甲基化引物设计完整攻略.docx

枫树海*树枝
20160324

1. 获取启动子序列
第一种方法：UCSC
UCSC主页（http://genome.ucsc.edu/）
点击菜单栏中Tools →Gene Sorter

Genome 中选择物种选中Human，search框中键入基因名: NKX2-5，Go！
出现以下页面，选择第一个，进入！

选择第一个，点击sequence
可以通过以上四个选项获得该基因的蛋白，mRNA，promoter以及基因组序列信息，我们这里关注的是promoter，选中包含转录起始位点上游2000bp，下游0~50 bp碱基，点击即获得启动子序列。

第二种方法 ensemble
Ensemble (http://asia.ensembl.org/index.html)

选择物种为human，键入基因名 NKX2-5 GO！

选取基因 NKX2-5（Human Gene）点击左侧的sequence

后页面显示如下：

序列橙色区域的为外显子，第一个外显子前的序列是启动子，默认为600bp，，设置一下。点击左侧configure this page设置需要的启动子长度，一般我们需要2000 bp
（同上：），点

获得页面橙色序列前面部分即为启动子序列。

2. 设计甲基化引物
利用Methyl primer1.0软件,将启动子序列复制进去

点击 Design Primers，选择select Target Sequence
一般将序列全部选中，后点击Next

则根据需要，选择BSP/MSP，点击Next即获得所需要引物信息。
点击 显示所有引物信息
另外，在线设计
网址：http://www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi
直接输入启动子序列，选择BSP/MSP，点击SUBMIT即可。