生物物理课9-2.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,膜蛋白的结构研究,蛋白的膜拓扑学研究,蛋白质的晶体学研究:3,D;2D,蛋白质的单颗粒研究:,EM,;,AFM,蛋白质结构的波谱技术,生物电子显微学,电子显微学研究生物大分子结构的主要方法,二维晶体,纤维或管状晶体,单颗粒生物大分子及复合体、病毒等,电子晶体学,单颗粒技术,亚细胞水平,电子断层成像术,生物大分子,生物大分子复合体,超分子复合体，细胞器，亚细胞结构,研究尺度,研究对象,研究方法,（周期排列）,（全同粒子）,（单一结构）,三维重构梗概,中心截面定理与三维重构示意图。(,A)：,在,X,射线晶体学中通过对整个三维晶体的,X,射线衍射直接获得,Fourier,倒易空间的衍射信息，其与时空间的三维晶体是对应关系。(,B)：,在电子晶体学中，通过不同方向的投影及数字,Fourier,变换，获得的是其,Fourier,倒易空间不同中心截面的衍射信息，将所有不同方向投影的中心截面整合到一起，可以获得物体在整个三维,Fourier,倒易空间的衍射信息，通过逆变换同样可以获得该物体在实空间的图象。,三维重构的基本原理(中心截面定理),将电子显微图像(实空间)进行傅里叶变换(倒易空间)，一张显微图像的傅里叶变换相应于成像物体在三维傅里叶变换(倒易空间)的一个通过中心的截面。通过改变生物样品在电镜下的倾斜角度，就可以得到相当于傅里叶变换(倒易空间)的其它通过中心的截面。收集在不同倾斜角度下样品的显微图像，经过傅里叶变换就可以获得一套完整的三维倒易空间数据。对样品的三维倒易空间数据进行傅里叶逆变换运算就可以获得该样品在实空间的三维结构图像。,电子晶体学（,Electron Crystallography,）,蛋白二维晶体样品,电子显微照片,倒易空间衍射谱,倒易空间信号信息,实空间蛋白质结构信息,电子显微镜,Fourier,变换,清除噪音,反,Fourier,变换,电子晶体学的优势：,1.,可以直接得到膜蛋白的结构信息以及与膜相关蛋白在膜上的结构信息。,2.,可以获得高分辨率的结构，尤其适用于难于三维结晶的膜蛋白。,Bacteriohodopsin,Henderson et al.,1990;,Plant light-harvesting complex,Kuhlbrandt,Wang,1994;,Aquaporin,Murata et al.,2000,.,近年来迅速发展起来的单颗粒方法（,Single Particle Technique）,是,生物电子显微学的新方法,它,克服了晶体学的限制。,顾名思义，单颗粒方法是对分离的，非有序排列的，但是相同的颗粒进行结构解析。其所采用的基本原理是通过对相同的生物大分子某方向的投影显微像在实空间中经过调整后进行叠加平均，从而提高信噪比，使粒子中共同部分的结构信息得到加强，最后对各种不同投影方向的单颗粒显微像在三维空间中进行重构，从而获得单颗粒大分子的三维结构信息。,由于,它处理的是同一大分子随机散布的电镜照片，所以没有形成晶体的要求。另外，单颗粒方法处理的生物大分子没有质量上限，而且分子越大，结果越好。,单颗粒技术（,Single Particle Technique,）,锥形采集法模型示意,单颗粒技术（,Single Particle Technique,）,单颗粒技术（,Single Particle Technique,）,蛋白质颗粒,电子显微照片,单颗粒图像,调整后的颗粒图像,实空间蛋白质结构信息,电子显微镜,Particle picking,Alignment,Classification&Average,单颗粒技术的优势：,1,.不需要二维晶体；,2,.适于解决生物大分子复合体系的结构,应用举例：,用单颗粒技术研究,核糖体(,ribosome),的结构及其功能机制。