BMK-ONT细菌基因组测序服务合同模板.docx

合同书

合同登记编号：

合同编号：

技术服务合同

项目名称：(单位简称)(数量)(物种)细菌基因组测序分析-完成图
委托方（甲方）：

受托方（乙方）：北京xx生物科技有限公司

签订地点
xx
签订日期
年月日
有效期限
年月日至年月日

2

合同书

填写说明
一、 本合同为中华人民共和国科学技术部印制的技术开发（委托/合作）合同示范文本，各技术合同登记机构可推介技术合同当事人参照使用。
二、 本合同书适用于一方当事人委托另一方当事人进行新技术、新产品、新工艺、新材料或者新品种及其系统的研究开发所订立的技术开发合同。
三、 本合同适用于当事人各方就共同进行新技术、新产品、新工艺、新材料或者新品种及其系统的研究开发所订立的技术开发合同。
四、 签约一方为多个当事人的，可按各自在合同关系中的作用等，在“委托方”、“受托方”项下（增页）分别排列为共同委托人或共同受托人。
五、 本合同书未尽事项，可由当事人附页另行约定，并可作为本合同的组成部分。
六、 当事人使用本合同书时约定无需填写的条款，应在该条款处注明“无”等字样。

技术服务合同

委托方（甲方）：

住所地：

法定代表人：

项目联系人：

联系方式：

通讯地址：

电话：

传真：

电子信箱：

受托方（乙方）：
北京xx生物科技有限公司（简称：xx）
住所地：
xx南法信府前街12号顺捷大厦5层
法定代表人：
xx
项目联系人：

联系方式：
xx
通讯地址：
xx南法信府前街12号顺捷大厦5层
电话：
xx
传真：
xx
电子信箱：
xx

本合同甲方委托乙方就(单位简称)(数量)(物种)细菌基因组完成图测序分析进行专项技术服务，并支付相应的技术服务报酬。双方经过平等协商，在真实、充分地表达各自意愿的基础上，根据《中华人民共和国合同法》的规定，达成如下协议，并由双方共同恪守。
第一条定义:
除非另有约定，本合同使用的下列术语应具有如下界定的含义：
1. “合同”或“本合同”：指本合同正文和其附件，共同构成合同整体并相互补充；
2. “交付成果”：指乙方根据本合同规定交付的服务成果，包括文库、测序数据或分析结果等；
3. “技术障碍”：指在乙方现有条件下无法克服的技术问题，包括但不限于因合同约定的技术方法、技术路线、履行合同所使用的设备、仪器、软件等本身的缺陷或局限性、生物特性、生物个体差异性等导致的无法克服的技术问题；
4. 标题：仅为方便参考而设，不影响本合同的解释和意义。
第二条甲方委托乙方进行技术服务的内容如下：
1. 建库测序前样品的质检
(1) 乙方对甲方样品进行样品检测，样品质检标准见附件；
(2) 若样品不满足质检标准，乙方根据经验会给甲方提供合理建议，由甲方最终确认是否继续实验或是重新提供样品，乙方对于实验的最终结果不承担责任。
2. 技术服务内容及目标
样品检测合格后，乙方基于多种测序技术平台，构建DNA测序文库进行建库测序，并获得测序数据。
乙方采取以下技术路线进行细菌基因组完成图测序分析：样品制备――Nanopore平台测序――生物信息数据分析。
3. 技术服务的方式
最终提交测序数据和项目结题报告。
4. 分析结果具体包括以下几个方面内容

具体分析内容
备注
标准分析
1、 数据质控
2、 基因组初步组装
3、 基因组情况评估
4、 基因组组分分析
编码基因预测；
重复序列注释；
非编码RNA预测；
假基因分析；
细菌基因岛预测；
前噬菌体预测；
CRISPR序列预测；
5、 基因组圈图
6、 基因功能注释
通用数据库注释：GO, KEGG, COG, Swiss-prot, Nr, pfam；
信号肽预测、跨膜蛋白、转运蛋白、分泌蛋白分析；
各专用数据库注释：CAZyme，ARDB，PHI，VFDB；

