雌、雄海水青鳉肝脏组织差异表达基因转录组分析_张林宝.pdf

DOI:10.12131/20220250文章编号：2095 0780（2023）03 0088 10雌、雄海水青鳉肝脏组织差异表达基因转录组分析张林宝，田 斐，陈海刚，张 喆，叶国玲，李艺彤，唐海威中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源环境野外科学观测实验站/广东省渔业生态环境重点实验室，广东 广州 510300摘要：海水青鳉(Oryzias melastigma)作为雌雄异体的模式动物，在研究外来污染物毒性效应性别差异上具有优势。运用转录组学技术系统研究了雌、雄海水青鳉肝脏组织中的差异表达基因，结果显示雌、雄青鳉肝脏中共有1 351个显著差异表达基因，其中683个在雌鱼肝脏中高表达，668个在雄鱼肝脏中高表达。雌鱼肝脏中高表达的差异基因主要涉及生殖和性激素合成相关通路，如卵黄蛋白原和雌激素受体。雄鱼肝脏中高表达的差异基因主要涉及能量代谢、细胞骨架和肌肉收缩等相关生物过程，如丙酮酸激酶、肌酸激酶、肌球蛋白和肌钙蛋白等。实时荧光定量PCR验证结果显示，除DNA错配修复蛋白基因以外，其他17个基因差异表达倍数与RNA-seq对应基因差异表达趋势基本一致，表明转录组分析数据基本可靠。研究表明，雌、雄海水青鳉肝脏中基因表达具有差异调控模式，研究获得的差异基因和调控通路将为海水青鳉对外来污染物性别差异响应分子机制研究提供一定的理论基础。关键词：海水青鳉；肝脏；性别；转录组；差异表达基因中图分类号：X 55;S 949文献标志码：A 开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Comparative transcriptome analysis in livers of female and male marinemedaka(Oryzias melastigma)ZHANG Linbao,TIAN Fei,CHEN Haigang,ZHANG Zhe,YE Guoling,LI Yitong,TANG HaiweiSouth China Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences/Scientific Observing and Experimental Station ofSouth China Sea Fishery Resource and Environment,Ministry of Agriculture and Rural Affairs/Guangdong Provincial KeyLaboratory of Fishery Ecology and Environment,Guangzhou 510300,ChinaAbstract:As a gonochoristic model animal,marine medaka(Oryzias melastigma)is good for studying the sex-specific re-sponses of organisms to xenobiotic pollutants.We used comparative transcriptomics technology to systematically investigate thedifferentially expressed genes(DEGs)between the liver tissues of female and male medaka.We identified 683 significantly up-regulated DEGs in the females,and 668 DEGs in the males.The high expressed DEGs in the females were involved in the repro-ductive and sex hormone synthesis pathways,such as vitellogenin and estrogen receptor.The top twenty DEGs in the males wereinvolved in energy metabolism,cytoskeleton and muscle contraction,such as pyruvate kinase,creatine kinase,myosin and tro-ponin.Except for the DNA mismatch repair protein,all the 17 DEGs had similar magnitude and expression trends by both qRT-PCR and RNA-seq analyses,which confirms the reliability of the RNA-seq data.The results demonstrate that the gene expres-sion patterns are different in the livers of female and male medaka,and the DEGs provide a theoretical basis for promoting the第 19 卷第 3 期南 方 水 产 科 学Vol.19，No.32023 年 6 月South China Fisheries ScienceJun.