VectorNTI中文使用说明指导书(2).doc

Vector NTI 7.0 User's Manual
软件包汉字翻译者：宋厚辉（浙江大学）
序言（Introduction）
1. 程序附带数据库（Vector NTI database）包含：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。另外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功效，用户能够自己修改、添加、拷贝感爱好各类数据库。
2. 创建新分子（有四种方法）
A． 用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。
B． 手工粘帖，然后保留到数据库中
C． 从其它分子、接头、载体中剪切、拼接构键
D． 从DNA或RNA分子编码区翻译成蛋白质
3. 相关新分子序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入分子全部能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖没有，需要自己编辑
第一章Chapter 1
Tutorial: Display Windows（显示窗口）
目标：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作
· 1.登录Vector NTI
安装后首次登录，系统将提醒是否许可填充空库，点OK。这么DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI数据库。并出现下列两个窗口。
· 2. 观察出现 Vector NTI 工作窗口 和 Database Explorer窗口

上面第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条功效。
第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示是上次打开DNA/RNA或蛋白分子。
3. Create a Display Window for pBR322
激活exlporing——local vector NTI database窗口中DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示以下窗口：

· 4. 观察 pBR322 显示窗口
上面窗口由文本区（对分子信息文字描述，双击文件夹能够看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。
· 5. 显示窗口管理（经过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区相对大小）
· 6. 转换 pBR322’s 图形区：在工具栏左边active pane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphics pane）
· 7. 对 pBR322’s 结构图进行操作：用户能够尝试点击、、，此时图形大小会发生改变。选区设定：菜单Edit——>set selection,输入100bp–1000bp,然后OK.能够看到选择在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到选择5’端,能够看到,经过拖拉能够延长或缩短选区范围,一样在3’端也能做到。假如用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5’端移动一个碱基，首先将鼠标放四处，然后按住shift和键盘右侧——>或<——箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。假如一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。假如用户只是粗略选择，能够直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表含义，假如用户此时按下鼠标，则TCr编码区将被选中。
· 8. 检验 pBR322’s nucleotide 序列
移动标尺，尽可能将更多PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。现在对序列显示样式进行设定：点击（Display Setup）按钮，显示molecular display setup对话框：
用户能够对序列颜色、大小、10个一组显示还是15个一组（默认是10个碱基一组），结构图颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等进行设置。现在我们计划把序列字体颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322酶切图。操作以下：在刚才窗口中点restriction map下面RMap setup按钮，在出现对话框中点Add,再在出现对话框中点select all，然后OK。点sequence下面sequence setup,能够看到序列长度设置等，在color栏中选green,一路点OK。此时显示以下：

我们发觉限制酶是大大多了，不过美中不足是序列显示是两条链（正链和互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码氨基酸一切显示。这好办：先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中（Translate Direct）图标了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看左右两侧图标哟，点点看。（注意用户在发表文章时候，通常在文章中发表自己克隆或表示DNA序列，在DNA序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。什么？内切酶怎么去掉，刚才你怎么加上去就怎么解除吧，看看我下面图不就是办到了）：

9. 对 pBR322’s text 文本描述进行操作
拖动标尺，使文本区尽可能拉大。选中Restriction Map文件夹，然后找到工具条中Expand Branch按钮，点它。其实这和双击restriction map文件夹是一样，全部是打开意思，还有它左边按钮。在找到Feature Map 文件夹，然后按 按钮。看到TC(R)了没，记住它。这是一个四环素抗性基因，在第7章中将具体叙述怎样将这段基因克隆到载体PUC19中。
10. 将 pBR322’s 文本区和图区、序列区连接起来（能够让你一个一个细细品位PBR322每个细小结构，全部看可能会眼花，那就一个一个看吧）
激活文本区，然后找到（Link Panes）按钮，点它。完了，PBR322图区上任何标识全部没了，成了一个圆圈。还有，序列区酶切标识也没了。哈哈，不用急，先点文本区Restriction Map文件夹，然后点按钮打开文件夹里面分支。现在看看，酶切标识又重新显示出来了。激活图形区，找到（Standard Arrangement）按钮了没，点它。会发觉酶切图谱显示方法和刚才不一样了，这是标准方法。在文本区中选中feature map文件夹，点打开，发觉图形又变了。依次关掉feature map中其它文件夹，只留TCR，此时图中只有TCR一个标识了。最终别忘了再点一下链条，发觉图又回到原样。以下图：

