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常用生物信息学数据库和分析工具网址讲课稿.doc

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1、精品文档标题:手工制作坊 2004年3月18日常用生物信息学数据库和分析工具网址一、消费者分析数据库4、如果学校开设一家DIY手工艺制品店,你是否会经常去光顾?图1-3 大学生偏爱的手工艺品种类分布因特网网址4WWW。google。com。cn。 大学生政策 2004年3月23日网上生物信息学教程我们认为:创业是一个整合的过程,它需要合作、互助。大学生创业“独木难支”。在知识经济时代,事业的成功来自于合作,团队精神。创业更能培养了我们的团队精神。我们一个集体的智慧、力量一定能够展示我们当代大学生的耐心.勇气和坚强的毅力。能够努力克服自身的弱点,取得创业的成功。创业首先要有“风险意识”,要能承受

2、住风险和失败。还要有责任感,要对公司、员工、投资者负责。务实精神也必不可少,必须踏实做事;4、宏观营销环境分析在上海, 随着轨道交通的发展,地铁商铺应运而生,并且在重要商圈已经形成一定的气候,投资经营地铁商铺逐渐为一大热门。在人民广场地下的迪美购物中心,有一家DIY自制饰品店-“碧芝自制饰品店”据统计,上海国民经济持续快速增长。03全年就实现国内生产总值(GDP)6250.81亿元,按可比价格计算,比上年增长11.8%。第三产业的增速受非典影响而有所减缓,全年实现增加值3027.11亿元,增长8%,增幅比上年下降2个百分点。EBI自修课程http:/www.ebi.ac.uk/2canNCBI

3、自修课程http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Education自修课程http:/lectures.molgen.mpg.de/online_lectures.html生物信息学常问的问题http:/bioinformatics.org/faq/生物信息学机构NCBIhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/International Nucleotide Sequence Database Collaboration.http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/EBIhttp:/www.ebi.ac.uk/USDAhttp:/www.na

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5、ig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.htmlEukaryotic promoter database release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.htmlSwissProt release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprotPIR release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pirPRF release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bi

6、n/show man?prfPDBSTR release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstrProsite release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prositePDB release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbKEGG release noteshttp:/www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway核苷酸数据库GenBankhttp:/

7、www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.htmldbSTS http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.htmldbGSS http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.htmlGenome (NCBI)http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=GenomedbSNP http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/HTGShttp:/www.ncbi.nlm.nih.g

8、ov/HTGS/UniGenehttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/EMBL核苷酸数据库http:/www.ebi.ac.uk/emblGenome (EBI)http:/www.ebi.ac.uk/genomes/向EMBL数据库提交序列http:/www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.htmlDDBJhttp:/www.ddbj.nig.ac.jp/Plant R gene databasehttp:/www.ncgr.org/rgenes启动子数据库Eukaryotic promoter database http:/ww

9、w.epd.isb-sib.chhttp:/www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html转录因子数据库FRANSFAChttp:/transfac.gbf.deooTFDhttp:/www.ifti.org基因注释数据库RAP-DBhttp:/rapdb.lab.nig.ac.jp基因分类数据库Gene Ontology (GO)http:/www.geneontology.org蛋白质数据库SWISS-PROT或TrEMBLhttp:/www.ebi.ac.uk/swissprot/http:/www.expasy.ch/sprot/PIRhttp:/pir.geor

10、getown.eduPRFhttp:/www.kinasenet.org/pkr/Welcome.dohttp:/www.prf.or.jp/PDBSTRhttp:/www.genome.ad.jpPrositehttp:/www.expasy.org/prosite结构数据库PDBhttp:/www.rcsb.org/pdbhttp:/www.pdb.orgNDBhttp:/ndbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.htmlhttp:/ndbserver.rutgers.edu/DNA-Binding Protein Database http:/ndbserver.rut

11、gers.edu/NDB/structure-finder/dnabind/index.htmlNMR Nucleic Acids Databasehttp:/ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/nmr/index.htmlProtein Plus Databasehttp:/ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/protein/index.htmlSwiss 3Dimagehttp:/www.expasy.ch/sw3d/SCOPhttp:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop

