变性法：在变性条件下使染色体DNA变为单链，而质粒变为单链，而质粒DNA仍保持仍保持环状结构，当变性条件发生环状结构，当变性条件发生(fshng)迅速变化时，前者仍不能复性，而后迅速变化时，前者仍不能复性，而后者又可回复到天然构型。者又可回复到天然构型。变性条件可采用加热煮沸法或碱变性法变性条件可采用加热煮沸法或碱变性法上述方法亦可用于上述方法亦可用于ss环状病毒环状病毒DNARF型的分离型的分离,质粒质粒DNA的的氯霉素扩氯霉素扩增增使用并不广泛（菌株和载体）使用并不广泛（菌株和载体）2)噬菌体载体噬菌体载体DNA的分离的分离纯净病毒颗粒纯净病毒颗粒病毒载体病毒载体DNAM13mp载体可采用质粒载体可采用质粒DNA的分离方法的分离方法第十二页，共三十八页。二、二、RNA的分离与纯化的分离与纯化1.制备制备RNA的关键的关键防止内外源防止内外源RNase的作用的作用1)RNase的特点：抗酸抗碱的特点：抗酸抗碱,具很广具很广pH作用范围作用范围;抗高温严寒抗高温严寒(065均具活性）；抗变性剂均具活性）；抗变性剂2)解决办法：外源解决办法：外源RNase高温，焦磷酸二乙酯高温，焦磷酸二乙酯(DEPC)处理所有处理所有溶液（溶液（TrisHCl除外）和器皿，操作者带手套除外）和器皿，操作者带手套内源内源RNase高温抽提，强蛋白质变性剂，高温抽提，强蛋白质变性剂，RNase抑制剂，蛋白酶抑制剂，蛋白酶K等等2.总总RNA的制备的制备根根据据所所用用蛋蛋白白质质变变性性剂剂种种类类不不一一样样分分为为以以下下三三种种(snzhn)制制备备方方法：法：1）热苯酚抽提法）热苯酚抽提法2）胍盐法：异硫氰酸胍和硫氰酸胍）胍盐法：异硫氰酸胍和硫氰酸胍3）LiCl/尿素法尿素法第十三页，共三十八页。其中以胍盐法最好，对于从那些其中以胍盐法最好，对于从那些RNase含量很高的组织（胰脏）中含量很高的组织（胰脏）中提取提取(tq)(tq)RNA特别有效，可使特别有效，可使RNase迅速变性，制备的迅速变性，制备的RNA有较高翻有较高翻译活性。在译活性。在RNA制备中，细胞破碎与蛋白质变性是同步进行的。制备中，细胞破碎与蛋白质变性是同步进行的。3.多聚核糖体多聚核糖体RNA的制备的制备1)多聚核糖体的分离多聚核糖体的分离(fnl)超速离心法（超速离心法（30-40万万g，离心，离心2-3h）镁盐沉淀法（镁盐沉淀法（0.1MMg+）分级分离法分级分离法分离特异性多聚核糖体分离特异性多聚核糖体第十四页，共三十八页。i.结合与游离核糖体结合与游离核糖体的分离，这种方法可避免溶酶体破裂。的分离，这种方法可避免溶酶体破裂。ii.核糖体大小分级分离，利用连续密度梯度分离特大和特小的核糖体大小分级分离，利用连续密度梯度分离特大和特小的多聚核糖体多聚核糖体iii.核糖体免疫沉淀法核糖体免疫沉淀法*直接免疫沉淀法直接免疫沉淀法新生肽链新生肽链+抗体抗体(kngt)蔗糖密度梯度离心蔗糖密度梯度离心 *间接免疫沉淀法间接免疫沉淀法 新生肽链新生肽链+抗体抗体+抗抗-抗体（二抗）抗体（二抗）不可不可 溶复合物溶复合物 离心分离离心分离 第十五页，共三十八页。*免疫亲和层析法免疫亲和层析法新生肽链新生肽链-抗体复合物抗体复合物不溶性交联抗原基不溶性交联抗原基质亲和层析柱吸附质亲和层析柱吸附洗脱洗脱免疫沉淀法优点：可分离到含量仅为免疫沉淀法优点：可分离到含量仅为1%的的mRNA，但必须使用高纯度，但必须使用高纯度的抗体，不能发生的抗体，不能发生(fshng)交叉反应和污染核酸酶交叉反应和污染核酸酶2)多聚核糖体多聚核糖体RNA的分离的分离纯化多聚核糖体纯化多聚核糖体+SDS蔗糖密度梯度离心或蛋白酶蔗糖密度梯度离心或蛋白酶K-苯酚抽提苯酚抽提4.RNA的分级分离的分级分离1)分子量大小分级分离分子量大小分级分离i.