gaussian09安装.doc

Gaussian09的安装
Computer 2010-10-25 19:04:49 阅读553 评论0   字号：大中小 订阅
基本上跟Gaussian03没有区别
1.解压
2.将解压出来的g09文件夹copy到你想要的地方，比如/usr/local/
3.进入/usr/local，更改g09文件夹的权限。最好是将需要使用g09的用户划分到一个组，然后将g09文件夹的所属用户组改成这个组
4.进入g09文件夹，建立一个名为scratch的文件夹，并且将其权限改为777。（你要建立在别的地方也可以，需要修改相应配置）
5.进入/etc，修改bash.bashrc或者bash.bashrc.local什么的（总之就是设置环境变量）。加入以下几行：
#gaussian09
export PATH=/usr/local/g09:$PATH
export g09root=/usr/local/g09
source $g09root/g09/bsd/g09.profile   #我以前配g03的时候没这句也行
export GAUSS_EXEDIR=$g09root
export GAUSS_SCRDIR=$g09root/scratch    #取决于你新建目录的位置，如果是/tmp就改成/tmp
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/
6.保存退出之后，source该文件
之后就OK了

可能遇到的问题：
1.运行g09后出错，查看log文件，信息如下：
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=
Output=1.log
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
原因是g09文件夹权限太高，如果整个改成777就有可能出这个问题。解决办法是除了scratch目录以外，均用755或者750等。（所以之前建议用更改用户组的办法来实现权限）

2.著名问题：
Erroneous write during file extend. write -1 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: Bad address
Segmentation fault
解决办法：
sudo echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space
最好写进/etc/rc.local文件（ubuntu系统，其他系统写进相应文件），令其开机自动加载该命令，省时省力