GaussView基础教程.doc

GaussView教程【1】界面介绍Gview就是一个专门设计于高斯配套使用得软件,其主要用途有两个:构建高斯得输入文件;以图得形式显示高斯计算得结果。除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入Chem3D,HyperChem与晶体数据等诸多格式得文件。从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。开启GaussView会瞧到一大一小两个窗口,后面灰色背景得窗口为选择窗口,在里面选择要输入得分子或基团;前面紫色得窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制得图形。菜单栏 【File】主要功能就是建立,打开,保存与打印当前得文件 【Edit】完成对分子得剪贴、拷贝、删除、抓图等 【View】与显示分子相关得都在这个菜单下,如显示氢原子、键、元素符号、坐标等 【Calculate】直接向Gaussian提交计算 【Results】接收并显示Gaussian计算后得结果 【Windows】控制窗体,如关闭、恢复等 【Help】帮助 快速工具栏【左面第一个】选择元素与价键,单击打开会瞧到一个元素周期表,通过它可以选择需要绘制得元素以及价态。【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只就是这里提供得都就是环状化合物残基;【左面第三个】提供常用得R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等【左面第四个】氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户自定义基团,您可以将常用得基团存放到此处这条快速编辑栏中从左到右依次就是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面得所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。3、常用工具栏这两条条工具栏就是最常用得,几乎所有软件都有得新建打开等工具GaussView教程【2】构建分子这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明。1、 开启Gview2、 双击按钮,选择苯基(第一个),会瞧到主程序框体中出现苯环在工作窗口单击,可以瞧到工作窗口也出现了一个苯环。单击左键,可以将主程序框体中得分子或基团加入到工作窗口;按上下左右键,或者左键单击不放移动鼠标,可以调节分子得角度;滚动鼠标滚轮,可以放大缩小分子;按住shift键,左键单击不放移动鼠标,可以移动分子;当工作窗口内有多个分子时(在构建大得分子时,这种情况很容易出现)用Shift+Alt+鼠标左键组合,移动想要移动得分子;用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子得角度;双击图标(或者左键不放),在元素周期表中选择【F】元素,回到工作窗口在苯得任意一个【H】上单击,使之变成【F】双击图标,从链烃库中选择【乙基】(第一个),然后点击间位上得【H】即可至此,分子式已经构建完成,Gview存储个人常用分子得功能,双击view上得图标,在下面得对话框中键入相关项目,保存即可。(注:我得程序此项功能不行,用户自定义基团)查瞧分子坐标:单击Gview界面得图标,查瞧分子得坐标。至此,我们保存一下我们构建好得间氟苯乙烷分子,在绘图界面右键单击【File】【Save】然后选择保存路径即可。GaussView教程【3】向Gaussian提交计算上一讲我们已经构建好了一个间氟苯乙烷分子,现在打开间氟苯乙烷分子。点击Gview界面上得【Calculate】【Gaussian Calculate Setup】从对话框中我们可以选择许多参数,下面依次选择一下【Job Type】工作类型:【Energy能量】|【Optimization优化】|【Frequency频率】|【Opt+Freq优化频率】|【Scan扫描】|【Stability稳定性】|【NMR核磁】,这里我们选择【NMR】核磁 【Method】方法:每种计算模式都提供了若干种方法,这里选择默认值即可 【Title】题目:这项可以根据自己得项目自行命名 【Link 0】给检查点文件命名 其它选择默认即可 选好后点击【Submit】提交至Gaussian,并保存。(最好存到安装文件所在磁盘)系统会询问就是否提交至Gaussian,选择【OK】,Gaussian会自动开启并计算,计算时间因硬件配置而异计算完毕后系统会提示关闭Gaussian,点击【就是】计算完毕后会生成两个文件,、log得就是系统日志,便于查瞧计算结果。这里我们选择、chk文件【Ok】接下来我们又一次瞧到了刚才绘制得那个分子,表面上没什么不同,但这次我们可以预言它得许多性质了,在GView得主界面点击【Results】【Summary】可以瞧到刚才得计算总结,点击【View File】可以瞧到日志文件。因为我们刚才选择计算模式就是【NMR】核磁,所以我们点击【Results】【NMR】,随即我们瞧到了很熟悉得核磁图谱,但似乎很乱,因为这就是所有元素得核磁谱图,在左下方【Element】右方选择【H】,即H谱,旁边【Reference】选择【TMS HF/6-31G(d)】,这次我们就可以瞧到间氟苯乙烷分子理论计算得核磁谱图了。在绘图界面右击【View】【Labels】可以瞧到每个H原子对应场中得位置。