《心血管疾病与肿瘤疾病中西医临床大数据分析与应用研究》-PPT文档.pptx

汇报提纲汇报提纲一、目标与任务一、目标与任务二、课题主要技术路线二、课题主要技术路线三、课题任务的支撑条件三、课题任务的支撑条件四、课题年度计划四、课题年度计划五、课题组织实施五、课题组织实施六、课题预算六、课题预算一、一、目标与任务目标与任务提高两类重大疾病的提高两类重大疾病的临床服务临床服务能力和水平能力和水平促进中医药促进中医药源于临床源于临床、回归临床回归临床的的循证医学研究循证医学研究提高中医药在人类健康保障的贡献度提高中医药在人类健康保障的贡献度心心血血管管及及肿肿瘤瘤疾疾病病是是危危害害人人类类健健康康的的主主要要疾疾病病，中中国国拥拥有有这这两两类类疾疾病病大大量量的的临临床床数数据据。利利用用大大数数据据处处理理、存存储储和和分分析析技技术术，探探索索符符合合中中国国实实际际的的临临床床诊诊疗疗模模式式与与规规律律，对两类重大疾病的防治有重大意义。对两类重大疾病的防治有重大意义。在我国，在我国，中医药中医药是贯穿心血管与肿瘤疾病诊治全过程是贯穿心血管与肿瘤疾病诊治全过程的的重要组成部分重要组成部分，对这两类疾病的诊治研究如果缺少了中，对这两类疾病的诊治研究如果缺少了中医药数据将是医药数据将是不完整的不完整的。课题课题意义意义中医药是治疗两类重大疾病重要组成部分中医药是治疗两类重大疾病重要组成部分课题课题意义意义l中医药参与度高，普遍为国民接受中医药参与度高，普遍为国民接受l强调个性化的辨证论治，难以获得可重复的疗效强调个性化的辨证论治，难以获得可重复的疗效评价规律评价规律l病历数据标准化与结构化程度较低病历数据标准化与结构化程度较低分析和研究分析和研究中西医中西医临床大数据的必要性临床大数据的必要性20142014年年3 3月上海市级医院心血管和肿瘤疾病的诊疗情况月上海市级医院心血管和肿瘤疾病的诊疗情况课题课题意义意义基于基于区域区域大数据分析和研究的必要性大数据分析和研究的必要性l现行就医模式下，两类疾病患者的就医随机分散在各大医院现行就医模式下，两类疾病患者的就医随机分散在各大医院l任何一家医院的信息都是局部或不完整的任何一家医院的信息都是局部或不完整的l只有区域性的数据中心才能提供完整的诊疗数据只有区域性的数据中心才能提供完整的诊疗数据完成上海市心血管和肿瘤疾病的发病及治疗总体情况研究完成上海市心血管和肿瘤疾病的发病及治疗总体情况研究完成中医药在心血管和肿瘤疾病治疗方面的疗效评价研究完成中医药在心血管和肿瘤疾病治疗方面的疗效评价研究建立心血管疾病和肿瘤疾病的中西医临床知识库及应用建立心血管疾病和肿瘤疾病的中西医临床知识库及应用研发上海市心血管疾病和肿瘤疾病中西医临床在线辅助决策研发上海市心血管疾病和肿瘤疾病中西医临床在线辅助决策支持系统支持系统课题课题目标目标心血管疾病心血管疾病肿瘤疾病肿瘤疾病建立上海中医建立上海中医临床数据中心临床数据中心临床大数据关临床大数据关键技术研究键技术研究搭建临床大数搭建临床大数据平台据平台研发上海市心血管及肿瘤疾病中西医临床在线研发上海市心血管及肿瘤疾病中西医临床在线辅助决策支持系统辅助决策支持系统大数据分析与大数据分析与应用研究应用研究心力衰竭心力衰竭大肠癌大肠癌课题任务课题任务中西医知识库中西医知识库及应用研究及应用研究课题的关联性分析课题的关联性分析 二、课题主要技术路线二、课题主要技术路线 l建立包含医联中心和四家中医院数据的中医临床数据中心。建立包含医联中心和四家中医院数据的中医临床数据中心。l利用大数据关键技术搭建大数据平台，为大数据分析与应用和利用大数据关键技术搭建大数据平台，为大数据分析与应用和知识库构建提供数据支撑。知识库构建提供数据支撑。l通过结构化知识库的构建，向医疗专业用户提供有价值的反馈通过结构化知识库的构建，向医疗专业用户提供有价值的反馈。