（看看上面时钟全部23：12了，该睡觉了），明天继续。
11. 打印 pBR322’s 文本description, 图形 map, 和序列 sequence
打印文本：先激活文本区，（就是active pane右边第一个按钮，或直接用鼠标在本文区点一下），然后按expand branch按钮打开文本区内全部文件夹，然后点打印。一样要想打印图形或序列，先激活其所在选区，然后按打印机图标即可。
· 12.为 41BB_HUMAN创建显示窗口
点击窗口下面exploring——local vector NTI database图标，打开打开Explorer窗口，点击窗口左上角下拉式菜单，选Protein Molecules (MAIN)数据库。找到41BB_HUMAN’s并双击。打开窗口以下：

窗口显示结构和DNA序列显示窗口一致，也包含文本区，图形区和序列区三部分。菜单和工具条也基础一样。在文本区中双击Analysis文件夹，则蛋白自动分析结果以表格形式在下面显示出来。下面我们把这两个表格拷贝到word文档中，先用shift+鼠标将两个表格选中，然后点工具条中摄影机（camera）命令，在出现对话框中能够看到序列range中selection已被选中，点Copy.，然后打开一个word文档，粘帖（ctrl-V）,则表格被完整拷贝到word文档中了。以下所表示：
Length
255 aa
Molecular Weight
27897.66 m.w.
1 microgram =
35.845 pMoles
Molar Extinction coefficient
11250
1 A[280] corr. to
2.48 mg/ml
A[280] of 1 mg/ml
0.40 AU
Isoelectric Point
8.13
Charge at pH 7
3.72

Amino Acid(s)
Number count
% by weight
% by frequency
Charged (RKHYCDE)
83
36.68
32.55
Acidic (DE)
25
10.85
9.80
Basic (KR)
29
14.43
11.37
Polar (NCQSTY)
90
34.08
35.29
Hydrophobic (AILFWV)
67
27.06
26.27
A Ala
11
3.02
4.31
C Cys
25
9.33
9.80
D Asp
11
4.51
4.31
E Glu
14
6.34
5.49
F Phe
16
8.14
6.27
G Gly
21
4.85
8.24
H His
2
0.96
0.78
I Ile
7
2.83
2.75
K Lys
13
5.85
5.10
L Leu
21
8.48
8.24
M Met
3
1.38
1.18
N Asn
12
4.88
4.71
P Pro
18
6.38
7.06
Q Gln
12
5.40
4.71
R Arg
16
8.58
6.27
S Ser
22
7.12
8.63
T Thr
17
6.24
6.67
V Val
11
3.97
4.31
W Trp
1
0.63
0.39
Y Tyr
2
1.12
0.78
B Asx
23
9.39
9.02
Z Glx
26
11.74
10.20
X Xxx
0
0.00
0.00

13. 为1B14_HUMAN创建显示窗口
重新回到exploring——local vector NTI database窗口，找到1B14_HUMAN分子并双击打开。以下图：

注意该蛋白分子图形上多种特征显示十分紧凑，大有眼花缭乱感觉，为了方便起见，我们能够按刚才介绍link命令来逐一显示各个feature。操作方法和DNA分子一致。
关闭窗口，结束，当最终一个窗口关闭是屏幕提醒this will end your vector NTI session,点确定（OK）关闭。
第二章：Chapter 2
Tutorial: Molecule Operations分子操作
目标：对pBR322 general data, feature map, and sequence进行编辑（注意蛋白质和DNA分子操作是一样）
1. 登录Vector NTI程序（刚刚说完，不用再教了吧）
2. 打开 pBR322显示窗口（再罗嗦一遍吧，程序vector NTI——Exploring local vector NTI Database—— DNA/RNA Molecules (MAIN)——PBR322，双击。）
3. 对 pBR322’s 常见数据（general data）进行编辑
在文本区最上面，双击PBR322名字，弹出下面窗口：

