基于全基因组重测序技术的甘蓝型油菜光叶突变体基因定位.pdf

浙江大学学报（农业与生命科学版）49（4）：497 506，2023Journal of Zhejiang University(Agric.&Life Sci.)http：/ 郑州 450002）摘要 表皮蜡质是油菜适应逆境的保护措施之一。本课题组前期报道了一个由1对显性基因控制的甘蓝型油菜（Brassica napus L.）光叶突变体DL22B077-1。为了进一步了解其遗传机制，本研究利用全基因组重测序技术和分离群体分析法（bulk segregated analysis,BSA）通过F2群体进行基因定位，获得的有效碱基数达10 661.75 Mb，其中，Q30均值为92.99%，平均作图率为97.73%，平均测序深度为24，平均覆盖率为82.06%，测序质量较高；此外，分析了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）标记和插入-缺失（insertion-deletion,In-Del）标记与光叶性状的相关性。通过SNP标记，在5条染色体上得到7个相关区域和1 509个相关基因。通过In-Del标记，在11条染色体上得到15个相关区域和2 633个相关基因。SNP标记和In-Del标记关联分析结果的交集部分为C8染色体上8.6010.39 Mb区域，总长度为1.79 Mb，共计130个候选基因，其中119个基因得到注释，它们参与了细胞成分的构建，确保了分子功能和生物过程的顺利进行。DL22B077-1是第一个将蜡质基因定位到C8染色体上的甘蓝型油菜光叶突变体，据此判断其为新的光叶突变体。上述结果为选育高产稳产油菜品种、改良油菜抗逆栽培技术奠定了理论基础。关键词 甘蓝型油菜；光叶突变体；全基因组重测序；基因定位中图分类号 S565.4；Q343.17 文献标志码 A引用格式 文雁成,何俊平,蔡东芳,等.基于全基因组重测序技术的甘蓝型油菜光叶突变体基因定位J.浙江大学学报(农业与生命科学版),2023,49(4):497-506.DOI:10.3785/j.issn.1008-9209.2022.12.191WEN Yancheng,HE Junping,CAI Dongfang,et al.Gene mapping of a novel glossy mutant in Brassica napus L.based on whole genome resequencing technologyJ.Journal of Zhejiang University(Agriculture&Life Sciences),2023,49(4):497-506.Gene mapping of a novel glossy mutant in Brassica napus L.based on whole genome resequencing technologyWEN Yancheng*,HE Junping,CAI Dongfang,ZHANG Shufen,ZHU Jiacheng,WANG Jianping,CAOJinhua,ZHAO Lei,WANG Dongguo,LIU Yizi(Institute of Industrial Crops,Henan Academy of Agricultural Sciences,Zhengzhou 450002,Henan,China)Abstract Epicuticular wax in the rape is one of the protective barriers in stress environments.We previously reported one glossy mutant DL22B077-1 in Brassica napus L.controlled by a pair of dominant genes.In order to further understand its genetic mechanism,the glossy genes in the F2 population were mapped by whole genome resequencing technology and bulk segregated analysis(BSA)in this study.A total of 1 0661.75 Mb of clean bases were obtained,with an average Q30 of 92.99%,an average mapping ratio of 97.73%,an average sequencing depth of 24,and an average coverage ratio of 82.06%,which indicated that the sequencing quality was DOI：10.3785/j.issn.1008-9209.2022.12.191基金项目：“十三五”国家重点研发计划重点专项（2016YFD0101300）；国家现代农业（油菜）产业技术体系建设专项（CARS-12）。