实验一-核酸序列的检索.doc

实验一 核酸序列的检索

GenBank格式

LOCUS (代码)：是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述。
ACCESSION (编号)：具有唯一性和永久性，在文献中引用这个序列时，应该以此编号为准。
KEYWORDS (关键词)：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息。
SOURCE (数据来源)：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，次关键字ORGANISM (种属)指出该生物体的分类学地位。
REFERENCE (文献)：说明该序列中的相关文献，包括AUTHORS (作者)、TITLE (题目)及JOURNAL (杂志名)等，以次关键词列出。该字段中一般还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。
FEATURES (特性表)：具有特定的格式，用来详细描述序列特性，包括蛋白质编码区以及翻译所得的氨基酸序列，外显子和内含子位置、转录单位、突变单位、修饰单位、重复序列等信息，以及与蛋白质数据库SwissProt和分类学数据库Taxonomy等其它数据库的交叉索引编号。特性表中带有‘-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库。
BASE COUNT(碱基含量)：给出序列中的碱组成，A、T、G、C每类的个数。
ORIGIN：是序列的引导行，引导碱基序列，以双斜杠行“//”结束。)

FASTA格式
>gi|19527219|ref|NM_133999.1| Mus musculus FIG4 homolog (S. cerevisiae) (Fig4), mRNA
GGGAATCCGGAAGCAGCCGGCGAGCCCGCTGCTGAACGTTTGGTGTTCTGACACTGTTTTTGTCAGCTGT
GTCTGGTGTGCTGGAGGTCTGCGGGGTCTCCTCGCTCTGTCTCCAGGGGGAACCCCGCCGCTGTCACGAC
CTGGGCCGCGGCCTGGTGCCCTGTGGCGGGGCCGCCATTGGCTGGAGCCATGCCCACGGCCGCTGCCCCC
ATCATCAGCTCGGTCCAGAAGCTGGTGCTGTATGAGACCAGAGCTAGATACTTTCTAGTTGGGAGCAATC
ATGCAGAAACGAAGTACCGTGTCCTGAAAATTGATAGAACAGAACCGAAGGACTTGGTGGTAATCGACGA
CAGGCACGTGTACACACAACAAGAAGTGAGGGAACTTCTTGGCCGCCTGGATCTGGGAAACAGAACAAAG
ATGAGCCAGAAAGGATCCTCCGGGTTGTTTCGAGCCGTCTCAGCTTTTGGAGTCGTAGGTTTTGTCAGGT
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TTATAAGATTGAAGATACAAGTATGATTTATATCCCCAATGACTCTGTTCGGATTTCTCACCCCGACGAA
GCTAGGTATCTAAGGATATTTCAAAATGTGGATCTATCTAGCAATTTTTACTTTAGTTACAGCTATGATT
TGTCACACTCACTTCAGTATAATCTTACCGTCCTGCGAATGCCCCTGGAGATGTTAAAGTCAGAAACATC
CAAGGCGTGCCAGGAGAGCTTCGACATCTTTGAAGATGAAGGATTAATTACACAGGGTGGCAGTGGTGTA
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CTGTGCATCGTGACTGGCTATTGTATATCATTCATGGGTTCTGCGGGCAGTCCAAGCTTTTGATCTATGG
ACGACCAGTGTATGTGACCCTAATAGCCAGGAGATCCAGTAGGTTTGCTGGGACGCGCTTTCTCAAGAGA
GGCGCAAACTGTGAGGGTGACGTTGCAAATGAGGTGGAGACCGAGCAGATCCTCTGTGATGCTTCTGTGA