1st：给PBR322加关键词：点keywords,在弹出关键词窗口中输入My own plasmid，点Add。回到DNA/RNA Molecular 窗口，将最下面description中内容替换成My pBR322。点OK（确定）。注意屏幕左上角pBR322*，在PBR322后面有一个星号，说明现在显示是PBR322修饰形式。现在我们要在数据库中保留这一结果：
菜单molecular——save as，在弹出对话框中输入序列名字My pBR322，点OK。这时发觉星号不见了，说明结果已保留到数据库中，这时数据库中相关PBR322DNA分子有两个，一个是原始PBR322（就是最初打开那个），另一个就是我们保留那个my PBR322。
3. 编辑 My pBR322’s序列
激活序列区，菜单edit——set selection,在对话框中输入范围21-40，点OK。会发觉序列选区内含有ClaI 和 HindIII两个酶切位点。点击菜单edit——new——Replace Sequence 21 bp–40 bp，将窗口中第23和24位TC删除分别用AA替换，窗口将显示以下：

注意该窗口左下脚显示有：inserted 2,delete 2，什么意思全部不用说了。点OK，注意序列中ClaI位点立即消失了。以下图所表示：

5. 将 My pBR322修改结果取消，不保留到数据库
注意刚才修改完后，在屏幕左上角My pBR322后面，有一个星号，说明目前显示分子已经修改，下面将修改结果取消，点击菜单molecular——Revert To Saved，点OK确定。此时数据库将刚才修改结果取消了。（假如需要保留修改结果则在molecular菜单中选save as命令）
6. 怎样插入新序列片段
通常在编辑序列时候需要在序列图谱中插入一段基因或一段特征序列，先找到序列中AP(R) 标志（ 3293 bp–4156 bp）和 TC(R) 标志（ 86 –1276 bp），菜单edit——Set Caret Position，输入200，将光标打到200bp处，下面我们要在此位置处输入10个T碱基。点菜单edit——new——insert sequence 200bp,在出现对话框中输入10个T，点OK，然后又出现一个对话框，问你是否确定目前序列已经修改（CDS TC(R) is affected by sequence editing，Delete, Delete All, Keep, and Keep All），点keep.我们发觉在200bp序列处多了10个T。我们将鼠标移到AP（R）处，我们发觉其位置已经顺时针移了10个碱基（3303 bp–4166 bp）。其实，在原始序列中一旦插入一段序列后，系统会自动改变图谱中各特征相对位置，假如插入序列在某一特征序列内部，我们点Keep,NTI会自动向3’端移动。现在我们将鼠标移到TCR处，发觉其3’端已经后移了10个碱基（1286），不过5’端没动哟。以下图所表示：

7. 编辑 TC(R) 信号特征
将鼠标移到图形TCr 处，当箭头变成“手”形状时双击（或点鼠标右键，选feature properties）,在出现对话框中用户能够修改TCr位置、名称和描述。我们将名称（name）由TC(R)改成Old TC(R)，然后在最下面description中输入描述：“10 bp fragment inserted”，点OK。则图形结构变成：

8. 删除 P2_P信号，并加入新序列特征
在图谱中找到P2P，选中，点鼠标右键，选Delete Feature From Fmap（或从edit菜单中选择此命令），此时NTI将提醒P2_P will be deleted from the feature map,点OK（确定）。我们发觉图谱中P2P已经没有了。下面我们我为PBR322序列加入一个新特征：
edit——set selection——输入3000-3500bp，点OK。在工具条中找到（add features）按钮，点它。（也能够从edit——new——add feature to FMap进入）。在出现对话框feature name中输入New Feature，注意NTI默认特征类型（feature type）为Misc. Feature，用户能够从列表中选择自己认可特征。最终点OK。图：
下面将My pBR322修改结果保留到数据库中：菜单molecular——save as,（假如不想更名话）点OK，NTI将提醒My pBR322已经存在，是否覆盖，点overwrite.
9. 修改 My pBR322起始坐标（这么可使刚才插入10bp片段和最初PBR322含有一致坐标系）
菜单Molecule——operations——Advanced (DNA/RNA)—— Change Starting Coordinate。在出现对话框new start(新起始点位置)输入：11（因为刚才插入了10bp，所以起始点是1+10=11）。点OK，此时NTI会提醒目前坐标已被修改，是否继续，点OK确定。现在我们会发觉显示窗口中TCR位置已经变成了（76bp–1276bp），还有AP（R）位置（3293 bp–4156 bp），这全部和最初PBR322一致。以下图：

