Analyst software中文教程--1.1-Calibrate.docx

I. Analyst Calibration 教程

本教程包括应用Analyst进行自动和手工 mass calibration . 所有 calibration work 都存在API Instrument project下。

Manual calibration:

1-1 用 project drop down menu 黄色folder icon 使移至 API instrument project. 在 Hardware Configure menu下激活massSpecOnly.

MS only hardware profile出现绿钩符号后, 关闭Hardware Configuration Editor. 点击Navigation Bar左边Tune menu ，然后按T icon 使仪器开始 tuning (if not already active)，此时应听见“扑”开气的声音，仪器处于可使用状态。 然后双击 Manual Tuning, 打开一个空白template. 点击open folder icon 选择 Acquisition Method 打开 quadrupole calibration methods 表(Q1PosPPG.dam, Q1NegPPG.dam, Q3PosPPG.dam or Q3NegPPG.dam). 选择相应的文件进行calibration. 该方法应出现在 Tune Method Editor 下.

1-2 设置和评测window 左边的gas, compound, resolution and detector settings .
（ If you have any questions corresponding to the settings in this window, review the Settings and manual operation tutorial.） 显示值应为安装工程师设定的值（default values ）. 注意上面显示的值对应于 API 2000 . default setting of 10 cycles or scans 比较合适.

对于不同仪器、测定极性，要用不同的calibration solutions. 对于API 1XX /2XXX /3XXX spectrometers负离子方式, 用PPG3000 calibration solution. 对于 API1XX, 300, 365 and 2000 spectrometers, 用标准 PPG solution . 对 API 3000 正离子方式 mode, 用标准 PPG solution稀释 10X 进行. 把 配好的PPG solution吸入syringe ，开 syringe pump 进行infusion进样，保证喷雾流边缘距curtain plate 孔至少2 mm . 对 API-2000s, 用method drop down menu 右边Edit Ramp 进行syringe pump method 设置， 输入5 mL/min和使用的 syringe 的直径尺寸. 点击 Start Syringe Pump ，运行几分钟平衡并调节sprayer位置合适 .

1-3 使用 method drop down menu 回到 MS method. 点击 Start ，在MCA方式采集10 scans (MCA mode on/off 在Advanced MS tab). 数据采集完后应出现一个 window 类似于下图 (或在single data pane右击鼠标看所有 data panes).

点亮其中一个 PPG pane 然后在Spectrum icon 下点击Calibrate ( T右边第二个icon). 出现 Mass Calibration Options window .

应保证 Peak Search Parameters 下的参数与上图相同. 从 Standard.选择合适的PPG standard ，polarity、resolution 、quadrupole 会自动从你的acquisition method中设定. 点击 Reference Edit 出现 Reference Table Edit window.
此表允许你选择或去除calibration中的 PPG ions ，也可用Update Ref.重建一个新表或保存修改后的新表.

1-4 关闭editor window 回到 Mass Calibration Option window. 点击 Start 处理已采集的PPG data 进行 calibration.

上栏显示此次与上次calibration 的质量数漂移曲线，中栏显示所有PPG ions的半峰高宽度 （FHWM），下栏显示此次与上次calibration 所有PPG ions 强度变化%。也可打印第二份更详细的校正表包含 Expected Mass, Found Mass, Mass Shift, Peak Width, Peak Width Shift, Intensity Change and DAC等信息.

把此次与仪器安装期间的calibration data比较，看强度是否有明显变化. 如果仪器运行正常，所有离子强度变化应在15%内，所有PPG离子的峰宽变化应在0.1内，若个别离子峰宽变化大于0.1，应进行手动调整。Analyst设定单位质量分辨率为 0.7 amu ；高分辨率为0.5 amu ；低分辨率模式取决于 DC offsets ，此时采集的数据是低同位素峰或无同位素峰分离。高、低和单位质量分辨率应由高级操作员调整。一般地说，日常操作分辨率推荐采用default values .

