微生物多样性分析.ppt

测量细菌进化和亲缘关系的良好工具测量细菌进化和亲缘关系的良好工具16S16S rDNArDNA首先，16S rDNA 普遍存在于原核生物中普遍存在于原核生物中，参与生物蛋白质的合成过程，并在生物进化的漫长历程中保持不变，是生物演变的时间钟。其次，在 16S rDNA 分子中，既含有高度保守区域，又有中度保守和高含有高度保守区域，又有中度保守和高度变化的区域度变化的区域，适用于进化距离不同的各类细菌亲缘关系的研究。第三，16S rDNA 的相对分子量大小适中大小适中，约 1 540 个核苷酸，便于序列分析。Primer NameSequence27F：5-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3338F：5-CCTACGGGAGGCAGCAG-3518R：5-ATTACCGCGGCTGCTGG-3799F：5-AACAGGATTA-GATACCCTG-3968F：5-AACGCGAAGAACCTTAC-31378R：5-CGGTGTGTACAAGACCC-31492R：5-TACCTTGTTACGACTT-3细菌群落结构及多样性分析方法细菌群落结构及多样性分析方法构建构建16S rDNA 文库文库 使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，使用TA克隆方法构建细菌16S rDNA文库，挑选阳性克隆测定细菌16S rDNA部分序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的细菌群落结构和细菌多样性信息。变性梯度凝胶电泳技术变性梯度凝胶电泳技术 使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中的细菌群落结构；将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定细菌种属关系，获得特定样品中的细菌多样性信息。RFLP（限制性内切酶片段长度多态性）限制性内切酶片段长度多态性）使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，使用TA克隆方法构建细菌16S rDNA文库，挑选阳性克隆进行限制性酶切，依据酶切类型获得OUT分类单元，测序确认各分类单元细菌种属关系，获得特定样品中的细菌多样性信息。T-RFLP（末端（末端限制性内切酶片段长度多态性）限制性内切酶片段长度多态性）使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，使用特定的限制性内切酶进行酶切，DNA分析仪检测酶切片段大小，分析确认样品中的细菌种属关系，获得特定样品中的细菌多样性信息。DNADNA模板制备模板制备土壤（或淤泥，污泥）中DNA提取植物相关细菌DNA提取动物相关细菌DNA提取PCRPCR扩增扩增799F1492R 338F518R 799F1492R 968F1378R 16S rDNA文库构建文库构建799F/1492RDGGE338F/518R或968F/1378RNOTE：植物相关细菌DNA扩增时，需先采用799F/1492R扩增总DNA后，将目的片段切胶回收后再用968F/1378R扩增回收的PCR产物，二次PCR扩增产物纯化后进行DGGE实验。PCRPCR扩增扩增RFLP27F/1492RT-RFLP27F/1492R27F1492R PCR产物产物RFLP文库构建DGGE完成报告完成报告递交结果递交结果PCR产物纯化产物纯化PCR产物克隆产物克隆100以上以上阳性克隆测序阳性克隆测序测序结果分析测序结果分析PCR产物纯化PCR产物DGGEDGGE条带回收回收产物PCR扩增PCR产物克隆阳性克隆测序测序结果分析测序结果分析测序结果分析阳性克隆酶切阳性克隆酶切酶切产物检测酶切产物检测OUT分类单元分类单元测序测序PCR产物纯化产物纯化PCR产物克隆产物克隆T-RFLf检测结果分析检测结果分析PCR限制酶切限制酶切酶切产物检测酶切产物检测PCR产物纯化产物纯化16S16S rDNArDNA文库构建文库构建结果统计结果统计递交结果递交结果T-RFLPT-RFLP结果统计结果统计递交结果递交结果T-RFLP Phylogenetic Assignment ToolRFLPRFLP结果统计递交结果结果统计结果统计递交结果递交结果DGGEDGGE结果统计结果统计递交结果递交结果北京华美锐科技有限公司联系业务：189 1039 7183（小汪）邮箱：邮箱：573621517QQ573621517QQ。comcom