通信作者（Corresponding author）：文雁成（https:/orcid.org/0000-0002-3020-8318），Tel：[phone]，E-mail：收稿日期（Received）：2022-12-19；接受日期（Accepted）：2023-05-24第 49 卷浙 江 大 学 学 报（农业与生命科学版）high.In addition,the correlations between the glossy characters and markers of single nucleotide polymorphism(SNP)and insertion-deletion(In-Del)in genomic domains were analyzed.In the SNP marker,seven associated regions and 1 509 genes on five chromosomes were obtained.In the In-Del marker,15 associated regions and 2 633 genes on 11 chromosomes were obtained.The final association results were the intersection of two kinds of markers,which was the 1.79 Mb associated region from 8.60 Mb to 10.39 Mb on chromosome C8,and there were a total of 130 candidate genes in this region.A total of 119 genes in the 130 candidate genes were annotated,which participated in the construction of cellular components and were involved in molecular functions and biological processes.In B.napus,DL22B077-1 was the first glossy mutant whose glossy genes were located on chromosome C8,so it was a novel glossy mutant.The above results lay a theoretical foundation for breeding rape varieties with high and stable yields and improving resistance cultivation techniques.Key words Brassica napus L.;glossy mutant;whole genome resequencing;gene mapping大多数植物表皮都可以合成蜡质以应对不利的环境条件。前人已经研究报道了表皮蜡质在植物生长过程中的抗逆作用及其生理机制1。光叶突变体的发现为研究表皮蜡质的遗传机制和生理机能提供了有利条件2。已经发现光叶突变体的植物有很多种，如拟南芥3、小麦4、水稻5、白菜6、甘蓝7等。光叶突变体既可以用于研究植物抗逆性和蜡质代谢，又可以用于改良蔬菜和水果等农产品的外观品质2,8-9。跟其他植物一样，油菜中也出现了很多光叶突变体10-12。这些来源不同的光叶突变体的光叶性状有的受隐性基因控制10，有的受显性基因控制12-13。研究发现：野生型油菜与光叶突变体的蜡质含量、组成成分及其在表皮的排列方式上均存在差异12-14；两者在抗寒性和抗病能力上也存在差异11-14。由于来源不同，一些油菜光叶突变体的光叶性状遗传规律及其基因定位结果不同。为了探明光叶突变体的遗传机制，为以后的应用提供参考，科学家们对获得的光叶突变体进行了基因定位。刘忠松等11将一个甘蓝型油菜（Brassica napus L.）光叶突变体的光叶性状基因定位到了A染色体上，但是未能确定具体的染色体及在染色体上的位置。PU等12将一个甘蓝型油菜光叶突变体基因定位到了A9染色体的末端，并开发出一个与目标基因相距0.671.33 cM的分子标记。刘杰15发现了2个甘蓝型油菜光叶突变体材料ngl2和zs11-e，并将ngl2的光叶性状基因定位到了A1染色体的50 kb区域和C1染色体的230 kb区域；他还通过60K基因芯片和简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）标记将光叶突变体zs11-e的光叶性状基因定位到了A8染色体的01 cM区域。本课题组在甘蓝型油菜育种材料中发现了野生型与光叶突变体的嵌合型材料，通过多代自交分离，获得了光叶突变体DL22B077-1，并对该突变体的光叶性状遗传规律进行了研究，还比较了该突变体与野生型的蜡质含量、组成成分以及在抗寒性方面的差异16。为了进一步探究DL22B077-1光叶性状的遗传机制，探寻该突变体与前人报道的光叶突变体材料间的差异，本研究对该突变体的光叶性状进行基因定位，以期为其实际应用提供参考。1 材料与方法1.1 植物材料光叶突变体DL22B077-1由甘蓝型油菜杂交组合（22BDL077）分离群体经过多代自交育成，其野生型DL22B077-2来自同一杂交组合，与该突变体具有相似的遗传背景。该突变体与其野生型的表现型差异在各个生长期均可凭肉眼识别，其中，野生型植株叶片及茎秆表皮呈现灰白绿色，光叶突变体呈现明亮闪光的绿色（图1）。该突变体的光叶性状受1对显性基因控制，能够稳定表达，不受环境条件及生长时期影响。与野生型 DL22B077-2 相比，光叶突变体DL22B077-1的蜡质含量显著减少，蜡质组成成分不同，且抗寒性差16。F2群体由 F1（DL22B077-1DL22B077-2）种子自交获得。1.2 田间试验2020年9月2021年5月，将试验材料种植于河南省新乡市原阳县河南省农业科学院试验基地（35.142 4 N，114.097 8 E）。该基地位于黄河中游，属于温带大陆性气候，1月平均气温1.0，年平均降雨量615.1 mm，且降雨主要集中在夏季。光叶突变体DL22B077-1与野生型DL22B077-2各种植498第 4 期文雁成，等：基于全基因组重测序技术的甘蓝型油菜光叶突变体基因定位3行，F2群体共种植30行（450个单株），行距0.33 m、株距0.10 m。试验期间不防治病虫害，水肥、杂草和其他田间管理与当地油菜栽培管理一致。