高级分析（可选）
比较基因组分析
基因家族分类；特有和共有基因检测；快速进化基因检测；物种间进化关系分析；共线性分析
由甲方提供进行比较的物种基因组信息，价格按reference样本数计算。
定制化信息分析

分析内容由甲方提出并填写，由技术人员评估后给出价格及项目周期。
售后服务
甲方可以在分析完成日后的三个月内针对原有数据、结果、分析方法等方面的疑问咨询乙方，乙方在一个月内给甲方提供整理分析类服务，三个月内提供问题解答服务，咨询范围只限于合同中的服务内容。

注：乙方提供给甲方的分析内容以合同为准，任何口头承诺均无效。
第三条乙方应按下列要求完成技术服务工作：
1. 技术服务地点：北京xx生物科技有限公司
2. 技术服务期限：60天（不包括高级及个性化分析时间）
3. 技术服务进度：
(1) 乙方在收到甲方样品及《样品信息单》后开始样品检测，DNA样品检测合格且预付款到位后的45个工作日内完成样品制备、全部测序反应及相应的信息分析；
(2) 乙方在甲方认可项目结题报告且尾款到位后的5个工作日内向甲方提供项目所有原始数据和分析结果；
(3) 甲乙双方沟通或等待对方反馈所花费的时间不包括在50个工作日内。
4. 技术服务质量：完成预估大小为 M的细菌完成图测序，测序深度≥100X，0 gap。
第四条为保证乙方有效进行技术服务工作，甲方应当向乙方提供下列工作条件和协作事项：
1. 提供技术资料和工作条件：
(1) 甲方一次性提供乙方要求的DNA或菌体（确定样本类型）样本，且达到乙方样品标准，具体标准见附件；
(2) 甲方需详细填写《样品信息单》，寄送样品时必须随同样品寄送纸质版信息单，并同时发送电子版给乙方。因样品信息单填写不完整、填写错误或不及时发送造成的检测错误、项目延期等后果，均由甲方承担；
(3) 按照第五条的条款约定支付乙方服务费用。
2. 甲方提供上述工作条件和协作事项的时间及方式：
在本合同签订5天内，以书面和电子邮件两种形式提供《样品信息单》。
3. 其他：无
第五条甲方向乙方支付技术服务报酬及支付方式为：
1. 技术服务费总额为：人民币贰拾万元整（¥200,000.00）；
2. 技术服务费由甲方分期（一次或分期）支付乙方。
具体支付方式和时间如下：
(1) 合同生效的5个工作日之内，甲方把相当于协议金额的80%预付款人民币拾陆万元整（¥160,000.00）转入乙方帐户；
(2) 完成全部项目且达到合同指标要求后，乙方5个工作日内提交项目结题报告，甲方把相当于协议金额的20%尾款人民币肆万元整（¥40,000.00）转入乙方帐户；
(3) 乙方合同盖章后，在邮寄合同时，预付款发票与合同一起邮寄。开具单位与合同中甲方名称保持一致，发票开具内容为测序技术服务费；
(4) 如因甲方样品不合格而造成合同终止，乙方向甲方收取实际已发生费用：样品检测费用￥200.00/样本/次。如果合同继续，每个样品免费检测2次，超出的部分，按照￥200.00/样本/次收费；
(5) 若甲方需要乙方进行样品提取，则甲方需要向乙方支付提取费用￥200.00/样本。
乙方开户银行名称、地址和帐号为：
开户银行：中国工商银行股份有限公司北京顺义支行
帐号： 0200005909200203276
第六条双方确定因履行本合同应遵守的保密义务如下：
甲方：
1. 保密内容: 未经乙方书面同意，甲方不得将本项目的任何技术资料等涉及乙方机密的信息泄漏给第三方；
2. 涉密人员范围: 除乙方外的所有人员或单位；
3. 保密期限：自合同生效日起3年；
4. 泄密责任：违反合同约定，擅自将有关技术资料或涉及乙方机密的技术引用、发表或提供给第三方，应支付数额为报酬总额100％的违约金，并且承担由此带给乙方的一切经济损失。
乙方：
1. 保密内容: 未经甲方的书面同意，乙方不得将本项目的任何研究材料等涉及甲方科研内容或成果的相关资料泄露给第三方；
2. 涉密人员范围: 除甲方外的所有人员或单位；
3. 保密期限：自合同生效日起3年；
