沙眼衣原体蛋白酶CPAF的结构特征及抗原表位分析.pdf

衣原体蛋白酶样活性因子（CPAF）是一种沙眼衣原体蛋白酶，其活性可抑制宿主炎症信号、细胞骨架重塑和中性粒细胞活化等过程。本研究运用生物信息学方法对CPAF蛋白的理化性质、亲/疏水性、信号肽、亚细胞定位、跨膜结构、保守结构域、N-糖基化和磷酸化位点、二级/三级结构、配体结合区域和小分子药物、B/T细胞抗原表位以及相互作用蛋白等进行分析。CPAF由601个氨基酸组成，分子质量为67 252.57 Da，理论等电点为5.68，为不稳定的亲水性蛋白质；含有信号肽，无跨膜区，保守结构域位于3586位氨基酸序列，属于CPAF超家族，主要分布在细胞质；分别存在1个N-糖基化和53个磷酸化位点，二级结构主要以无规则卷曲和-螺旋组成，存在14个配体结合位点、20个B细胞抗原表位、4种B细胞构象抗原表位、多个可能的T细胞抗原表位。此外，本文还虚拟筛选出5种潜在的有效小分子化合物，CPAF能与htrA、pbpB、recC等10种其他蛋白发生互作关系。这为深入研究CPAF蛋白在沙眼衣原体发病机制中的重要作用提供了理论依据，使其可能成为疫苗研发和药物治疗的靶点。关键词：沙眼衣原体；CPAF蛋白；生物信息学；结构；抗原表位中图分类号：R374 文献标志码：A DOI：10.3969/j.issn.1007-7146.2023.03.008Analysis of Structure Features and Epitopes of Chlamydia trachomatis Protease CPAF WANG Dao1,ZHANG Hongbo2,LIU Wenbin3,CHEN Jianlin1*(1.Department of Obstetrics and Gynecology,the Second Xiangya Hospital of Central South University,Changsha 410011,China;2.Department of Pathology,the Second Xiangya Hospital of Central South University,Changsha 410011,China;3.State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish,College of Life Science,Hunan Normal University,Changsha 410081,China)Abstract:Chlamydial protease-like activity factor(CPAF)is a Chlamydia trachomatis protease,which activity results in dampened host inflammation signaling,cytoskeletal remodeling,and suppressed neutrophil activation.We used series of bioin-formatics to analyze and predict CPAF protein,physicochemical properties and hydrophobicity,signal peptide,subcellular local-ization,transmembrane protein structure,conserved region and N-glycosylation sites and phosphorylation sites,the secondary and tertiary structure,ligand-binding regions and small molecular compounds,B-/T-cell epitopes and the interacting proteins.CPAF,which consist of 601 amino acids,the relative molecular weight is 67 252.57 Da,the theoretical isoelectric point is 5.68.The CPAF protein contains a signal peptide and has non-transmembrane regions.The conserved domain of CPAF protein is lo-激光生物学报248第 32 卷沙眼衣原体（Chlamydia trachomatis，Ct）是引起细菌性性传播疾病（sexually transmitted infections，STIs）的主要病原体之一，据报道，全球每年感染人数超过1亿1。