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autodock使用中文版
autodock使用中文版

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AUTODOCK 4。0
使用中文版

国立东华大学 生物技术研究所 宣戴维教授实验室制作
版面作者:林世浤 如有问题请回信指教 e-mail: jolin31912811＠。tw
AutoDock 是一套做docking的软件，主要是做小分子与大分子(receptor)键结的预测，使用autodock4 。0图形接口，需安装四项程序：

PS.找机会 会把安装程序放上去

*AUTODOCK4。0 的接口,所有设定都会在此接口执行。

(一)、
1. File —〉 Read Molecule （选择分子）
2. Select —> Select From String（要标定水分子） -> Add
3。 Edit —〉 Delete —> Delete AtomSet -> Continue(将水分子消除)
4。 Edit —> Hydrogen -〉 Add -> OK
5.File —〉 Save —〉 Wrtie PDB
6。 Display —〉 Show/Hide Molecule （先隐藏起来，接下来要设定ligand）

（二)、/* Ligand ＊/
1。Ligand -> input —〉 open -> （檔名.pdb）
2.Ligand -〉 Output -> Save as pdbqt

（三） autodock4。0 新增的东西 （Flexible Residues)
A：文献上没有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳过
File -〉 Save -〉 Write PDBQT
B:文献上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接寻找
1。Flexible Residues —〉 Input —> Choose Macromolecule
2.Edit —> Hydrogens —> Merge Non-Polar —> CONTINUE
3。Select —〉 Select From String /＊ Residue打上ARG8 -> Add ＊/
4.Flexible Residues -〉 Choose Torsions in Currently Select Resdues…
5。Flexible Residues -> Oput —〉 Save Rigid pdbqt

(四) /＊ Grid ＊/
1。Grid -> macromolecule -〉 (檔名.pdbqt） （protein）
2.Grid —〉 Set Map Type —〉 (檔名。pdbqt） （ligand)
3。 Grid -〉 Grid Box （把所有参数调整好） -〉
4. File(Grid Options） —〉 Close saving current
5. Grid -〉 Output —〉 Save GPF （檔名。gpf）
6. /＊ Edit GPF （是在看档案.gpf，的文件） ＊/

（五) /＊ Run */
1。Run -〉 Run AutoGrid
2.Laumch （autodcok3要改成autodcok4才能执行)

PS。执行结束后,有几个档案出来，之后要执行分子间的力场.

（六） /＊ Docking */
1。Docking —〉 Mocromolecule -〉 (檔名。pdbqt) （protein）
2.Docking —> Ligand —〉 (檔名.pdbqt) (ligand)
3。 Docking —〉 Output —〉 (看你要选择哪一个算法，存取它)
4. /＊ Edit DPF (是在看档案.dpf,的文件) */

(七) /＊ Run */
1.Run -〉 Run AutoDock
2.Laumch (autodcok3要改成autodcok4才能执行）

（八) /＊ Analyze */
A：
1.Analyze —> Docking -〉 （檔名。dlg）
2。Analyze —〉 Conformations —〉 Play (可让ligand变更位置，ps.已对结好的位置）

3。Macromolecule -> （檔名.pdbqt) （protein）

(八） /＊ Analyze ＊/
B:
1. Analyze -> Grids -〉 Open Other ［选择步骤(五)中的九个由autogrid 产生的文
件，每一个文件都代表不同的力场］
2.Analyze -〉 Conformations -> Play （ligand可配合任一力场，做autodock所产生
出的九个docking位置,并判断它们的关系）

(八) /＊ Analyze ＊/
C：
1. Analyze —> Conformations -〉 Extract Histogram… (计算分子对接,ligand与
protein bind site的分数高低并由高到低）

版面作者：林世浤 如有问题请回信指教 e-mail:jolin31912811＠.tw