农药分子设计软件介绍.pptx

主讲：张主讲：张 莉莉 2009.1.9SYBYL7.3软件简介软件简介2 2模块分类模块分类1.基本运行环境和基本运行环境和 分子构象分析分子构象分析SYBYL/base：基本运行平台，包括分子构建、结构基本运行平台，包括分子构建、结构显示、分子力学计算。文件输入显示、分子力学计算。文件输入/输出等基本功能。输出等基本功能。Dynamics：分子动力学计算。分子动力学计算。Concord Sketch：将化合物的二维结构转化为三维将化合物的二维结构转化为三维结构的通用工具结构的通用工具Adv Computation：分子三维构象的搜索、分析工具分子三维构象的搜索、分析工具,帮助寻找分子最低能量构象。帮助寻找分子最低能量构象。2.定量构效关系定量构效关系QSAR With CoMFA：定量构效关系研究工具集，可用于先定量构效关系研究工具集，可用于先导化合物的结构修饰及改造。导化合物的结构修饰及改造。Adv CoMFA：CoMFA模块的扩展功能，包括了几种特殊分模块的扩展功能，包括了几种特殊分子场及子场及QSAR 扩展工具。扩展工具。HQSAR：全息定量构效关系研究方法全息定量构效关系研究方法Hint!：分析疏水性、疏水相互作用，可用于分析疏水性、疏水相互作用，可用于CoMFA分析。分析。Molconn-Z：用于计算基于分子拓扑结构的用于计算基于分子拓扑结构的QSAR描述符。描述符。cLogP/CMR：计算分子的脂水分配系数及分子摩尔折射计算分子的脂水分配系数及分子摩尔折射,用用于于QSAR。3 33.药效团药效团+化学信息学化学信息学DISCOtech：进行活性官能团预测，即通过分析一进行活性官能团预测，即通过分析一系列化合物的可能构象进而推测它们共有的可能的系列化合物的可能构象进而推测它们共有的可能的药效基团。药效基团。GALAHAD：采用新遗传算法快速生成高质量的药采用新遗传算法快速生成高质量的药效团模型效团模型GASP：采用遗传算法进行活性官能团预测。采用遗传算法进行活性官能团预测。UnityBase：化学数据库的搜索、分析、管理系统。化学数据库的搜索、分析、管理系统。Unity3D：三维数据库搜索工具。：三维数据库搜索工具。4.分子对接分子对接Surflex-dock：快速精确地将配体与蛋白质活性位点快速精确地将配体与蛋白质活性位点进行柔性对接计算，用于虚拟筛选。进行柔性对接计算，用于虚拟筛选。Cscore：提供了评价配体提供了评价配体-受体之间相互作用的多种受体之间相互作用的多种方法，用于对接结果的一致性评价。方法，用于对接结果的一致性评价。Molcad：分子表面性质的计算和显示。分子表面性质的计算和显示。5.从头设计模块从头设计模块 Leapfrog：利用已知的受体蛋白质结构或利用已知的受体蛋白质结构或QSAR模型进行模型进行 de novo 配体设计，并可用于优化先导化合物。配体设计，并可用于优化先导化合物。4 4 cd：改变所在目录改变所在目录 用法：用法：cd cd 绝对路径或相对路径绝对路径或相对路径例：例：cd/home/test#cd/home/test#进入进入/home/testhome/test目录目录cd.cd.#回到上一级目录回到上一级目录cd cd#回到你的登录目录回到你的登录目录cd testcd test#进入当前目录下的进入当前目录下的testtest目录目录一、一、Linux命令简单介绍命令简单介绍5 5 pwd：显示你的当前路径显示你的当前路径用法：pwd 例：cd/usr/localpwd/usr/local6 6 ls：查看目录内容查看目录内容 用法：用法：用法：用法：ls ls 选项选项选项选项例：例：例：例：ls ls#查看当前目录内容查看当前目录内容查看当前目录内容查看当前目录内容ls a ls a#查看所有的文件查看所有的文件查看所有的文件查看所有的文件 ls l ls l#查看文件详细信息，如显示查看文件详细信息，如显示查看文件详细信息，如显示查看文件详细信息，如显示 文件创建的日期、它的大小、所文件创建的日期、它的大小、所文件创建的日期、它的大小、所文件创建的日期、它的大小、所 有者、权限等等有者、权限等等有者、权限等等有者、权限等等 ls *.exels *.exe#显示扩展名为显示扩展名为显示扩展名为显示扩展名为exeexe的文件的文件的文件的文件7 7 cat：显示文件内容：显示文件内容用法：cat 文件名例：cat hello.log#显示hello.log文件的内容cat hello|less#分页显示hello文件内容8 8 mkdir 创建目录创建目录 用法：用法：用法：用法：mkdir mkdir 路径路径路径路径+目录名目录名目录名目录名例：例：例：例：mkdir mydirmkdir mydir#在当前路径下创建在当前路径下创建在当前路径下创建在当前路径下创建mydirmydirmkdir/tmp/dir#mkdir/tmp/dir#在在在在/tmptmp目录下创建目录下创建目录下创建目录下创建dirdir9 9 cp 复制文件复制文件用法：cp 源文件 目标文件例：cp file1 file2#当前目录下复制file1到file2cp file1/tmp#复制当前目录下的file1到/tmp目录下1010 mv 移动文件移动文件用法：用法：mv mv 源文件源文件 目标文件目标文件例：例：mv file1 file2#mv file1 file2#当前目录下将当前目录下将file1file1移移动到动到file2file2cp file1/tmpcp file1/tmp#移动当前目录下的移动当前目录下的file1file1到到/tmptmp目录下目录下1111 rm 删除文件删除文件用法：用法：rm 文件名文件名例：例：rm file1#删除当前路径下删除当前路径下file1rm*.tmp#删除当前路径下所有扩删除当前路径下所有扩展展名为名为tmp的文件的文件 rm f file1#强制删除文件强制删除文件rm rf test#强制删除强制删除test目录下目录下所有内容所有内容1212top 显示显示CPU进程进程用法：top1313vi 文本编辑器文本编辑器用法：用法：用法：用法：vi vi 文件名文件名文件名文件名 进入进入进入进入vivi后命令：后命令：后命令：后命令：i i 光标前插入光标前插入光标前插入光标前插入o o 新建一行新建一行新建一行新建一行文件操作按文件操作按文件操作按文件操作按EscEsc，打打打打“：”出现命令提示：出现命令提示：出现命令提示：出现命令提示：q q 退出退出退出退出 wqwq存盘退出存盘退出存盘退出存盘退出 q q！不保存退出不保存退出不保存退出不保存退出1414二、分子对接二、分子对接Surflex-dock151516161717181819192020END