，2023收稿日期：2022-09-17；修回日期：2022-11-28基金项目：广东省自然科学基金项目(2017A030313220)；广东省科技计划项目(2019B121201001)；中国水产科学研究院南海水产研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2021SD17)；农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室开放基金(FREU2020-01)作者简介：张林宝(1984)，女，副研究员，博士，研究方向为海洋环境毒理学。E-mail:通信作者：陈海刚(1980)，男，副研究员，博士，研究方向为渔业生态环境。E-mail:molecular mechanism of sex-specific responses of medaka to xenobiotic pollutants.Keywords:Oryzias melastigma;Liver;Sex;Transcriptome;Differential expression genes海水青鳉(Oryzias melastigma)隶属于颌针鱼目、怪颌鳉科、青鳉属，成鱼体长 34 cm，出生后 3 个月即可性成熟，可在实验室内实现大规模养殖。由于体型小、繁殖快、雌雄易分辨、温度和盐度适应范围广等特征，海水青鳉已成为生态毒理学研究领域常用的海水模式鱼种之一1-2。其在毒理学上的应用十分广泛，在传统污染物如苯并a芘3、全氟化合物4、多溴联苯醚5、重金属6、环境内分泌干扰物7，以及新型污染物如纳米污染物8、有机磷酸酯类阻燃剂9、微塑料10-12等的研究上均有着广泛应用。多组学联合研究与代际毒理效应研究也通过海水青鳉得以使用与发展13-14。另外，海水青鳉全基因组已获得测序并在公共数据平台上公开15，基于二代平台的海水青鳉转录组及数字表达谱研究也多有进行16-17，以上关于海水青鳉基因组和转录组的深入研究为其发展为海洋风险评价的生态毒理学模型提供了便利。海水青鳉为雌雄异体动物，雄鱼的臀鳍使得海水青鳉成鱼具有明显的性别分化特征，从而使海水青鳉在研究污染物的性别差异上具有优势。微阵列研究表明，2,2,4,4-四溴联苯醚(2,2,4,4-tetrabro-modiphenylether,BDE-47)暴露下，相较于雌性，雄性海水青鳉肝脏组织对污染物暴露更为敏感，污染物对雄鱼免疫系统(补体系统)的影响也更为显著18-19。然而在邻苯二甲酸二(2-乙基)己酯(Di-ethylhexyl phthalate,DEHP)的急性暴露下，海水青鳉雌鱼的免疫响应比雄鱼更为敏感20。海水青鳉对有毒物质的性别差异响应可能由雌、雄个体肝脏组织中固有的生物学差异引起。Qiao 等21认为卵生鱼类肝脏组织的固有性别差异，主要涉及能量代谢、解毒和生殖过程，可能会显著影响雌、雄个体肝脏组织对某种污染物的响应。但是，目前关于正常海水青鳉肝脏不同性别的对比研究工作尚未见报道，这显然制约了污染物毒性性别差异的分子机制研究工作。肝脏组织是鱼类外来污染物解毒代谢的重要场所，也是鱼类最具性别差异性的器官之一22。因此本研究采用转录组测序技术(RNA-Seq)分别对雌、雄海水青鳉肝脏进行转录组测序、基因功能注释和表达谱分析，系统解析正常条件下雌、雄海水青鳉肝脏组织中的差异表达基因，为生态毒理学研究中海水青鳉对外来污染物毒性效应的性别差异研究提供理论基础。1 材料与方法 1.1 实验样品及处理实验用海水青鳉在本实验室经过长时间人工孵化与驯养，稳定繁殖 10 代以上。海水青鳉成鱼饲养于循环水养殖系统中，实验用水为过滤并曝气48 h 后添加适量海盐的人工海水，水体盐度为 30，水温保持在(281)，光/暗周期比为 14 L10 D。成鱼分别于每日 9:00 和 15:00 投喂新鲜孵化的丰年虫幼虫，并使用虹吸将残饵和粪便吸出。每周至少更换 1 次 1/2 的人工海水。根据海水青鳉臀鳍的平整度，分别取健康且体长相近的 15 尾雌鱼(CF组)和 15 尾雄鱼(CM 组)置于冰上麻醉，用眼科剪刀剪开鱼的腹部，取出肝脏组织于液氮中速冻后，转移至80 冰箱保存，用于后续的转录组分析。每组随机取 3 尾青鳉肝脏组织合并为 1 个样品，每组设置 3 个生物学重复用于转录组分析，另外 6 尾的肝脏组织用于实时荧光定量 PCR 验证实验。1.2 RNA 提取和转录组测序海水青鳉肝脏组织总 RNA 提取按照 Trizol 试剂盒操作说明进行(Invitrogen 公司)，并使用DNase I 消化 DNA，总 RNA 质量和纯度用琼脂糖凝胶电泳检测，RNA 完整性用 Agilent 2100 检测。