R语言绘图基础专题培训课件.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,R语言绘图基础,R,绘制的图形,2,绘制地图,左图,maps,包,map(),右图,PBSmapping,包,addBubbles(),fields,包实例,spdep,包实例,3,前言,学习,R,绘图没有什么技巧，只有记住常用参数的含义及用法，知道怎么去查找未知参数的含义及用法，再就是多多绘图，什么东西用得多了，自然就熟了。,如果需要更深入的了解，使用,R,帮助。,R,使用帮助：？加上函数或参数名。例,:?plot,，,?legend,demo(graphics),demo(persp),R,绘图界面简介,R,的绘图界面中总共分为三部分,outer margins,figure region,and plot region,。,figure region,包括,plot region,。,一、基础绘图工具,1.,绘图函数,:,在,R,中有两种绘图函数,1.1,高级绘图函数 创建一个新的图形,函数名,功能,plot(x),以,x,的元素值为纵坐标、以序号为横坐标绘图,plot(x,y),x,与,y,的二元作图,pie(x),饼图,boxplot(x),盒形图（也称箱线图）,hist(x),x,的频率直方图,barplot(x),x,的值的条形图,pairs(x),如果,x,是矩阵或是数据框，作,x,的各列之间的二元图,coplot(xy|z),关于,z,的每个数值（或数值区间）绘制,x,与,y,的二元图,matplot(x,y),二元图，其中,x,的第一列对应,y,的第一列，依次类推,qqnorm(x),正态分位数,-,分位数图,image(x,y,z),x,y,z,三元图,heatmap(x),热图,1.,绘图函数,1.2,低级绘图函数 在现有的图形上添加元素,函数名,功能,points(x,y),添加点,，散点图,lines(x,y),添加线,，线,text(x,y,labels,),在,(x,y),处添加用,labels,指定的文字,mtext(text,side=3,line=0,),在边空添加用,text,指定的文字,，,side=1,、,2,、,3,、,4,（底部、左边、上部、右边）,segments(x0,y0,x1,y1),从,(x0,y0),各点到（,x1,y1,）各点画线段,arrows(x0,y0,x1,y1,.),同上，但添加箭头,abline(a,b),绘制斜率为,b,和截距为,a,的直线,abline(h=y),在纵坐标,y,处画水平线,abline(v=x),在横坐标,x,处画垂直线,abline(lm.obj),画出,lm.obj,确定的回归线,rect(x1,y1,x2,y2),绘制长方形，,(x1,y1),为左下角，,(x2,y2),为右上角,polygon(x,y),绘制连接各,x,y,坐标确定的点的多边形,legend(x,y,legend),在点,(x,y),处添加图例，说明内容由,legend,给定,title(),添加标题，也可添加一个副标题,axis(side,vect),画坐标轴,，,1,、,2,、,3,、,4,（底部、左边、上部、右边）,box(),在当前的图上加边框,rug(x),在,x,轴上用短线画出,x,数据的位置,locator(n,type=n,),获取鼠标在图中点击处的坐标,2.,绘图参数介绍,选项,功能,add=FALSE,如果是,TRUE,，叠加图形到前一个图上,(,如果有的话,),axes=TRUE,如果是,FALSE,，不绘制轴与边框,type=p,指定图形的类型，,“p”:,点，,“l”:,线，,“b”:,点连线，,“o”:,同上，但是线在点上，,“h”:,垂直线，,“s”:,阶梯式，垂直线顶端显示数据，,“S”,：同上，但是垂直线底端显示数据,font,字体,xlim=,ylim=,指定轴的显示范围,xlab=,ylab=,坐标轴的标签,main=,主标题,sub=,副标题,plot(cars,font.lab=2,main=,主标题,sub=,副标题,type=p,xlim=c(7,20),ylim=c(20,100),plot(cars,font.lab=2,main=,主标题,sub=,副标题,type=p,xlim=c(7,20),ylim=c(20,100),axes=F,),plot(cars,font.lab=2,type=p),plot(cars,font.lab=2,type=l),plot(cars,font.lab=2,type=b),plot(cars,font.lab=2,type=o),plot(cars,font.lab=2,type=h),plot(cars,font.lab=2,type=s),plot(cars,font.lab=2,type=S),其它常用绘图参数,参数,功能,adj,控制关于文字对齐方式,bg,背景色,bty,图形边框形状,cex,符号和文字大小,cex.axis,cex.lab,cex.main,cex.sub,col,颜色,col.axis,col.lab,col.main,col.sub,font,文字字体，,font.axis,font.lab,font.main,font.sub,las,坐标轴刻度数字标记方向,lty,线条样式，,1,：实线；,2,：虚线；,3,：点线；,4,：点虚线；,5,：长虚线,lwd,线的宽度,mar,图形边空的大小,mfcol,mfrow,c(nr,nc),的向量，前者按列分隔绘图窗口,后者按行分隔绘图窗口,pch,绘图符号的类型,ps,文字大小,pty,绘图区域类型,tck,轴刻度长度，,tck=1,时，则绘制,grid,xaxt,yaxt,如果,xaxt=,“,n,”,设置,x,轴不显示,如果,yaxt=,“,n,”,设置,y,轴不显示,3.,画图面板分割,par,是设置全局绘图参数的函数。