2019精选医学第十一章微生物的分类..ppt

第十一章第十一章 微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定第一节第一节第一节第一节 微生物的分类单元微生物的分类单元微生物的分类单元微生物的分类单元第二节第二节第二节第二节 微生物的命名微生物的命名微生物的命名微生物的命名第三节第三节第三节第三节 微生物的分类依据和方法微生物的分类依据和方法微生物的分类依据和方法微生物的分类依据和方法第四节第四节第四节第四节 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位 第五节第五节第五节第五节 各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要n n微生物分类：微生物分类：微生物分类：微生物分类：是按是按是按是按M M M M的亲缘关系相似程度把的亲缘关系相似程度把的亲缘关系相似程度把的亲缘关系相似程度把M M M M归入各归入各归入各归入各分类单元或分类群（分类单元或分类群（分类单元或分类群（分类单元或分类群（taxontaxontaxontaxon），以得到一个反映），以得到一个反映），以得到一个反映），以得到一个反映M M M M进进进进化的自然分类系统，可供鉴定用的检索表以及可给化的自然分类系统，可供鉴定用的检索表以及可给化的自然分类系统，可供鉴定用的检索表以及可给化的自然分类系统，可供鉴定用的检索表以及可给出符合逻辑的名称的命名系统。出符合逻辑的名称的命名系统。出符合逻辑的名称的命名系统。出符合逻辑的名称的命名系统。n n任务：任务：任务：任务：分类（分类（分类（分类（classificationclassificationclassificationclassification），鉴定），鉴定），鉴定），鉴定（identificationidentificationidentificationidentification）与命名（）与命名（）与命名（）与命名（namenclaturenamenclaturenamenclaturenamenclature）n n步骤：步骤：步骤：步骤：（获得纯培养物后）（获得纯培养物后）（获得纯培养物后）（获得纯培养物后）1.1.1.1.据形态特征鉴别其属于哪一大类（据形态特征鉴别其属于哪一大类（据形态特征鉴别其属于哪一大类（据形态特征鉴别其属于哪一大类（B B B B，A A A A，Y Y Y Y，M M M M）。）。）。）。2.2.2.2.据其生理生化特征，生态特征，免疫特征和遗传特据其生理生化特征，生态特征，免疫特征和遗传特据其生理生化特征，生态特征，免疫特征和遗传特据其生理生化特征，生态特征，免疫特征和遗传特征等。借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于征等。借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于征等。借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于征等。借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于哪个目，科，属，种。哪个目，科，属，种。哪个目，科，属，种。哪个目，科，属，种。3.3.3.3.最后与该种的模式种加以比较并命名。最后与该种的模式种加以比较并命名。最后与该种的模式种加以比较并命名。最后与该种的模式种加以比较并命名。第一节第一节 微生物的分类单元微生物的分类单元n n微生物的分类单元也是微生物的分类单元也是种种。n n微生物种微生物种是显示高度相似性，亲缘关系极其接近，与其他种有明显差异的一群菌株的总称。n n具体分类时，常用一个被指定的，能代表这个种群的模式菌株模式菌株或典型菌株典型菌株（type stain）作为该种的模式种来定种。n n一、种以上的分类单元一、种以上的分类单元n n二、种以下的分类单元二、种以下的分类单元亚种亚种亚种亚种（Subspecies,subsp,sspSubspecies,subsp,sspSubspecies,subsp,sspSubspecies,subsp,ssp.）