GenBank数据库检索及其应用.ppt

单击此处编辑母版标题样式,*,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,GenBank,数据库检索及其应用,Entrez,检索功能,重庆医科大学图书馆,简介,GenBank,数据库是由美国国立生物技术信息中心（,NCBI,）,维护的一级核酸序列数据库。,GenBank,数据库的数据来源有三种：,1,、直接来源于测序工作者提交的序列；,2,、与其它数据机构协作交换的数据；,3,、美国专利局提供的专利数据。,NCBI,网站,网址：,,www.ncbi.nlm.nih.gov,GenBank,和,PubMed(,序列数据,),检索的比较,：,1,、,GenBank,的检索结果是序列及其注释信息；,PubMed,的检索结果是与序列数据相关的文献信息。,2,、,GenBank,数据更新早于,PubMed,，,GenBank,数据库的检全率高于,PubMed,。,3,、,GenBank,可对,序列数据进行限制检索，而,PubMed,只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而,GenBank,数据库的检,准率也,高于,PubMed,。,检索界面,简介,基本检索输入框,基本检索界面：,执行检索按钮,基本检索输入框,基本检索界面：,rasGENE,点击,进入跨库检索,跨库检索界面：,rasGENE,执行检索按钮,跨库检索界面：,点击,进入,GenBank,数据库,GenBank,数据库界面：,GenBank,数据库界面：,点击,进入核苷酸序列数据库检索界面,GenBank,数据库界面,：,特征栏提供,辅助检索功能,核苷酸序列数据库检索界面：,核苷酸序列数据库检索界面：,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（五）范围检索,（三）序列长度检索,（四）分子重量检索,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,检索限定词：,1,、基因名称的检索限定词：,GENE,2,、,生物体名称的检索限定词：,ORGN,3,、,作者姓名的检索限定词：,AUTH,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,特殊标志符的格式,（核酸序列）,：,2,、,GenBank/EMBL/DDBJ,序列接受号：,(1)1,个字母,+5,个阿拉伯数字,e.g.,：,U12345,(2)2,个字母,+6,个阿拉伯数字,e.g.,：,AY123456,，,Af123456,1,、序列辨认号（,GI,）：,一串阿拉伯数字,e.g.,：,6995995,（,1,）,mRNA,记录（,NM_*,）,:,e.g.:NM_000492,（,2,）,基因组,DNA,重叠群（,NT_*,）,:,e.g.:NT_000347,（,3,）,完整的基因组或染色体（,NC_*,）,:,e.g.:NC_000907,（,4,）,基因组的局部区域（,NG_*,）,:,e.g.:NG_000019,（,5,）,从人类基因组序列注释、加工得到的序列模型记录（,XM,，,XP,，,or XR_*,）：,e.g.:XM_000483,特殊标志符的格式,（核酸序列）：,3,、,RefSeq,（,Reference Sequence,）,序列接受号,:,特殊标志符的格式,（核酸序列）：,4,、,PDB,序列接受号：个阿拉伯数字个字母,e.g.,：,TUP,序列接受号的检索限定词为,ACCNorACCESSION,AF123456ACCN,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（三）序列长度检索,1510SLEN,序列长度的检索限定词：,SLEN,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（三）序列长度检索,（四）分子重量检索,2009MOLWT,分子重量的检索限定词：,MOLWT,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（五）范围检索,（三）序列长度检索,（四）分子重量检索,范围检索：,中间用冒号连接,1,、序列接受号范围检索：,AF114696:AF114714ACCN,2,、,序列长度范围检索：,3000,：,4000SLEN,3,、,分子重量范围检索：,2002,：,2009MOLWT,4,、,日期范围检索：,2005/01,：,2006/09/26MDATorPDAT,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（,Limits,）,预检索,/,索引检索（,Preview/Index,）,检索史管理（,History,）,剪贴板管理（,Clipboard,）,详细匹配过程（,Details,）,限制检索,预检索,/,索引检索,检索史管理,剪贴板管理,详细匹配过程,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（,Limits,）,限制检索界面：,限制检索界面：