TGTCTTTTACCGCAGGCAGTTACTCTTCTTACGTACAAGTTAGAGGATCCGTTCCCTTATTCTGGTCCCA
AGACATCTCAACTATGATGCCGAAACCACCCATTACACTGGACCAGGCGGATCCCTTTGCACACGTGGCT
GCTCTTCACTTTGACCAGATGCTCCAGAGGTTCGGCTCCCCCATCATCATCTTGAACTTAGTGAAGGAGA
GGGAGAAGAGAAAGCACGAAAGGATCCTGAGTGAAGAGCTGGTGGCTGCGGTCACTTACCTGAACCAGTT
CCTGCCACCGGAGCACACCATTGTCTACATCCCCTGGGACATGGCCAAGTACACCAAGAGTAAGCTGTGC
AACGTTCTCGATCGGCTGAATGTGATTGCGGAAAGCGTGGTAAAGAAGACAGGATTCTTTGTAAACCGCC
CTGATTCTTACTGCAGCATTTTACGGCCAGATGAAAAGTGGAATGAACTAGGAGGTCATGTGATTCCCAC
TGGTCGGCTCCAGACTGGCATCCTTCGAACCAACTGTGTGGACTGTTTGGATCGCACCAACACTGCGCAG
TTCATGGTGGGCAAGTGTGCCCTGGCTTACCAGCTGTATTCCTTAGGGCTGATTGACAAGCCTAACCTGC
AGTTCGACACGGATGCAGTGAGGTTGTTTGAGGAACTCTATGAAGACCATGGAGACACCCTTTCCCTGCA
GTACGGAGGCTCTCAGCTGGTTCATCGGGTAAAGACCTACAGAAAGATAGCACCGTGGACCCAGCACTCC
AAGGACATCATGCAGACTCTGTCCCGGTACTACAGCAACGCCTTCTCGGATGCTGATAGACAAGATTCCA
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TTACCTCCATCACAAAAACACCATGAGCCTTTTACCCCCCAGAAGGAGTTATACTTACTGGTGGACGCCA
GAGGTGGTGAAGCATCTGCCGCTGCCTTACGATGAAGTTATCTGTGCTGCAAACTTAAAGAAGTTGATGG
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TAGTTTTGATGACACCTTTTGCTTGGCCATGACAAGTTCAGCACGTGATTTTATGCCTAAAACTGTTGGC
ATTGATCCAAGTCCATTTACCGTGCGAAAACCAGATGAAACTGGAAAATCTGTACTGGGGAACAAAAACA
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GTCCAGCAGCTCTGAGGATGACTCTGGCACCGACCGGGAAGATGAAGGCTCCATCTCTCAGCGATCCACT
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TGTATGGAGTCAGTCTCTCCAGTAGCCTGTCAGAGGAGGATCACTCCATTTATGCCAGGTTTGTTCAGCT
GGGGCAAAGTCAACATAAACAGGACCGAGGTAACCAGCAGCTGTGTTCCCGTTGCTCAGATGGAGTTATA
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TGAGAAGGCGTGCCCCAGATCCTGAGATGCAGCTCATTGGTAAAGGACTCCCCAGCACCTGTATCACAGC
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GTGCCTGTGTGTGCACACACATGCACAGGAGTGCATACACACACATGTATGCACACACACAGTAAAAATA
ATAAAAGTAAAATCTTTAAAAATCAATTCATCCAAATCATGTATCTGAAACTTTTCACCTCTTTGTACCA
TGCAAATGACTAATTGCAGGTAATAAAGAAATGCTGCCTCTTTAAAAAAAAAAAAAAA