变种（变种（变种（变种（Variety,varVariety,varVariety,varVariety,var.）型（型（型（型（formformformform）菌株（菌株（菌株（菌株（strainstrainstrainstrain），又称品系），又称品系），又称品系），又称品系培养物（培养物（培养物（培养物（cultureculturecultureculture）居群（居群（居群（居群（populationpopulationpopulationpopulation）（群体、种群、群丛）（群体、种群、群丛）（群体、种群、群丛）（群体、种群、群丛）n目前正式分类单元目前正式分类单元n非正式分类单元非正式分类单元超纲超纲亚纲亚纲亚目亚目亚科亚科族族亚族亚族域（域（DomainDomain）界（界（KingdomKingdom）门（门（PhylumPhylum或或DivisionDivision）纲（纲（ClassClass）目（目（OrderOrder）科（科（FamilyFamily）属（属（GenusGenus）种（种（SpeciesSpecies）亚种（亚种（SubspeciesSubspecies）群群 、组、组、系系种种型、居群、型、居群、菌株、培养物菌株、培养物亚种亚种n n亚种亚种亚种亚种（Subspecies,subsp,sspSubspecies,subsp,sspSubspecies,subsp,sspSubspecies,subsp,ssp.）是种的进一步细是种的进一步细是种的进一步细是种的进一步细分的单元，一般是指在某一个特征上与模式种有明显而稳分的单元，一般是指在某一个特征上与模式种有明显而稳分的单元，一般是指在某一个特征上与模式种有明显而稳分的单元，一般是指在某一个特征上与模式种有明显而稳定差异的菌株。定差异的菌株。定差异的菌株。定差异的菌株。例：金黄色葡萄球菌的厌氧亚种例：金黄色葡萄球菌的厌氧亚种例：金黄色葡萄球菌的厌氧亚种例：金黄色葡萄球菌的厌氧亚种 Staphylococcus Staphylococcus Staphylococcus Staphylococcus aureasaureasaureasaureas subspsubspsubspsubsp.anaerobiusanaerobiusanaerobiusanaerobiusn n变种变种变种变种（Variety,varVariety,varVariety,varVariety,var.）（一般认为是亚种的同义词，现）（一般认为是亚种的同义词，现）（一般认为是亚种的同义词，现）（一般认为是亚种的同义词，现不主张使用）不主张使用）不主张使用）不主张使用）例：蜡状芽孢杆菌的荧光变种例：蜡状芽孢杆菌的荧光变种例：蜡状芽孢杆菌的荧光变种例：蜡状芽孢杆菌的荧光变种 Bacillus cereus Bacillus cereus Bacillus cereus Bacillus cereus var.var.var.var.fluorescensfluorescensfluorescensfluorescens 产黄绿色荧光色素。产黄绿色荧光色素。产黄绿色荧光色素。产黄绿色荧光色素。n n型型型型（formformformform）（曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若）（曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若）（曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若）（曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若干变异型的后缀）。干变异型的后缀）。干变异型的后缀）。干变异型的后缀）。