1.3 DNA提取和全基因组重测序采用分离群体分析法（bulk segregated analysis,BSA）和F2群体对甘蓝型油菜光叶突变体性状进行基因定位。于5叶期分别从光叶突变体DL22B077-1与野生型DL22B077-2株系中随机选取10棵相同面积的幼嫩叶片，在F2群体中分别从50棵光叶突变体和野生型植株上随机选取相同面积的幼嫩叶片，分别混合形成光叶突变体和野生型 DNA 混池，用于提取光叶突变体和野生型植株总 DNA。基因组 DNA 的提取采用十六烷基三甲基溴化铵（hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB）法，提取后的DNA用RNA酶纯化17。DNA质量浓度和质量采用NanoDrop 2000紫外分光光度计（美国Thermo Scientific公司）进行检测，并调节最终质量浓度至40 ng/L，DNA总量大于20 g。提取的2个亲本和2个混池的总DNA用于全基因组重测序，方法如下：DNA样品经过超声波振荡被打断成约350 bp的片段，在其末端添加单碱基A进行末端修复，并用T4连接酶使其与测序接头连接，然后利用聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）仪进行扩增，获得的PCR产物经纯化后，用高通量重测序的方法在Illumina HiSeq系统上进行测序。2个亲本的测序深度均为20，F2光叶突变体和野生型2个混池的测序深度均为30。1.4 光叶性状与单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）标记和插入-缺失（insertion-deletion,In-Del）标记间的相关性分析首先，将低质量测序序列过滤掉，使来自同一个样品的清晰、高质量序列定位到甘蓝型油菜基因组序列上18，并与已有的甘蓝型油菜参考基因组进行比较，获得SNP标记和In-Del标记。其次，利用群体中被鉴定出的普遍存在的SNP标记和In-Del标记进行相关性分析。欧式距离（Euclidean distance,ED）、单核苷酸多态性指数（SNP-index）、单核苷酸多态性指数差（SNP-index）、插入-缺失标记指数（In-Del-index）和插入-缺失标记指数差（In-Del-index）按照前人的方法进行计算19-20。最后，计算SNP标记或In-Del标记与光叶性状间的相关性，寻找光叶突变体DNA混池与野生型DNA混池之间基因型频率的显著差异1。对于F2群体，（SNP-index）的上限期望值设定为 0.5。目标基因在基因组上的候选区域为ED与（SNP-index）或（In-Del-index）计算结果的交集部分，最终基因组上的候选基因区域为SNP标记和In-Del标记的再次交集部分19-20。2 结果与分析2.1 全基因组重测序通过全基因组重测序，获得的有效碱基数达10 661.75 Mb（表 1）。其中，来自光叶突变体DL22B077-1、野生型DL22B077-2、F2光叶突变体植株DNA混池、F2野生型植株DNA混池的有效碱基数为2 318.323 018.69 Mb。这些数据的Q30（碱基识别准确率在99.9%以上的碱基所占百分比）高，GC含量合理，作图率高，测序深度符合要求，对参考基因组的平均覆盖率为82.06%。因此，测序数据质量较高。2.2 SNP标记分析与参考基因组对比获得的4个群体的SNP标记结果如表2所示。在光叶突变体DL22B077-1全基因组重测序中获得2 983 074个SNP标记，在野生型DL22B077-2中获得2 985 409个SNP标记，它们的转换与颠换比均为 1.41，杂合率分别为 64.88%和64.94%。在F2光叶突变体植株DNA混池和野生型植株DNA混池中分别获得2 935 898个SNP标记和AB图 1光叶突变体DL22B077-1（A）和野生型DL22B077-2（B）的植株与叶片Fig.1Plants and leaves of glossy mutant DL22B077-1(A)and wild-type DL22B077-2(B)499第 49 卷浙 江 大 学 学 报（农业与生命科学版）2 955 442个SNP标记，它们的转换与颠换比也均为1.41，杂合率分别为64.38%和64.55%。光叶突变体DL22B077-1与F2光叶突变体植株DNA混池共享41 138个SNP标记，野生型DL22B077-2与F2野生型植株DNA混池共享44 193个SNP标记（图2）。2.3 In-Del标记分析In-Del 标记分析结果（表 3）与 SNP 标记分析结果相似。与参考基因组对比，在光叶突变体DL22B077-1全基因组重测序中获得29 077个In-Del标记，在野生型DL22B077-2中获得29 264个In-Del标记，野生型比光叶突变体多187个In-Del标记。在光叶突变体DL22B077-1中获得14 764个插入位点和14 313个缺失位点。在野生型DL22B077-2中获得14 839个插入位点和14 425个缺失位点。在光叶突变体和野生型中 In-Del 标记杂合率分别达到74.50%和74.68%，均高于两者中SNP标记的杂合率。