,电子断层成像术（,Electron,Tomography,),细胞样品,一系列各角度的投影像,实空间的结构,建立模型,电镜观测,Backprojection,Segmentation&model,样品制备（固定，染色,),电子断层成像术（,Electron,Tomography,),The three-dimensional reconstruction of an object from a serious of projections,Electron,Tomography,的,优势：,1.,适于解决不具备周期性或全同性的生物大分子复合体系的结构；,2.,适于揭示亚细胞层次的复杂结构。,Docking Technique,高分辨率结构,（来于,X,射线晶体学或,NMR）,低分辨率结构,（来于电子显微术,）,Docking,(manual docking or computational docking）,复合体的高分辨结构,maximize the correlation coefficient,Docking,优化,采取一系列的判断标准保证,docking,的准确性,Docking Technique,：,把,X,射线晶体学的,原子分辨率结构,与电子显微术的,分子分辨率结构,结合起来构筑细胞基本结构体系！,The era of docking is coming!,膜蛋白的结构研究,蛋白的膜拓扑学研究,蛋白质的晶体学研究:3,D;2D,蛋白质的单颗粒研究,:,EM;,AFM,蛋白质结构的波谱技术,生物大分子的单颗粒观测,生物大分子单颗粒的原子力显微镜(,AFM),研究,原子力显微镜（,Atomic Force Microscopy,AFM）,已经成为一种对细胞及生物大分子形态结构进行观测的有力工具。其主要原因有两个，1.原子力显微镜作为扫描探针显微镜的一种，构建了一种在中等量级（亚微米）上对于生物系统的一般形态结构进行研究的工具；2.利用,AFM，,可以使得细胞及生物大分子在生理溶液的条件下成象。,因此，,AFM,对于生物系统的成象分析比光学显微镜具有更高的分辨率(大约可以达到1,nm)，,比电子显微镜观测所需要的样品处理更接近于生理条件，并且比光谱学技术（通常需要从大量光谱信号中间接推导出结构信息）更直观。而相对于晶体学方法来说，,AFM,分析不需要依靠于晶体样品，这非常有利于研究天然状态下的生物样品。,AFM,实验装置(,a),带有尖端的悬臂在样品表面正上方进行扫描，通过包括激光二级管和光电二极管的光学系统记录其反射。(,b)AFM,尖端与柔软表面(例如生物膜)间相互作用的放大图。,与双分子脂膜结合的毒素的,AFM,观测。霍乱毒素,B,亚基(,B,5,),与,DAPC-25/GM1(4:1),组成的双分子脂膜的结合。低分辨的,AFM,观测(,a),和高分辨下呈现的结构(,b),。,AFM,作为测量表面力的装置,近来一些研究小组的研究证明了,AFM,可以测量单个受体配体对的黏着（非价键）力。人们已经清楚地认识到了这种应用的潜力。,在这些实验中往往使用一种简单的、或者经过修饰的,AFM,探针，使其从远处与底物相接触，既而又迅速离开。分别记录下接近与撤退过程中的力距离曲线。如果在此过程中形成了特异性的结合，那么撤退曲线将落后于接近曲线（滞后现象），同时还可以看到一些跳跃的、不连续的点。,亲和素化的,AFM,尖端悬臂的表面以及生物素化的琼脂珠表面的示意图(,A)，,注意琼脂珠表面的生物素有些已被亲和素占据。(,B),为,AFM,悬臂在琼脂珠表面的扫描电镜照片。(引自,E.-L.Florin et al.,Science 264:415-417,1994),膜蛋白的结构研究,蛋白的膜拓扑学研究,蛋白质的晶体学研究:3,D;2D,蛋白质的单颗粒研究:,EM;AFM,蛋白质结构的波谱技术,分子各种能级示意图。基态用,G,表示，第一电子激发态用,S*,表示(单线激发态，,singlet,excited state)，,第二电子激发态用,S*,表示。,T*,表示第一电子三重激发态(三重态，,triplet state)。,基态和激发态都含有几个不同的振动能级，图中用,V=0,1,2,3,表示。