例：生物变异型（例：生物变异型（例：生物变异型（例：生物变异型（biovarbiovarbiovarbiovar），形态变异型（），形态变异型（），形态变异型（），形态变异型（morphovarmorphovarmorphovarmorphovar），），），），致病变异型（致病变异型（致病变异型（致病变异型（pathovarpathovarpathovarpathovar），噬菌变异型（），噬菌变异型（），噬菌变异型（），噬菌变异型（phagevarphagevarphagevarphagevar）血清）血清）血清）血清变异型（变异型（变异型（变异型（serovarserovarserovarserovar）等。）等。）等。）等。n n菌株菌株菌株菌株（strainstrainstrainstrain），又称），又称），又称），又称品系品系品系品系：一个菌株是指由一单细胞：一个菌株是指由一单细胞：一个菌株是指由一单细胞：一个菌株是指由一单细胞繁衍而来的克隆或无性繁殖系中的一个繁衍而来的克隆或无性繁殖系中的一个繁衍而来的克隆或无性繁殖系中的一个繁衍而来的克隆或无性繁殖系中的一个M M M M或或或或M M M M群体。群体。群体。群体。菌株菌株n n菌株实为一个物种内遗传多态性的客观反应，菌株实为一个物种内遗传多态性的客观反应，菌株实为一个物种内遗传多态性的客观反应，菌株实为一个物种内遗传多态性的客观反应，几乎是无数的；几乎是无数的；几乎是无数的；几乎是无数的；n n菌株强调的是遗传型，因此，一旦菌株发生菌株强调的是遗传型，因此，一旦菌株发生菌株强调的是遗传型，因此，一旦菌株发生菌株强调的是遗传型，因此，一旦菌株发生突变，遗传重组，均应标新菌株名；突变，遗传重组，均应标新菌株名；突变，遗传重组，均应标新菌株名；突变，遗传重组，均应标新菌株名；n n菌株与克隆的（即无性繁殖系）的概念相同；菌株与克隆的（即无性繁殖系）的概念相同；菌株与克隆的（即无性繁殖系）的概念相同；菌株与克隆的（即无性繁殖系）的概念相同；n n同一种不同株之间，作为分类鉴定的主要性同一种不同株之间，作为分类鉴定的主要性同一种不同株之间，作为分类鉴定的主要性同一种不同株之间，作为分类鉴定的主要性状虽相同，但作为非鉴定用的状虽相同，但作为非鉴定用的状虽相同，但作为非鉴定用的状虽相同，但作为非鉴定用的“小小小小”性状可性状可性状可性状可以有很大差异。（如：生化性状，代谢产物，以有很大差异。（如：生化性状，代谢产物，以有很大差异。（如：生化性状，代谢产物，以有很大差异。（如：生化性状，代谢产物，和产量性状）和产量性状）和产量性状）和产量性状）n n菌株的名称都放在学名后面（见后），可随菌株的名称都放在学名后面（见后），可随菌株的名称都放在学名后面（见后），可随菌株的名称都放在学名后面（见后），可随意用字母，符号，编号或混合型等方式自作意用字母，符号，编号或混合型等方式自作意用字母，符号，编号或混合型等方式自作意用字母，符号，编号或混合型等方式自作决定。决定。决定。决定。一些菌株一些菌株n nEscherichia coli Escherichia coli Escherichia coli Escherichia coli K12 K12 K12 K12 大肠杆菌大肠杆菌大肠杆菌大肠杆菌K12K12K12K12菌株菌株菌株菌株n nE.coli E.coli E.coli E.coli O-157O-157O-157O-157：H7 H7 H7 H7 致病性大肠杆菌致病性大肠杆菌致病性大肠杆菌致病性大肠杆菌（O O O O、H H H H表示抗原特征）表示抗原特征）表示抗原特征）表示抗原特征）n nEscherichia coli Escherichia coli Escherichia coli Escherichia coli B B B B 大肠杆菌大肠杆菌大肠杆菌大肠杆菌B B B B菌株菌株菌株菌株n nBacillus Bacillus Bacillus Bacillus subtilissubtilissubtilissubtilis AS1.398 AS1.398 AS1.398 AS1.398 蛋白酶高产的枯草杆菌蛋白酶高产的枯草杆菌蛋白酶高产的枯草杆菌蛋白酶高产的枯草杆菌n nBacillus Bacillus