12、/CATHhttp:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/酶、代谢和调控路径数据库KEGGhttp:/www.genome.ad.jp/kegg/Enzyme Nomenclature Databasehttp:/expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.htmlProtein Kinase Resource (PKR)http:/www.sdsc.edu/kinases/LIGANDhttp:/www.genome.ad.jp/dbget/ligand.htmlWIThttp:/www.cme.msu.edu/WIT/EcoCychttp:/ecoc

13、yc.PangeaSUM-BBDhttp:/www.labmed.umn.edu/umbbd/多种代谢路径数据库http:/www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html基因调控路径数据库(TRANSPATH)http:/transfac.gbf.de基因组数据库禾本科比较基因组http:/www.gramene.orgGrainGenehttp:/www.graingenes.orgBotanical Datahttp:/www.calflora.org/calflora/batanical.html日本水稻基因组 (RGP)http:

14、/rgp.dna.affrc.go.jp水稻物理图谱http:/www.genome.clemson.edu/projects/rice/fpchttp:/www.genome.arizona.edu华大水稻基因组框架图欧洲水稻测序(第12染色体)s.frOryGenesDB(水稻插入突变体)http:/orygenesdb.cirad.frMaize genomehttp:/www.agron.missouri.eduBarley genomehttp:/www.css.orst.edu/Research/barley/nabgmp.htmForage grasses genomeshttp

15、:/forages.orst.edu/http:/www.forages.css.orst.edu/Topics/Species/Grasses/Triticum genomeshttp:/wheat.pw.usda.gov/index.shtmlArabidopsis genomehttp:/www.arabidopsis.orgSoyBasehttp:/soybase.agron.iastate.eduAlfalfa genomehttp:/www.alfalfa.ksu.eduCotton genomehttp:/cottongenomecenter.ucdavis.eduGlycine

16、 max genomehttp:/www.zmdb.iastate.edu/PlantGDB/glycine_max.htmlhttp:/www.zmdb.iastate.edu/PlantGDBC. elegans genomehttp:/www.acedb.org藻类(Chlamydomonas)基因组http:/www.biology.duke.edu/chlamy_genome粘菌(Dictyostelium)基因组http:/dictygenome.bcm.tmc.eduAnimal genomes (ArkDB)http:/www.thearkdb.orgFlyBasehttp:/

17、flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbidq.html?FBgn0003075Mouse Genome Informatics http:/www.informatics.jax.org/bin/query_accession?id=MGI:97555Saccharomyces Genome Databasehttp:/genome-www.stanford.edu/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22多种基因组数据库http:/www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWebRice Mutant Databa

18、se文献数据库PubMedhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/OMIMhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/Agricolahttp:/www.nal.usda.gov/ag98/Rice Genetics Newsletterhttp:/www.gramene.org/newsletters/rice_geneticsProceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS)http:/intl.pnas.org关键词为基础的数据库检索Entrez http:/www.ncbi

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20、uence Retrieval System, Singaporehttp:/www.bic.nus.edu.sg:80/srs5/Sequence Retrieval System, UShttp:/iubio.bio.indiana.edu:80/srs/srscSequence Retrieval System, UKhttp:/srs.ebi.ac.uk/GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Searchhttp:/ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.htmlDatabase Search with Key W

21、ordshttp:/ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.htmlDBGET/LinkDBhttp:/www.genome.ad.jp/dbget/序列为基础的数据库检索BLASThttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/FASTAhttp:/www.ebi.ac.uk/fasta33/index.htmlBLITZhttp:/www2.ebi.ac.uk/bic_sw/SSearchrs.fr/bin/ssearch-guess.cgiElectronic PCRhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/STS/P

22、roteome analysishttp:/www.ebi.ac.uk/proteome/Global alignmenthttp:/genome.cs.mtu.edu多序列分析Clustal multiple sequence alignmenthttp:/dot.imgen.bcm.tmc.eduBCMhttp:/dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/multi-align.htmlEBI ClustalW http:/www.ebi.ac.uk/clustaw/index.htmlClustal multiple sequence alignmen