SRS查询

FASTA格式
>ENA|AAH31887|AAH31887.1 Mus musculus (house mouse) FIG4 homolog (S. cerevisiae)
ATGCCCACGGCCGCTGCCCCCATCATCAGCTCGGTCCAGAAGCTGGTGCTGTATGAGACC
AGAGCTAGATACTTTCTAGTTGGGAGCAATCATGCAGAAACGAAGTACCGTGTCCTGAAA
ATTGATAGAACAGAACCGAAGGACTTGGTGGTAATCGACGACAGGCACGTGTACACACAA
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GGTCATGCAATTTATAAGATTGAAGATACAAGTATGATTTATATCCCCAATGACTCTGTT
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AGCAATTTTTACTTTAGTTACAGCTATGATTTGTCACACTCACTTCAGTATAATCTTACC
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TTGATCTATGGACGACCAGTGTATGTGACCCTAATAGCCAGGAGATCCAGTAGGTTTGCT
GGGACGCGCTTTCTCAAGAGAGGCGCAAACTGTGAGGGTGACGTTGCAAATGAGGTGGAG
ACCGAGCAGATCCTCTGTGATGCTTCTGTGATGTCTTTTACCGCAGGCAGTTACTCTTCT
TACGTACAAGTTAGAGGATCCGTTCCCTTATTCTGGTCCCAAGACATCTCAACTATGATG
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TTTGACCAGATGCTCCAGAGGTTCGGCTCCCCCATCATCATCTTGAACTTAGTGAAGGAG
AGGGAGAAGAGAAAGCACGAAAGGATCCTGAGTGAAGAGCTGGTGGCTGCGGTCACTTAC
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GTAAAGAAGACAGGATTCTTTGTAAACCGCCCTGATTCTTACTGCAGCATTTTACGGCCA
GATGAAAAGTGGAATGAACTAGGAGGTCATGTGATTCCCACTGGTCGGCTCCAGACTGGC
ATCCTTCGAACCAACTGTGTGGACTGTTTGGATCGCACCAACACTGCGCAGTTCATGGTG
GGCAAGTGTGCCCTGGCTTACCAGCTGTATTCCTTAGGGCTGATTGACAAGCCTAACCTG
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CTTTCCCTGCAGTACGGAGGCTCTCAGCTGGTTCATCGGGTAAAGACCTACAGAAAGATA
GCACCGTGGACCCAGCACTCCAAGGACATCATGCAGACTCTGTCCCGGTACTACAGCAAC
GCCTTCTCGGATGCTGATAGACAAGATTCCATCAACCTGTTTTTGGGTGTTTTCCACCCC
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AAGCATCTGCCGCTGCCTTACGATGAAGTTATCTGTGCTGCAAACTTAAAGAAGTTGATG
GTGAAGAAATTTCACAGATGGGAAGAAGAGATTGATATTCACAATGAGTTCTTCCGGCCG
TATGAATTGAGTAGTTTTGATGACACCTTTTGCTTGGCCATGACAAGTTCAGCACGTGAT
TTTATGCCTAAAACTGTTGGCATTGATCCAAGTCCATTTACCGTGCGAAAACCAGATGAA
ACTGGAAAATCTGTACTGGGGAACAAAAACACTAGAGAGGAAGCTGTCCTGCAGCGGAAG
ACGGCAGCCAGCGCCCCGCCACCCCCGAGCGAGGAGGCTGTGTCCAGCAGCTCTGAGGAT
GACTCTGGCACCGACCGGGAAGATGAAGGCTCCATCTCTCAGCGATCCACTCCTGTGAAG
ATGACTGACACGGGAGACAGTGCCAAAGCGACTGAGAATGTGGTCCAGCCCATGAAGGAA
GTGTATGGAGTCAGTCTCTCCAGTAGCCTGTCAGAGGAGGATCACTCCATTTATGCCAGG
TTTGTTCAGCTGGGGCAAAGTCAACATAAACAGGACCGAGGTAACCAGCAGCTGTGTTCC
CGTTGCTCAGATGGAGTTATAAAACTAACTCCCATCTCAGCTTTCTCGCAAGACAACATT
TATGAAGTTCAGCCTCCAAGAGTAGACAGAAAGTCTACAGAGATCTTCCAGGCCCATATC
CAAGCTAGCCAAGGTATCATGCAGCCCCTTGGCAAAGAGGACACTGCCATGTACCGGGAG
TACATCAGAAACCGCTACTTATAG