4. 泄密责任：违反合同约定、擅自将有关资料或涉及甲方研究内容或本项目的研究成果引用，发表或提供给第三方，应支付数额为报酬总额100％的违约金，并且承担由此带给甲方的一切经济损失。
在不涉及泄漏技术秘密及科研内容、研究成果的前提下，乙方可以将本合同用于技术服务合同的认定。
第七条本合同的变更必须由双方协商一致，并以书面形式确定：
但有下列情形之一的，一方可以向另一方提出变更合同权利与义务的请求，另一方应当在 15个工作日内予以答复；逾期未予答复的，视为同意：
1. 甲方提供的工作条件不符合乙方要求，但甲方坚持要求履行合同；
2. 因不可克服的技术障碍导致合同无法正常履行。
第八条双方确定以下列标准和方式对乙方的技术服务工作成果进行验收：
1. 乙方完成技术服务工作的形式：最终提交所有原始数据，分析结果及项目结题报告；
2. 技术服务工作成果的验收标准：达到第三条第4点的质量标准；
3. 技术服务工作成果的验收方法：甲方通过对乙方提供的测序数据及分析结果进行书面或邮件确认；
4. 验收的时间和地点：年月日，北京。
第九条双方确定成果归属按照以下方式：
1. 在本合同有效期内，甲方利用乙方提交的技术服务工作成果所完成的新的技术成果，归甲（甲、双）方所有。
2. 在本合同有效期内，乙方利用甲方提供的技术资料和工作条件所完成的新的技术升级与软件开发，归乙（乙、双）方所有。
第十条双方确定，按以下约定承担各自的违约责任：
1. 如因甲方样品、资料不合格或未能按时到位等原因导致的项目延误等损失由甲方承担责任；
2. 如因乙方原因不能按时完成项目，由乙方承担责任。乙方应及时与甲方沟通协商项目延期方式；
3. 样品经检测不合格，若甲方仍坚持进行项目，则甲方需按正常价格付费，乙方将不保证约定的技术指标。由此而造成的损失，乙方不承担责任；
4. 签约各方理解，生物技术服务带有不确定性和技术风险。如因不可克服的技术障碍导致本项目不能完成，签约各方协商后中止项目，按照乙方实际已完成的工作量计算费用，双方各承担50%的损失；
5. 如因不可抗拒的客观因素导致的项目延误或不能继续履行时，双方各承担已发生成本费用的50%。不可抗拒力包括地震、洪水、战争、军事行动、法律或政府政策等相关因素。
第十一条双方确定，在本合同有效期内，甲方指定为甲方项目联系人，乙方指定为乙方项目联系人。项目联系人承担以下责任：
1. 项目进展的及时沟通；
2. 项目进行过程中遇到问题共同协调解决；
3. 及时提供协议双方所必须的工作条件。
一方变更项目联系人的，应当及时以书面形式通知另一方。未及时通知并影响本合同履行或造成损失的，应承担相应的责任。
第十二条双方确定，出现下列情形，致使本合同的履行成为不必要或不可能的，可以解除本合同：
1. 发生不可抗力；
2. 因对方违约使合同不能继续履行或没有必要继续履行且征得对方同意。
第十三条双方因履行本合同而发生的争议，应协商、调解解决。协商、调解不成的，确定按以下第1种方式处理：
1. 提交北京仲裁委员会仲裁；
2. 依法向人民法院起诉。
第十四条与履行本合同有关的下列技术文件，经双方以书面方式确认后，为本合同的组成部分：
附件《DNA测序样品要求及注意事项》
第十五条双方约定本合同其他相关事项为：
1. 数据提交
在项目过程中产生的数据和相关生物信息分析结果文件，如果小于20G乙方可提供云盘下载；大于20G的数据，由甲方提供移动硬盘，乙方提供移动硬盘传输服务。
2. 数据保存
为方便甲方测序数据的使用，乙方承诺在最终数据提供后，继续保留数据3个月，若甲方未在届满期前书面提出继续保留数据，乙方将在届满期后自动删除；如果甲方在届满期前书面提出继续保存数据，则需签订补充协议并根据实际存储数据量与存储时间进行计费。
3. 样品保存
为方便甲方样品管理，乙方承诺在提交项目结题报告和数据提交后，继续保留数据3个月，若甲方未在届满期前书面提出返还样品，乙方将在届满期后自动处理；如果甲方在届满期前书面提出返还样品，则需填写《样品返还信息表》并提交给相应的客服人员进行样品返还事宜。
第十六条本合同一式6份，具有同等法律效力。由甲、乙双方各持3 份。