蔗糖密度梯度离心蔗糖密度梯度离心ii.凝胶电泳凝胶电泳2)核酸序列分级分离核酸序列分级分离i.分子杂交法：适用于同源性很高的分子杂交法：适用于同源性很高的RNA的分离的分离DNA分子变性分子变性结合到结合到NCFRNADNA杂交杂交洗涤洗涤洗膜洗膜乙醇沉淀乙醇沉淀第十六页，共三十八页。ii.亲和层析法：亲和层析法：低聚低聚dT纤维素纤维素:用于用于poly(A)较长的较长的mRNA；多聚多聚U琼脂糖琼脂糖:用于用于poly(A)较短的较短的mRNA（20A）RNA进样吸附进样吸附洗涤洗涤洗脱洗脱收集收集(shuj)260nm处吸收峰样品处吸收峰样品乙醇沉淀乙醇沉淀iii.无无poly(A)mRNA的分离的分离纯化多聚核糖体纯化多聚核糖体核糖体亚基核糖体亚基+mRNP离心离心mRNP蛋白酶蛋白酶KmRNA低聚（低聚（dT）纤维素层析）纤维素层析洗出液洗出液乙醇沉淀（无多聚乙醇沉淀（无多聚AmRNA）5.RNA的质量评估方法的质量评估方法1)光密度值测定法光密度值测定法A260/A280=2.02)凝胶电泳凝胶电泳3)体外蛋白质翻译体外蛋白质翻译第十七页，共三十八页。细胞裂解物细胞裂解物胍盐法胍盐法总总RNA分子杂交法分子杂交法特异特异RNA分子分子热苯酚法热苯酚法凝胶电泳凝胶电泳围围RNA大小分级分离大小分级分离大小范大小范蔗糖密度蔗糖密度梯度离心梯度离心一定一定LiCl/核酸序列核酸序列尿素法尿素法离心离心分级分离分级分离亲和层析法亲和层析法poly（A）RNA分子分子高速离心法高速离心法全部多聚核糖体全部多聚核糖体上清液上清液镁盐沉淀法镁盐沉淀法蔗糖密度梯度离心蔗糖密度梯度离心结合与结合与游离多聚核糖体游离多聚核糖体分级分离法分级分离法蔗糖连续密度蔗糖连续密度一定范围大小核糖体一定范围大小核糖体多聚核糖体多聚核糖体RNA免疫沉淀法免疫沉淀法特异性多聚核糖体特异性多聚核糖体第十八页，共三十八页。第二节第二节核核酸酸电电泳泳第十九页，共三十八页。1.种类种类1)按凝胶材料分按凝胶材料分:聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶电泳聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶电泳(普通琼脂糖和低普通琼脂糖和低熔点琼脂糖熔点琼脂糖)2)按电泳装置分按电泳装置分:水平式水平式/琼脂糖凝胶琼脂糖凝胶;竖式竖式/聚丙烯酰胺凝胶聚丙烯酰胺凝胶3)两种方法比较：分离效果和分离范围两种方法比较：分离效果和分离范围;操作难易操作难易2.用途用途琼脂糖凝胶用于琼脂糖凝胶用于DNA和和RNA的常规的常规(chnggu)分析；聚丙烯酰胺凝胶分析；聚丙烯酰胺凝胶常用于小分子核酸分析。常用于小分子核酸分析。3.凝胶电泳的一般程序凝胶电泳的一般程序制胶制胶点样点样电泳电泳染色染色观察观察二、二、DNA电泳电泳1.DNA分子种类分子种类1)线线状状DNA单单链链与与双双链链，ss-DNA电电泳泳时时要要注注意意局局部部区区域域形形成成ds-DNA，造成迁移距离不确定，造成迁移距离不确定2)环状环状DNA单链（如单链（如M13mp）和双链（质粒）和双链（质粒DNA）3)线状线状ds-DNA电泳电泳使用频率最高的一种电泳使用频率最高的一种电泳第二十页，共三十八页。这类这类DNA分子在电泳过程中迁移的距离受以下几个分子在电泳过程中迁移的距离受以下几个(j)因素的因素的影响：影响：i.分子量分子量的大小的大小:迁移距离与分子量的迁移距离与分子量的常用对数常用对数成反比成反比ii.