多项研究2-3证实，Ct只能在人或动物细胞内复制，并能与宿主细胞的新陈代谢和信号通路相互作用，引起基因表达的改变，从而阻断宿主细胞凋亡。在生殖道感染中，Ct主要在男性尿道上皮和女性子宫内膜复制，造成泌尿生殖道炎症、水肿以及黏膜分泌物异常，进一步感染可导致盆腔炎、输卵管疤痕、异位妊娠和不孕症等严重并发症4。然而，80%女性和50%男性感染后可能没有任何症状，因此，Ct感染长期被人们忽视5。但Ct具有高传播率的特点，高危病人的再感染率和治疗失败导致的反复感染，使其成为一种严重的公共卫生重大威胁。在早期研究Ct与宿主细胞的相互作用过程中，一种新的衣原体蛋白酶样活性因子被Zhong等6检测并鉴定出来，命名为CPAF（chlamydial protease-like activity factor）。CPAF属于衣原体丝氨酸蛋白酶，由衣原体网状体（reticulate body，RB）产生，具有多种活性，抑制抗衣原体免疫反应7。Rajeeve等8报道，Ct能通过CPAF干扰化学介导的中性粒细胞活化，逃避宿主的先天免疫反应。Zhang等9报道，CPAF能够选择性和特异性地降解衣原体T细胞抗原，以促进Ct存活。Cheong等10还通过ELISA测定多种细胞因子，证实了CPAF具有引发宿主免疫细胞反应的能力。尽管人们一致认为CPAF是一个关键的毒力因子，可切割宿主蛋白，其中包括细胞骨架中间纤维波形蛋白、核膜层黏连蛋白等，但在感染细胞中CPAF是怎么被激活及其被调节的分子机制仍然不明确。而且，Ct复杂的二相性发育周期和血清型变异成为制备抗衣原体疫苗的限制因素。本课题组Peng等11的研究表明，CPAF可以促进不依赖C3的C5活化，揭示了活化衣原体感染诱导的新机制。本文运用多种生物信息学软件和网站对Ct的CPAF蛋白的理化性质、二级/三级高级结构、配体结合位点、小分子药物、互作蛋白以及B/T细胞抗原表位进行综合解析，为研制CPAF为靶点的抗衣原体疫苗防治性传播疾病和寻找有效小分子药物提供理论基础。1材料与方法1.1材料从GenBank数据库（http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank）获取Ct CPAF蛋白的氨基酸序列信息：CT D/UW-3/CX标准株基因组序列号为AE001273.1，CT_858的Gene ID为884659，CPAF蛋白的氨基酸序列登录号为AAC68456.2。1.2方法1.2.1CPAF蛋白的理化性质分析运用ExPasy网站的ProtParam（http:/web.expasy.org/protparam/）分析CPAF蛋白的理化性质；运用Protein-Sol软件（https:/protein-sol.manchester.ac.uk/）分析CPAF蛋白的溶解度。1.2.2CPAF蛋白的亲/疏水性、信号肽以及跨膜结构分析利用ProtScale软件（https:/web.expasy.org/protscale/）预测CPAF蛋白的亲/疏水性；利用SignalP 5.0 Serve软件（https:/services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0）预测CPAF蛋白的信号肽；利用PSOR-TII网站（https:/psort.hgc.jp/form2.html）对CPAF蛋白进行亚细胞定位；利用TMHMM Server v2.0网站（https:/services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0）对CPAF蛋白的跨膜结构进行分析。1.2.3CPAF蛋白的N-糖基化、磷酸化位点和结构域分析利用NetPhos3.1 Server（https:/services.health-tech.dtu.dk/service.php?NetPhos-3.1）和NetNGly1.0 cated at 3586 amino acid sequence and belongs to CPAF superfamily.The CPAF protein contains 1 N-glycosylation site and 53 phosphorylation sites.The secondary structure is mainly composed of irregular coiling and-helix.The CPAF protein con-tains 14 ligand-binding sites,20 B-cell epitopes,4 conformational epitopes