第十七条本合同经双方法定代表人或项目联系人签字盖章后生效，声明：xx法定代表人xx委托王瑞行使合同审批权和签署权。

甲方：（盖章）
法定代表人／委托代理人：　　　　　　　　（签名）　
年月日

乙方：（盖章）
法定代表人／委托代理人：　　　　　　　　（签名）
年月日

登记机关审查登记栏：

经办人： 技术合同登记机关（专用章）
年 月 日

附件《DNA测序样品要求及注意事项》
1. 样品要求：
请提供DNA样品的相关检测结果，例如以下检测手段中的一种或多种检测结果： Qubi、 NanoDrop、 AGE。请采取适当的纯化方法，以避免多糖、多酚、蛋白或者核酸酶对DNA样品的污染，并详细注明溶解DNA所使用的溶解液类型。
检测结果说明：
level A：A类样品，指纯度、片段大小和浓度均合格，总量满足按数据量计算总量要求的样品。
level B+：B+类样品，指纯度、片段大小和浓度均合格，总量不完全满足按数据量计算总量要求的样品。
level C：质量不完全满足建库要求，可以风险建库但不保证文库大小与测序数据量的样品。
level D：质量完全不满足建库测序要求，不建议使用的样品。
请您按照上述A类样品的要求来准备DNA样品以确保后续建库测序能够正常进行。如果您准备的DNA样品不能满足A类样品指标要求，并且后续不能提供更多的DNA样品，需要提前联系销售人员进行咨询。
产品类型
Level
c(ng/uL)
m(ug)
OD260/280
OD260/230
AGE
N/Q
外观
ONT-细菌/真菌基因组（非片筛）
A
≥50
≥3.0
1.7-2.2
1.7-2.5
size≥23K，降解条带>5K，点样孔无或有轻微污染
0.8-2.5
无颜色、无沉淀物
B+
≥50
≥1.5
1.7-2.2
1.7-2.5
size≥23K，降解条带>5K，点样孔无或有轻微污染
0.8-2.5
无颜色、无沉淀物
C
≥20
0.5-1.5
1.7-2.2
0.5-2.5
完整性和纯度等指标不完全满足建库要求
-
-
D
-
<0.5
<1.7，或>2.2
<0.5，或>2.5
明显降解，点样孔严重污染
-
有颜色或沉淀物
ONT-细菌/真菌基因组（片筛）
A
≥150
≥12
1.7-2.2
1.7-2.5
size≥23K，降解条带>5K，点样孔无或有轻微污染
0.8-2.5
无颜色、无沉淀物
B+
≥150
≥6.0
1.7-2.2
1.7-2.5
size≥23K，降解条带>5K，点样孔无或有轻微污染
0.8-2.5
无颜色、无沉淀物
C
≥150
<6.0
1.7-2.2
1.5-2.5
完整性和纯度等指标不完全满足建库要求
-
-
D
-
-
<1.7，或>2.2
<1.5，或>2.5
明显降解，点样孔严重污染
-
有颜色或沉淀物
*样品质量以本公司专业检测人员在本公司实验室检测结果为准。由于检测过程中会使用一部分样品，在条件允许的情况下，请尽量多提供一些样品，以保证检测后剩余样品满足后续建库测序要求。
2. 菌体送样要求
物种
组织部位
ONT-细菌/真菌基因组（片筛）
ONT-细菌/真菌基因组（非片筛）
PB-细菌/真菌基因组
细菌
细菌
≥4.5×1010
≥4.5×109
≥1.5×1010
真菌
单细胞真菌
≥4.5×1010
≥4.5×109
≥1.5×1010
大型真菌
≥10.0g
≥1.0g
≥3.5g
2.1 细菌
我们没有专门的前处理实验员，所以只接收处理好的细菌菌体样品，请勿直接寄送平板或菌液，以免耽误您的项目进度。
1）显微镜下观察细菌生长状态，最好收集生长期处于对数期的细菌。
2）将适量体积的菌液转移至2 mL 旋盖尖底离心管（无菌，无核酸酶）中，于室温下14000 ×g 离心1 min。