凝胶浓度凝胶浓度:浓度越高，移动距离越短，适合分离低分子量浓度越高，移动距离越短，适合分离低分子量DNA浓度浓度越低，移动距离越长，适合分离高分子量越低，移动距离越长，适合分离高分子量DNAiii.电压电压:低电压时，迁移率与电压低电压时，迁移率与电压成正比；电压增高时，不同成正比；电压增高时，不同(btn)大小大小DNA片段迁移率增大是片段迁移率增大是不同不同(btn)的。的。iv.碱基组成与温度碱基组成与温度:不受影响不受影响,温度温度高可导致高可导致DNA带变形或解链。带变形或解链。第二十一页，共三十八页。4)环状环状ds-DNA电泳电泳(dinyn):常用于质粒常用于质粒DNA的初步鉴定的初步鉴定5)线状线状ss-DNA电泳电泳 链分离凝胶链分离凝胶：化学定序时，用于单链分离。：化学定序时，用于单链分离。DNA双链互补，但组双链互补，但组成不一样，仍可分离（机理不详），电泳时形成三条带：变性双链，成不一样，仍可分离（机理不详），电泳时形成三条带：变性双链，两条单链。两条单链。核酸定序凝胶核酸定序凝胶(染料指示染料指示剂剂)：为避免局部区域产生：为避免局部区域产生(chnshng)二级结构，可采用各二级结构，可采用各种变性措施，如煮沸样品，种变性措施，如煮沸样品，提高电泳温度，凝胶中加入提高电泳温度，凝胶中加入变性剂（尿素、甲醛、甲胺变性剂（尿素、甲醛、甲胺等）等）第二十二页，共三十八页。三三.RNA凝胶电泳凝胶电泳方法：不同的方法：不同的RNA电泳方法是依据使电泳方法是依据使RNA分子变性所采取的方法。这些方分子变性所采取的方法。这些方法不仅要使法不仅要使RNA分子在点样时是一级结构，而且在整个电泳过程分子在点样时是一级结构，而且在整个电泳过程(guchng)中也保持一级结构。中也保持一级结构。1.乙二醛乙二醛/二甲基亚砜法二甲基亚砜法原理：乙二醛可以与核酸、核苷酸及碱基发生反应，特别是鸟苷形成原理：乙二醛可以与核酸、核苷酸及碱基发生反应，特别是鸟苷形成一个稳定的附加环，从而阻止一个稳定的附加环，从而阻止GC碱基的互补作用发生碱基的互补作用发生步骤：步骤：RNA+10mM羟甲基醛和羟甲基醛和50%DMSO混合混合50、1h变性变性点样点样电泳电泳染色染色观察观察2.羟甲基汞法羟甲基汞法原理：羟甲基汞可与原理：羟甲基汞可与RNA分子的嘌呤或嘧啶碱基发生反应，反应分子的嘌呤或嘧啶碱基发生反应，反应部位是在可形成氢键的亚氨基处。部位是在可形成氢键的亚氨基处。步骤：步骤：RNA+10mM羟甲基醛羟甲基醛点样在含点样在含4mM羟甲基醛的琼羟甲基醛的琼脂糖凝胶上脂糖凝胶上电泳电泳染色观察染色观察第二十三页，共三十八页。3.甲醛法甲醛法步骤：步骤：RNA+2.2M甲醛甲醛+50%甲胺甲胺点样在含点样在含2.2M甲醛琼脂糖凝胶上甲醛琼脂糖凝胶上MOPS缓冲液电泳缓冲液电泳染色观察染色观察其它变性剂，如尿素、甲胺等也可用于其它变性剂，如尿素、甲胺等也可用于RNA电泳电泳.4.三种方法的比较三种方法的比较第一种方法安全，但由于反应是不可逆的，由此回收的第一种方法安全，但由于反应是不可逆的，由此回收的RNA样品用于体样品用于体外翻译效果不好外翻译效果不好(bho)。第二、三种方法的反应可逆，回收。第二、三种方法的反应可逆，回收RNA样品可用于样品可用于体外翻译反应，但操作必须小心，因两种变性剂有毒。体外翻译反应，但操作必须小心，因两种变性剂有毒。五、蛋白质电泳五、蛋白质电泳方方法法：变变性性与与非非变变性性聚聚丙丙烯烯酰酰胺胺凝凝胶胶电电泳泳，前前者者常常称称之之为为SDS-PAGE。差别：有无变性剂。