,荧光技术,当光子打到分子上时，大约在10,-15,秒内被吸收，同时电子就跃迁到比较高的电子激发态,S*,或,S*,等。这种跃迁的能量相应于分子的紫外-可见吸收光谱。,跃迁之后，能量较大的激发态分子通过内转换方式(无辐射跃迁)把部分能量转移给周围的分子(如溶剂分子)，自己回到最低电子激发态的最低振动能级。处于最低电子激发态的最低振动能级的分子的平均寿命大约为10-8秒左右。,如果这时分子不通过内转换的方式来消耗能量而是通过光辐射的方式释放能量，那么分子从激发态回到基态的各个不同振动能级时的光辐射就是荧光。,关于“磷光”,光辐射除了荧光外还有一种磷光。磷光现象涉及分子能量状态从电子激发态,S*,至,T*,之间的转换。这里,T*,是第一电子三重激发态。当电子处于激发态时，如果其自旋方向发生改变，这种电子激发态为三重电子激发态(,triplet state，T)。,电子从基态直接跃迁至三重激发态是不允许的(禁戒跃迁)，即电子不能从基态发生自旋方向的改变而直接跃至三重激发态。但电子处于激发态,S*,之后，处于激发态的电子可能发生自旋方向的变化，即通过无辐射跃迁的方式降至一个中间的亚稳态能级三重态。电子从第一激发态向三重态的过渡过程叫做系间交叉（,intersystem crossing）。,此后电子从三重态再放出光子回到基态各振动能级时，就发出磷光。,磷光的寿命可为10,-4,1秒，所以，除去激发光源后，荧光立即熄灭(其寿命约为10,-8,秒)，但磷光还可以持续一段时间。,荧光光谱的一些特征,任一物质的荧光光谱及其峰位的波长总是比它的吸收光谱及峰位波长要长。这个现象叫做光谱红移或,Stokes,位移。这是因为荧光总是发自于最低激发态的最低振动能级。而激发往往使分子处于较高的激发态或较高的振动能级，它们需要通过内转换释放多余的能量，回到最低激发态能级才能发射荧光，因此，荧光的能量总是比吸收的能量低。,如果我们通过其吸收光谱和荧光光谱的交叉点画一条垂直,X,轴的直线，可以看到这两个光谱是镜像对称的。,荧光的第三个特征是任何物质荧光光谱的峰位与激发光波长无关，但是荧光强度是与激发光波长有关的。,叶绿素,a,与叶绿素,b,的吸收光谱和荧光光谱,荧光共振能量转移(,FRET),的原理,共振能量转移是激发态向基态越迁时的另一种能量释放方式。这个过程就是供体分子将能量转移给与其相互作用的受体分子，从而供体分子回到基态，而接受能量的受体分子被激发的过程。,表现为当用供体的特征激发波长激发时，样品发射的荧光是受体的特征荧光。,在此过程当中，两个分子很接近但并不产生碰撞，因此有别于因碰撞而产生的能量转移。另外共振能量转移过程也并不是因为供体分子发光导致受体分子的重吸收，而仅仅是由于两个振动子的振动频率相同而发生的共振能量转移，就象一个振动的音叉能引起附近具有相同频率的另一音叉振动一样。,共振能量转移的发生需要满足以下三个条件,一是能量供体与能量受体分子间的距离要在510,nm,之间；,二是能量供体必须能够发荧光；,三是供体的荧光必须与受体的吸收光谱有重叠，重叠越大转移效率越高。,两个荧光基团之间发生共振能量转移时荧光光谱示意图。图中实线表示吸收光谱(或激发光谱)，虚线表示发射光谱。,1为荧光团,I,的激发谱，,2为荧光团,I,的发射谱，,3为荧光团,II,的激发谱，,4为荧光团,II,的发射谱。,A，,样品为荧光团,I；B，,样品为荧光团,II；C，,样品为荧光团,I,与荧光团,II,混合。,F,rster,于1959年得到共振能量转移的表达式,:,F,rster,公式的一个重要特征就是分子间距与能量转移效率的6次方相关。这也意味着能量转移效率随分子间距的增加而迅速下降。,其中，,E,为能量转移效率(,E=1-,T,/,0,T,和,0,分别表示存在和不存在共振能量转移时供体的量子产率,)；,R,0,为,分子间临界距离,定义为能量转移效率为50%时的供体和受体间的距离；,r,为两个生色团间距离.,Stryer,于1967年把这种通过荧光共振能量转移进行分子内或分子间测距的方法称为“光谱尺”技术。