猪BMP4基因转录体结构的生物信息学分析.pptx

猪猪BMP4基因转录体结构的生物信息学分析基因转录体结构的生物信息学分析报告人：周建设读书报告NCBI的AceView推测人BMP4基因总共有够构成11种mRNAs（Aapr07Kapr07）（图1）。包括 9种剪辑变体和2种未剪辑变体的转录本。图1包括AceView 未注释TV-3，人总共有12种转录体。其中，b(TV-1)、d(TV-2)、TV-3、a、c等主要转录体多在正常组织高表达，其它的常见于肿瘤组织。不同转录体主要是由不同启动子转录、选择性剪接及内含子滞留等因素造成的，转录体间的差异主要表现在5端。人 类BMP4 mRNA 中 的5种主体 mRNA（TV-1、TV-2、TV-3、TV-a、TV-c）编码408个AA的完整蛋白质，TV-e可能编码一种BMP4蛋白质异构体，但至今未得到实验证实。因此，我们推测选择性剪接主要影响BMP4主体mRNA的稳定性及翻译效率。对这几种主要转录体进行分析，发现选择性 剪 接 位 点 主 要 有4处（图2）。图2对猪BMP4基因各转录体及相应的启动子结构进行分析。发现各转录体的5长度变化范围较大（198-1160bp），影响翻译效率的二级结构复杂性（茎环数）、稳定性（能量）、Kozak信号强弱、框前ORF和框内uATGs数目和结构等都有较大差异（表1）。表1另外，还发现一些转录体5UTR区存在内部核糖体进入位点（IRES）和15-LOX-DICE等 motif(TV-1、TV-3s、TV-3x两种基本都有，TV-2、TV-3、TV-c、TV-e只有IRES,TV-a两种都无)。根据有关研究，IRES是某些真核细胞基因翻译起始的一种重要机制（正向调控pattern），很多含IRES的基因与细胞生长、增值、凋亡及血管生长有关。15-LOX-DICE元件是许多真核生物UTR区的一种重要顺式（负）调控元件，它可以与hnRNP结合，调节mRNA的稳定性和翻译过程。因此，各种BMP4转录体可能具有不同的生物学效应。对启动子序列进行比较分析（附表2），观察到猪和人BMP4基因P1的近端序列相似性高，而P2和P3的近端序列的相似性较低，与已有的关于哺乳动物BMP4启动子保守性特征的结论相符合。另外，对电子克隆的猪BMP4 TV-x可能的启动子区域（定名为P4）进行预测，发现TV-x 5侧翼区有强烈的启动子活性，该启动子在哺乳动物种间保守性与P1的相似。表2 谢谢