提取的 RNA 纯度均满足 OD 值(260/280)在 1.82.2 之间，且含量大于 3.5 g，质量浓度大于200 ngL1。RNA 样品送到武汉金开瑞生物工程有限公司完成文库构建和测序。测序得到的原始序列(Raw reads)过滤掉低质量、接头污染以及未知碱基 N 含量过高的 reads，得到质量较高的待分析数据(Clean reads)。利用 HISAT2 软件将 CleanReads 与参考基因组(GenBank 登录号：GCA_002922805.2)进行精确比对，获取 Reads 在参考基因组上的定位信息23。转录组序列通过计算其 FP-KM 值(Reads per kilobase per million mapped reads)来确定基因的表达量23。利用 DESeq2 软件包筛选雌、雄个体肝脏组织中的显著差异表达基因24。本研究差异表达基因的筛选标准为|log2FoldChange|1 且矫正后的 P 值 Padj0.05。此外，利第 3 期张林宝等:雌、雄海水青鳉肝脏组织差异表达基因转录组分析89用 Gene ontology(GO)25、Kyoto encycloprdia ofgenes and genomes(KEGG)26等数据库对差异基因进行功能注释和富集分析，获得差异表达基因的代谢通路注释信息，以上分析均以 P0.05 作为统计学显著性的阈值。1.3 实时荧光定量 PCR 验证(qRT-PCR)提取用于进行 qRT-PCR 分析的实验鱼肝脏组织总 RNA，逆转录后进行实时荧光定量 PCR 实验。使用 Primer Primeir 5 软件，根据转录组相关基因的序列设计基因特异引物(表 1)。这些基因主要包括能量代谢相关基因 丙酮酸激酶 pyruvatekinase(PK)，肌酸激酶 creatine kinase M-type(CKM)，ATP 依赖 6-磷酸果糖激酶 ATP-dependent6-phosphofructokinase,muscle type(ATP-PFK)，异柠檬酸脱氢酶 isocitrate dehydrogenase,mitochondrial(IDH)和葡萄糖激酶 glucokinase(GCK)，细胞骨架表1 靶基因qRT-PCR引物序列Table 1 Primer sequences of tested genes used in qRT-PCRGene 编号Gene ID注释结果Gene description引物序列(53)Primer sequence(53)ENSOMEG00000014272丙酮酸激酶 pyruvate kinaseGATGCAGGTTCTTCCGTTATGTTTCAGCGTGGTATTCGTGENSOMEG00000023209肌酸激酶 creatine kinase M-typeTACAAGCCCACCGACAAGCAGCCAGAGCCTCAATGGACAGENSOMEG00000008770ATP依赖6-磷酸果糖激酶 ATP-dependent 6-phosphofructokinase,muscle typeTCCTCCAGGGACATCAGACCAGGAAAGCCTCAAAGCENSOMEG00000013229异柠檬酸脱氢酶 isocitrate dehydrogenase NADP,mitochondrialACATTCCTCGGCTTGTTCACATTCCTCGGCTTGTTCENSOMEG00000016412葡萄糖激酶 glucokinaseGCGATTTCTTGGCTTTGGGGAGTACATTTGGTTCGTENSOMEG00000013940肌球蛋白重链 myosin heavy chainAAGGCTAACAGTGAGGTGGCTCCACATCAATCATAAGGTCENSOMEG00000022055肌钙蛋白C troponin CACTCACCCAAACGGACCCAGGCCCAGCATCCTCATCACCTENSOMEG00000017631卵黄蛋白原1 vitellogenin-1ACCCTCTACTCTGTCAACGATATCTTCTGGCACTCCTCACENSOMEG00000017938卵黄蛋白原2 vitellogenin-2TGAAAGATGTACCGAGTGCGTCAATGGGTGTTTGGAGGAGENSOMEG000000155123-羟基类固醇异构酶 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomeraseTGGAGTTCCGTGTTTGAGTTGGTCATTAGCCACATAGTTAGGENSOMEG0000001014117-羟基类固醇脱氢酶 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 7GTGCTGCCAAAGAAATCAAAACATAGAAGAGGCTCCAACTENSOMEG00000009991雌激素受体 