and several potential T-cell epitopes,and 5 potential-ly effective screening small molecule compounds.Meanwhile,CPAF may interact with 10 other proteins including htrA、pbpB、recC and so on.This study provides a theoretical basis for further researching the role of CPAF in the pathogenesis of Chlamyd-ia trachomatis,which could be used as a target for vaccine developments and drug therapies.Key words:Chlamydia trachomatis;CPAF;bioinformatics;structure;antigenic epitope （Acta Laser Biology Sinica,2023,32(3):247-258）249第 3 期Server（https:/services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetNGlyc-1.0）分别预测CPAF蛋白的N-糖基化和磷酸化位点。利用NCBI Conserved Domains Data-base（https:/www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd）对CPAF蛋白的保守结构域进行分析。1.2.4 CPAF蛋白的二级结构和三级结构模型运用SOPMA软件（https:/www.ibcp.fr/predict.html）对CPAF蛋白的二级结构进行分析；使用SWISS-MODEL构建CPAF蛋白的三级结构模型；采用The Structure Analysis and Verification Serve（https:/saves.mbi.ucla.edu/）对其三级结构模型进行验证。1.2.5 CPAF蛋白的抗原表位和抗原决定簇分析运用ABCpred server（https:/webs.iiitd.edu.in/raghava/abcpred/）、ElliPro server（http:/tools.iedb.org/el-lipro/）、IEDB（http:/www.iedb.org/）以及SYFPEITHI（http:/www.syfpeithi.de/）网站对CPAF蛋白的抗原表位进行分析。然后，运用 Immunomedicine Group （http:/imed.med.ucm.es/Tools/antigenic.pl）对CPAF蛋白的抗原决定簇进行分析。1.2.6CPAF蛋白的抗原性和致敏性分析进一步运用VaxiJen v2.0（ v2.0和 Allergen FP v1.0预测CPAF蛋白的过敏性。1.2.7CPAF 蛋白的配体结合位点预测和小分子化合物筛选将CPAF蛋白的三级结构模型PDB文件上传至PrankWeb（https:/www.prankweb.cz/）数据库，对CPAF蛋白表面可能的配体结合位点进行预测；使用Discovery Studio 2020 Client 软件、PubChem数据库（https:/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）以及PyRx软件的Vina进行TOP5有效化合物筛选。1.2.8CPAF相互作用的蛋白质预测运用STRING 11.5（https:/cn.string-db.org/）数据库构建与CPAF蛋白发生相互作用的蛋白互作网络图。2结果与分析2.1CPAF蛋白的理化性质和溶解度分析利用ProtParam网站对CPAF蛋白的氨基酸序列进行分析，结果表明：CPAF蛋白由601个氨基酸构成，其中亮氨酸（Leu）的数量为62个（10.3%），含量最高；半胱氨酸（Cys）的数量为7个（1.2%），含量最低（图1a）；其中包含69个带负电荷的氨基酸残基（Asp+Glu）和57个带正电荷的氨基酸残基（Arg+Lys）；分子式为C3044H4692N798O890S17，总原子数为9 441，分子质量为67 252.57 Da，理论等电点为5.68；280 nm波长处消光系数为85 175，吸光度为1.266，半衰期为30 h，不稳定系数为40.21，推测CPAF为不稳定蛋白；脂肪系数为88.39，平均总亲水值为-0.149。