总体框架图总体框架图疗效评价的复杂性问题疗效评价的复杂性问题中医药疗效的贡献问题中医药疗效的贡献问题诊疗方案的可推广诊疗方案的可推广性问题性问题管理决策缺乏数据支持管理决策缺乏数据支持全国临床大数据不多全国临床大数据不多上海已经形成了区域临上海已经形成了区域临床大数据，但是缺乏床大数据，但是缺乏病病历文本数据历文本数据清洗清洗病历数据结构化病历数据结构化程度低程度低大数据平台大数据平台大数据挖掘算法并行化大数据挖掘算法并行化语义化知识库语义化知识库政府政府数据数据整合整合数据数据分析分析数据数据处理处理临床临床决策决策临床临床研究研究技术方面应用方面项目难点项目难点临床大数据挖掘技术研究及算法并行化改造技术临床大数据挖掘技术研究及算法并行化改造技术 面向临床大数据，利用并行化改造后的分类、聚类、回归、关联等面向临床大数据，利用并行化改造后的分类、聚类、回归、关联等数据挖掘技术，将支持向量机模型、向量空间模型、数据挖掘技术，将支持向量机模型、向量空间模型、LogisticLogistic回归模型回归模型以及以及CoxCox比例风险等用于进行两类疾病的病例分类、疾病相似度匹配、疾比例风险等用于进行两类疾病的病例分类、疾病相似度匹配、疾病诊疗方案聚类、疾病转归影响因素分析。病诊疗方案聚类、疾病转归影响因素分析。面向中医诊疗效果评价的Cox比例风险模型面向疾病转归分析的多元Logistic回归方程模型基于粗糙集的疾病特征相似度匹配临床数据挖掘算法基于遗传算法的生命周期症状监测模型基于聚类分析的慢性病种诊疗方案慢性病跟踪预测模型常用的数据挖掘算法分类分析 聚类分析关键词搜索序列分析关联分析 预测分析偏差分析 遗传算法粗糙集方法1 1、临床大数据关键技术研究、临床大数据关键技术研究临床大数据临床大数据面向诊疗效果面向诊疗效果因果关系因果关系评价的评价的生存分析生存分析常用的生存分析方法生存率分布K-M估计方法生存表分析对数秩检验经验似然推断Buckley-James估计比例风险回归分析可加风险回归分析倾向性得分匹配因果推断K-M估计生存率分布对数秩检验对比研究风险回归模型影响因素研究 利用临床观测大数据，基于利用临床观测大数据，基于RCMRCM（罗宾因果模型），采用多元（罗宾因果模型），采用多元LogisticLogistic回归，构建影响因素的倾向性得分，以回归，构建影响因素的倾向性得分，以“控制控制”混杂变量，达混杂变量，达到满足非混杂假定，进行因果性推断；在此基础上，到满足非混杂假定，进行因果性推断；在此基础上，将生存分析统计方将生存分析统计方法应用于大数据临床数据，对比研究中、西医不同诊疗手段的诊疗效果；法应用于大数据临床数据，对比研究中、西医不同诊疗手段的诊疗效果；进而发展新的适用于大数据分析的新的统计方法。进而发展新的适用于大数据分析的新的统计方法。临床大数据挖掘技术研究及算法并行化改造技术临床大数据挖掘技术研究及算法并行化改造技术 词汇二义性词汇二义性临床文本分析技术临床文本分析技术 病历结构化的必要性病历结构化的必要性传统非结构化病历数据，只能通过文本匹配来进行查询无法理解相同文字但不同含义的词汇 关联查询关联查询无法精确切分查询词，理解查询意图 临床文本分析技术临床文本分析技术 基于实体链接算法的实体抽取基于实体链接算法的实体抽取临床文本分析技术临床文本分析技术 基于病历文本的病情正负面分析基于病历文本的病情正负面分析临床文本分析技术临床文本分析技术 病历结构化表示示意图病历结构化表示示意图【主诉主诉】两周内便血两周内便血2 2次次【现病史现病史】患者患者2 2周前无明显诱因下出现大便带鲜红色液体周前无明显诱因下出现大便带鲜红色液体2 2次，无肛门口异物感，肛门口无突出物，次，无肛门口异物感，肛门口无突出物，大便色黄，无粘胨脓液，无恶心呕吐，无胃寒发热，无尿频尿急尿痛血尿，无腹痛腹泻里急后重，至我大便色黄，无粘胨脓液，无恶心呕吐，无胃寒发热，无尿频尿急尿痛血尿，无腹痛腹泻里急后重，至我院门诊查肠镜示院门诊查肠镜示“距肛距肛9-12cm9-12cm见一浸润性肿块，累及近见一浸润性肿块，累及近2/32/3肠腔肠腔-直肠癌直肠癌”，今为进一步诊治，门诊拟，今为进一步诊治，门诊拟“直肠癌直肠癌”收入我科收入我科”3.3.矛以西力欣、圣诺安抗感染、巴曲亭、捷凝止血，耐信制酸，潘金南、卫美佳、培尔吉、乐凡命、血矛以西力欣、圣诺安抗感染、巴曲亭、捷凝止血，耐信制酸，潘金南、卫美佳、培尔吉、乐凡命、血必净、天晴宁、力能、氯化钾等营养支持，环磷酰苷营养细胞，开顺化痰，贝科能保肝，甲硫氨酸维必净、天晴宁、力能、氯化钾等营养支持，环磷酰苷营养细胞，开顺化痰，贝科能保肝，甲硫氨酸维B1B1保肝治疗，托烷司琼止吐治疗，丙帕他莫止痛。保肝治疗，托烷司琼止吐治疗，丙帕他莫止痛。