estrogen receptorATCAGCCCAGCCTCCTCAGGGTCCGTTCGTCTCCATENSOMEG00000011913脂肪酸脱羧酶2 fatty acid desaturase 2CGGCACTGCTGGCAACTTGGCTGAACGGCTCCTAAAENSOMEG00000009600细胞色素P450 cytochrome P4502K1ACGAGCCAACGAGACAATACTAGCAGTCCACAAATCCCCTENSOMEG00000011275DNA复制许可因子 DNA replication licensing factor MCM6CCACGGAAACGACGAGGTATTTGGCGGTACTCGGGTCTENSOMEG00000001336DNA错配修复蛋白 DNA mismatch repair proteinGGCGTCGCATCATAGTAGCTCCCTTCTTCCTCCTCCTCTTENSOMEG00000001928DNA修复蛋白 DNA repair protein RAD51 homolog 1CGAGTTTGGTGTTGCCGTAGAGGTCAGATTTCCCAGCGTCENSOMEG00000014847DNA聚合酶 DNA polymerase epsilon subunit 2GTGCCCAGATACATTTACAACGGTGACCATCCCGAGTACGATTA18S核糖体RNA 18S ribosomal RNAGACAAATCGCTCCACCAACTCCTGCGGCTTAATTTGACCC90南 方 水 产 科 学第 19 卷相关基因 肌球蛋白重链 myosin heavy chain(Myo-sin)和肌钙蛋白 troponin C(TC)，生殖内分泌相关基因 卵黄蛋白原 1 vitellogenin-1(VTG1)，卵黄蛋白原 2 vtellogenin-2(VTG2)，3-羟基类固醇异构酶 3-beta-hydroxysteroid-Delta(8),Delta(7)-isomerase(EBP)，17-羟基类固醇脱氢酶 17-beta-hy-droxysteroid dehydrogenase 7(HSD17)，雌激素受体estrogen receptor(ER)，脂类代谢相关基因脂肪酸脱羧酶 2 fatty acid desaturase 2(FAD2)，细胞色素P450 基因(CYP4502K1)，以及 DNA 复制与修复过程相关基因 DNA 复制许可因子 DNA replication li-censing factor MCM6(DRLF)，DNA 错配修复蛋白DNA mismatch repair protein(DMRP)，DNA 修复蛋白 DNA repair protein RAD51 homolog 1(DRP)，DNA 聚合酶 DNA polymerase epsilon subunit 2(DPE)。在实验中以海水青鳉持家基因 18S ri-bosomal RNA 为内参27，采用 TB Green qPCR 试剂盒(TaKaRa)和 AB 公司 7500Fast 型荧光定量PCR 仪，对目标基因的相对表达量进行检测。PCR 反应条件为 50 2 min；95 10 min；95 15 s，60 1 min，共 40 个循环。反应完成后进行熔解曲线分析：95 15 s，60 20 s，然后缓慢升温至 95，连续记录荧光信号的变化，将温度的XSD变化与荧光信号的变化求负倒数后对温度作图，可得到产物的 Tm 值。数据处理首先用 18S ribosomalRNA 作为内参基因对其他研究基因的表达量进行标准化，计算CT值28。以雄性海水青鳉作为参照因子，其倍数变化为 1，雌性组海水青鳉基因表达差异相对于雄性组基因表达的倍数为 2CT。每个样品设置 6 个生物学重复，并进行 3 次技术重复，对这些目标基因进行定量分析，计算雌鱼肝脏基因相对于雄鱼的差异表达倍数。数据结果用“平均值标准差()”表示，并与 RNA-seq 测序后相关基因表达量进行比较。2 结果 2.1 海水青鳉肝脏转录组的测序与组装本研究雌、雄海水青鳉 CF 和 CM 组肝脏组织6 个转录组文库测序结果和数据质量如表 2 所示。测序结果经过质控后，获得后续分析使用的 CleanReads，所有文库的测序错误率均小于等于 0.03%，Q30 均大于 93.70%，说明文库构建与测序质量较好。为了确定测序获得的片段是由哪些基因转录而来，需要将质控后的 Clean Reads 与海水青鳉参考基因组进行比对，本研究中 6 个转录组文库比对到参考基因组的序列数占比为 86.77%91.89%。2.2 雌雄海水青鳉肝脏中差异表达基因筛选用 DESeq 算法对基因在雌鱼和雄鱼肝脏中的表达量进行差异分析，以|log2fold change|1，Padj0.05 为筛选标准，共得到 1 351 个差异表达基因，其中有 683 个基因在雌鱼肝脏中上调表达，668 个基因在雄鱼肝脏中上调表达(图 1)。雌、雄海水青鳉肝脏中表达量最高的前 20 个基因信息如表 3 所示。