,ask,：,par(ask=TRUE),，产生新的绘图之前提示操作。,new,：,FALSE,：默认，新图在下一个,figure region,生成；,TRUE,：新图在当前,figure region,mfcol,：,mfcol=c(3,2),：,3,行,2,列分割图形界面。,mfrow,：以行的方式分割图形界面。,mfg,：,mfg=c(2,2,3,2),：图片在,3,行,2,列图形界面中第二,行，第二列的位置,mar=c(a,b,c,d),：设置,plot region,与,figure region,底部、,左边、上部、右边的距离，单位英寸。,mai=c(a,b,c,d),：设置,plot region,与,figure region,底部、,左边、上部、右边的距离，单位是文本行数。,mgp=c(a,b,c),：三个坐标轴成分的位置，轴文本标记、单位记号标记和轴位置与轴线距离；单位是文本行。,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1),X=1:10;Y=1:10,cex_type=c(0.7,0.8,0.9,1,2,3,4,5,6,7),plot(X,Y,col=blue,pch=16,cex,=cex_type,#,绘图符号大小，,1,是正常大小,cex.axis,=1.1,#,坐标轴刻度数字大小,cex.lab,=1.2,#,坐标轴标签大小,cex.main,=1.4,#,标题文字大小,#cex.sub=1.3,#,副标题文字大小,font.axis,=3,#,坐标轴刻度数字字体，斜体,font.lab,=2,#,坐标轴标签字体，粗体,font.main,=4,#,标题字体，粗斜体,#font.sub=1,#,副标题字体，正常,main=,字体,xlim=c(1,12),ylim=c(1,12),text(X,Y,adj=0,labels=paste(cex=,cex_type),col=red,cex=1.2,font=3),R,的绘图符号：,pch=1:25,R,的绘图符号：,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1),pch_type=c(1:5,15:19),X=1:10;Y=rep(6,10),plot(X,Y,col=1,pch=pch_type,cex=2,main=pch,font.lab=2),text(X,Y,adj=-0.5,labels=paste(pch=,pch_type),srt=90),颜色名称：,white,black,red,yellow,colors(),数字代号：,1,2,3,4,5,6,7,8,颜色函数：,rainbow,heat.colors,terrain.colors,topo.colors,cm.colors,colors(),par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1),pch_type=c(1:5,15:19),X=1:10;Y=rep(6,10),plot(X,Y,col=1:10,pch=pch_type,cex=2,main=pch,font.lab=2),text(X,Y,col=1:10,adj=-0.5,labels=paste(pch=,pch_type),srt=90),控制连线的类型,lty,:,1:,实线，,2:,虚线，,3:,点线，,4:,点虚线，,5:,长虚线，,6:,双虚线,控制线的宽度,lwd,:1,为正常大小，,1,为增加宽度,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1),X=1:10;Y=1:10,line_type=c(1:6),line_width=seq(from=0.6,by=0.6,length=6),plot(X,Y,col=blue,pch=16,type=n,main=line type and line