在F2光叶突变体植株DNA混池和野生型植株表1 4个群体测序及作图结果Table 1 Sequenced reads and properly mapped results of four bulks群体Bulk光叶突变体DL22B077-1Glossy mutant DL22B077-1野生型DL22B077-2Wild-type DL22B077-2F2光叶突变体植株DNA混池Mixed DNA pool of glossy mutant plants from F2F2野生型植株DNA混池Mixed DNA pool of wild-type plants from F2总计 Total均值 Mean有效碱基数Clean basenumber/Mb3 018.692 967.942 318.322 356.8010 661.752 665.44Q30/%92.8492.9092.6293.6192.99测序深度Sequencedepth2727202224GC含量GC content/%37.4437.4537.5637.0537.38作图率Mappingratio/%97.6897.6897.7397.8497.73覆盖率Coverageratio/%82.1782.1581.9282.0082.06表2 与参考基因组对比获得的4个群体的SNP标记Table 2 Sequenced SNP markers in four bulks compared with the reference genome群体Bulk光叶突变体DL22B077-1Glossy mutant DL22B077-1野生型DL22B077-2Wild-type DL22B077-2F2光叶突变体植株DNA混池Mixed DNA pool of glossymutant plants in F2F2野生型植株DNA混池Mixed DNA pool of wild-typeplants in F2SNP标记数SNP markernumber2 983 0742 985 4092 935 8982 955 442转换数Transitionnumber1 746 0431 746 9541 717 4351 728 909颠换数Transversionnumber1 237 0311 238 4551 218 4631 226 533转换/颠换Ratio oftransition totransversion1.411.411.411.41杂合数Heterozygositynumber1 935 5381 938 8051 890 1341 907 801纯合数Homozygositynumber1 047 5361 046 6041 045 7641 047 641杂合率Heterozygosityratio/%64.8864.9464.3864.5547 63037 65749 81841 13873 5022 524 94374 03744 19352 48843 682101 76389 72341 42653 57050 011ADBCA.光叶突变体DL22B077-1；B.F2光叶突变体植株DNA混池；C.F2野生型植株DNA混池；D.野生型DL22B077-2。图3同。A.Glossy mutant DL22B077-1;B.Mixed DNA pool of glossy mutant plants from F2;C.Mixed DNA pool of wild-type plants from F2;D.Wild-type DL22B077-2.The same as Fig.3.图24个群体的SNP标记维恩图Fig.2Venn diagram of SNP markers for four bulks500第 4 期文雁成，等：基于全基因组重测序技术的甘蓝型油菜光叶突变体基因定位DNA混池中分别获得28 615个和28 667个In-Del标记，其杂合率分别达到74.36%和74.21%，也均高于两者F2群体中SNP标记的杂合率。光叶突变体DL22B077-1与F2光叶突变体植株DNA混池共享11 690个In-Del标记，野生型DL22B077-2与F2野生型植株DNA混池共享13 065个In-Del标记（图3）。对于 SNP 标记和 In-Del 标记，光叶突变体DL22B077-1和野生型DL22B077-2间的变异均大于F2光叶突变体植株DNA混池与野生型植株DNA混池间的变异。在光叶突变体DL22B077-1和野生型DL22B077-2间SNP标记变异数为450 947个，其中无义编码标记共计15 472个；在F2光叶突变体植株DNA混池与野生型植株DNA混池间SNP标记变异数为425 104个，其中无义编码标记共计13 998个，均少于在光叶突变体 DL22B077-1 和野生型DL22B077-2间的SNP标记变异数。此外，在光叶突变体DL22B077-1和野生型DL22B077-2间In-Del标记变异数为140 988个；在F2光叶突变体植株DNA混池与野生型植株DNA混池间In-Del标记变异数为136 077个。2.4 高质量SNP标记和In-Del标记的筛选为了获得高质量的 SNP 标记和 In-Del 标记，在数据分析前进行过滤，最终从 3 330 134 个 SNP标记和 1 032 322个In-Del标记中分别获得484个高质量SNP标记和345个高质量In-Del标记。2.5 基于ED和SNP指数的相关性分析利用高质量SNP标记计算不同DNA混池中的碱基测序深度及其在基因组上每个位点的ED，并以每个位点的ED平均数（2.68）作为阈值。根据这个阈值，本研究获得了11个与光叶突变基因相关的区域，总长度达到18.73 Mb，包括2 506个相关基因和244个无义编码基因。为了剔除假阳性位点，本研究利用获得的（SNP-index）和它们在基因组上的位置进行拟合20，并根据阈值筛选光叶突变性状的相关区域，然后通过ED和SNP指数相关性分析获得两者相关区域的交集部分。结果共计有7个相关区域，分别分布在A2、C1、C5、C8、C9染色体上，覆盖1 509个基因（表4）。2.6 基于ED和In-Del指数的相关性分析利用筛选得到的高质量In-Del标记，通过ED、In-Del指数与光叶性状间的相关性分析来确定相关区域。取ED、In-Del指数与光叶性状间相关区域的交集部分，结果共计有15个候选相关区域，分别分布于 11 条染色体（A2、A3、A5、A6、A7、C3、C4、C6、C7、C8、C9）上，涉及2 633个相关基因（表5）。