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autodock使用中文版autodock使用中文版 编辑整理：尊敬的读者朋友们：这里是精品文档编辑中心，本文档内容是由我和我的同事精心编辑整理后发布的，发布之前我们对文中内容进行仔细校对，但是难免会有疏漏的地方，但是任然希望（autodock使用中文版）的内容能够给您的工作和学习带来便利。同时也真诚的希望收到您的建议和反馈，这将是我们进步的源泉，前进的动力。本文可编辑可修改，如果觉得对您有帮助请收藏以便随时查阅，最后祝您生活愉快 业绩进步，以下为autodock使用中文版的全部内容。 AUTODOCK 4。0 使用中文版 国立东华大学 生物技术研究所 宣戴维教授实验室制作版面作者:林世浤 如有问题请回信指教 e-mail: jolin31912811。twAutoDock 是一套做docking的软件，主要是做小分子与大分子(receptor)键结的预测，使用autodock4 。0图形接口，需安装四项程序：PS.找机会 会把安装程序放上去*AUTODOCK4。0 的接口,所有设定都会在此接口执行。(一)、1. File Read Molecule （选择分子）2. Select Select From String（要标定水分子） - Add3。 Edit Delete Delete AtomSet - Continue(将水分子消除)4。 Edit Hydrogen - Add - OK5.File Save Wrtie PDB6。 Display Show/Hide Molecule （先隐藏起来，接下来要设定ligand）（二)、/* Ligand /1。Ligand - input open - （檔名.pdb）2.Ligand - Output - Save as pdbqt（三） autodock4。0 新增的东西 （Flexible Residues)A：文献上没有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳过File - Save - Write PDBQTB:文献上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接寻找1。Flexible Residues Input Choose Macromolecule2.Edit Hydrogens Merge Non-Polar CONTINUE3。Select Select From String / Residue打上ARG8 - Add /4.Flexible Residues - Choose Torsions in Currently Select Resdues5。Flexible Residues - Oput Save Rigid pdbqt(四) / Grid /1。Grid - macromolecule - (檔名.pdbqt） （protein）2.Grid Set Map Type (檔名。pdbqt） （ligand)3。 Grid - Grid Box （把所有参数调整好） - 4. File(Grid Options） Close saving current5. Grid - Output Save GPF （檔名。gpf）6. / Edit GPF （是在看档案.gpf，的文件） /（五) / Run */1。Run - Run AutoGrid2.Laumch （autodcok3要改成autodcok4才能执行) PS。执行结束后,有几个档案出来，之后要执行分子间的力场.（六） / Docking */1。Docking Mocromolecule - (檔名。pdbqt) （protein）2.Docking Ligand (檔名.pdbqt) (ligand)3。 Docking Output (看你要选择哪一个算法，存取它)4. / Edit DPF (是在看档案.dpf,的文件) */(七) / Run */1.Run - Run AutoDock2.Laumch (autodcok3要改成autodcok4才能执行）（八) / Analyze */A：1.Analyze Docking - （檔名。dlg） 2。Analyze Conformations Play (可让ligand变更位置，ps.已对结好的位置）3。Macromolecule - （檔名.pdbqt) （protein）(八） / Analyze /B:1. Analyze - Grids - Open Other 选择步骤(五)中的九个由autogrid 产生的文 件，每一个文件都代表不同的力场2.Analyze - Conformations - Play （ligand可配合任一力场，做autodock所产生 出的九个docking位置,并判断它们的关系）(八) / Analyze /C：1. Analyze Conformations - Extract Histogram (计算分子对接,ligand与 protein bind site的分数高低并由高到低）版面作者：林世浤 如有问题请回信指教 e-mail:jolin31912811.tw