3）弃掉培养基，将细菌菌体沉淀迅速置于液氮中冷冻3h以上，然后转移至-80 °C长期保存。
4）将样品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中间部位，大体积干冰运输。
2.2 真菌
真菌的形态多样，一般分为单细胞和多细胞真菌，酵母菌属于单细胞真菌，而霉菌和蕈菌（大型真菌）都属于多细胞的真菌。真菌的细胞有含甲壳素（又叫几丁质）为主要成分的细胞壁，提取难度较大，建议尽量多准备一些样品。
2.2.1 单细胞真菌
单细胞真菌以酵母菌为代表。一次提取反应所需酵母菌的量需≤1×107个，以 5×106-1× 107个为宜。您要做的项目要求送样量较大时，可以将样品按上述数量要求分装后单独保存。
1） 显微镜下观察酵母菌生长状态，最好收集生长期处于对数期的酵母菌。
2） 将适量体积的酵母菌液转移至将2 mL旋盖尖底离心管中（无菌，无核酸酶），于室温下14000×g 离心1 min。
3） 弃尽培养基，将酵母细胞沉淀迅速置于液氮中冷冻3 h以上，然后转移至-80 °C长期保存。
4） 将样品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中间部位，大体积干冰运输。
2.2.2 大型真菌
大型真菌因种属差异，生长形态差异很大。在制备大型真菌样品时，可参考上述2.1植物组织的制备方法。
1） 从菌体上，取下生长旺盛的组织，用无菌水冲洗干净，再使用 75%乙醇冲洗，用吸水纸吸干样品表面。
2） 如果组织体积较大，应尽量将组织剪切成长宽高均≤0.5cm 的小块。
3） 将处理好的组织样本保存于2 ml 或更大体积的旋盖冻存管中或者用准备好的锡箔纸包裹组织。
4） 迅速置于液氮中冷冻3小时以上，然后转移至-80℃长期保存。
5） 将样品固定好后埋在干冰箱的中间部位，大体积干冰运输。
3. 样品质检
3.1 检测方法
我们使用的检测仪器或检测方法有Thermo Fisher NanoDrop 2000/8000 spectrophotometers、Qubit、琼脂糖凝胶电泳。
3.2 样品检测需要的体积及质量
NanoDrop
Qubit
琼脂糖凝胶电泳
1-2uL
1-2uL
50ng
4. 样品命名、包装及标识
4.1 样品命名
“样品名称”请避免出现汉字，请采用字母和数字表示，长度控制在8个字符以内，最好能体现出其生物学属性和取样情况。比如：“W_2_L_3”，“W”表示野生型，“2”表示第 2 个时期，“L”表示叶，“3”表示第 3 份等。
4.2样品包装
液体样品，建议使用螺旋口的离心管运输，并使用 Parafilm 密封离心管口。干冰运输时，请选用保温性好的泡沫 盒（建议壁厚2公分以上）进行样品存放，准备 8~10 公斤粒状或块状干冰（粉末状干 冰较易挥发），以提供低温的样品保存 环境；多管样品寄送时，请将所有管装于一个自封袋或更大的离心管中，保证能于干冰区分开，以防样品丢失。在选择与委托快递公司时，应事先确认预计送达的时间，并且应在运输过程中应随时跟踪货物的情况，您在记录运单号的同时请务必在《技术服务样品提交单》填写您的运单号，以便我们与您一起追踪样品的运输状态。
4.3样品标识
请在每个样品管上清晰、简明地标记样品名称（采用质量较好的油性笔，并避免与乙醇等有机溶剂接触）；样品管请用 Parafilm 封口。管壁样品名称应与递交的《技术服务样品提交单》中的样品名称保持完全一致。
备注
如果条件允许，为了项目的顺利进行，请您尽量自行提取DNA，谢谢合作！

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