16 43410 71317 83311 69021 651776 36021 68813 06519 61212 88131 42026 23511 89019 56614 995ADBC图34个群体的In-Del标记维恩图Fig.3Venn diagram of In-Del markers for four bulks表3 与参考基因组对比获得的4个群体的In-Del标记Table 3 Sequenced In-Del markers in four bulks compared with the reference genome群体Bulk光叶突变体DL22B077-1Glossy mutant DL22B077-1野生型DL22B077-2Wild-type DL22B077-2F2光叶突变体植株DNA混池Mixed DNA pool of glossy mutant plants from F2F2野生型植株DNA混池Mixed DNA pool of wild-type plants from F2插入数Insertionnumber14 76414 83914 51614 554缺失数Deletionnumber14 31314 42514 09914 113纯合数Homozygositynumber7 4167 4107 3367 393杂合数Heterozygositynumber21 66121 85421 27921 274总计Total29 07729 26428 61528 667杂合率Heterozygosityratio/%74.5074.6874.3674.21分别为插入数与缺失数之和、纯合数与杂合数之和。The sum of insertion number and deletion number,as well as the sum of homozygosity number and heterozygosity number,respectively.501第 49 卷浙 江 大 学 学 报（农业与生命科学版）最后，取SNP标记和In-Del标记相关性分析结果的交集部分，得到光叶突变性状的相关区域，即位于 C8 染色体的 8.6010.39 Mb 区域，总长度为1.79 Mb，包含130个候选基因。2.7 相关候选基因的注释利用BLAST软件，在非冗余蛋白序列数据库（Non-Redundant Protein Sequence Database,NR）、核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database,NT）、翻译的欧洲分子生物学实验室核酸序列数据库（Translation from European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database,trEMBL）、瑞士生物信息研究所蛋白质信息资源数据库（Annotated Protein Sequence Database from Swiss Institute of Bio-informatics,Swiss-Prot）、基因本体（gene ontology,GO）数据库、京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）、直 系 蛋 白 质 同 源 数 据 库（Clusters of Orthologous Groups of Proteins,COG）中，比对注释了130个候选基因中的119个基因，其中，15个为非同义基因，2个为移码基因（表6）。这些基因参与了细胞成分的构建，确保了分子功能和生物过程的顺利进行。在KEGG中，本研究注释到了4个参与细胞过程的基因、1个参与环境信息处理的基因、17个参与遗传信息处理的基因和52个参与各种代谢反应的基因（图4）。在KEGG中，与SNP标记相关的基因涉及-丙氨酸代谢、糖酵解/糖异生、半乳糖代谢等（表7）。3 讨论多数植物都有表皮蜡质，其作用是减少不利环境因素（如紫外线、空气污染、盐碱土壤、冻害、湿害和干旱等）的影响，其中蜡质含量和组成成分会影响植物抵御和适应逆境的能力21。在十字花科作物如甘蓝型和白菜型油菜中，前人报道了一些光叶突变体，揭示了它们在蜡质含量、组成成分上的变异，并研究了它们的遗传机制。TASSONE等22发现，在油菜种质资源材料中表皮蜡质含量及组成成分存表5 基于ED和In-Del指数相关性分析获得的交集区Table 5 Intersection regions obtained by correlation analysis of ED and In-Del-index染色体ChromosomeA2A2A3A5A6A7A7C3C4C4C6C7C7C8C9总计 Total起始位置Start position/Mb0.0020.8127.546.3311.064.799.4551.970.0035.7925.8621.7541.527.058.57终止位置End position/Mb1.7622.2729.537.0411.735.079.5752.642.1237.2629.0522.3042.6410.3911.64大小Size/Mb1.761.461.990.710.670.280.120.672.121.473.190.551.123.343.07基因数Genenumber3822641899247232552299150362571982002932 633表4 基于ED和SNP指数相关性分析获得的交集区Table 4 Intersection regions obtained by correlation analysis of Euclidean distance(ED)and