Bacillus Bacillus subtilissubtilissubtilissubtilis BF7658 BF7658 BF7658 BF7658 -淀粉酶高产的枯草杆菌淀粉酶高产的枯草杆菌淀粉酶高产的枯草杆菌淀粉酶高产的枯草杆菌n nCorynebacteriumCorynebacteriumCorynebacteriumCorynebacterium pekinensepekinensepekinensepekinense AS1.299 AS1.299 AS1.299 AS1.299 谷氨酸高产的北京棒杆菌谷氨酸高产的北京棒杆菌谷氨酸高产的北京棒杆菌谷氨酸高产的北京棒杆菌n nBifidobacteriumBifidobacteriumBifidobacteriumBifidobacterium bifidumbifidumbifidumbifidum ATCC 29521 ATCC 29521 ATCC 29521 ATCC 29521 双歧双歧杆菌的一个模式菌株双歧双歧杆菌的一个模式菌株双歧双歧杆菌的一个模式菌株双歧双歧杆菌的一个模式菌株n nATCCATCCATCCATCC(American type culture collection(American type culture collection(American type culture collection(American type culture collection)n nASASASAS中国科学院（中国科学院（中国科学院（中国科学院（Academia Academia Academia Academia SinicaSinicaSinicaSinica）n nBFBFBFBF北京纺织工业局科学研究所北京纺织工业局科学研究所北京纺织工业局科学研究所北京纺织工业局科学研究所n n培养物（培养物（cultureculture）：）：是指一定时间一是指一定时间一定空间内微生物细胞群或生长物。定空间内微生物细胞群或生长物。n n居群（居群（populationpopulation）（群体、种群、）（群体、种群、群丛）：群丛）：是指一定空间中同种个体的组是指一定空间中同种个体的组合。每一个物种在自然界中的存在，都合。每一个物种在自然界中的存在，都有一定空间结构，在其分散的、不连续有一定空间结构，在其分散的、不连续的居住场所或分布区域内，形成不同的的居住场所或分布区域内，形成不同的群体单元，这些群体单元称为。群体单元，这些群体单元称为。第二节第二节 微生物的命名微生物的命名n n俗名俗名(common name(common name，vernacular name)vernacular name)是通俗的名字，简洁易懂，记忆方便，是通俗的名字，简洁易懂，记忆方便，但它的涵义往往不够确切，且有使用范但它的涵义往往不够确切，且有使用范围和地区性等方面的限制。（区域性）围和地区性等方面的限制。（区域性）n n学名学名（scientific namescientific name）M M的科学名称，的科学名称，按照有关按照有关M M分类的国际委员会拟定的法则分类的国际委员会拟定的法则命名的。由拉丁词，希腊词或拉丁化的命名的。由拉丁词，希腊词或拉丁化的外来词组成。（国际上统一使用）外来词组成。（国际上统一使用）一、双名法一、双名法n n 属名属名属名属名+种的加词种的加词种的加词种的加词+（首次定名人）（首次定名人）（首次定名人）（首次定名人）+现名定名人现名定名人现名定名人现名定名人+定名年份定名年份定名年份定名年份n n（必要，用斜体排字）（必要，用斜体排字）（必要，用斜体排字）（必要，用斜体排字）（可省略，均用正体排字）（可省略，均用正体排字）（可省略，均用正体排字）（可省略，均用正体排字）n n 每一种每一种每一种每一种M M M M的学名由两个拉丁字，希腊字或拉丁化了的其它的学名由两个拉丁字，希腊字或拉丁化了的其它的学名由两个拉丁字，希腊字或拉丁化了的其它的学名由两个拉丁字，希腊字或拉丁化了的其它文字组成；文字组成；文字组成；文字组成；n n 属名在前，用名词，字首字母大写，种名在后，用形容词，属名在前，用名词，字首字母大写，种名在后，用形容词，属名在前，用名词，字首字母大写，种名在后，用形容词，属名在前，用名词，字首字母大写，种名在后，用形容词，字首字母小写。