临床文本分析技术临床文本分析技术 基于时间线索的临床路径分析基于时间线索的临床路径分析研究临床大数据整合、存储、处理与挖掘技术，搭建临床大数据平台研究临床大数据整合、存储、处理与挖掘技术，搭建临床大数据平台2 2、搭建临床大数据平台、搭建临床大数据平台利用利用Apache SqoopApache Sqoop实现医联中心关系型数据库和临床大数据平台之间的实现医联中心关系型数据库和临床大数据平台之间的数据整合数据整合利用列式存储技术实现数据格式的灵活扩充与调整，探索利用列式存储技术实现数据格式的灵活扩充与调整，探索分布式数据管理平台分布式数据管理平台的性的性能优化能优化构建构建基于内存的临床大数据高速计算与分析引擎基于内存的临床大数据高速计算与分析引擎，实现数据查询和算法性能等方面，实现数据查询和算法性能等方面优化优化在分布式引擎上，实现临床数据挖掘算法在分布式引擎上，实现临床数据挖掘算法 3 3、建立上海市中医临床数据中心、建立上海市中医临床数据中心在在医医联联中中心心数数据据基基础础上上，补补充充采采集集4 4家家三三级级中中医医医医院院中中医医诊诊疗疗信信息息，建建立立上上海海市市中中医医临临床床数数据据中中心心20132013年年全全市市4 4家家三三级级中中医医医医院院共共诊治诊治:门诊病人门诊病人903903万万人次人次住院病人住院病人1313万万人次人次建设整合中西医诊疗过程的建设整合中西医诊疗过程的临床数据中心：临床数据中心：-实现上海市中、西医数据中心的整合实现上海市中、西医数据中心的整合中心端中心端原原始始数数据据整整合合处处理理上传库数数据据传传输输交交换换处处理理暂存库整整合合入入库库处处理理诊疗业务库整合库原始数据抽取采集内部业务库医医院院前前置置端端医医院院内内部部备份库备份库分析库数据质量库诊疗映像库外网业务库临床数据中心数据处理流程临床数据中心数据处理流程3 3、建立上海市中医临床数据中心、建立上海市中医临床数据中心数据抽取采集数据抽取采集：将接口要求的业务数据从医院数据库迁移到前置机的整合库中将接口要求的业务数据从医院数据库迁移到前置机的整合库中，保证保证来自于同一个系统的业务明细子表数据能与业务主表关联。来自于同一个系统的业务明细子表数据能与业务主表关联。数据整合处理数据整合处理：初步整合初步整合“整合库整合库”中的数据，并写入上传库。中的数据，并写入上传库。传输交换处理传输交换处理：将前置端上传库中的数据完整地迁移到中心端暂存库。迁移完成后，将前置端上传库中的数据完整地迁移到中心端暂存库。迁移完成后，交换处理过程将清空前置端上传库中的数据，并将其转移到备份库。交换处理过程将清空前置端上传库中的数据，并将其转移到备份库。整合入库处理整合入库处理：校验并整合中心端暂存库中数据，主要处理内容：将所有数据导入业校验并整合中心端暂存库中数据，主要处理内容：将所有数据导入业务诊疗库，清空中心端暂存库，写入备份库。务诊疗库，清空中心端暂存库，写入备份库。4 4、心血管和肿瘤疾病中西医知识库及应用研究、心血管和肿瘤疾病中西医知识库及应用研究依托国家标准和行业规依托国家标准和行业规范，整合规范教材和经范，整合规范教材和经典案例典案例构建知识库构建知识库通过编辑界面允许通过编辑界面允许专家专家审核修改审核修改或扩充知识库或扩充知识库通过应用接口通过应用接口提供查询、提供查询、检索检索相关知识，辅助决相关知识，辅助决策支持等功能策支持等功能知识库知识库查询应用示意图查询应用示意图语义知识库技术架构语义知识库技术架构基础知识库基础知识库以医联网结构化数据、国家标准为基础，使用以医联网结构化数据、国家标准为基础，使用D2RD2R映射以及文本抽取等方式构建映射以及文本抽取等方式构建中西医基础知识库中西医基础知识库，利用众包编辑扩充知识库。，利用众包编辑扩充知识库。使用图数据库以更好地表达与扩充使用图数据库以更好地表达与扩充概念之间的关联概念之间的关联。利用本体推理引擎自动检测数据之间的利用本体推理引擎自动检测数据之间的不一致性不一致性。经过人工协作编辑、核对、审批，形成检验的经过人工协作编辑、核对、审批，形成检验的知识库。知识库。使用基于自然语言的语义检索，完成问答式查询。使用基于自然语言的语义检索，完成问答式查询。基于临床病例，通过信息抽取和语义标注技术生成基于临床病例，通过信息抽取和语义标注技术生成中西医病例库中西医病例库病例库将包含病例库将包含家族史、病史、入院原因、用药、手术情况家族史、病史、入院原因、用药、手术情况等，并记录病情与手术、等，并记录病情与手术、用药之间的关联。