10.退出显示窗口，关闭NTI
第三章：Chapter 3
Tutorial: Working With A Molecule’s Graphical Representation（对分子图形展示进行操作）
目标：以DNA分子为例，对分子图形展示进行操作（蛋白质操作和DNA类似），为pBR322图形创建一个展示窗口，并保留到分子文档中
1. 登录 Vector NTI程序
2. 经过新窗口打开PBR322（和前两章打开方法略有不一样）
在NTI主窗口中，点击工具条最左边打开文件夹（或molecular——Open）,在弹出Open窗口中点击database DNA/RNAs，在列表中找到PBR322，然后OK。
3. 显示窗口调整
比如我们想观察图象具体情况，首先用标尺拖动图形窗口，至于序列和文本区，能够很小，因为我们目标是看图。然后点或让图形放大或缩小，直到满意为止，假如用户想一步步看放大效果，能够按住shift同时点。
4. 修改图形自动排列设置
按住ctrl同时，点（Standard Arrangement），用户能够依据弹出小菜单，来选择图形线条粗细和字体大小，直到满意为止。
5. 修改图形编码区信号（ CDS signals）设置
点中图形中任意编码区（粗箭头），然后按鼠标右键，在弹出下拉菜单中，选CDS Display Setup，用户能够在弹出Graphics Display Setup对话框中修改所选编码区名称、颜色标识、箭头粗细等，（实际上NTI默认就很好了）。用户也能够经过点more来进行更多修改（比如字体和大小等，和word中字体处理很相同），修改完后一路OK点下去即可。注意这种修改只是针对本窗口中分子，对其它分子没有影响。比如我们将箭头填充成兰色。下面我们保留这一设置：点击（display setup）右侧小三角形符号，在弹出菜单中选Save Settings As，然后在弹出窗口中给刚才设置风格取个名字，不妨叫blue，点OK，注意此时NTI 会提醒是否保留其它没用过风格，点NO。现在再点击（display setup）右侧小三角形符号我们会发觉blue已经在下拉菜单上了。（注意这种改变一改就是好多个箭头一块改，假如只想改一个箭头颜色，请看第6条）
6. 打开图片编辑方法
NTI提供了两种编辑图片方法，分子编辑方法 (默认)和图片编辑方法。激活图形区然后按（edit picture）按钮。然后点中图形中任意标识或箭头，按住鼠标右键，在弹出下拉菜单中选properties(属性)或style(风格)等，进行设置，注意此时设置仅仅是所选箭头或标识，而不是整个分子（在第5条中设确实是整个分子，请注意比较，也就是第5条方法是分子编辑方法，两种方法转换经过按钮）。
7. 将 TC(R)箭头变成兰色网格
操作以下：点中按钮，点中TCR箭头，按住鼠标右键，选properties——fill，按右图方法选择：
点OK（假如是汉字操作系统，OK=确定）
8. 放大TC(R)箭头
点中TCR后，当鼠标在箭头周围移动时，会出现两种十字形标识：和，经过鼠标拖动能够改变箭头胖瘦，而拖动则能够改变箭头相对位置（移到圆内或圆外）。假如想让箭头按圆圈转动，能够在按住ctrl+shift同时，拖动。注意这种拖动并不能修改分子本身，仅仅是改变位置而已，假如想修改分子中标识，请使用第二章介绍方法。现在，拖来拖去是不是将箭头拖乱七八糟了，那就按取消吧。以下图：
9. 修改 TC(R)标识格式
将鼠标移到TCr标识上，双击。显示下面对话框（就是属性）
点Font,选择斜体18号字，点OK。TCR将显示以下图：
我们发觉，字体大了。点（Standard Arrangement）按钮，使标识信号回到标准位置，假如图片已经修改，NTI还会不厌其烦提醒是否继续，点确定吧。
10. 加入文本注释
看到窗口工具条最右侧“回形针”符号了没，点它（说什么，没反应？哈哈，那你肯定把忘了，假如没反应，点后再点回形针肯定行），在弹出对话框中输入“Clone into pUC19”，点OK。此时加入注释出现在圆圈中央，用鼠标拖到TCr下面即可（什么？字体太小，哈哈，点中鼠标右键从properties中选择字体大小和颜色）。以下图：