运用Protein-Sol Server网站预测出CPAF蛋白的溶解度为0.229，小于群体平均值（PopAvrSol）0.450，说明该蛋白的溶解度一般（图1b）。2.2CPAF蛋白的亲疏水性分析基于Hydropath/Kyte&Doolittle算法，运用ProtScale预测CPAF蛋白的亲疏水性。CPAF蛋白有6个高分值峰区（Score1.5），分别在氨基酸的第913、89、101、288290、372377、496位氨基酸，其中最高分值的氨基酸是第 289 位氨基酸页眉文章标题王道等：沙眼衣原体蛋白酶CPAF的结构特征及抗原表位分析 王道等：沙眼衣原体蛋白酶CPAF的结构特征及抗原表位分析 图1CPAF蛋白的氨基酸组成和溶解度分析Fig.1Amino acid composition and solubility analysis of CPAF（a）氨基酸构成；（b）溶解度。(a)Amino acid composition;(b)Solubility.激光生物学报250第 32 卷图2CPAF蛋白的亲/疏水性分析Fig.2Hydrophilicity/hydrophobicity analysis of CPAF图3CPAF蛋白的信号肽预测Fig.3Signal peptide analysis of CPAF的异亮氨酸（Score=2.267）；有 3 个低分值的峰区（Score0.740），分别为 0.828（图12a）、0.791（图12b）、0.779（图12c）、0.747（图12d）。运用SYFPEITHI对CPAF蛋白的CLT抗原表位进行预测，其中MHC-I类型为HLA-A*02:01，分值大于 20 以上的有 24 个（表 3）；当MHC-II类型为HLA-DRB1*04:01、HLA-DRB1*07:01、HLA-DRB1*01:01、HLA-DRB1*03:01，Th细胞表位有 0 个。采用IEDB软件预测CPAF蛋白的MHC-I和MHC-II类型的表位：MHC-I型抗原表位（HLA-A*01:01，HLA-A*02:01，HLA-A*03:01）Percentile Rank1的有45个，其中分数最高的肽段氨基酸，即HLA-A*01:01，Score=0.978，位于第430438位；HLA-A*03:01，Score=0.972，位于第224232位；HLA-A*02:01，Score=0.905，位于第379387位（表 4）；MHC-II类型的表位（HLA-表2CPAF蛋白B细胞抗原表位预测Tab.2The prediction of B-cell epitopes of CPAFRankSequenceStart positionScoreRankSequenceStart positionScore1ALLSMLTDRPLELPKHRMIL3750.9227MTFSSEIRVGDELLEVDGAP1280.762QENPSTSFCQQVLADFIGGL740.8928TFFAIESAYLPYTVQKSSDG1010.763LVQSSVSAQQKLRTQENPST600.8929YLKSFGRQVLNCWSKGDIEL4380.754TNVESRLALGDNMEGYTVDL4140.8830GDGKSHKVGFLRIPTYSWQD3100.755VVDALDWLTLLENVDTNVES3990.8831KIRRPFGTTREVRVKWRYVP1930.756LFYSPMVPHFWAELRNHYAT2510.8732GGLNDFHAGVTFFAIESAYL910.747SEGLFRAYISSVTDGDGKSH2960.8633TWKEQYLGWDLVQSSVSAQQ500.748LPKHRMILTQDEVVDALDWL3870.8534DQTNNPGGSVLYLYALLSML3610.749DGFLPVIGPVIWESEGLFRA2830.8535YISSVTDGDGKSHKVGFLRI3030.7410ASLGHKVPSGRTTLKIRRPF1790.8536AELRNHYATSGLKSGYNIGS2620.7411TLYGSNHKGTAAEESAALRT1540.8537PKKDDAFHRSSSLFYSPMVP2390.7412LPFTANDIRYKGYSEYLDKV5600.8438NRTGIKTCSLTGSLAVREHG5270.7213IVGTRTAGAGGFVFNVQFPN5080.8439CSLTGSLAVREHGAFIENIG5340.714YLDKVKKLVCQLINNDGTII5750.8340IWLLLLTFSSAIHSPVQGES60.6915DPSGPPPWEEFAKIIQVFSS3340.8341QGESLVCKNALQDLSFLEHL220.6916VREHGAFIENIGVEPHIDLP5420.8242LSTPIPLFGFEKIHPHPRVQ4570.6817CQQVLADFIGGLNDFHAGVT820.8143DELLEVDGAPVQDVLATLYG1380.6818RYKGYSEYLDKVKKLVCQLI5680.8144SKPICVLINEQDFSCADFFP4780.6619IIQVFSSNTEALIIDQTNNP3470.8145DFSCADFFPVVLKDNDRALI4890.6520YTVQKSSDGRFYFVDIMTFS1120.8146AEESAALRTLFSRMASLGHK1650.6521LGDNMEGYTVDLQVAEYLKS4220.8047VLNCWSKGDIELSTPIPLFG4460.6222NTEALIIDQTNNPGGSVLYL3540.8048GGFVFNVQFPNRTGIKTCSL5170.5923LQKSMRSFFPKKDDAFHRSS2300.7949FSSAIHSPVQGESLVCKNAL130.5924YSWQDMEDFDPSGPPPWEEF3250.7850KIHPHPRVQYSKPICVLINE4680.5825GAPVQDVLATLYGSNHKGTA1450.7751TSGLKSGYNIGSTDGFLPVI2700.5426VGDLATIAPSIRAPQLQKSM2150.7652LKDNDRALIVGTRTAGAGGF5000.53激光生物学报254第 32 卷DRB1*03:01和HLA-DRB1*04:01）Adjust-rank0.5），其中包括htrA、CT_790、CT_648、pbpB、CT_114、recC、CT_339、CT_017、pmpA和CT_425（图 14），其分数排名信息见表7。3讨论Ct与宿主细胞相互作用过程中，CPAF主要在感染宿主细胞的胞质中被检测到，这与亚细胞定位表3CPAF蛋白CLT抗原表位预测Tab.3The prediction of CLT epitopes of CPAFRankSequenceStaring siteScore1VLADFIGGL85302YLYALLSML372283GLNDFHAGV92274TLFSRMASL173255LLLTFSSAI9246RMASLGHKV177247YVPEGVGDL210248NMEGYTVDL425249ALIVGTRTA5062410LLEVDGAPV1402311MLTDRPLEL3792312RVGDELLEV1352213DLATIAPSI2172214STDGFLPVI2812215RMILTQDEV3912216YLKSFGRQV4382217VLKDNDRAL4992218GAGGFVFNV5152219QLINNDGTI5852220KMNRIWLLL22121SFLEHLLQV362122TAAEESAAL1632123LLENVDTNV4082124YLDKVKKLV57521表4CPAF蛋白的MHC-I型抗原表位Tab.4The prediction of MHC-I epitopes of CPAFRankSequencePeptide positionScore1TVDLQVAEY4304380.9782SIRAPQLQK2242320.9723MLTDRPLEL3793870.905表5CPAF蛋白的MHC-II型抗原表位Tab.5The prediction of MHC-II epitopes of CPAFRankSequencePeptide positionScore1LRTLFSRMASLGHKV1711850.422ALRTLFSRMASLGHK1701840.453AALRTLFSRMASLGH1691830.534LLSMLTDRPLELPKH3763900.555ALLSMLTDRPLELPK3753890.596RTLFSRMASLGHKVP1721860.597TLFSRMASLGHKVPS1731870.718IWLLLLTFSSAIHSP6200.739MNRIWLLLLTFSSAI3170.7310NRIWLLLLTFSSAIH4180.7311RIWLLLLTFSSAIHS5190.7312WLLLLTFSSAIHSPV7210.7313KMNRIWLLLLTFSSA2160.914LSMLTDRPLELPKHR3773910.9715MKMNRIWLLLLTFSS1150.98255第 3 期显示该蛋白集中分布在细胞质的结论相符。多项研究12-13表明，CPAF对Ct致病机理有潜在的重要作用，具有多种逃逸宿主免疫反应的新机制来促进Ct的存活并且迅速进入宿主细胞的胞浆，但该机制仍然是个未知数。本研究预测CPAF蛋白N端含有一个分泌的信号肽。