（种属名需斜体）。字首字母小写。（种属名需斜体）。字首字母小写。（种属名需斜体）。字首字母小写。（种属名需斜体）。n n 属名规定了属名规定了属名规定了属名规定了M M M M的主要特征，如形态特征，生理特征或科学的主要特征，如形态特征，生理特征或科学的主要特征，如形态特征，生理特征或科学的主要特征，如形态特征，生理特征或科学家的名字等，种名补充说明家的名字等，种名补充说明家的名字等，种名补充说明家的名字等，种名补充说明M M M M的次要特征，如颜色，形状，用的次要特征，如颜色，形状，用的次要特征，如颜色，形状，用的次要特征，如颜色，形状，用途等。途等。途等。途等。n n 附加部分：附加部分：附加部分：附加部分：命名者的姓：种名之后，一般可省。命名者的姓：种名之后，一般可省。命名者的姓：种名之后，一般可省。命名者的姓：种名之后，一般可省。改名：首次定名（加括号），现定名人，定名年份改名：首次定名（加括号），现定名人，定名年份改名：首次定名（加括号），现定名人，定名年份改名：首次定名（加括号），现定名人，定名年份 新种：在学名之后附新种：在学名之后附新种：在学名之后附新种：在学名之后附sp.novsp.novsp.novsp.nov.例：例：例：例：MethanobacteriumMethanobacteriumMethanobacteriumMethanobacterium espanolaeespanolaeespanolaeespanolae sp.novsp.novsp.novsp.nov.埃斯帕诺拉甲烷杆埃斯帕诺拉甲烷杆埃斯帕诺拉甲烷杆埃斯帕诺拉甲烷杆菌新种。菌新种。菌新种。菌新种。n n种名难以确定时，一般用种名难以确定时，一般用种名难以确定时，一般用种名难以确定时，一般用 spspspsp或或或或 sppsppsppspp表示，其中表示，其中表示，其中表示，其中sp.sp.sp.sp.表示一表示一表示一表示一种，种，种，种，sppsppsppspp.表示若干种。表示若干种。表示若干种。表示若干种。例：例：例：例：MethanobrevibacterMethanobrevibacterMethanobrevibacterMethanobrevibacter sp.sp.sp.sp.一种甲烷杆菌一种甲烷杆菌一种甲烷杆菌一种甲烷杆菌 MethanobrevibacterMethanobrevibacterMethanobrevibacterMethanobrevibacter sppsppsppspp.若干甲烷杆菌若干甲烷杆菌若干甲烷杆菌若干甲烷杆菌二、三名法二、三名法对亚种的命名对亚种的命名n n属名属名+种名种名subspsubsp.亚种亚种+附加部分附加部分例：例：FusbacteriumFusbacterium necrophorumnecrophorum subsp.subsp.funduliformefunduliforme坏死梭杆菌腊肠状亚种。坏死梭杆菌腊肠状亚种。第三节第三节 微生物的分类依据和方法微生物的分类依据和方法nM的的分分类类依依据据：形形态态特特征征，生生理理生生化化特特征征，生生态态特特征征，抗抗原原特特征征，遗传特征，化学分类特征等。遗传特征，化学分类特征等。一、常规分类法一、常规分类法n n 形态特征形态特征形态特征形态特征 个体形态特征个体形态特征个体形态特征个体形态特征 群体形态特征群体形态特征群体形态特征群体形态特征（培养特征）（培养特征）（培养特征）（培养特征）平板菌落特征平板菌落特征平板菌落特征平板菌落特征 液体培养特征液体培养特征液体培养特征液体培养特征n n 生理生化特征生理生化特征生理生化特征生理生化特征 对营养或生长基质的要求。对营养或生长基质的要求。对营养或生长基质的要求。对营养或生长基质的要求。代谢反应代谢反应代谢反应代谢反应 抗逆性：抗逆性：抗逆性：抗逆性：对对对对phagephage，抗生素，染料和化学药品等抗，抗生素，染料和化学药品等抗，抗生素，染料和化学药品等抗，抗生素，染料和化学药品等抗MM因子的反应。