04VectorNTI的使用专题培训课件.ppt

软件：软件：Vector NTI 8.0/10.3此课件仅是提纲，具体使用此课件仅是提纲，具体使用看上课时的演示看上课时的演示 软件的安装软件的安装私有序列数据库的维护私有序列数据库的维护限制性内切酶限制性内切酶DNAProteinContig序列比对及多重比对序列比对及多重比对DNA/质粒图谱绘制质粒图谱绘制 软件包含软件包含两大模块两大模块：数据库模块和功能模块。数据库用数据库模块和功能模块。数据库用于创建、导入导出、维护序列数据、载于创建、导入导出、维护序列数据、载体数据、蛋白质分子数据、内切酶数据体数据、蛋白质分子数据、内切酶数据和寡核苷（一般是和寡核苷（一般是PCR引物）数据引物）数据 功能模块主要包括：序列编辑、引功能模块主要包括：序列编辑、引物设计、模拟翻译、模拟电泳、序列比物设计、模拟翻译、模拟电泳、序列比对、对、Contig、第三方附加模块等。、第三方附加模块等。一、本机数据模块：一、本机数据模块：数据库分类数据库分类核酸分子核酸分子蛋白质分子蛋白质分子内切酶内切酶寡核苷酸寡核苷酸电泳电泳marker引文引文BLAST搜索结果搜索结果(PCR)分析结果分析结果每类数据库又分为每类数据库又分为基库基库(MAIN)(MAIN)和和子库子库(subset)(subset)真正的数据都在基库里，子库只是用户自己建立的真正的数据都在基库里，子库只是用户自己建立的数据条目数据条目(item)的子集，里面的子集，里面是数据的是数据的联接联接不是数据本身，但是可以象操作数据一样进行直接操作；不是数据本身，但是可以象操作数据一样进行直接操作；对数据条目进行对数据条目进行“拷贝拷贝”、“粘贴粘贴”操作，只会产生一个新的操作，只会产生一个新的联接联接，不会产生新，不会产生新的数据；要产生数据复制，需要用的数据；要产生数据复制，需要用“Duplicate”(数据条目上点右键数据条目上点右键)；建议建议：只在子库里对数据进行操作，如果要修改数据，先：只在子库里对数据进行操作，如果要修改数据，先“duplicate”一个拷贝，一个拷贝，以免对原始数据产生不可恢复的影响；以免对原始数据产生不可恢复的影响；分子与序列分子与序列在在VNTI软件里，软件里，molecule与与sequence并非等同，并非等同，molecule除了包含除了包含sequence外，还包含有特性表外，还包含有特性表(feature)等信息等信息私有序列库的维护私有序列库的维护新建库新建库导入库导入库导入分子导入分子导入序列导入序列导出分子、序列、库导出分子、序列、库序列修改序列修改 序列的查看和编辑序列的查看和编辑序列片段的选取（精确方式，非鼠标操作）序列片段的选取（精确方式，非鼠标操作）序列的编辑序列的编辑修改、插入、删除修改、插入、删除互补序列互补序列翻译（核酸序列翻译（核酸序列蛋白质序列）蛋白质序列）features的编辑修改的编辑修改自定义显示、打印自定义显示、打印 临时为一段小序列生成互补序列临时为一段小序列生成互补序列相关项目上点右键相关项目上点右键限制性内切酶限制性内切酶排序与查找排序与查找新建一个内切酶新建一个内切酶酶切位点图谱酶切位点图谱图上的结果图上的结果不是完整不是完整的结果，左边的分析报告才是完整的，明确的结果，左边的分析报告才是完整的，明确指明指明位点个数为位点个数为“0”才是才是“无该位点无该位点”，因为位点太多，因为位点太多(大于大于5)或该酶未列入分析项目中，都有可能导致不显示出来；或该酶未列入分析项目中，都有可能导致不显示出来；酶切片段酶切片段完全酶切完全酶切部分酶切部分酶切 部分酶切部分酶切部分酶切部分酶切部分酶切部分酶切序列比对序列比对 按住按住“Ctrl”键后，用鼠标左键可以进行复杂的选择，键后，用鼠标左键可以进行复杂的选择，然后在选择的项目上点鼠标右键，关联菜单弹出然后在选择的项目上点鼠标右键，关联菜单弹出这里先做选取这里先做选取Contig*.abi或或*.scf文件与序列文件文件与序列文件构建一个构建一个ContigContig是是“contiguous sequences group”的缩的缩写，是将测得的多个序列搭配拼接，能拼成一个连写，是将测得的多个序列搭配拼接，能拼成一个连续序列的组合就称为一个续序列的组合就称为一个group（contig），），如果多个如果多个contig能拼起来就是染色体了（通常还得补测序）能拼起来就是染色体了（通常还得补测序）测序序列的头尾部分，由于技术限制，有可能测不测序序列的头尾部分，由于技术限制，有可能测不准确的；另外，上游序列中，可能含有克隆载体的准确的；另外，上游序列中，可能含有克隆载体的部分序列（通用引物与克隆位点之间）部分序列（通用引物与克隆位点之间）多重比对与多重比对与Contig 示例 DNA/质粒图谱绘制质粒图谱绘制Invitrigen的的pEXP38质粒质粒