微生物分类鉴定.ppt

单击此处编辑母版标题样式,*,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,第十一章微生物的分类鉴定,据保守估计，地球上,真菌约,150,万种，细菌,4,万种，病毒,130,万种,但认识的微生物仅是估计数量的,5,10%,，即,15,万,20,万种,要认识、研究和利用类群庞大的微生物资源，,必须对它们进行分类。,定义：按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。,任务：分类、鉴定、命名,命名,(nomenclature),：,是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；,鉴定,(identification,或,determination),：,借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。,分类,(classification),：,根据一定的原则对微生物进行,分群归类,，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定,；,第一节细菌分类,一、种以上的系统分类单元,界,Kingdom,门,Phylum,（或,Division,）,亚门,纲,Class,亚纲,超目,目,Order,亚目,科,Family,亚科,族,亚族,属,Genus,种,Species,种是生物分类中,基本的分类单元,和分类等级。,微生物的种：,指具有,高度特征相似性,的,菌株群,，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。,二、,种（,species,）,种的具体代表：,称为,“模式种”（,type species,）,三、种以下的分类单元,亚种（,subspeciers,）,：,种的进一步细分，一般指其某一明显而稳定的特征与模式中不同的种,.,型：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株,菌株（,strain,）：,表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后代；,例如：抗原特征的差异，分为不同的,血清型,；,对噬菌体裂解反应的不同，分为不同的,噬菌体型,四、微生物的命名,命名：菌种的学名是按照,国际细菌命名法规,命名的国际学术界公认，并通用的名称。,命名原则：,双名法,学名,=,属名,+,种名,+,（首次定名人）,+,定名年份,规定与常识：属名应大写首字母，种的加词代表一个种的次要特征，首字母小写，属名和种名采用斜体字。例如：,金黄色葡萄球菌，,Staphylococcus,aureus,Rosenbach,1884,Bacillus,subtilis,(Ehrenberg,1835)Cohn 1872,五、细菌分类和伯杰氏手册,细菌,：,伯杰氏鉴定细菌学手册,（第八、第九版）、细菌系统学手册（第一版）,美国宾夕法尼亚大学的,细菌学教授,伯杰,(D.Bergey),主编。,1957,年第七版后,，吸收了,国际上细菌分类学家,参加编写，它的近代版本反映了出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在,国际上对细菌进行全面分类的权威地位,。,第一版（,1923,年）,第八版（,1974,年）,第九版（,1994,年,）,19841989,年,改为,伯杰氏系统细菌学手册,，简称,系统手册,(,Bergeys,Manual of Systematic Bacteriology),（第一版，分四卷）,第二版，分五卷,（,根据系统发育资料,，对分类单元进行了相当大的调整，将细菌分成两个域共,25,门,39,纲）,第一卷：古生菌、蓝细菌、光合细菌以及最早分支的细菌,第二卷：变形杆菌（包括形态及生理学特征多样的革氏阴性菌）,第三卷：低,G+C,含量的革氏阳性菌,第四卷：高,G+C,含量的革氏阳性菌,第五卷：浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和衣原体等,伯杰氏手册,是目前进行,细菌分类、鉴定的最重要依据,，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。,第二节微生物的分类系统,一、生物的界级分类学说,是在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点。,如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统,二、三原界系统,是,1978,年由,Wose,提出的，所有生物存在一个共同祖先，由它分三条进化路线，就形成了三个原界：,古细菌原界、真细菌原界、真核生物原界,1990,年，又改为古生菌、真细菌、真核生物,三、系统发育树,定义：,p331,第三节微生物的分类鉴定方法,菌种鉴定步骤：,获得纯培养物,测定必要的鉴定指标,查找权威性的菌种鉴定手册,一、传统分类法,1,、形 态 特 征：,个体形态（形状、大小、染色反应等）,群体形态（菌落特征、液体培养特点等）,2,、生理生化特征：,营养要求、代谢产物、酶的反应等的测定,3,、生态特征：,微生物间各种相互关系的利用,温度、氧气、,PH,等,二、遗传分类法,1,、,G+C,含量的测定,由于微生物（,G+C,）,mol%,具有较稳定的值，可代表其遗传特征。一般而言，亲缘关系密切和表型又高度相似的微生物常有相似的（,G+C,）,mol%,a,）,每个生物种都有特定的,GC%,范围，因此后者可以,作为分类鉴定的指标,。细菌的,GC%,范围为,25-75%,，,变化范围最大。,b,）,GC%,测定,主要用于对表型特征难区分的细菌作,出鉴定,，从分子 水平上判断物种的亲缘关系。,c,）,GC%,的比较，主要用于分类鉴定中的,否定,.,亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的,G+C,含,量，,但具有相似,G+C,含量的生物，并不一定表明它,们之间具有近的亲缘关系。,GC%,使用注意事项：,2,、,DNA,杂交。亲缘关系越近的微生物，其碱基顺序就越近，反之就越远。,3,、,16s,rRNA,的核苷酸序列分析,分析不同微生物,16SrRNA,或,18SrRNA,寡核苷酸序列的同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系。,三、血清学实验和噬菌体分型,1,、血清学实验,2,、噬菌体分型,四、氨基酸顺序和蛋白质分析,蛋白质的氨基酸序列直接反映,mRNA,的序列，并与编码它们合成的基因结构密切相关。,因此，比较不同微生物的蛋白质可以间接揭示微生物的系统发育关系。比较蛋白质的方法有多种。其中，最直接的方法是测定具有相同功能的蛋白质的氨基酸序列。,1,、,API,细菌数值鉴定系统,2,、,Enterotube,系统,3,、,Biolog,全自动或手动细菌鉴定系统,五、微型、简便、快速或自动化鉴定技术,1,、,API,细菌数值鉴定系统,菌种,基本培养基,（液体）,菌悬液,检测、编码、查表、鉴定,适用于,API,鉴定细菌有,700,多种,Analytica,Products INC,的简称。法国生物,-,梅里埃公司生产的细菌数值分类分析鉴定系统。约有,1 000,种生化反应,可鉴定的细菌大于,550,种。目前中国各级疾病预防控制机构在细菌学检验中比较多地应用了此项技术,2,、,Enterotube,系统,不同培养基分装不同小槽中，同步接种，培养后检测、查表、鉴定。,3,、,Biolog,全自动或手动细菌鉴定系统,在,96,孔的细菌培养板上检测微生物对不同发酵性碳源利用情况进行的分类鉴定。,自动化、快速,可鉴定细菌有,1140,多种、酵母菌,267,种、目前已经可用于丝状真菌。,每个孔中含有不同的底物,菌悬液或无菌水,