因子的反应。因子的反应。因子的反应。n n 生态特征：生态特征：生态特征：生态特征：包括包括包括包括MM的天然环境以及与的天然环境以及与的天然环境以及与的天然环境以及与MM生活关连的环境因子。生活关连的环境因子。生活关连的环境因子。生活关连的环境因子。氧气；氧气；氧气；氧气；温度；温度；温度；温度；pH pH；盐度；盐度；盐度；盐度；与其他生物之间的相互关系。与其他生物之间的相互关系。与其他生物之间的相互关系。与其他生物之间的相互关系。n n抗原特征抗原特征抗原特征抗原特征（即免疫关系）（即免疫关系）（即免疫关系）（即免疫关系）用于免疫分类鉴定的抗原主要有表面抗原、菌体抗原、菌毛抗原。用于免疫分类鉴定的抗原主要有表面抗原、菌体抗原、菌毛抗原。用于免疫分类鉴定的抗原主要有表面抗原、菌体抗原、菌毛抗原。用于免疫分类鉴定的抗原主要有表面抗原、菌体抗原、菌毛抗原。二、遗传特征分类法二、遗传特征分类法n nDNADNA（G+CG+C）mol%mol%值值n n核酸杂交核酸杂交n nrRNArRNA寡核苷酸分类目录寡核苷酸分类目录n n微生物全基因组序列的测定微生物全基因组序列的测定DNADNA（G+CG+C）mol%mol%值值其测定方法：其测定方法：Tm法 说明：说明：（G+C）mol%值相差超过5%属不同种（且菌株之间相差2.54%，小于2%则无意义）（G+C）mol%值相差超过10%不同属（G+C）mol%值相差越远亲缘关系越远注意：注意：亲缘关系很近的M，其（G+C）mol%值一定很近；反之成立吗？核酸杂交核酸杂交 n n1.1.1.1.定义：定义：定义：定义：按碱基的互补配对原理，用人工方法按碱基的互补配对原理，用人工方法对两条不同来源的单链核酸进行复性（即退火）对两条不同来源的单链核酸进行复性（即退火），以构建新的杂合双链核酸的技术。，以构建新的杂合双链核酸的技术。n n2.2.2.2.分类：分类：分类：分类：DNADNADNADNA分子杂交；分子杂交；DNA DNArRNArRNA分子杂交；分子杂交；rRNArRNArRNArRNA分子杂交。分子杂交。n n3.3.3.3.以以以以DNADNADNADNADNADNADNADNA分子杂交为例分子杂交为例分子杂交为例分子杂交为例n n原理：原理：原理：原理：根据根据根据根据DNADNADNADNA分子解链的可逆性和碱基配分子解链的可逆性和碱基配分子解链的可逆性和碱基配分子解链的可逆性和碱基配对的专一性，将待测的不同来源的对的专一性，将待测的不同来源的对的专一性，将待测的不同来源的对的专一性，将待测的不同来源的DNADNADNADNA在体外在体外在体外在体外加热，使其解链，并在合适条件下使互补的碱加热，使其解链，并在合适条件下使互补的碱加热，使其解链，并在合适条件下使互补的碱加热，使其解链，并在合适条件下使互补的碱基重新配对，然后测定杂交百分率。基重新配对，然后测定杂交百分率。基重新配对，然后测定杂交百分率。基重新配对，然后测定杂交百分率。n n(以同源以同源以同源以同源%or%or%or%or碱基相似性碱基相似性碱基相似性碱基相似性%表示表示表示表示)。%两者两者两者两者间碱基顺序的同源性间碱基顺序的同源性间碱基顺序的同源性间碱基顺序的同源性（亲缘关系接近）（亲缘关系接近）（亲缘关系接近）（亲缘关系接近）（DNA-DNA杂交一般用于测定有密切关系（种或种内）微生物间的相似性；DNA-rRNA分子杂交用于检查关系较远的微生物间的相似性。）说明：一般说明：一般7070以上以上种种2020以上以上属属rRNArRNA寡核苷酸分类目录寡核苷酸分类目录 n n定义：定义：定义：定义：一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNArRNA寡寡核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。和进化谱系的方法。n n1.1.1.1.