微生物分类鉴定方法.pptx

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,2015/11/5,#,微生物分类鉴定方法,微生物分类鉴定方法,从不同层次（细胞的、分子的），用不同学科（化学、物理学、遗传学、免疫学、分子生物等）的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征的资料。,在微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料，都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。,微生物分类鉴定方法,微生物的纯化,鉴定指标的测取,权威菌种鉴定手册的查找,鉴定指标的测取,经典分类鉴定法,现代分类鉴定法,流程,经典微生物鉴定方法,微生物分类学发展早期，主要的分类、鉴定指标尚局限于利用常规方法鉴定微生物的形态、构造和习性等表型特征水平上，即经典分类鉴定方法。,定义,经典微生物鉴定方法,鉴定指标,微生物分类鉴定中的现代方法,核酸分析鉴定微生物的遗传型,细胞化学成分用作鉴定指标（略）,数值分类法（略）,核酸分析鉴定微生物的遗传型,DNA,是除少数,RNA,病毒以外的一切微生物的,遗传信息载体,。每一种微,生物均有其自己特有的、稳定的,DNA,即基因组的成分和结构，,不同种,微生物间基因组序列的差异程度代表着它们之间亲缘关系的远近、疏密。,因此可以用基因组的一些指标作为鉴定微生物类别的依据。,微生物分类鉴定中的现代方法,DNA,碱基比例测定,核酸分子杂交法,rRNA,寡聚核苷酸编目,DNA,碱基比例,DNA,碱基比例,每个生物种都有特定的,GC%,范围，因此 可以作为分类鉴定的指标。细菌的,GC%,范围为,25-75%,，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。,DNA,碱基比例,GC%,测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性,，从,分子水平上判断物种的亲缘关系。,但具有相似,G+C,含量的生物并不一定,表明它们,之间具有近的亲缘关系。,核酸分子杂交,按碱基互补配对的原理，用人工方法对两条不同,来源,的,单链核酸进行复性，以构建新,的杂合,双链核酸的,技,术,，成为核酸杂交。包括,DNA-RNA,、,DNA-rRNA,、,rRNA-rRNA,分子间的杂交。,定义,核酸分子杂交,根据双链,DNA,（,dsDNA,）分子解链的可逆性和碱基,配,对,的转移性，将不同来源的待测,DNA,在体外分别,加热,使其,解链成单链,DNA,（,ssDNA,）,然后在合适条件下,再,混合,，使其复性并形成杂合的,dsDNA,，最后再测定,其,间的杂交,百分率。,核酸分子杂交,rRNA,寡核苷酸数目,20,世纪,70,年代末由于美国伊利诺斯大学的,C.R.Woese,等,人对大量微生物和其他生物,进行,16s,和,18srRNA,的,寡,核苷酸,测序，并比较其同源性水平后，提出了一个,与,以往,各种界级分类不同的新系统,，称为,三域学说,，,域,是一个比界更高的界级分类单元，过去曾称原界,。,三,个域指的是细菌,域,(,以前称,真细菌域,),、古生菌,域,(,以前称古细菌域,),和真核生物域。,rRNA,寡核苷酸数目,一种通过分析原核或真核细胞种最稳定的,rRNA,寡,核苷酸,序列同源性程度，以确定不同生物,之间的,亲缘关系,和进化谱系的方法。,定义,rRNA,寡核苷酸数目,它们普遍存在于一切细胞内，不论是原核生物和真核生物，因此可比较他们在进化中的相互关系,他们的生理功能既重要又恒定,在细胞中的含量较高 轻易提取,编码,rRNA,的基因十分稳定,rRNA,的某些核苷酸序列非常保守,相对分子质量适中,优势,rRNA,寡核苷酸数目,细菌,16S rRNA,基因约含有,1540,个核苷酸，分可变区和保守区，不同微生物可变区核苷酸序列不同，从而可以利用这些特异性序列进行微生物的鉴定；,rRNA,寡核苷酸数目,rRNA,寡核苷酸数目,采用,RNase T1,酶可以将,16S rRNA,酶解,在,G,位点上切割，得到,6,20,个碱基大小的序列,对这些,6,20,碱基片段进行分离、测序,比较不同微生物之间,S,AB,（,Dice,型相关系数）的相似性,。,测定方法,：,rRNA,寡核苷酸数目,SAB=2N,AB,/,（,N,A,+N,B,）,N,AB,代表两菌所含相同寡核苷酸的碱基总数，,N,A,和,N,B,分别代表两菌寡核苷酸所含碱基总数,S,AB,等于,1,，说明所比较的两菌株,rRNA,序列相同，是同一进化时间的微生物，若,SAB,值小于,0.1,，两菌亲缘关系很远,测定方法,：,