,L.,Stryer,R.P.,Hauhland,Proc.Natl.Acad.,Sci,.,58(1967)719,Stryer,在已知长度的多聚-,L-,脯氨酸(,n=1,到12)的羧基端上加一个,-萘酚作为给体，在氨基端上加一个,dansyl,作为受体。用,-萘酚的吸收波长激发，发现,dansyl,的荧光是脯氨酸残基数目的函数。计算转移效率与多聚-,L-,脯氨酸的链长度的函数关系，发现它服从1/,R6,的规律,荧光共振能量转移研究细胞内蛋白-蛋白相互作用,根据荧光转移效率和分子间临界距离,R,0,可以计算得到距离值。因此荧光共振能量转移常被用于测定分子间或分子内两个荧光位点之间的距离。,但从上世纪九十年代开始，随着结构生物学的发展，使用,X,射线晶体学、电子晶体学或,NMR,得到生物大分子高分辨结构正在变得越来越容易，而使用光谱学方法由于只能得到粗略的结构信息其意义正在逐渐消退。,不过最近新技术的发展使荧光能量转移方法再次吸引了众多研究者的注意，这种技术即在体系中引入绿色荧光蛋白（,GFP），,使我们有可能通过荧光变化对活细胞内蛋白蛋白之间的相互作用以及蛋白的构象变化进行实时监测。,GFP,是一类生物体内的荧光蛋白，它的一系列特点使其极其适合用于活体成像观察。,首先，,GFP,能在许多细胞内表达，且一旦表达即能自发发射荧光而不需要其它辅助因子的加入；,其次，通过基因工程可将,GFP,序列加到所要研究蛋白序列之后，表达形成融合蛋白，实验证明这一般不影响原有蛋白的生理功能；,第三，通过加入合适的信号肽，可将融合蛋白定位到特殊的细胞器内，如细胞核、内质网等；,最后一点是，,目前已经发现了许多,GFP,蛋白的变种，这些变种可以发射不同波长的荧光（事实上很多变种都不是发射绿色荧光，我们仍然称它们为绿色荧光蛋白家族），这使我们能够很方便地选取荧光供体和受体,。,利用荧光共振能量转移测定分子内位点间距离变化。距离变化可导致共振能量转移现象的增强或减弱。,CFP,和,YFP,分别是,GFP,突变体，二者构成给体,-,受体对,。,利用共振能量转移测定生物大分子的结合,荧光淬灭,通常荧光物质的量子产率会由于溶液中的各种竞争过程而减少，人们把这一现象称作荧光淬灭。荧光淬灭有以下几种：,1,浓度淬灭,：在浓度很小时，,e,-,cl,1-e,-,cl,，,荧光强度与荧光物质的浓度成正比。实际上，荧光强度与浓度的依赖关系在浓度增大时荧光强度会出现下降，即产生了浓度淬灭。产生浓度淬灭的主要原因是由于发射荧光的分子在样品池中的不均匀分布导致样品分子光子吸收的不均匀所造成的。,2,温度淬灭,：当溶液的温度升高时溶质环境的粘度下降，溶剂与溶质分子的动能增大，运动速度加快导致荧光量子产率减少，即产生了温度淬灭。,3,杂质淬灭,：由于荧光分子与其他分子相互作用而使荧光量子产率减少的现象称为杂质淬灭。产生杂质淬灭的机制有多种，比如与荧光分子三重态相关的机制，与荧光化合物分子结合产生新的化合物而影响荧光量子产率的机制等等。,杂质淬灭现象常被用于进行生物大分子结构及蛋白分子与磷脂膜相互作用的研究,荧光淬灭法测量蛋白质的插膜深度,生物膜上经常嵌有蛋白质等其它大分子，蛋白在膜内插入深度的是问题对于我们理解这些分子的功能机理是很重要的。,利用荧光淬灭的原理,可以,测量蛋白质（或其它生物大分子）的插膜深度。其基本原理是在磷脂尾链的不同部位标记上淬灭基团，根据基团对蛋白荧光的淬灭效率与基团在尾链上的标记部位来确定蛋白荧光基团插入膜内的深度。,Doxyl,标记的磷脂是一种常用的淬灭磷脂。其淬灭原理是其分子中的,Doxyl,基团与蛋白分子中发色团之间的电子轨道发生偶极-偶极作用。由于,Doxyl,的淬灭半径很小(对蛋白内源性荧光的有效淬灭半径约为0.5,nm)，,只有在淬灭基团与发色团之间的距离很小时才能发挥作用，因此,Doxyl,是一类很好的探测蛋白插膜深度的荧光淬灭探针。,图中大星为蛋白荧光基团，三个小五星为,Doxyl,基团，根据不同部位,Doxyl,的淬灭效率来判断蛋白的插膜深度。,荧光淬灭法测量蛋白插膜深度的原理示意图,登顶成功，可惜神仙都被一脸幸福地俺们吓跑了。,膜分子生物学,游击队,Thank You!,