差别：有无变性剂用用途途：非非变变性性凝凝胶胶可可用用于于蛋蛋白白质质的的分分离离纯纯化化过过程程中中，可可直直接接用用于于酶酶促促反反应（颜色变化）应（颜色变化）SDS-PAGE可可用用于于蛋蛋白白质质分分子子量量、亚亚基基组组成成的的测测定定。mRNA翻翻译译产产物物，基因表达产物测定等。基因表达产物测定等。第二十四页，共三十八页。五、五、核酸片段的分离与回收核酸片段的分离与回收1.方法方法用于用于DNA、RNA以及蛋白质的回收以及蛋白质的回收1)电洗脱法电洗脱法:利用利用(lyng)电泳方法将凝胶中的特定核酸分子到其它介电泳方法将凝胶中的特定核酸分子到其它介质中；质中；2)滤纸法滤纸法核酸凝胶染色核酸凝胶染色长波紫外光确定位置长波紫外光确定位置在分离在分离带前方切一口子并插入滤纸条带前方切一口子并插入滤纸条(其背面覆盖透析袋膜其背面覆盖透析袋膜)电泳至电泳至DNA带全部进入滤纸条带全部进入滤纸条洗脱洗脱DNA纯化、沉淀纯化、沉淀3)透析袋法透析袋法切下含切下含DNA带琼脂块带琼脂块放入透析袋，封口放入透析袋，封口放入电泳槽放入电泳槽电泳电泳23小时至全部小时至全部DNA离开凝胶块离开凝胶块反向电泳反向电泳1分钟分钟取出取出DNA液液纯化、沉淀纯化、沉淀4)冻融法冻融法5)酶解法酶解法第二十五页，共三十八页。待回收待回收DNA切口切口DNA切口切口凝胶块凝胶块滤纸法滤纸法透析袋透析袋凝胶块凝胶块待回收待回收DNA DNA 透析袋法透析袋法待回收待回收DNA凝胶块凝胶块V-型槽型槽电洗脱槽法电洗脱槽法回收回收(hushu)(hushu)DNA方法方法第二十六页，共三十八页。2.影响回收率的因素影响回收率的因素1）DNA分子大小分子大小回收率与分子量大小呈负相关；回收率与分子量大小呈负相关；2）乙醇沉淀）乙醇沉淀其中温度、时间和其中温度、时间和DNA浓度（回收时体积）浓度（回收时体积）均与回收率有关均与回收率有关(yugun)；3）离心时间）离心时间时间越长，效果越好，对低浓度时间越长，效果越好，对低浓度DNA尤其明显。尤其明显。3.回收回收DNA片段质量片段质量凝胶材料的质量，如琼脂糖中的硫酸盐凝胶材料的质量，如琼脂糖中的硫酸盐沉淀剂若改用精胺，它可有效地去除沉淀剂若改用精胺，它可有效地去除PEG、核苷酸、盐、聚丙烯、核苷酸、盐、聚丙烯酰胺及蛋白质等。酰胺及蛋白质等。第二十七页，共三十八页。第三节第三节染色体染色体DNA电泳电泳(dinyn)第二十八页，共三十八页。一、一、DNA分子在凝胶电泳中的移动分子在凝胶电泳中的移动1、常规电泳、常规电泳在自由电场中，在自由电场中，DNA的移动速度与分子量大小无关；的移动速度与分子量大小无关；将将DNA分子置于凝胶中进行电泳，分子置于凝胶中进行电泳，DNA移动距离与分子量有关。分移动距离与分子量有关。分子量小的移动快；反之则慢。大于子量小的移动快；反之则慢。大于20kb的的DNA大分子，其移动距离与大分子，其移动距离与分子量无关。因为这些分子量无关。因为这些DNA分子要通过胶孔时必须发生变形，并沿分分子要通过胶孔时必须发生变形，并沿分子长轴运动经过胶孔，它们都以相同速度前进，分辨率也就消失了。子长轴运动经过胶孔，它们都以相同速度前进，分辨率也就消失了。2、脉冲场凝胶电泳脉冲场凝胶电泳(pulse-fieldgelelectrophoresis，PFGE)PFG工作假说工作假说(jishu)1)DNA松弛时间：大分子松弛时间：大分子DNA改变形状和重新定向所需的时改变形状和重新定向所需的时间。这个时间与间。这个时间与DNA分子量呈正相关（分子量呈正相关（Tr）2)DNA移动时间：移动时间：DNA分子向前移动的时间（分子向前移动的时间（Tm）3)电场脉冲时间：其电场方向所持续的时间（电场脉冲时间：其电场方向所持续的时间（Tp）第二十九页，共三十八页。