用药之间的关联。支持病例语义查询：如支持病例语义查询：如早期具有某种症状的病人，早期具有某种症状的病人，或是或是与特定病例最相似的病例与特定病例最相似的病例语义知识库技术架构语义知识库技术架构病例库病例库临床语义知识库检索临床语义知识库检索预期结果预期结果临床语义知识库的临床语义知识库的优势：优势：根据自然语言检索词，定位具体的属性和语义上的推理查询，返回精确的查询结果5 5、心血管和肿瘤疾病的大数据分析与应用研究、心血管和肿瘤疾病的大数据分析与应用研究上海市心血管和肿上海市心血管和肿瘤疾病的发病及治瘤疾病的发病及治疗总体情况研究疗总体情况研究体现中医药特色的体现中医药特色的心血管及肿瘤疾病心血管及肿瘤疾病的疗效评价研究的疗效评价研究心力衰竭及大肠癌心力衰竭及大肠癌病种的病例知识库病种的病例知识库建立及应用研究建立及应用研究 对大数据进行分析对大数据进行分析和应用研究，包括和应用研究，包括3 3个方面：个方面：l基于预后评估、治疗与安全性监测等，分析研究符合基于预后评估、治疗与安全性监测等，分析研究符合中国中国实际实际的诊疗方案。的诊疗方案。l基于基于终点事件终点事件，分析研究，分析研究不同诊治方案不同诊治方案及及中医药参与中医药参与的的 疗效评价。疗效评价。l基于流行病学、卫生经济学评估等，为管理决策提供基于流行病学、卫生经济学评估等，为管理决策提供大数大数据证据。据证据。5 5、心血管和肿瘤疾病的大数据分析与应用研究、心血管和肿瘤疾病的大数据分析与应用研究6 6、研发上海市心血管及肿瘤疾病中西医临床在线、研发上海市心血管及肿瘤疾病中西医临床在线辅助决策支持系统辅助决策支持系统通过临床决策支持引擎，通过临床决策支持引擎，帮助医护人员及时做出帮助医护人员及时做出临床决策。临床决策。推荐符合中医辨证论治推荐符合中医辨证论治规律的、遵循现代医学规律的、遵循现代医学诊治规范的诊疗方案。诊治规范的诊疗方案。覆盖覆盖3838家三级医院的家三级医院的1000010000余余台联网医生工台联网医生工作站。作站。研发中西医临床在线辅研发中西医临床在线辅助决策支持系统：助决策支持系统：-以心力衰竭和大肠癌为实例进行验证以心力衰竭和大肠癌为实例进行验证考核考核目标目标建成两类疾病的临床病例库，病例库包含医联以及四家中医院心血管与肿瘤方面的主要病例。建成两类疾病的中医临床知识库，兼容中医95与97两个标准，包含疾病、证候、诊治规则与处方等，数据表示支持OWL/RDF标准。开发5类重大疾病相关模型，包括风险调查与数据评估模型、治疗与用药安全性监测模型、预后评估模型、卫生经济学评估模型、中医“证-治-效”评价模型。建立肿瘤与心血管重大疾病大数据标准与质量体系。12345建立1000万级人群，150TB数据量的中西医临床数据中心。考核考核目标目标建成区域性中西医临床在线辅助决策支持系统。l申请国家发明专利和软件著作权10项。l发表论文30篇，其中SCI收录10篇。l培养2名学术带头人，形成1个临床大数据分析团队，包含博士5名，硕士15名以上。6897建立临床大数据处理平台1）完成医疗大数据处理及隐私保护脱敏共性技术支撑框架的研发；2）实现面向肿瘤及心血管疾病的多来源异构异质数据的接入、集成 整合及分布式存储；3）实现大数据统一元数据管理及基于Hadoop的SQL访问引擎。4）实现面向心血管及肿瘤中西医结合大数据挖掘专业算法构建及核心分析运行系统。10研究特色和创新研究特色和创新首次对两类重大疾病进行首次对两类重大疾病进行10001000万级万级病人临床数据的分析研究病人临床数据的分析研究首创从大数据角度研究中医药的首创从大数据角度研究中医药的“证证治治效效”评价体系评价体系首次建立首次建立区域性区域性的临床在线辅助决策支持系统的临床在线辅助决策支持系统首创首创面向临床面向临床的的中西医中西医大数据平台大数据平台采用基于临床数据的采用基于临床数据的知识库（半）自动生成技术知识库（半）自动生成技术和基于知识和基于知识库的库的语义标注技术语义标注技术三、课题任务的支撑条件三、课题任务的支撑条件 负责制定负责制定 WHO ICD-11传统医学国际疾病分类标准传统医学国际疾病分类标准 