SNP-index染色体ChromosomeA2C1C5C5C8C8C9总计 Total起始位置Start position/Mb6.100.005.168.4626.598.6019.32终止位置End position/Mb6.602.086.668.4929.3610.3923.31大小Size/Mb0.502.081.500.032.771.793.99基因数Genenumber7339718764311302851 509表6 相关区域中的光叶性状基因在7大主要数据库中的注释结果Table 6 Annotation results of glossy character genes in associated regions in seven main databases数据库DatabaseNRNTtrEMBLSwiss-ProtGOKEGGCOG总计 Total基因数Gene number11911911980957434119非同义基因数Nonsynonymousgene number1515157113315移码基因数Frameshiftgene number22211012502第 4 期文雁成，等：基于全基因组重测序技术的甘蓝型油菜光叶突变体基因定位在广泛变异。WANG等23-24报道了自交不亲和白菜型油菜光叶突变体 13S126 和紫菜薹光叶突变体Hongcaitai No.3的蜡质组成成分差异，即在白菜型油菜光叶突变体13S126的蜡质成分中缺少烷烃类、醇类、脂肪酸类、酮类和蜡酯，在紫菜薹光叶突变体Hongcaitai No.3的蜡质成分中缺乏初级醇；白菜型油菜光叶突变体13S126的光叶性状受1对隐性基因控制，紫菜薹光叶突变体Hongcaitai No.3的光叶性状被定位在A1染色体的M69和M87之间。张曦等25研究发现，大白菜光叶突变体的光叶性状受1对隐性基因控制，并用SSR标记将该基因定位到了A1染色体上。在甘蓝中，LIU等26-27发现了光叶突变体LD10和10Q-974，它们的光叶性状分别受1对隐性基因（BoGL4）和1对显性基因（BoGL1）控3 Endocytosis1 Phagosome Cellular process1 Plant hormone signal transductionEnvironmental information processing1RNA RNA degradation2DNA DNA replication2 Homologous recombination2 Mismatch repair2 Nucleotide excision repair1 Spliceosome2RNA RNA transport3 Ribosome2mRNA mRNA surveillance pathwayGenetic information processing1 Alanine,aspartate and glutamate metabolism2 Arginine and proline metabolism1 Arginine biosynthesis1 Cysteine and methionine metabolism2 Glycine,serine and threonine metabolism1 Histidine metabolism1 Lysine degradation1 Tryptophan metabolism1 Valine,leucine and isoleucine degradation1 Phenylpropanoid biosynthesis2 Amino sugar and nucleotide sugar metabolism1 Ascorbate and aldarate metabolism2 Galactose metabolism3 Glycolysis/gluconeogenesis2 Glyoxylate and dicarboxylate metabolism1Pentose and glucuronate interconversions2 Pentose phosphate pathway1 Propanoate metabolism2 Pyruvate metabolism3 Starch and sucrose metabolism1Carbon fixation in photosynthetic organisms1 Oxidative phosphorylation12 2oxocarboxylic acid metabolism2 Biosynthesis of amino acids2 Carbon metabolism1 Fatty acid metabolism1 Fatty acid biosynthesis1 Fatty acid degradation1 Glycerolipid metabolism1 Steroid biosynthesis1 One carbon pool by folate1Ubiquinone and other terpenoidquinone biosynthesis1 Cyanoamino acid metabolism1 Glutathione metabolism2 alanine metabolism18 Limonene and pinene degradation2 Purine metabolism Metabolism05101520Annotated gene proportion/%柱子上的数据为被注释到的基因数。Data on the column represent the number of annotated genes.图4KEGG中相关区域内基因代谢通路Fig.4KEGG metabolism pathways of genes in associated regions