生存分析和cox比例风险模型公开课获奖课件.pptx

生存分析 第1页生存分析重要内容生存分析重要内容n n生存过程描述n n生存时间分布特点n n估计生存率n n估计平均生存时间n n绘制生存率曲线n n生存过程记录推断n n生存时间影响原因研究第2页生存分析需具有资料生存分析需具有资料n n生存时间或称时间变量n n观测成果或称截尾变量n n暴露变量及混杂原因第3页肾移植例肾移植例一般手术(A组):3 9 15 20 20 26 30 41 46 64+64 135 223 365 450 596+680+900+900+改善手术(B组):10 70+70+120 225 366 390+475+518+647+801+1001+1045+1045+第4页手手术术方式方式生存生存时间时间观观察察结结果果treattreattimetimeoutcomeoutcome1 13 31 11 19 91 11 141411 11 146461 11 164641 11 164640 01 19009000 02 210101 12 28018010 02 2100110010 02 2104510450 02 2104510450 0第5页生存资料定义生存资料定义(1)将数据定义为生存资料格式stset 时间变量，failure(截尾变量)failure(截尾变量)stata以所有不等于0非缺失值为预期出现成果；若failure选择项缺省，则stata默认所有纪录均出现成果第6页生存资料定义生存资料定义(2)四个变量四个变量-定义数据库后，定义数据库后，statastata系统自动产生系统自动产生_st_st/*/*数据库中该条记录与否被定义为生存资料数据库中该条记录与否被定义为生存资料_d_d/*/*该条记录与否出现预期成果该条记录与否出现预期成果_t_t/*/*观测对象被随访时间观测对象被随访时间_t0_t0/*/*观测对象第一次被观测届时间观测对象第一次被观测届时间(开始过程时开始过程时间为间为0)0)第7页stset time,failure(out e)stset time,failure(out e)failure event:out e!=0&out e .failure event:out e!=0&out e chi2=0.0096 Prchi2=0.0096第19页例例8.8n n某临床试验比较A，B两治疗方案对某病治疗效果，A组(group=0)12人，B组(group=1)13人。病人分组后检查其肾功能(kidney)，功能正常者记为0，不正常者记为1；治疗后生存时间为stime(天)；问不一样样治疗方案及肾功能对病人生存时间与否有影响?第20页编号编号NO.NO.治疗治疗生存生存观察观察n n肾肾功功效效n nkidkidneney y编号编号NO.NO.治疗治疗生存生存观察观察n n肾肾功功效效n nkidkidneney y方案方案时间时间结果结果方案方案时间时间结果结果GroupGroupstimestimecensorcensorgroupgroupstimestimecensorcensor1 10 08 81 11 113131 11801801 10 02 20 08528520 00 014141 16326321 10 03 30 052521 11 115151 1224022400 00 04 40 02202201 10 016161 11951951 10 05 50 063631 11 117171 176761 10 06 60 08 81 10 018181 170701 10 07 70 0197619760 00 019191 113131 11 18 80 0129612960 00 020201 123231 11 19 90 0146014600 00 021211 1129612961 10 010100 063631 11 122221 12102101 10 011110 0132813280 00 023231 17007001 10 012120 03653650 00 024241 118181 11 125251 1199019900 00 0例8.8第21页CoxCox比例风险模型比例风险模型(1)(1)估计Cox比例风险模型命令格式为stcox 协变量,nohr 选择项nohr /*指定输出回归系数b而不是危险 比exp(b)level(#)/*可信区间可信度第22页例例8.8Stset stime,failure(censor)Stset stime,failure(censor)Stset stime,failure(censor)Stset stime,failure(censor)Stcox group kidney,nolog nohrStcox group kidney,nolog nohrStcox group kidney,nolog nohrStcox group kidney,nolog nohrfailure _d:censorfailure _d:censorfailure _d:censorfailure _d:censor analysis time _t:stime analysis time _t:stime analysis time _t:stime analysis time _t:stimeCox regression-Breslow method for tiesCox regression-Breslow method for tiesCox regression-Breslow method for tiesCox regression-Breslow method for tiesNo.of subjects=25 Number of obs =25No.of subjects=25 Number of obs =25No.of subjects=25 Number of obs =25No.of subjects=25 Number of obs =25No.of failures=17No.of failures=17No.of failures=17No.of failures=17Time at risk =15334Time at risk =15334Time at risk =15334Time at risk =15334 LR chi2(2)=22.67 LR chi2(2)=22.67 LR chi2(2)=22.67 LR chi2(2)=22.67Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000-_t|_t|_t|_t|_d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval _d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval _d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval _d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval-+-+-+-+-group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898-第23页n nCoxCox比例风险函数比例风险函数:n n(t)=(t)=0(t)exp(1.243group+4.105kidney)0(t)exp(1.243group+4.105kidney)n n肾功能正常者接受肾功能正常者接受B B治疗方案比接受治疗方案比接受A A治疗方案在某治疗方案在某时刻相对危险度为：时刻相对危险度为：n nRR=RR=(t|group=1,kidney=0)/(t|group=1,kidney=0)/(t|group=0,kidney=0)(t|group=0,kidney=0)n n =0(t)exp(1.243*1+4.105*0)/0(t)exp(1.243*1+4.105*0)/0(t)exp(1.243*0+4.105*1)=3.4660(t)exp(1.243*0+4.105*1)=3.466n n肾功能不正常者接受肾功能不正常者接受B B治疗方案比接受治疗方案比接受A A治疗方案在治疗方案在某时刻相对危险度为某时刻相对危险度为3.4663.466n n肾功能不正常者接受肾功能不正常者接受B B治疗方案比肾功能正常者接受治疗方案比肾功能正常者接受A A治疗方案在某时刻相对危险度为治疗方案在某时刻相对危险度为210.300210.300第24页Weibull回归和指数回归n nstreg 协变量，选项n ndistdist（分布类型）（分布类型）/*/*拟合模型分布类型。拟合模型分布类型。exponentialexponential（指数分布）（指数分布）weibullweibull（weibullweibull分布）分布）n nnohr /*nohr /*指定输出回归系数指定输出回归系数b b而不是危险而不是危险 比比exp(b)exp(b)n nlevel(#)/*level(#)/*可信区间可信度可信区间可信度第25页