width,font.lab=2,cex.lab=1.2),abline(h=3:8,lty=line_type,col=colors()120:126,lwd=line_width),text(3:8,3:8,adj=0,labels=paste(lty=,line_type,lwd=,line_width),col=red,cex=1.2,font=3),4.,图形保存,输出到文件,pdf,postscript,xfig,bitmap,pictex,cairo_pdf,svg,png,jpeg,bmp,tiff,pdf(plot.pdf,width=4,height=4),png(plot.png,width=400,height=600),dev.off()#,绘制完图形后关闭图形设备,通过菜单命令保存图形,一般绘图步骤,1.,打开绘图窗口，不绘制任何对象,plot(x,y,type=n,xlab=,ylab=,axes=F),2.,添加坐标点,points(x,y),3.,添加坐标轴,axis(1);axis(at=seq(0.2,1.8,0.2),side,=2),4.,补齐散点图的边框,box(),5.,添加标题、副标题、横轴说明、纵轴说明,title(main=Main title,sub=subtitle,xlab=x-label,ylab=y-label),22,一般绘图步骤,1,2,3,4,5,6,23,二、图形案例,散点图,点线混合图,require(stats),head(cars),plot(cars,1,cars,2,pch=16,col=red,xlab=speed,ylab=dist,type=p,font.axis=2,font.lab=2,cex.lab=1.5),x=seq(5,25,by=0.1);y=10*sin(x)+50,lines(x,y,col=green,lwd=2),a=5:25;b=2*a+10*cos(a),points(a,b,pch=15,col=blue),legend(topleft,pch=c(16,-1,15),lty=c(-1,1,-1),col=c(red,green,blue),legend=c(plot with point,lines,points),散点图,并列散点图,a=read.table(file=clipboard,header=T),matplot(a,type=o,pch=15:18,lty=1,bg=yellow,lwd=2,xlab=Position(nt),ylab=Frequency,font=2,font.lab=2,cex.lab=1.5),legend(topright,pch=15:18,lty=1,merge=T,legend=names(a),col=1:4),散点图,坐标对数化,a=array(NA,dim=c(1000,3),a,2=sample(1:100000)1:1000,a,3=sample(1:100000)1:1000,plot(a,2,a,3,log=xy,cex.lab=1.4,cex.axis=1.2,font.lab=2,font.axis=2,xlab=R1,ylab=RS,pch=.,col=red,cex=1.1,axes=F),axis(1,at=axTicks(1),labels=as.integer(axTicks(1),axis(2,at=axTicks(2),labels=as.integer(axTicks(2),title(main=R1 VS RS),box(),条形图,标准条形图,abar=barplot(a,2,ylim=c(0,1.2*max(a,2),cex.lab=1.5,names.arg=a,1,xlab=Length(nt),font.lab=1.5,ylab=Number of small RNAs,space=0.9,col=blue,main=Length distribution),ratio=paste(sprintf(%.2f,a,2/sum(a,2)*100),%,sep=),text(bar,a,2,labels=ratio,adj=c(0.5,0),cex=0.8,font=2,pos=3),abline(h=axTicks(2),lty=2,col=rgb(0,0,0,0.5);,box(),条形图,堆积条形图,h=read.table(“acgt.txt”,head=T),barplot(t(as.matrix(h),ylim=c(0,1),xlab=Position,ylab=Frequency,main=Homo sapiens,col=rainbow(4),font=2,cex.lab=1.4),box(),legend(topright,legend=c(A,G,C,T),pch=15,col=rainbow(4),条形图,邻接条形图,barplot(),lines(spline(),条形图,Error Bar,条形图,barplot(),韦恩图,draw.circle(),饼图,二维饼图,pie(),饼图,三维饼图,pie3D(),盒形图,(,箱线图,),boxplot(),频率直方图,hist(),热图,heatmap(),library(pheatmap),pheatmap(),library(gplots),heatmap.2(),三、其它图形包,gplots,ggplot2,www.bioconductor.org/,source(bioconductor.org/biocLite.R),biocLite(),library(gplots),data(mtcars),x -as.matrix(mtcars),rc-rainbow(nrow(x),start=0,end=.3),cc-rainbow(ncol(x),start=0,end=.3),heatmap.2(x),