承担国家承担国家863863项目项目“综合性中医院信息系统研发与示范综合性中医院信息系统研发与示范”上海中医药大学附属曙光医院是国际标准化组织传统医学上海中医药大学附属曙光医院是国际标准化组织传统医学标准化技术委员会（标准化技术委员会（ISO TC249）秘书处的依托单位，在中医秘书处的依托单位，在中医药学的规范化、标准化方面发挥重要的作用药学的规范化、标准化方面发挥重要的作用中医信息规范化研究具备较强实力中医信息规范化研究具备较强实力病案分析视图病案分析视图病案检索视图病案检索视图 上上海海申申康康医医院院发发展展中中心心的的医医联联工工程程项项目目连连接接了了3838家家三三级级甲甲等等医医疗疗机机构构，已已经经建建立立39003900万万人人的的个个人人诊诊疗疗档档案案库库。内内容容包包括括患患者者基基本本信信息息、处处方方、检检验验检检查查报报告告、影影像像、病病案案首首页页、出出院院小小结结，其其中中检检查查可可调调阅阅的的诊诊疗疗记记录录达达到到了了2.52.5亿亿条条，处处方方明明细细2020亿亿条条，各各类类检检验验报报告告60006000万万份份、病病案案250250万万份份。是是国国内内规规模模最最大大的的区区域域医疗信息系统医疗信息系统医联数据中心具有坚实的数据基础医联数据中心具有坚实的数据基础项目团队主要研究项目团队主要研究大数据平台大数据平台、模型模型与与算法算法,搭建大数据挖搭建大数据挖掘环境，形成了较为成熟的平台、软件与大数据挖掘方法论。掘环境，形成了较为成熟的平台、软件与大数据挖掘方法论。成果已经在医联大数据平台进行了尝试，初步实现了医联大成果已经在医联大数据平台进行了尝试，初步实现了医联大数据的监控、处理和分析挖掘。数据的监控、处理和分析挖掘。在大数据挖掘分析技术上拥有坚实的基础在大数据挖掘分析技术上拥有坚实的基础大数据平台监控系统大数据平台监控系统高血压疾病关联分析高血压疾病关联分析将电子病历转换为一个图数据将电子病历转换为一个图数据郑XX:女,49岁,医保,上海曙光医院，床号：0903,门诊号：06289170,住院号：00367285,主任医生：梁延平,主治医生：沈秀英,住院医生：何嫣,入院诊断:,诊疗经过：患者入院后完善相关检查，予息隐米索扩宫颈，于2011.1.13在 宫腔镜检查+定位取环术。HSC下见：子宫内膜轻度肥厚增生，光泽正常。宫底部一环影，部分嵌顿于子宫内膜中。两侧输卵管开口正常。定位取出一园环，完整。手术顺利，术中出血少。术后抗炎治疗。,出院情况：少量阴道流血，无腹痛、腹胀。体温正常。,出院医嘱：1.门诊随访。转转转转换换换换中文开放链接知识库中文开放链接知识库对不同的中文数据源进行合并，组对不同的中文数据源进行合并，组成统一的知识库。共有成统一的知识库。共有621621万实例，万实例，7373万类别，上亿的事实。成果在万类别，上亿的事实。成果在ISWCISWC以及以及SCISCI期刊上发表。其中用期刊上发表。其中用到的文本结构化技术与本项目相关。到的文本结构化技术与本项目相关。知识库技术的工作基础知识库技术的工作基础 获得奖项：获得奖项：l20132013年年国家科技进步奖二等奖国家科技进步奖二等奖l20112011年年上海市科学技术奖一等奖上海市科学技术奖一等奖l20112011年中国医院协会科技创新奖年中国医院协会科技创新奖 一等奖一等奖l20102010年中国国际工业博览会银奖年中国国际工业博览会银奖(计算机类最高奖项计算机类最高奖项)l20082008年区域信息平台方案获得卫年区域信息平台方案获得卫生部评比生部评比 一等奖一等奖l20082008年上海市信息化优秀应用成年上海市信息化优秀应用成果奖果奖l20112011年获得科技部十一五支撑计年获得科技部十一五支撑计划优秀项目团队划优秀项目团队项目团队在临床大数据平台架构研究和应用中取得了丰硕的成果，项目团队在临床大数据平台架构研究和应用中取得了丰硕的成果，其中其中“医联工程医联工程区域医疗信息共享及协同服务系统研发与规区域医疗信息共享及协同服务系统研发与规模应用模应用”，获得，获得20132013年度国家科技进步奖二等奖年度国家科技进步奖二等奖。