分子量大的分子量大的DNA分子所需的松弛时间长，分子量小的则短。由于脉冲分子所需的松弛时间长，分子量小的则短。由于脉冲时间是一个人为的固定值，那么用于向前移动的时间则随分子量大小而变时间是一个人为的固定值，那么用于向前移动的时间则随分子量大小而变化。分子量大的用于向前运动的时间少，移动距离就短，分子量小的用于化。分子量大的用于向前运动的时间少，移动距离就短，分子量小的用于向前运动的时间多，移动距离就长。这就是使不同大小分子量向前运动的时间多，移动距离就长。这就是使不同大小分子量DNA分离的分离的假说。假说。Tp小小=Tm小小+Tr小小Tp大大=Tm大大+Tr大大因因Tp小小=Tp大大，Tr小小Tm大大，所以，所以，S小小S大大显显然然，要要使使一一个个DNA样样品品(yngpn)中中不不同同大大小小的的DNA分分子子分分离离，脉脉冲冲时时间间应选在最大应选在最大DNA分子所需的上限。分子所需的上限。二脉冲场凝胶电泳的种类二脉冲场凝胶电泳的种类1正交场脉冲凝胶电泳（正交场脉冲凝胶电泳（OFAGE）利利用用两两个个或或多多个个交交变变电电场场，使使200-3000kb的的DNA分分子子发发生生分分离离，其其电极排列可以是双向非均匀，单向非均匀等。电极排列可以是双向非均匀，单向非均匀等。第三十页，共三十八页。脉冲脉冲(michng)(michng)场凝胶电泳原理图场凝胶电泳原理图北北南南脉冲场电泳脉冲场电泳常规电泳常规电泳两组电极，排列不均匀两组电极，排列不均匀;一组电极，电场方向一组电极，电场方向(fngxing)不变，电极排列均匀，不变，电极排列均匀，定时改变电场方向，定时改变电场方向，DNA分子的净分子的净DNA移动方向与电场方向相同。整个电泳移动方向与电场方向相同。整个电泳移动方向与两电场呈移动方向与两电场呈45o，在电泳过，在电泳过过程保持电压稳定。常规方法制备过程保持电压稳定。常规方法制备DNA程中，电压有时可随时间的增加而样程中，电压有时可随时间的增加而样品增加，品增加，制备制备DNA样品与常规方法样品与常规方法不同不同第三十一页，共三十八页。2.场倒置凝胶电泳场倒置凝胶电泳（FIGE）利用常规利用常规(chnggu)电泳槽进行电泳，但电场方向则是周期性地发生电泳槽进行电泳，但电场方向则是周期性地发生倒置，其正向和反向的脉冲时间长度之比为倒置，其正向和反向的脉冲时间长度之比为3或其它比值。该法可或其它比值。该法可使使15-700Kb或以上的或以上的DNA分子发生分离。分子发生分离。为了克服同移动现象产生（即不同大小为了克服同移动现象产生（即不同大小DNA分子一起移动），可以分子一起移动），可以采用采用转换时间递增法转换时间递增法（swiching-intervalramps）,即由电泳开始时的短即由电泳开始时的短脉冲时间逐渐递增到电泳结束时的长脉冲时间。如开始时为脉冲时间逐渐递增到电泳结束时的长脉冲时间。如开始时为60：20，结束时可为结束时可为180：60。上述两种方法也可联合使用，使一些很难分开的大分子上述两种方法也可联合使用，使一些很难分开的大分子DNA分离。分离。3.CHEF(Contour-ClampedHomogeneousElectricFields)动态调控闭合均一电场电泳动态调控闭合均一电场电泳第三十二页，共三十八页。场倒置场倒置(dozh)电泳电泳CHEF(动态调控闭动态调控闭合合(bh)均一电场电泳均一电场电泳)第三十三页，共三十八页。