假如认为不爽，能够先选中刚才添加文本，点菜单edit——Delete Annotation进行删除。注意以上修改仅仅是显示界面，NTI并不能将修改显示结果保留到数据库中，所以用户也能够发觉在左上角并没有*号标识，也就是数据库中分子没有改变，假如想让它改变话，只能将文件存到文档文件中了。
11. 将pBR322 分子显示结果保留到文档文件中
菜单Molecule——save as——save as file,名称NTI已经给起好了，就是pBR322.gb。选择好要保留目录，点OK。假如感觉刚才创建blue比较爽，能够在保留前选择右侧三角按钮选择blue。此时系统会提醒是否创建html文件描述分子，点yes（这么我们能够和好友经过internet进行交流了）。注意该文档完全和数据库相关联，其显示信息和数据库中信息一致。但风格和数据库不一样，比如箭头颜色、字体大小等（当然由用户决定）。现在用户能够先关闭文档然后再打开就能够发觉显示风格和数据库中风格完全不一样（不过内容还是一样）。注意：对于原先数据库中没有分子（比如用户依据自己需要自己构建或从GENBANK下载，并不能直接修改显示风格，假如想修改其显示风格，先将该分子保留到数据库中，这么就能够了）
退出程序
第四章Chapter 4
Vector NTI 工具和internet连接
目标：将当地数据发送到internet上，并进行BLAST 搜索, 序列对排、比较和分析等
1. 登录 Vector NTI
2.在新窗口 打开 pBR322
3. 经过exploring local vector NTI database窗口（切记）选中 pBR322整个分子并利用 BLAST 搜索工具进行序列比较（注意：假如不是经过exploring 窗口，而是经过NTI主窗口“打开”命令，打开PBR322，则最终搜索结果不会直接显示在屏幕上，而是发到用户指定email中，但结果全部是一样）
选中后，点exploring local vector NTI database窗口中Tools——Compare Against——GenBank via BLAST on NCBI Server，在弹出菜单中按下面窗口选择全序列和正链并点OK确定（注意确保网络连接正常，不然无法连接到Genbank）：

当连接成功后，将弹出NCBI入口口，以下图所表示（不过因为使用internet浏览器不一样，可能每个人显示窗口可能不一样，我使用示IE5.0）：

点blast,弹出以下窗口：

点format,此时NCBI将正式开始搜索（注意这个过程可能需要几分钟，请耐心等候，窗口下面会显示该过程需要时间，比如This page will be automatically updated in 105 seconds until search is done），结果显示以下：

用户能够经过拖动滚动条查看结果（很多），找到gi|416343|gb|U03501.1|YRP7 Yeast replicating vector YRp7, c... 8528 0.0了没，点它。屏幕将显示此克隆载体具体信息（Genbank格式），以下图所表示：

4. 将刚才搜索结果gi|416343|gb|U03501.1|YRP7转化成NTI文档格式：操作以下：
在浏览器中点：编辑——全选，然后编辑——复制，将屏幕拷贝到键盘上（或直接点击窗口中add to clipboard）。回到NTI主窗口，点：tools——open——GenBank From Clipboard——online database,按下图所表示：

选中Pacyc177后，Genbank 文本自动以NTI格式显示出来（注意，假如用户安装了simvector软件后，那就用不着NTI费心了，sim vector会帮我们自动打开），以下图（是simvector帮俺打开，和NTI格式一样，不过感觉更爽）：

5.利用序列比较工具alignment
在exploring local vector NTI database窗口中，选择protein molecular数据库，利用shift+鼠标选中41BB_HUMAN 和 41BB_MOUSE，然后点击菜单align——Multiple Sequences on BCM Server ，NTI将以FASTA格式打开搜索窗口，点submit，假如网络连接正常，多序列比较结果显示以下：

下面我们利用ExPASy 服务器上 ProtScale 程序分析结果，先回到exploring local vector NTI database窗口中,选中41_HUMAN分子，然后点击菜单Analyze——Protein Scales (hydrophobicity etc.) via ProtScale on ExPASy Server，NTI将打开蛋白质分析窗口，点submit，假如网络连接正确，则结果显示在以下窗口中：（用户能够经过此窗口查看该蛋白全部二级结果信息，很爽，还有很酷图形呢）
6. 保留搜索结果