临床大数据平台架构研究有较强实力临床大数据平台架构研究有较强实力 上海中医药大学附属曙光医院上海中医药大学附属曙光医院 -科技部科技部和和上海市上海市（部市）（部市）共建研究型中医医院共建研究型中医医院国家教育部重点学科国家教育部重点学科3 3个个国家中医药管理局重点专科专病国家中医药管理局重点专科专病7 7个个国家中医药管理局中医药科研三级实验室国家中医药管理局中医药科研三级实验室5 5个个上海市中医药研究院研究所上海市中医药研究院研究所4 4个个目前承担国家目前承担国家863863计划计划1 1项项、国家科技重大专项、国家科技重大专项7 7项项项目承担单位项目承担单位l国有资产投资管理运营国有资产投资管理运营的责任主体和政府办医政府办医的责任主体l医联数据中心覆盖上海市38家三级医院、8个区、39003900万万就诊人群l涉及就诊记录2.52.5亿条亿条，形成国内最大的临床数据库l获得2013年度国家科技进步奖二等奖二等奖l“国家卫生信息共享技术及应用工程技术研究中心国家卫生信息共享技术及应用工程技术研究中心”依托单位 l国家发改委高新技术产业化示范工程企业示范工程企业 l国家863863计划计划成果产业化基地基地 l上海大数据大数据产业技术创新战略联盟理事长单位理事长单位l承建上海市健康信息网上海市健康信息网（市-区两级健康档案信息平台）、上海市上海市医联工程、上海市公共卫生信息系统、上海市医疗保险信息系统医联工程、上海市公共卫生信息系统、上海市医疗保险信息系统 l“985985优势学科创新平台优势学科创新平台”大学l国家“211211工程工程”重点建设大学l信息学院承担国家863863计划计划、国家“973973”项目项目多项l信息学院获国家科技进步二等奖二等奖2 2项项上海申康上海申康医院发展医院发展中心中心万达信息万达信息股份有限股份有限公司公司华东理工华东理工大学大学项目合作单位项目合作单位l国家首批建立的四所中医药高等院校之一，上海市高校中唯一一所医科类重点特色院校。l现有国家重点学科6个，数量居全国中医院校第二、上海地方高校之首。l在2012年的国家一级学科评估中，中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三。上海中医药上海中医药大学大学外部技术支撑条件外部技术支撑条件中医医院中医医院医疗质量医疗质量监测中心监测中心l全国中医医院医疗质量监测中心隶属于国家中医药管理局，委托上海中医药大学组建，依托曙光医院建设及管理。l中心拥有庞大的监测网络，拥有庞大的数据资源，也是国家中医药管理局中医医疗服务评估重点研究室的重要组成部分。l中心定时采集全国2000家二级以上中医医院病案信息，有效数据超过700万份。l作为依托单位的上海中医药大学附属曙光医院能利用中心的数据对本课题的数据源进行有效的分析。外部技术支撑条件外部技术支撑条件l上海市疾病预防控制中心是实施上海市政府卫生防病职能的专业机构。l作为上海市公共卫生信息化建设和管理的责任单位，牵头承担上海市健康信息网工程的疾控信息化项目，建立了基于电子健康档案的常住人口的疾病管理、死亡登记、流行病学管理等六个业务信息系统。l本课题可以利用上海疾控中心心血管、肿瘤、死因数据开展相关辅助研究。上海上海市市疾疾病预防控病预防控制中心制中心在医疗知识库构建和语义技术方面，和国外一流科研机构保持交流和合作关系：l斯坦福医学院的TaniaTudorache研究员负责扩展世界著名本体编辑器Protg来支持ICD11疾病术语库的构建。l欧洲科学院院士FrankVanHarmelen负责了欧盟第7框架重大项目LARKC以及后续的OpenPhacts项目，完成了开放链接生物科学数据（linkedlifescience）的发布以及用药安全管理和临床指南语义理解等。国外科国外科研机构研机构外部技术支撑条件外部技术支撑条件HL7 ChinaHL7 ChinalHL7 China中国委员会是HL7组织的国际会员之一，是唯一代表中国国家参与“HL7 International”活动的成员。l本次研究需要建立心血管疾病与肿瘤疾病大数据相关标准，不仅在国内，在国际上也没有系统的研究成果。万达信息和工程中心作为HL7 China理事单位和副主席，通过HL7 China开展相关国际合作研究。l中国卫生信息学会卫生信息标准专业委员会是跨部门、跨行业、开展卫生信息标准化相关活动的专业性、全国性学术团体，是中国卫生信息学会下属的二级学会，由从事卫生信息标准及其相关领域工作的单位和个人自愿结成。l本次研究需要建立心血管疾病与肿瘤疾病大数据相关标准。万达信息和工程中心作为中国卫生信息学会理事单位，将在专委会指导下，开展相关研究工作，并纳入卫生行业标准的规划和程序。