选用选用选用选用16SrRNA16SrRNA16SrRNA16SrRNA或或或或18SrRNA18SrRNA18SrRNA18SrRNA进行分类的主要原因：进行分类的主要原因：进行分类的主要原因：进行分类的主要原因：它的它的一级结构极其保守，但其中同时又有可变区段，所以一级结构极其保守，但其中同时又有可变区段，所以在亲缘关系近和远的在亲缘关系近和远的M M分类中都非常有用；分类中都非常有用；uu分子量不大不小（例如分子量不大不小（例如16SrRNA16SrRNA为为15401540个核苷酸），个核苷酸），且信息量大，易于分析。且信息量大，易于分析。uu其他原因：起源古老，分布普遍，在各类其他原因：起源古老，分布普遍，在各类M M（尤其是（尤其是细菌）的宽广范围内有着等同的重要功能，易于大细菌）的宽广范围内有着等同的重要功能，易于大量提取等。量提取等。2.2.基本原理基本原理n用一种用一种RNARNA酶水解酶水解rRNArRNA后，可产生一系列后，可产生一系列寡核苷酸片断，如果两种或两株微生物寡核苷酸片断，如果两种或两株微生物的亲缘关系越近，则其所产生的寡核苷的亲缘关系越近，则其所产生的寡核苷酸片断的序列也越接近，反之亦然。酸片断的序列也越接近，反之亦然。3.3.实验方法（以实验方法（以16SrRNA16SrRNA为例）：为例）：用用T1T1核糖核酸酶水解（核糖核酸酶水解（3232P P标记的）标记的）16SrRNA 16SrRNA 得得 一系列长一系列长度不一的寡核苷酸片段。度不一的寡核苷酸片段。水解产物双向电泳。水解产物双向电泳。利用放射自显影技术获得利用放射自显影技术获得16SrRNA16SrRNA寡核苷酸的指纹。寡核苷酸的指纹。对对6 6个核苷酸以上的寡核苷酸进行序列分析，并按长度将个核苷酸以上的寡核苷酸进行序列分析，并按长度将分析结果编成分类目录。分析结果编成分类目录。最后按照目录比较对偶（两个被测最后按照目录比较对偶（两个被测M M）间的相似性，即可）间的相似性，即可知道比较对偶间的亲缘关系。知道比较对偶间的亲缘关系。以相似系数以相似系数S SABAB表示表示其中：其中：NABA、B对偶所共有的寡聚物中的核苷酸数。对偶所共有的寡聚物中的核苷酸数。NA和和NB是寡聚物中的核苷酸总数。是寡聚物中的核苷酸总数。三、化学特征分类法三、化学特征分类法 全细胞水解液的糖型全细胞水解液的糖型 CW CW化学成分化学成分 脂肪酸组成脂肪酸组成 分支菌酸分支菌酸 磷脂磷脂 醌醌 多胺分析多胺分析 可溶蛋白质谱可溶蛋白质谱四、数值分类法四、数值分类法定定义义：是是根根据据数数值值分分析析，借借助助计计算算机机将将拟拟分分类类的的M M按按其其性性状状的的相似度归类的方法相似度归类的方法 数值分类的原则数值分类的原则根据尽可能多的性状分类，以揭示分类单位间的真实关根据尽可能多的性状分类，以揭示分类单位间的真实关系；系；分类时视每个性状为同等重要，以避免分类者的主观偏分类时视每个性状为同等重要，以避免分类者的主观偏见，使结果比较客观，明确而且可以重复。见，使结果比较客观，明确而且可以重复。按性状的相似度，归为等同分类单元或分类群（按性状的相似度，归为等同分类单元或分类群（taxontaxon）的表观群或表元（的表观群或表元（phenonphenon）数值分类程序数值分类程序 分类单元及性状的选择：通常操作分类单位（分类单元及性状的选择：通常操作分类单位（OTUOTU）为菌株。）为菌株。性状编码：通常用性状编码：通常用“+”“+”“”表示，表示，相似度系数的计算：相似度系数的计算：系统聚类（或等级聚类）系统聚类（或等级聚类）聚类结果的表示聚类结果的表示数值分类得到的数值分类得到的是表观群或表元，是表观群或表元，实践证明：表观实践证明：表观群群=分类单元分类单元 例：约80%相似度的表观群等于种。