,核苷酸序列数据库分为三个子数据库,：,EST:,表达序列标记数据库,GSS:,基因组测序序列数据库,CoreNucleotide,:,包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列,核苷酸序列数据库检索界面：,核苷酸序列数据库检索界面：,限制检索界面：,限制检索界面：,检索结果显示界面：,限制检索范围,限制检索（,Limits,）：,限制检索范围,ras,排除某种类型的序列,限制分子类型,限制分子类型,限制基因位点,限制基因位点,限制序列片段的显示,限制序列片段的显示,限制数据来源,限制数据来源,限制数据修订日期,限制数据修订日期,简介,检索入口,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（,Limits,）,预检索,/,索引检索（,Preview/Index,）,预检索,/,索引检索界面：,hepatitis b,索引检索输入框,索引检索按钮,索引检索按钮,序列特性关键词索引,ras,GENE,序列特性关键词索引,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（,Limits,）,预检索,/,索引检索（,Preview/Index,）,检索史管理（,History,）,剪贴板管理（,Clipboard,）,详细匹配过程（,Details,）,penicillin-binding,mycobacterium tuberculosis,#,8,AND#4,penicillin-binding AND mycobacterium tuberculosisORGN,简介,检索入口,基本检索功能,特征栏辅助检索,检索结果的显示,检索结果显示界面：,选择检索结果的显示格式,选择检索结果的显示格式,选择检索结果的显示格式,摘要格式,：,联接,Genbank,格式,：,Genbank,格式,：,Genbank,格式,：,Genbank,格式,：,Genbank,格式,：,Genbank,格式,：,Genbank,格式,：,Genbank,格式,：,GenBank,记录中特性表中的主要关键词,:,关键词,解 释,关键词,解 释,misc,_feature,生物学特性无法用特性表关键词描述的序列,promoter,转录起始区,misc,_difference,序列特性无法用特性表关键词描述的序列,CAAT_signal,真核启动子上游的,CAAT,盒,与,RNA,结合相关,conflict,同一序列在不同的研究中在位点或区域上有差异,TATA_signal,真核启动子的,TATA,盒,unsure,序列不能确定的区域,-35_signal,原核启动子中的,-35,框,old_sequence,该序列对以前的版本做过修订,-10_signal,原核启动子的,Pribow,盒,variation,包含稳定突变的序列,GC_signal,真核启动子的,GC,盒,modified_base,修饰过的核苷酸,RBS,核糖体结合位点,gene,已识别为基因或已命名的序列区域,polyA,_signal,RNA,转录本的剪切识别位点,misc,_signal,无法用信号特性关键词描述的信号序列,enhancer,增强子,关键词,解 释,关键词,解 释,attenuator,与转录终止有关的序列,CDS,蛋白质编码序列,terminator,转录终止序列,sig,_peptide,编码信号肽的序列,rep_origin,双链,DNA,复制起始区,transit_peptide,转运蛋白编码序列,misc,_RNA,无法用,RNA,关键词描述的转录物或,RNA,产物,mat_peptide,编码成熟肽的序列,prim_transcript,初始转录本,intron,内含子,precursor_RNA,前体,RNA,polyA,_site,RNA,转录本的多聚腺苷酸化位点,mRNA,信使,RNA,rRNA,核糖体,RNA,5clip,前体转录本中被剪切掉的,5,端序列,tRNA,转运,RNA,3 clip,前体转录本中被剪切掉的,3,端序列,scRNA,小细胞质,RNA,5UTR,5,非翻译区,snRNA,小核,RNA,3UTR,exon,3,非翻译区,外显子,snoRNA,加工和修饰,rRNA,的小核,RNA,关键词,解 释,关键词,解 释,immunoglobulin,_related,repeat_unit,单个的重复元件,C_region,免疫相关蛋白上的不变区,LTR,长,末端重复序列,D_segment,免疫球蛋白重链的可变区，,T,细胞受体,链,Satellite,卫星重复序列,J_ segment,免疫球蛋白重链、轻链以及,T,细胞,、,、,的结合链,misc,_binding,无法描述的核酸序列结合位点,N_ region,插入重排免疫球蛋白片段间的核苷酸,primer_bind,复制、转录的引物结合位点,S_ region,免疫球蛋白重链的开关区,protein_bind,蛋白质结合区,V_ region,编码免疫球蛋白的可变区,N,末端的序列,STS,测序标签位点,V_ segment,编码免疫球蛋白的可变区的序列,misc,_,recomb,无法用重组特性关键词描述的重组事件,repeat_region,基因组中所包含的重复序列,iDNA,通过重组所消除的,DNA,关键词,解 