雌鱼肝脏中上调表达量最高的前 20 个差异基因主要涉及海水青鳉生殖和性激素合成等相关通路，如雌鱼肝脏中卵黄蛋白原(VTG1 和VTG2)基因的表达量是雄鱼的 8.179.90 倍，雌激素受体(ER)和透明带精子结合蛋白(zona pellucidasperm-binding protein 4)基因的表达量分别是雄鱼的 6.45 和 6.89 倍。另外，雄鱼肝脏中上调表达量最高的前 20 个差异基因主要涉及细胞骨架和能量代谢等生物学过程。雄鱼肝脏中丙酮酸激酶、肌酸激酶、磷酸甘油变位酶(phosphoglycerate mutase2)、ATP/ADP 转位酶(ADP/ATP translocase 1)和 6-表2 海水青鳉肝脏转录组测序结果统计Table 2 Statistics of liver transcriptome of O.melastigma样品名称Sample原始数据Raw reads净序列Clean reads错误率Errorrate/%质量值大于30Q30/%比对到基因组上的序列Total mapped reads to genome/%CF146 032 40642 172 4600.0294.3091.89CF246 965 05243 062 4980.0393.7691.71CF345 711 65241 474 5800.0393.9091.92CM144 214 55841 630 5220.0393.7090.06CM247 037 77044 496 9700.0393.9986.77CM347 890 61044 474 9940.0394.0087.79第 3 期张林宝等:雌、雄海水青鳉肝脏组织差异表达基因转录组分析91磷酸果糖激酶等与能量代谢相关的基因表达量是雌鱼的 10 倍以上。雄鱼肝脏中的肌球蛋白(myos-in 和 myosin regulatory light chain)、肌钙蛋白、肌球蛋白结合蛋白(myosin-binding protein C)和结蛋白(desmin)等细胞骨架相关基因的表达水平也显著高于雌鱼。2.3 雌、雄海水青鳉肝脏中差异表达基因 GO 和KEGG 富集分析将差异表达基因按照生物过程(Biological pro-cess)、细胞组分(Cellular component)和分子功能(Molecular function)进行 GO 富集，结果显示1 351 个差异表达基因显著富集在 72 个 GO terms中，包括 35 个生物学过程、20 个细胞组分和17 个分子功能。雌、雄海水青鳉肝脏差异表达基因主要参与氧化还原过程(Oxidation-reduction pro-cess)、有机氮化合物生物合成法(Organonitrogencompound biosynthetic process)和小分子代谢过程(Small molecule metabolic process)等生物学过程。从细胞组成看，差异表达基因主要定位于细胞内细胞器(Intracellular organelle part)和细胞器(Organ-elle part)中。从分子功能上分析差异基因主要为钙离子结合类(Calcium ion binding)。差异表达基因 KEEG 富集分析结果显示，雌、雄海水青鳉肝脏中的差异基因分布在 139 个通路中，其中富集具有显著性(Padj0.05)的 19 个KEGG 通路如表 4 所示。显著差异富集通路主要包括 DNA 复制与修复、脂类代谢和氨基酸与蛋白合成等生物过程。富集到显著 KEGG 通路中的差异基因大部分都在雌性海水青鳉肝脏中高表达。涉及 DNA 复制与修复过程的 KEGG 通路主要包括DNA 复制(DNA replication)、错配修复(Mismatchrepair)、嘌呤代谢(Pyrimidine metabolism)、嘧啶代谢(Purine metabolism)、核苷酸切除修复(Nucle-otide excision repair)和碱基切除修复(Base excisionrepair)。涉及脂类代谢过程的 KEGG 通路包括类固醇生物合成(Steroid biosynthesis)、PPAR 信号通路(PPAR signaling pathway)、脂肪酸代谢(Fatty acidmetabolism)、不饱和脂肪酸生物合成(Biosynthesisof unsaturated fatty acids)、脂肪酸合成(Fatty acidbiosynthesis)和萜骨架生物合成(Terpenoid back-bone biosynthesis)。氨基酸与蛋白生物合成过程相关的 KEGG 通路包括核糖体生物发生(Ribosomebiogenesis in eukaryotes)、内质网蛋白质合成(Pro-tein processing in endoplasmic reticulum)、精氨酸和脯氨酸代谢(Arginine and proline metabolism)、氨基酸生物合成(Biosynthesis of amino acids)、氨酰tRNA 生物合成(Aminoacyl-tRNA biosynthesis)和蛋白运输(Protein export)。