信号肽的主要功能是指导蛋白在细胞内运输，参与细胞内物质运输，这与Chen等14报道的CPAF是依赖于前导信号肽提供SecB来实现穿过内膜的运输功能相一致。以往研究15也表明，CPAF是Ct的主要毒力因子，能够在哺乳动物体外分裂出一组特定的衣原体蛋白，有助于调节一系列细菌和宿主的细胞功能。因此，近年来研究CPAF蛋白在细胞感染变量模型中作用的报道成为当今的热点16。本研究对理化性质进行分析发现，CPAF是不稳定的亲水性蛋白质，半衰期为30 h，这与CPAF即使发生分子间二聚化、催化或切割残基发生突变，但仍能产生活性CPAF耐受更多突变的特性相关。只有通过同时突变分子间二聚化和催化残基，CPAF才会在感染期间完全失活，表明了关键残基的重要性和CPAF蛋白对细胞内环境突变的耐受极限，提示需进一步分析CPAF蛋白的基本结构。CPAF蛋白质的二级结构分析发现，其肽链上的无规则卷曲和-螺旋水平最高，说明该蛋白具有较好的可塑性，易于形成配体和受体结合的部位，有利于衣原体疫苗的设计。近年来也有研究17-18表明，借助生物信息学推动衣原体疫苗研发的方法具有可行、高效、低成本的优势。蛋白质翻译后修饰是通过改变蛋白质的性质包括疏水性、可溶性和表面特性从而改变蛋白质的功能19，这些都可能会影响蛋白质的构象、底物、页眉文章标题王道等：沙眼衣原体蛋白酶CPAF的结构特征及抗原表位分析 图12CPAF蛋白B细胞抗原表位构象预测Fig.12The prediction for conformational B-cell epitopes of CPAF图13CPAF蛋白抗原决定簇预测Fig.13Prediction of CPAF antigen epitopes激光生物学报256第 32 卷表6CPAF蛋白的抗原决定簇信息Tab.6The information of CPAF antigen epitopesNo.Start positionSequenceEnd position15RIWLLLLTFSSAIHSPVQGWSLVCKNALQDLSFLEHLLQVKY46256LGWDLVQSSVSAQQK70378STSFCQQVLADF89494NDFHAGVTFFAIESAYLPYTVQK1165121RFYFVDI1276136VGDELLEVDGAPVQDVLATLYG1577179ASLGHKVPS1878202REVRVKWRYVPEGVGDLATIAPSIRAPQL2309245FHRSSSLFYSPMVPHFW26110283DGFLPVIGPVIW29411298GLFRAYISS30612313KSHKVGFLRIPT32413344FAKIIQVFS35214367GGSVLYLYALLS37815381TDRPLEL38716395TQDEVVDALDWLTLLE41017429YTVDLQVAEYLKSFGRQVLNC44918456ELSTPIPLFGFEKIHPHPRVQYSKPICVLIN48619488QDFSCADFFPVVL50020516AGGFVFNV52321530GIKTCSLTGSLAVREH54522553GVEPHIDLPF56223571GYSEYLDKVKKLVCQL586图14CPAF相互作用的蛋白预测Fig.14The prediction of proteins interacted with CPAF257第 3 期页眉文章标题王道等：沙眼衣原体蛋白酶CPAF的结构特征及抗原表位分析 表7CPAF相互作用的蛋白信息Tab.7The information of proteins interacted with CPAFAbbreviationProtein full nameScoreCT_114Protein SirB1 N-terminal domain-containing protein0.789CT_017SH3b domain-containing protein0.772CT_425Uncharacterized protein 0.709pbpBPBP2-transglycolase/transpeptidase0.697htrAProbable periplasmic serine endoprotease DegP-like0.671pmpAProbable outer membrane protein PmpA0.670recCExodeoxyribonuclease V,Gamma0.670CT_339ComEC/Rec2-related protein domain-containing protein0.668CT_790Asp23/Gls24 family envelope stress response protein0.663CT_648Uncharacterized protein0.652辅助因子以及与其他分子的相互作用。