基于CANOCO的数据统计分析.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,2010,年,基于,CANOCO,的数据统计分析,Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO,E-mail:,1,一,.,群落的排序,二,.Canoco,软件简介,三,.,数据分析,内容,2,一,.,群落的排序,群落排序：就是把一个地区内所调查的群落样地（物种），按照相似度来排定各样地的位序，从而分析各样地（物种）之间及其与环境之间的相互关系。,3,排序的目的：通过排序把多维空间压缩成低维空间，并且使降低维数引起的信息损失尽量少，实体按其相似关系重新排列，让人可以理解。同时，必须用统计手段来检验排序轴到底是否真能代表环境因子的梯度。,4,排序类别（,in CANOCO,）,间接排序（,Indirect Gradient Analysis,）,：在特定的梯度上（环境轴）上探讨物种的变化情况。,PCA,（,Principal components analysis,）,CA,（,Correspondence analysis,）,DCA,（,Detrended Correspondence Analysis,）,直接排序（,Direct Gradient Analysis,）,：寻求潜在的或 在间接的环境梯度来解释物种数据的变化。,RDA,（,Redundance analysis,）,CCA,（,Canonical correspondence analysis,）,DCCA,（,Detrended Canonical,Correspondence Analysis,）,5,梯度分析,间接排序,直接排序,RDA,CCA,PCA,CA,DCCA,DCA,6,梯度分析,直接排序,单峰模型,线性模型,间接排序,直接排序,间接排序,RDA,PCA,CCA,CA,DCCA,DCA,7,Canoco,简介,8,大家应该也有点累了，稍作休息,大家有疑问的，可以询问和交流,9,Ter Braak,Canonical Community ordination,Petr,10,参考资料与网站,Introduction on Canoco for windows,Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO,普兰塔,数量生态学,.,张金屯 著,11,软件模块,（,1,）,CANOCO for Window 4.5,CANOCO,的核心。,CANOCO for Window,带有比较全面的排序方法。其核心部分是基于线性模型的,PCA,和,RDA,，基于单峰的模型的,CA,，,DCA,和,CCA,。在这些基本排序方法基础上，,CANOCO,也可以做,CVA,（典范变量分析），,PCoA,（主坐标分析）。但,NMDS,并没有被包括，因为的确用得很少。,12,PCA CA DCA,pPCA pCA pDCA,RDA CCA DCCA,pRDA pCCA pDCCA,不进入分析，但显示,主动,被动,13,（,2,）,WCanoImp,这个程序的功能是,构建数据,。但这个程序用法受到了,window,的剪贴板和电子表格文件的限制。比如在,Excel2003,以前的版本，列数仅有,256,列，这就意味着样方数或物种数不能两个同时超过,256,个，否则需要分割。当然行数宽松点，但不能超过,65536,行。如果你的数据超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个部分，经过,WCanoImp,转化后，再用,CanoMerge,程序拼接起来。,14,（,3,）,CanoMerge,1),首要的任务是连接两个或多个包含相同样方但不同变量的数据文件。,2),可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的,ASCII,（文本）文件。,3),最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。,（,4,）,CanoDraw for Windows,用来做排序图的程序。,15,分析流程,16,三 数据分析,1.,数据的整理,物种数据 环境数据,列：采样点 列：采样点,行：生物数据 行：环境因子,注：数据（物种和环境数据）之间差别较大，如数量级之间的差别，需进行,lg,（,X+1,）,转换，,pH,不需要进行,lg,转换。,17,2.,操作步骤,a.,程序,Canoco for WindowsWCanoImp,，在“,save in condensed format”,的选线前面打上对勾,(,如图,),。,18,b.,打开“,CANOCO,数据,.xls”,选择要分析的数据,将要分析的数据（不要多选择空格）选中后，复制，在图,1,的界面点击“,Save”,，自己对其命名，后缀名为“,.dta”,，如“,species.dta”,。同样，对环境因子选择后保存为“,env.dta”,。这时可以关掉图对话框。,这样就得到一个,spe.dta,的文件和一个,env.dta,的文件。,19,对数据分析之前，先对物种数据进行,DCA,分析，来选择,RDA,分析或者,CCA,分析。,20,21,22,23,24,25,26,先用,species-sample,资料做,DCA,分析，看分析结果中,Lengths of gradient,的第一轴的大小，如果大于,4.0,，就应该选,CCA,，如果,3.0-4.0,之间，选,RDA,和,CCA,均可，如果小于,3.0,RDA,的结果要好于,CCA,。,27,RDA,排序,28,29,30,31,蒙特卡洛检验值,P,32,33,小结：排序的步骤,1.,原始数据的整理：样方（生物,/,环境）矩阵,2.,排序方法选择,3.,计算主轴及样点位置,4.,排序轴的生态意义解释,34,常用统计分析软件包,Canoco,PC-ORD,Primer,TWINSPAN and DECORANA,Spss,35,