2.4 qRT-PCR 验证为了验证雌、雄海水青鳉肝脏转录组测序数据的真实可靠性，我们挑选了 18 个差异表达基因进行荧光定量 PCR 验证。实验结果表明除 DNA 错配修复蛋白基因以外，其他 17 个基因差异表达倍数与 RNA-seq 对应基因差异表达趋势基本一致(图 2)。3 讨论近年来，关于污染物毒理效应的性别差异研究逐渐成为生态毒理学领域关注的热点，多篇论文报道了不同污染物对斑马鱼(Danio rerio)和青鳉毒性效应的性别差异研究13,29-31。生物体对外来污染物的性别特异性反应可能是由雌、雄个体间的内在生物学差异所致，因此分析雌、雄个体间的内在差异非常重要。Wu 等29研究表明有机磷酸酯类阻燃剂暴露对斑马鱼甲状腺的损伤效应具有明显的性别差异，并推测这可能是由于雌、雄斑马鱼解毒代谢261.301501781 110差异基因筛选标准:上调 Up 683下调 Down 668无变化 No 20 360lg(矫正 P 值)lg(Padj)|log2fold change|1,Padj0.05log2基因表达变化倍数log2fold change图1 雌、雄海水青鳉肝脏基因差异表达分析火山图Fig.1 Volcano plot of deferential expressed genes in livers offemale and male O.melastigma92南 方 水 产 科 学第 19 卷表3 雌雄海水青鳉肝脏基因表达变化倍数最高的前20个基因Table 3 Top twenty significantly up-regulated genes in livers of female and male O.melastigma基因IDGene ID变化倍数log2 fold change基因注释Gene description雌鱼 FemaleENSOMEG0000000111510.20溶质载体家族41成员 solute carrier family 41 member 1ENSOMEG0000000378710.05WAP型(乳清酸性蛋白质)四二硫核心 WAP-type(Whey Acidic Protein)four-disulfide coreENSOMEG000000096009.90细胞色素 P450 cytochrome P450 2K1novel.13149.90卵黄蛋白原1 vitellogenin-1ENSOMEG000000176319.80卵黄蛋白原1 vitellogenin-1ENSOMEG000000038059.69WAP型(乳清酸性蛋白质)四二硫核心 WAP-type(Whey Acidic Protein)four-disulfide coreENSOMEG000000147099.65卵黄蛋白原1 vitellogenin-1ENSOMEG000000179389.63卵黄蛋白原2 vitellogenin-2ENSOMEG000000167459.35脑特异性血管生成抑制因子1 brain-specific angiogenesis inhibitor 1ENSOMEG000000146569.31卵黄蛋白原1 vitellogenin-1ENSOMEG000000121029.20蛋白赖氨酸6-氧化酶 protein-lysine 6-oxidaseENSOMEG000000169169.11神经元正五肽受体 neuronal pentraxin receptorENSOMEG000000132378.76cornichon同源蛋白3 protein cornichon homolog 3ENSOMEG000000178818.73ras相关蛋白 ras-related protein Rab-39BENSOMEG000000147408.73卵黄蛋白原1 vitellogenin-1ENSOMEG000000168358.67细胞外丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 extracellular serine/threonine protein kinase FAM20CENSOMEG000000164568.17卵黄蛋白原1 vitellogenin-1ENSOMEG000000179037.67ras相关蛋白 ras-related protein Rab-38ENSOMEG000000089616.89透明带精子结合蛋白4 zona pellucida sperm-binding protein 4ENSOMEG000000099916.45雌激素受体 estrogen receptor雄鱼 MaleENSOMEG0000001427213.42丙酮酸激酶 pyruvate kinase PKMENSOMEG0000001576211.86肌酸激酶 creatine kinase