1-5 如果某些Q1 PPG 峰宽超出 specification,应进行 manual adjustment 。关闭 mass calibration window (use the inner X in the upper right hand corner)回到 tune window. 点击Resolution tab，找到 Advanced button ，应出现 Resolution Table 含有校正的PPG离子质量数和相应的DC Offsets（下图），调整Offset 会影响 axial ion energy和resolution ，如增加 offset 正值，会增加离子在四极杆中的循环数、离子强度会降低，但峰形更窄、分辨率更好。开始前打印此window，对Offsets 进行细微调整如变化0.003 ，再采集数据（10 scans ，MCA mode ）然后用Calibrate icon 确定是否有改善(如1-3 and 1-4描述). 重复此步骤，直到所有离子合乎specification.

1-6 当offsets 设定合适，保证所有PPG离子的分辨率在specification内, 进行最后mass calibration。

Once again run the manual calibration algorithm on the spectra to determine the resolution values (repeat section 1-3 and 1-4)。如所有离子在当前分辨率下变化在 0.1 内，新的calibration应视为通过，系统会提示是否用新的calibration替换已存在的calibration，当出现提示时，回答“YES”).

Update Calibration button 可允许你加入其它数据点进行校正，这样会拓宽已校正的mass range.

Auto Calibration:

2-1 除了manual calibration 外，Analyst可进行automatic Resolution Optimization 。 关闭 Manual Tune window ，此时仪器应处于T tune mode状态。点击 Tune下的 Resolution Optimization 出现Resolution Optimization Options menu。所有calibration standards可拉下 Standards 栏找到. Search Range 控制要校正峰的峰宽度，限制此值在 0.5 or 1 AMU 可防止 program 从峰族中选择另外的强峰；cps threshold 一般为200。

在 instrument 下可选择对quadrupoles 进行校正，如两个 boxes 都选勾，则先后对两个quadrupole进行校正。如选勾unit and high分辨率两个 boxes ，则在选择的quadrupoles上进行两种分辨率校正。

应选勾Mass Calibrate on Success box ，以保证resolution offsets 调节后，DACs能更新数据。
[On the API 2000 only, mass dependent parameters CEP will be estimated by the instrument during the auto calibration process. Analyst will then apply this value as needed in experiments where the CEP is not specified by tuning. To do this, choose two PPG masses and check Update Mass Dependent Parameters. After optimizing the resolution of the quadrupole(s) and calibrating, Analyst will modify the values in the Parameter Settings table by finding optimal values of the parameters at the chosen masses and extrapolating.]

点击 Reference edit 打开 PPG ions表，可选择任意一套离子进行校正（一般地说，建议选择安装时选择的一套离子），如校正范围超过2000 M/Z时，应加入高质量离子。

选勾 Use box 激活PPG 进行optimization and calibration。
[For the API 2000, the mass dependent box needs to be filled in with the Mass values from the table for the high and low mass dependent parameter optimization, verify that these correspond to the edges of your calibration. Click Update Ref. and Close to lock these values into the program for the calibration.]
回到resolution optimization options window ，设置unit resolution校正 quad 1 和quad 3 正离子方式。检查 PPG solution 是否进入MS 并且溶液能够维持进样 5 to 10 minutes. Click Start to activate the process. (如syringe pump 没运行，安section 1-2进行操作.)

2-2 在 optimization 过程中 程序会对 DC offset 值进行微小的调整，使峰的分辨率与指标小于0.1 amu 。此时会产生一个文本文件，记录半峰宽及其它所有变化。观察此文件和显示的数据，监测运行过程。如Analyst 在20次循环（iterations）内不能达到specification，Analyst 就会abort calibration。如能达到要求，此文件会显示成功完成calibration,并停止采集数据。
[ On the API 2000, once all calibration operations are complete, Analyst will ramp the CEP and obtain optimal values for the lowest and highest PPG ions.]

如上window 是一份完成resolution optimization的报告。注意每次 peak widths and corresponding offset values的变化。完成校正后打印该window ，关闭 report，出现‘你是否需要save 此结果’的提示. 点击 Yes 的话，会update 原有的calibration and resolution values. 在update前，仔细评估此报告，保证所需的灵敏度和分辨率、同位素峰分布正确。

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