Mega6中文使用说明.pdf

MEGA6的的中文使用说明中文使用说明 陈晨 2014.4.24 它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。在计算矩阵方面有一些自己的特点：1.推测序列或者物种间的进化距离 2.根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树 3.考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。4.随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。我们以分析 13 个物种的细胞色素b蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。启动程序启动程序 1.运行环境：在Windows、Mac OS、Linux等操作系统下均可使用。2.下载安装：可以直接登陆 进行下载安装。3.双击桌面快捷方式图标，进入主界面；或者从开始菜单，单击图标启动 把隐藏已知文件类型扩展名勾去，然后点应用，确定。之后文件扩展名就出来了，可以修改后缀名为*.fasta 序列比对序列比对 1.打开文件打开文件 2.alignment 利用利用MEGA在在NCBI等网站下载并保持等网站下载并保持数据数据 构建系统发育树*.meg格式的文件可以用来构建系统发育树，有五种类型的树可以构建，分别为neighbor joining、maximum parsimony、minimum evolution、UPGMA以及最新可以使用的maximum likelihood五种算法。图图为构建的为构建的NJ树，具有树，具有多种显示方式多种显示方式 估算进化距离估算进化距离 菜单的菜单的使用使用 练习题：练习题：以分析 13 个物种的细胞色素b蛋白为例来进行软件练习。从NCBI上下载13 个物种的细胞色素b蛋白的基因序列和氨基酸序列。利用mega软件进行序列比对，将所得结果存成*.fasta格式。利用mega软件构建系统发育树（5种算法），估算进化距离。