第四节第四节 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位（自习）（自习）一、生物的界级分类学说一、生物的界级分类学说两界系统两界系统三界系统三界系统四界系统四界系统五界系统五界系统六界系统六界系统三总界五界系统三总界五界系统二、三域学说及其发展二、三域学说及其发展第五节第五节 各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要n n一、一、一、一、20202020世纪中，原核生物分类体系的权威著作世纪中，原核生物分类体系的权威著作世纪中，原核生物分类体系的权威著作世纪中，原核生物分类体系的权威著作n n20202020世纪初，德国世纪初，德国世纪初，德国世纪初，德国LehmannLehmannLehmannLehmann和和和和NeumannNeumannNeumannNeumann细菌分类图说细菌分类图说细菌分类图说细菌分类图说（德文，第七版英译本为（德文，第七版英译本为（德文，第七版英译本为（德文，第七版英译本为1927192719271927年）年）年）年）n n美国的美国的美国的美国的伯杰氏鉴定细菌学手册伯杰氏鉴定细菌学手册伯杰氏鉴定细菌学手册伯杰氏鉴定细菌学手册（第一版为（第一版为（第一版为（第一版为1923192319231923年，后一直再版至今）（伯杰氏分类系统）年，后一直再版至今）（伯杰氏分类系统）年，后一直再版至今）（伯杰氏分类系统）年，后一直再版至今）（伯杰氏分类系统）n n前苏联前苏联前苏联前苏联H.A.KcH.A.KcH.A.KcH.A.Kc（克拉西尔尼（克拉西尔尼（克拉西尔尼（克拉西尔尼可夫）的可夫）的可夫）的可夫）的细菌和放线菌的鉴定细菌和放线菌的鉴定细菌和放线菌的鉴定细菌和放线菌的鉴定（1949194919491949年，中文版年，中文版年，中文版年，中文版1957195719571957年）（克拉西里尼科夫分类系统）年）（克拉西里尼科夫分类系统）年）（克拉西里尼科夫分类系统）年）（克拉西里尼科夫分类系统）n n法国法国法国法国A.R.PrvotA.R.PrvotA.R.PrvotA.R.Prvot的的的的细菌分类学细菌分类学细菌分类学细菌分类学（法文，（法文，（法文，（法文，1961196119611961年）年）年）年）（普雷沃分类系统）。（普雷沃分类系统）。（普雷沃分类系统）。（普雷沃分类系统）。n nM.P.StarrM.P.StarrM.P.StarrM.P.Starr等编写的等编写的等编写的等编写的原核生物原核生物原核生物原核生物（1981198119811981年第一版，年第一版，年第一版，年第一版，分分分分2 2 2 2卷出版，卷出版，卷出版，卷出版，1992199219921992年第二版分年第二版分年第二版分年第二版分4 4 4 4卷出版）卷出版）卷出版）卷出版）n n伯杰氏鉴定细菌学手册伯杰氏鉴定细菌学手册（Bergeys Manual of Deteminative Bacteriology）n n第一版（1923年）；第七版（1957年）；第八版（1974年）；第九版（1994年）n n伯杰氏系统细菌学手册伯杰氏系统细菌学手册（Bergeys Manual of Systematic Bacteriology）n n第一版（1984年）四卷；n n第二版（2000年）五卷。二、二、Ainsworth等人的菌物分类系等人的菌物分类系统纲要统纲要n n G.W.MartinG.W.Martin（19501950年）年）年）年）n n R.H.WhittakerR.H.Whittaker（19691969年）年）年）年）n n G.C.AinsworthG.C.Ainsworth（19661966年）第七版（年）第七版（年）第七版（年）第七版（19831983年）年）年）年）第八版（第八版（第八版（第八版（19951995年）年）年）年）安安安安 贝氏菌物词典贝氏菌物词典贝氏菌物词典贝氏菌物词典n n MargulisMargulis（19741974年）年）年）年）n n LeedaleLeedale（19741974年）年）年）年）n n J.E.SmithJ.E.Smith（19751975年）年）年）年）n n C.J.AlexopoulosC.J.Alexopoulos（19791979年）年）年）年）思考题思考题一、名词解释一、名词解释 1.菌株；菌株；2.种；种；3.新种；新种；4.ATCC二、问答题二、问答题 1.微生物分类的具体任务是什么？微生物分类的具体任务是什么？2.什么是学名？什么是双名法、三名什么是学名？什么是双名法、三名法？法？