对CPAF蛋白翻译后修饰位点的研究结果发现，其存在1个糖基化位点和多个磷酸化位点，推测该蛋白存在不同的修饰表型。CPAF蛋白总共存在53个可能的磷酸化位点，其中数量最多的是丝氨酸（Serine）磷酸化位点，推测是Ct和有毒物质的结合位点，可为新药或抑制剂的研发提供基础，同时该蛋白可能通过糖基化、磷酸化而发挥多种重要的生物学作用，还有待于以后试验验证。对CPAF蛋白保守结构域分析发现，该蛋白属于CPAF超家族，其结构域位于第3586位氨基酸序列上，推测该蛋白功能区域可能位于3586氨基酸序列上。Maksimchuk等20以往研究报道，CPAF的N端106212位氨基酸是一个类似宿主PDZ的保守结构域，与人类含有PDZ结构域的蛋白质具有很强的结构相似性。这种序列保守性表明，该蛋白在Ct感染和免疫识别中起着重要作用，推测其可能在参与破坏上皮细胞连接以促进Ct感染中至关重要。与CPAF相关的蛋白有htrA、CT_790、CT_648、pbpB、CT_114、recC、CT_339、CT_017、pmpA和CT_425，其中htrA被报道在致病性衣原体中发挥溶解蛋白和分子伴侣的功能，被视为潜在的药物靶点，还可能成为输卵管因素不孕的生物标志物21-22；pmpA属于衣原体表面的膜结合蛋白家族成员，不仅被发现对衣原体感染的初始阶段非常重要，而且有助于引发Th1介导的保护性免疫反应，成为候选疫苗的重要蛋白23。本文对上述CPAF的互作蛋白的预测，将有助于揭示以CPAF蛋白为核心的信号通路。B细胞又称B淋巴细胞，在抗原刺激下产生保护性抗体参与机体的免疫应答。T细胞分为两个功能不同的亚群：CD4+T辅助细胞（Th）和CD8+细胞毒性T淋巴细胞（CTL），数量充足的CD4+和CD8+T细胞活化对清除病原体感染至关重要。所以，寻找Ct中能够激活免疫细胞的优势抗原表位对疫苗研究具有重要意义。本文使用ABCpred服务器筛选出5个可能性最大的B细胞表位；利用ElliPro服务器发现了4个Score最高的B细胞表位构象。按照中国人群人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）基因型分布频率，使用SYFPEITHI网站预测得到多个潜在的CD8+和CD4+T细胞表位，还证实可能存在23个抗原决定簇表位。采用VaxiJen2.0和ANTIGENpro进一步评估了CPAF蛋白的抗原性，还使用AllerTOP v2.0和Allergen FP v1.0分别对其过敏性进行预测，证实该蛋白为非过敏原性。本研究发现了14个配体结合位点，其中黑色区域是口袋和实际配体结合最有可能的区域；虚拟筛选出5种潜在的小分子药物，分别是伊马替尼（Imatinib）、氟前列醇（Fluprostenol）、奈法唑酮（Nefazodone）、曲沃前列素（Travoprost）和拉坦前列素（Latanoprost）。人类被Ct感染后，临床治疗采取如四环素、大环内脂类和喹诺酮类等药物24-26和中药治疗27。不过，要根除衣原体慢性感染很困难，大多数抗生素是通过抑制蛋白质或核酸合成来靶向代谢活跃的衣原体网状体，而对代谢失活的衣原体网状体却没有任何影响28。我们不得不要考虑新的化合物作为抗菌活激光生物学报258第 32 卷性的方法，例如，从生物材料和植物化学物中提取的化合物包括黄酮、萜类、生物碱和部分油剂，其中许多化合物具有抗菌特性29。生殖道Ct感染是最常见的性传播疾病之一，未经治疗的Ct感染可上升至上生殖道，并且形成慢性感染，导致严重并发症，增加人们的健康负担。总之，我们迫切需要一种安全有效的预防性疫苗来减少衣原体疾病的传播。本文将为促进Ct疫苗和小分子药物的研发提供理论参考。参考文献（References）：1 徐天程,陈建林,施晓波.沙眼衣原体泌尿生殖道感染的实验室诊断研究进展 J.临床检验杂志,2019,37(4):293-296.XU Tiancheng,CHEN Jianlin,SHI Xiaobo.Research progress on laboratory diagnosis of Chlamydia trachomatis urogenital infec-tionsJ.Chinese Journal of Clinical Laboratory Science,2019,37(4):293-296.2 WAGUIA KONTCHOU C,GENTLE I E,WEBER A,et al.Chla-mydia trachomatis 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