M-typeENSOMEG0000001854111.74热休克蛋白71 heat shock cognate 71 kDa proteinENSOMEG0000001394011.72肌球蛋白重链 myosin heavy chain,fast skeletal muscleENSOMEG0000002180311.30肌球蛋白调节轻链2 myosin regulatory light chain 2,skeletal muscle isoformENSOMEG0000002182911.00磷酸甘油酸突变酶2 phosphoglycerate mutase 2ENSOMEG0000000532210.74肌球蛋白重链 myosin heavy chain,fast skeletal muscleENSOMEG0000001508710.60肥大细胞蛋白酶8 mast cell protease 8ENSOMEG0000000030710.56肌钙蛋白C troponin C,skeletal muscleENSOMEG0000001248410.55蛋白酪氨酸磷酸酶 protein tyrosine phosphatase type IVA 3ENSOMEG0000000750110.50ADP/ATP转位酶 ADP/ATP translocase 1ENSOMEG0000002320910.48肌酸激酶 creatine kinase M-typeENSOMEG0000000877010.47ATP依赖6-磷酸果糖激酶 ATP-dependent 6-phosphofructokinase,muscle typeENSOMEG0000000269110.25辛肌动蛋白结合重复序列蛋白 Xin actin-binding repeat-containing protein 2ENSOMEG0000000652010.24小清蛋白 parvalbumin betaENSOMEG0000000867210.21LIM结构域结合蛋白 LIM domain-binding protein 3ENSOMEG0000001839110.15肌球蛋白结合蛋白C myosin-binding protein C,fast-typeENSOMEG000000206509.98ryanodine受体 ryanodine receptor 1ENSOMEG000000014839.96结蛋白 desminENSOMEG000000158079.96AMP脱氨酶 AMP deaminase 1第 3 期张林宝等:雌、雄海水青鳉肝脏组织差异表达基因转录组分析93表4 差异表达基因显著富集KEGG通路Table 4 Significantly enriched KEGG pathwaysKEGG 通路KEGG pathway雌鱼Female雄鱼MaleP通路 IDPathway IDDNA复制与修复过程 DNA replication and repair processDNA复制 DNA replication2001.911011ola03030错配修复 Mismatch repair1105.03106ola03430嘧啶代谢 Pyrimidine metabolism1233.31103ola00240嘌呤代谢 Purine metabolism10132.52102ola00230核苷酸切除修复 Nucleotide excision repair903.18102ola03420碱基切除修复 Base excision repair714.95102ola03410脂类代谢过程 Lipid metabolism process甾体生物合成 Steroid biosynthesis1302.64107ola00100PPAR信号通路 PPAR signaling pathway886.39103ola03320脂肪酸代谢 Fatty acid metabolism1221.70102ola01212不饱和脂肪酸生物合成 Biosynthesis of unsaturated fatty acids722.52102ola01040脂肪酸生物合成 Fatty acid biosynthesis603.78102ola00061萜骨架生物合成 Terpenoid backbone biosynthesis603.78102ola00900氨基酸与蛋白生物合成 Amino acid and protein biosynthesis真核生物核糖体生物发生 Ribosome biogenesis in eukaryotes2112.64107ola03008内质网蛋白加工 Protein processing in endoplasmic reticulum2733.31103ola04141精氨酸和脯氨酸代谢 Arginine and proline metabolism481.22102ola00330氨基酸生物合成 Biosynthesis of amino acids971.30102o