中国卫生信息中国卫生信息学会卫生信息学会卫生信息标准专委会标准专委会四、课题年度计划（包括每四、课题年度计划（包括每年任务指标和进度安排）年任务指标和进度安排）20152015l建立中医临床数据中心l建立肿瘤与心血管重大疾病大数据标准与质量体系l面向病历文本的自然语言标签算法，以及基于标签的混合语义搜索算法初步完成l中医重大疾病知识库构建技术，完成基础知识库搭建l基于已经收集的电子病历数据，研究中医重大疾病知识发现技术，初步实现部分大数据挖掘并行算法l开展心血管疾病和肿瘤疾病这两种重大疾病的发病及治疗总体情况研究l开展中医在心血管疾病和肿瘤疾病这两种重大疾病的疗效分析研究1月月6月月l开展心血管和肿瘤疾病诊疗应用及临床研究需求调研，完成相应应用分析技术指标的制定；l中医临床数据调研和分析；l完成心血管和肿瘤疾病大数据采集的技术研究；l相应疾病数据采集标准化定义与数据接口规范制定；l建立相应大数据存储架构模型，实现支持大数据快速访问、索引查询等功能。7月月12月月需求调研、临床分析、技术攻关、架构设计阶段：需求调研、临床分析、技术攻关、架构设计阶段：年度任务指标：建立临床数据中心，两类疾病的中医临床知识库，重大疾病大数据标年度任务指标：建立临床数据中心，两类疾病的中医临床知识库，重大疾病大数据标准与质量体系，申报软件著作权准与质量体系，申报软件著作权2项，论文项，论文6篇篇20162016l搭建心血管和肿瘤疾病大数据平台；l形成病历结构化软件包，提供可配置的人机界面；l形成医疗大数据挖掘软件算法包；l从应用的角度挖掘中西医最优治疗路径，研发中西医临床数据分析系统，形成诊疗知识库；l搭建数据查询和可视化系统，针对中西医临床数据，形成相应挖掘结果的展示平台。1月月6月月l基于标签算法，进一步形成病历结构化算法与结构化语义搜索算法；l大数据挖掘并行算法在Hadoop/Spark平台上测试与优化；l建立心血管和肿瘤疾病相关病例知识库；l研究临床诊疗辅助决策系统的建模方法，搭建相应模型库；7月月12月月临床分析、系统研发、系统集成阶段：临床分析、系统研发、系统集成阶段：年度任务指标：完成两类疾病的临床病例库，开发重大疾病相关模型，建立临床大数年度任务指标：完成两类疾病的临床病例库，开发重大疾病相关模型，建立临床大数据处理平台，申报软件著作权据处理平台，申报软件著作权3项，论文项，论文10篇篇20172017l汇总各子课题组的数据，包括知识及模型等；l组织申报申请专利和科技进步奖励；l将数据、模型及算法汇总，形成科技论文，完成结题报告。1月月6月月l完整建立在线临床诊疗辅助决策系统；l基于大数据平台和相应软件系统，开展心血管和肿瘤疾病的辅助诊疗等应用示范。7月月12月月应用示范和课题总结阶段应用示范和课题总结阶段：年度任务指标：建立在线辅助决策支持系统年度任务指标：建立在线辅助决策支持系统，申报国家发明专利申报国家发明专利2项，项，软件著作权软件著作权5项，论文项，论文14篇篇应用系统集成成果总结五五、课题组织实施方式、参、课题组织实施方式、参与单位任务分工情况与单位任务分工情况 研究团队以中青年优秀人才为骨干，在医学临床和基础研究、研究团队以中青年优秀人才为骨干，在医学临床和基础研究、医院信息化、医院信息化、大数据平台建设等方面进行了多年的研究和探索，具备了比较丰富的经验和工作大数据平台建设等方面进行了多年的研究和探索，具备了比较丰富的经验和工作积淀积淀研发队研发队伍建设伍建设中医中医药学药学心血管心血管专科专科肿瘤肿瘤专科专科医疗医疗信息化信息化大数据大数据系统研发系统研发数理数理统计统计自然语自然语言处理言处理数据数据挖掘挖掘研究团队研究团队l中国医院中国医院协协会分会会分会常委常委l上海市中西医上海市中西医结结合外科合外科专业专业委委员员会会副主任委副主任委员员l上海市上海市卫卫生后勤管理生后勤管理协协会会常常务务理事理事高炬高炬 主任医师主任医师资深中西医结合专家，长期致力于外科疾病资深中西医结合专家，长期致力于外科疾病的中医和中西医结合治疗与研究，参与研发的中医和中西医结合治疗与研究，参与研发多项中药新药，多项中药新药，2008年起领导医院信息化工年起领导医院信息化工作，在中医信息化研究和体系建设方面具有作，在中医信息化研究和体系建设方面具有较丰富的经验。较丰富的经验。