释,关键词,解 释,misc,_structure,无法用结构关键词描述的核酸序列高级结构或构型,stem_loop,发夹结构,D_loop,线粒体中,DNA,中的取代环,GenBank,记录中特性表中的限定词,:,限定词,含 义,限定词,含 义,/allele=,给定基因的等位基因,/,codon,_start=,相对于序列第一个碱基，编码序列密码子的偏移量,/bound_moiety=,嵌合范围,/country=,DNA,样本的来源国,/cell_type=,获得序列的细胞类型,/db_,xref,=,其他数据库信息的交叉索引号,/citation=,已被,引用的参考文献数,/direction=,DNA,复制方向,/clone_lib=,获得序列的克隆文库,/environmental_sample=,序列直接从环境材料中获得而没有指明来源物种,限定词,含 义,限定词,含 义,/exception=,指明,DNA,序列未按通常的生物学规律翻译，如,RNA,编辑,/PCR_,conditi,-,ons,=,描述,PCR,的反应条件,/frequency=,在,种群中发生变异的频率,/pop_variant=,获得序列的群体变异种名称,/,germline,如果序列是,DNA,并来源于免疫球蛋白家族，则表示该序列来源于未重排,DNA,/product=,序列编码产物的名称,/insertion_,seq,=,序列来源于某种插入元件,/,anticodon,=,tRNA,反义密码子的位置及它所编码的氨基酸,/isolate=,序列来源的生物个体,/cell_line=,获得序列的细胞系,/lab_host=,为扩增,序列来源物种所用的实验室宿主,/chromosome=,获得序列的染色体,/,macronuclear,指明,DNA,来源于染色体分化的大核期,/clone=,获得序列的克隆子,/note=,评论及附加信息,/,codon,=,指出与参考密码子不同的密码子,/organelle=,获得序列的细胞器,/EC_number=,序列产物的酶学编号,限定词,含 义,限定词,含 义,/cons_splice=,区分内含子剪切位点和“,5,-,GT.AG-3,”,剪切位点,/map=,相关特性在基因图谱上的位置,/,cultivar,=,所获,序列植物的栽培变种,/mod_base=,被,修饰碱基的简写,/dev_stage=,序列来源于某种生物的特定发育阶段,/number=,从,53,注明遗传元件的顺序,/evidence=,序列特性来源于实验还是推理,/organism=,提供测序用遗传物质的物种的科学名称,/focus,指出在记录中的来源特性在其他物种中还有不同的来源特性,/phenotype=,序列特性所导致的表型,/function=,序列所代表的功能,/,plasmid,=,获得序列的质粒名称,/,haplotype,=,序列来源于某种物种的单倍体,/protein_id=,蛋白质的检索号,/isolation_,sou,-,rce,=,描述序列来源物种的生理、环境和地理信息,/,proviral,整合在基因组中的前病毒,/label=,序列特性的俗名,/rearranged,如果序列是,DNA,并来源于免疫球蛋白家族，则表示该序列来源于重排,DNA,限定词,含 义,限定词,含 义,/rpt_family=,重复序列,/,transposon,=,转座子,/rpt_unit=,指明重复区域的重复元件构成,/variety=,获得序列的生物变种,/,serotype,=,同一物种的不同血清学特征,/pseudo,假,基因,/sex=,获得序列的物种性别,/replace=,表明特性间的间隔序列已被替换,/specimen_,vou,-,cher,=,指明来源物种保存于什么地方,/rpt_type=,重复序列的组织方式,/strain=,获得序列的菌珠,/sequenced_m-,ol,=,获得序列的分子类型,/sub_species=,获得序列的来源物种的亚种,/,serovar,=,同一原核生物的血清学特征,/tissue_lib=,获得序列组织库,/specific_host=,获得序列的天然宿主,/transgenic,指明物种的来源特性是否是转基因受体,/standard-name=,特性的通用名称,/,transl,_except=,标明序列中未按指定密码子表翻译的氨基酸的位置,/sub_clone=,获得序列的亚克隆,限定词,含 义,限定词,含 义,/sub_strain=,获得序列的来源微生物亚种,/tissue_type=,获得序列组织类型,/translation=,按,通用或指定的密码子表翻译的氨基酸序列,/,transl,_table=,描述在翻译中与通用密码表不同的密码表,/,usedin,=,表明该特性在其他检索中也被使用,/,virion,病毒颗粒,FASTA,格式：,图解显示：,图解显示：,多态性碱基,序列修订记录：,序列修订记录：,序列修订记录：,序列修订记录：,谢 谢！,SCI,收录期刊的论文写作技巧及投稿指南主讲人：钟 萍,获取药学信息的途径与方法,主讲人：肖廷超,请,大家继续关注下周四的读者培训讲座：,