各种脉冲场凝胶电泳技术的比较各种脉冲场凝胶电泳技术的比较方法方法染色体带染色体带最大带最大带最小带最小带动态调节动态调节直道直道均匀电场均匀电场液体样品液体样品(yngpn)机械转换机械转换CHEF1512000kb88bp是是是是是是是是不不OFAGE139000kb5000bp不不不不不不是是不不TAFE139000kb2000bp不不是是不不不不不不FIGE112000kb200bp不不是是是是是是不不RFGE15?200000bp不不是是是是不不是是第三十四页，共三十八页。三影响染色体三影响染色体DNA电泳的主要因素电泳的主要因素1染色体的结构染色体的结构2电泳槽电极的构型电泳槽电极的构型3电压：它与脉冲时间成反比电压：它与脉冲时间成反比4脉冲时间脉冲时间：经过实验选择适合经过实验选择适合(shh)于某种生物染色体于某种生物染色体DNA完完全分离的最佳脉冲时间全分离的最佳脉冲时间5其它因素其它因素：温度，离子强度等：温度，离子强度等四染色体四染色体DNA样品的制备样品的制备染色体染色体DNA电泳的关键之一是获得电泳的关键之一是获得(hud)完整的完整的DNA分子，其制备方法分子，其制备方法有：有：1固体块法固体块法细胞培养，收集，洗涤，细胞悬液细胞培养，收集，洗涤，细胞悬液与细胞壁裂解酶液和低熔点琼脂糖凝胶与细胞壁裂解酶液和低熔点琼脂糖凝胶混合混合倒平板倒平板复盖裂解酶缓冲液复盖裂解酶缓冲液细胞壁裂解过夜细胞壁裂解过夜除去缓冲液除去缓冲液加入去污剂和蛋白酶加入去污剂和蛋白酶K反应过夜反应过夜换换0.5MEDTA，4保存保存第三十五页，共三十八页。2微球法微球法制备细胞制备细胞(xbo)悬液悬液与石蜡油和低熔点琼脂糖凝胶迅速混合，形成小与石蜡油和低熔点琼脂糖凝胶迅速混合，形成小球球冰浴迅速冷却冰浴迅速冷却离心，洗涤离心，洗涤加入原生质体形成液，加入原生质体形成液，37反反应至细胞应至细胞(xbo)壁裂解壁裂解加入裂解液加入裂解液501h离心，小球保存离心，小球保存于于0.5MEDTA，43加样加样切一小块样品凝胶块或吸取适量微球，置于电泳用凝胶块的样品孔中，切一小块样品凝胶块或吸取适量微球，置于电泳用凝胶块的样品孔中，用少许低熔点琼脂糖凝胶使样品与整块凝胶为一体，每一样品孔应用少许低熔点琼脂糖凝胶使样品与整块凝胶为一体，每一样品孔应含含0.1-5gDNA样品样品4.限制酶切限制酶切加加样样前前取取适适量量样样品品，置置于于EP管管中中，加加限限制制酶酶缓缓冲冲液液和和限限制制酶酶进进行行酶酶切切第三十六页，共三十八页。五染色体五染色体DNA电泳的用途电泳的用途1.测定染色体数目测定染色体数目：特别适合于低等真核生物：特别适合于低等真核生物2.测定基因连锁关系测定基因连锁关系：结合：结合DNA杂交技术，可适合于各种生物杂交技术，可适合于各种生物3.染色体染色体DNA重排分析重排分析1）酵母细胞经）酵母细胞经X-射线照射，染色体发生断裂，可得弥散型。射线照射，染色体发生断裂，可得弥散型。但让其修复后，又可形成带，但有的发生了重排，导致但让其修复后，又可形成带，但有的发生了重排，导致(dozh)带型变化带型变化2）非洲锥虫：变异表面糖蛋白基因的表达）非洲锥虫：变异表面糖蛋白基因的表达4.疾病的诊断疾病的诊断引起某种皮肤病的原生动物引起某种皮肤病的原生动物Leishmania,具有其特征性的染色体。具有其特征性的染色体。PFG便可用于诊断。便可用于诊断。第三十七页，共三十八页。内容(nirng)总结第三章。2）胍盐法：异硫氰酸胍和硫氰酸胍。iii.电压:低电压时，迁移率与电压成正比。iv.碱基组成与温度:不受影响,温度高可导致DNA带变形或解链。这些方法不仅要使RNA分子在点样时是一级结构，而且在整个电泳过程中也保持一级结构。1)电洗脱法:利用电泳方法将凝胶中的特定核酸分子到其它(qt)介质中。PFG便可用于诊断第三十八页，共三十八页。