课题负责人课题负责人目前承担医院信息化相关项目：目前承担医院信息化相关项目：国家国家863项项目目“综综合性中医院信息系合性中医院信息系统统研研发发与示范与示范”第二第二负责负责人人上海市上海市经经信委信委“多媒体医患交流平台建多媒体医患交流平台建设设”第一第一负责负责人人自然语言处理自然语言处理副所长副所长女女阮彤系统架构设计系统架构设计执行副主任执行副主任男男冯东雷医疗信息化医疗信息化医疗事业部主任医疗事业部主任女女赵蓉医疗信息化医疗信息化主任主任男男刘珉姓名姓名姓名姓名性别性别性别性别职务职务职务职务专业专业专业专业工作单位工作单位工作单位工作单位肿瘤肿瘤主任医师主任医师男男李琦心血管心血管主任医师主任医师男男王肖龙大数据平台研发大数据平台研发产品经理产品经理男男张鑫金数据挖掘数据挖掘实验室副主任实验室副主任男男王昊奋华东理工大学华东理工大学上海卫生信息工程技术研上海卫生信息工程技术研究中心究中心上海申康医院发展中心上海申康医院发展中心曙光医院曙光医院曙光医院曙光医院曙光医院曙光医院万达信息股份有限公司万达信息股份有限公司华东理工大学华东理工大学课题研究骨干课题研究骨干课题课题任务分工任务分工曙光曙光医院医院华东理华东理工大学工大学万达信息股万达信息股份有限公司份有限公司上海申康医上海申康医院发展中心院发展中心l全面负责该课题总体设计方案、实施计划、协调及在本院的示范应用；负责心血管及肿瘤疾病的疗效分析，挖掘疾病风险因素和中西医最优治疗路径，编辑和验证中西医临床知识库内容。l负责上海中医三级医院统筹协调，上海市中西医临床数据中心建设，中医三级医院电子病历数据交换接口改造和临床辅助决策分析系统应用示范。l负责搭建中西医临床大数据平台，研究部分挖掘算法和研发中西医临床数据可视化系统。l负责中西医临床知识库、大数据挖掘算法、病历文本分析及结构化等关键技术研究。上海卫生信上海卫生信息工程技术息工程技术研究中心研究中心l负责研究心血管疾病与肿瘤重大疾病大数据标准与质量体系，中西医临床诊疗辅助决策系统开发。六六、课题预算、课题预算 承担单位任务预算情况表承担单位任务预算情况表本课题共申请专项经费1000万元，各承担单位任务所需专项经费明细如下表所示：任务名称承担单位专项经费（万元）任务1心血管疾病及肿瘤疾病大数据分析与应用研究曙光医院200任务2建立上海市中医临床数据中心及应用示范申康医院发展中心200任务3 搭建临床大数据平台万达信息股份有限公司200任务4建立上海市心血管疾病和肿瘤疾病中西医临床在线辅助决策支持系统上海卫生信息工程中心100任务5 临床大数据关键技术研究华东理工大学300任务6建立心血管疾病和肿瘤疾病的临床知识库华东理工大学各科目预算明细表各科目预算明细表金额单位：万元 预算科目名称合计专项经费自筹经费一、经费支出1000.0 1000.0 0.0（一）直接费用867.0 867.0 0.0 1、设备费230.9 230.9 0.0（1）购置设备费60.0 60.0 0.0（3）设备改造与租赁费170.9 170.9 0.0 2、材料费13.0 13.0 0.0 3、测试化验加工费72.0 72.0 0.0 5、差旅费68.7 68.7 0.0 6、会议费 50.1 50.1 0.0 7、国际合作与交流费52.1 52.1 0.0 8、出版/文献/信息传播/知识产权事务费119.1 119.1 0.0 9、劳务费218.0 218.0 0.0 10、专家咨询费43.1 43.1 0.0（二）间接费用133.0 133.0 0.0 其中：绩效支出36.0 36.0 0.0 二、经费来源1000.01000.00.01、申请从专项经费获得的资助1000.01000.0/2、自筹经费来源0.0/0.0心血管疾病与肿瘤疾病大数据处理分析及应用研究具心血管疾病与肿瘤疾病大数据处理分析及应用研究具有重要的意义。我们的团队拥有海量、多源的大数据基础，有重要的意义。我们的团队拥有海量、多源的大数据基础，充分的技术积累和多学科优势互补的合作经验。充分的技术积累和多学科优势互补的合作经验。我们有信心有能力完成心血管疾病与肿瘤疾病大数我们有信心有能力完成心血管疾病与肿瘤疾病大数据处理分析及应用研究！据处理分析及应用研究！结结 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