23、thttp:/genome.cs.mtu.edu修饰对序列对位排列结果的格式(Boxshade)http:/www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html系谱分析PAUPhttp:/onyx.si.edu/PAUP/EBI ClustalW analysishttp:/www.ebi.ac.ukGCG packagePHYLIPhttp:/evolution.genetics.washington.edu/phylip.htmlMEGA/METREEhttp:/www.bio.psu.edu/imegHennig86http:/www.vims.edu/mes

24、/hennig/software.htmlGAMBIT http:/www.lifesci.ucla.edu/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/MacCladehttp:/phylogeny.arizona.edu/macclade/macclade.htmlPhylogenetic analysishttp:/www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools2.htmlClustalXftp:/ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalXMEGATreeViewhttp:/taxon

25、omy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html基因结构预测分析GENSCANhttp:/genes.mit.edu/GENSCAN.htmlhttp:/bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/genscan-simple.htmlhttp:/bioweb.pasteur.frGeneFinderhttp:/www.bioscience.org/urllists/genefind.htmGene FindingGene Feature Searcheshttp:/dot.imgen.bcm.tmc.eduGrailhttp:/co

26、mpbio.ornl.gov/Grail-1.3GrailEXPhttp:/compbio.ornl.gov/grailexpGeneMark http:/opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgihttp:/genemark.biology.gatech.edu/GeneMark/hmmchoice.htmlVeilhttp:/www.cs.jhu.edu/labs/compbio/veil.htmlAAThttp:/genome.cs.mtu.edu/aat.htmlGENEID http:/www.imim.es/GeneIdentificat

27、ion/Geneid/geneid_input.htmlGenlanghttp:/cbil.humgen.upenn.edu/sdong/genlang_home.htmlGeneParserhttp:/beagle.colorado.edu/eesnyder/GeneParser.htmlGlimmerhttp:/www.cs.jhu.edu/labs/compbio/glimmer.htmlMZEFhttp:/www.cshl.org/genefinderProcrusteshttp:/www-hto.usc.edu/software/procrustes/Tandem Repeats F

28、inderhttp:/C3.biomath.mssm.edu/trf.htmlRepeatshttp:/bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/repeats.html基因分类GO Annotatorhttp:/udgenome.ags.udel.edu/gofigure蛋白质结构预测分析Expasyhttp:/www.expasy.ch/CBShttp:/www.cbs.dtu.dkPredicting protein secondary structurehttp:/dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/pssprediction/pssp

29、.htmlPredicting protein 3D Structureshttp:/dove.embl-heidelberg.de/3D/Predicting protein structures http:/dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/struc-predict.html其它分析工具和软件BioEdithttp:/www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.htmlPrimer3(PCR引物设计)http:/frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgiPutative

30、 DNA Sequencing Errors Checkhttp:/www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/MatInspectorhttp:/www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.plFastMhttp:/www.gsf.de/cgi-bin/fastm.plWeb Signal Scanhttp:/www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.htmlBCM Search Launcherhttp:/dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-util/seq-util.htmlWebc

31、utterTranslate DNA to proteinhttp:/www.expasy.ch/tools/dna.htmlABIMhttp:/www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.htmlsequence motifs:Pfamhttp:/www.sanger.ac.uk/Pfam/http:/pfam.wustl.edu/ProDomhttp:/protein.toulouse.inra.fr/prodom.htmlPRINTShttp:/www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/多种数据库、分析工具和生物

32、信息学机构http:/www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools多种数据库和分析工具http:/www.ebi.ac.uk/Tools/Comparative sequence analysishttp:/www.bork.embl-heidelberg.de/功能基因组分析Transcription profiling technologies http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.htmlProtocols for cDNA array technologyhttp:/cmgm.stanford.edu/pbrown/array.htmlData management and analysis of gene expression arrayshttp:/www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML/Examples of commercially available filter arrays:GeneFiltersTM (Research Genetics)Gene Discovery Arrays (Genome Systems)AtlasTM Arrays (CLONTECH)精品文档

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